data_D16
#
_chem_comp.id D16
_chem_comp.name TOMUDEX
_chem_comp.type NON-POLYMER
_chem_comp.pdbx_type HETAIN
_chem_comp.formula "C21 H22 N4 O6 S"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ?
_chem_comp.pdbx_synonyms "ZD1694; Raltitrexed"
_chem_comp.pdbx_formal_charge 0
_chem_comp.pdbx_initial_date 1999-07-08
_chem_comp.pdbx_modified_date 2020-06-17
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N
_chem_comp.pdbx_release_status REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by ?
_chem_comp.pdbx_replaces ?
_chem_comp.formula_weight 458.488
_chem_comp.one_letter_code ?
_chem_comp.three_letter_code D16
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 2TSR
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list ?
_chem_comp.pdbx_processing_site EBI
# #
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
D16 N1 N1 N 0 1 N N N -9.943 -15.311 45.681 -4.771 -2.421 0.333 N1 D16 1
D16 C2 C2 C 0 1 N N N -9.708 -16.613 45.127 -6.094 -2.348 0.555 C2 D16 2
D16 CM2 CM2 C 0 1 N N N -10.767 -17.674 45.171 -6.803 -3.579 1.057 CM2 D16 3
D16 N3 N3 N 0 1 N N N -8.452 -16.887 44.527 -6.797 -1.267 0.360 N3 D16 4
D16 C4 C4 C 0 1 N N N -7.409 -15.930 44.445 -6.235 -0.127 -0.086 C4 D16 5
D16 O4 O4 O 0 1 N N N -6.345 -16.183 43.929 -6.906 0.875 -0.264 O4 D16 6
D16 C4A C4A C 0 1 Y N N -7.709 -14.565 45.042 -4.786 -0.127 -0.354 C4A D16 7
D16 C5 C5 C 0 1 Y N N -6.774 -13.511 45.029 -4.120 1.005 -0.817 C5 D16 8
D16 C6 C6 C 0 1 Y N N -7.043 -12.207 45.588 -2.762 0.944 -1.048 C6 D16 9
D16 C7 C7 C 0 1 Y N N -8.341 -12.008 46.187 -2.062 -0.232 -0.824 C7 D16 10
D16 C8 C8 C 0 1 Y N N -9.312 -13.054 46.218 -2.709 -1.361 -0.366 C8 D16 11
D16 C8A C8A C 0 1 Y N N -8.978 -14.302 45.648 -4.075 -1.320 -0.126 C8A D16 12
D16 C9 C9 C 0 1 N N N -5.965 -11.041 45.544 -2.034 2.165 -1.549 C9 D16 13
D16 N10 N10 N 0 1 N N N -4.818 -11.119 44.494 -1.558 2.952 -0.409 N10 D16 14
D16 C11 C11 C 0 1 Y N N -5.862 -10.891 40.691 1.976 1.954 0.767 C11 D16 15
D16 S13 S13 S 0 1 Y N N -6.575 -10.751 42.269 0.782 1.523 -0.449 S13 D16 16
D16 C14 C14 C 0 1 Y N N -5.070 -11.097 43.066 -0.303 2.707 0.126 C14 D16 17
D16 C15 C15 C 0 1 Y N N -4.130 -11.316 42.111 0.231 3.379 1.181 C15 D16 18
D16 C16 C16 C 0 1 Y N N -4.551 -11.197 40.792 1.488 2.971 1.542 C16 D16 19
D16 C C C 0 1 N N N -6.754 -10.670 39.446 3.244 1.340 0.924 C D16 20
D16 O O O 0 1 N N N -7.926 -10.260 39.611 3.998 1.717 1.803 O D16 21
D16 N N N 0 1 N N N -6.159 -10.793 38.202 3.615 0.340 0.100 N D16 22
D16 CA CA C 0 1 N N S -6.971 -10.519 37.001 4.925 -0.294 0.262 CA D16 23
D16 CB CB C 0 1 N N N -6.882 -9.018 36.486 4.877 -1.715 -0.304 CB D16 24
D16 CG CG C 0 1 N N N -7.539 -7.792 37.267 3.911 -2.563 0.526 CG D16 25
D16 CD CD C 0 1 N N N -7.936 -6.581 36.335 3.864 -3.962 -0.031 CD D16 26
D16 OE1 OE1 O 0 1 N N N -9.025 -6.041 36.592 4.535 -4.252 -0.994 OE1 D16 27
D16 OE2 OE2 O 0 1 N N N -7.123 -6.281 35.431 3.078 -4.887 0.542 OE2 D16 28
D16 CT CT C 0 1 N N N -6.707 -11.675 35.950 5.966 0.506 -0.477 CT D16 29
D16 O1 O1 O 0 1 N N N -5.572 -11.691 35.428 5.646 1.505 -1.078 O1 D16 30
D16 O2 O2 O 0 1 N N N -7.652 -12.456 35.751 7.248 0.110 -0.468 O2 D16 31
D16 CP1 CP1 C 0 1 N N N -3.439 -11.057 45.012 -2.408 3.997 0.166 CP1 D16 32
D16 HN1 HN1 H 0 1 N N N -10.828 -15.119 46.105 -4.299 -3.252 0.500 HN1 D16 33
D16 HM21 HM21 H 0 0 N N N -10.389 -18.590 44.693 -6.795 -3.585 2.147 HM21 D16 34
D16 HM22 HM22 H 0 0 N N N -11.028 -17.888 46.218 -7.833 -3.576 0.701 HM22 D16 35
D16 HM23 HM23 H 0 0 N N N -11.661 -17.322 44.635 -6.294 -4.469 0.685 HM23 D16 36
D16 H5 H5 H 0 1 N N N -5.808 -13.687 44.579 -4.662 1.922 -0.993 H5 D16 37
D16 H7 H7 H 0 1 N N N -8.582 -11.049 46.620 -0.998 -0.265 -1.011 H7 D16 38
D16 H8 H8 H 0 1 N N N -10.281 -12.894 46.668 -2.155 -2.272 -0.196 H8 D16 39
D16 H91 H91 H 0 1 N N N -6.510 -10.104 45.358 -1.184 1.856 -2.158 H91 D16 40
D16 H92 H92 H 0 1 N N N -5.492 -11.000 46.536 -2.711 2.770 -2.151 H92 D16 41
D16 H15 H15 H 0 1 N N N -3.111 -11.569 42.363 -0.294 4.172 1.693 H15 D16 42
D16 H16 H16 H 0 1 N N N -3.901 -11.334 39.941 2.041 3.410 2.360 H16 D16 43
D16 HN HN H 0 1 N N N -5.199 -11.062 38.119 3.014 0.040 -0.600 HN D16 44
D16 HA HA H 0 1 N N N -8.019 -10.650 37.307 5.181 -0.334 1.321 HA D16 45
D16 HB1 HB1 H 0 1 N N N -5.809 -8.788 36.407 4.535 -1.683 -1.338 HB1 D16 46
D16 HB2 HB2 H 0 1 N N N -7.332 -9.015 35.482 5.873 -2.156 -0.264 HB2 D16 47
D16 HG1 HG1 H 0 1 N N N -8.446 -8.151 37.775 4.254 -2.595 1.561 HG1 D16 48
D16 HG2 HG2 H 0 1 N N N -6.818 -7.432 38.016 2.915 -2.122 0.487 HG2 D16 49
D16 HOE2 HOE2 H 0 0 N N N -7.459 -5.545 34.934 3.081 -5.770 0.149 HOE2 D16 50
D16 HO2 HO2 H 0 1 N N N -7.393 -13.111 35.113 7.880 0.656 -0.957 HO2 D16 51
D16 HP11 HP11 H 0 0 N N N -2.729 -11.122 44.174 -3.028 3.568 0.954 HP11 D16 52
D16 HP12 HP12 H 0 0 N N N -3.290 -10.107 45.546 -1.783 4.785 0.585 HP12 D16 53
D16 HP13 HP13 H 0 0 N N N -3.269 -11.896 45.703 -3.047 4.414 -0.612 HP13 D16 54
# #
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
D16 N1 C2 SING N N 1
D16 N1 C8A SING N N 2
D16 N1 HN1 SING N N 3
D16 C2 CM2 SING N N 4
D16 C2 N3 DOUB N N 5
D16 CM2 HM21 SING N N 6
D16 CM2 HM22 SING N N 7
D16 CM2 HM23 SING N N 8
D16 N3 C4 SING N N 9
D16 C4 O4 DOUB N N 10
D16 C4 C4A SING N N 11
D16 C4A C5 DOUB Y N 12
D16 C4A C8A SING Y N 13
D16 C5 C6 SING Y N 14
D16 C5 H5 SING N N 15
D16 C6 C7 DOUB Y N 16
D16 C6 C9 SING N N 17
D16 C7 C8 SING Y N 18
D16 C7 H7 SING N N 19
D16 C8 C8A DOUB Y N 20
D16 C8 H8 SING N N 21
D16 C9 N10 SING N N 22
D16 C9 H91 SING N N 23
D16 C9 H92 SING N N 24
D16 N10 C14 SING N N 25
D16 N10 CP1 SING N N 26
D16 C11 S13 SING Y N 27
D16 C11 C16 DOUB Y N 28
D16 C11 C SING N N 29
D16 S13 C14 SING Y N 30
D16 C14 C15 DOUB Y N 31
D16 C15 C16 SING Y N 32
D16 C15 H15 SING N N 33
D16 C16 H16 SING N N 34
D16 C O DOUB N N 35
D16 C N SING N N 36
D16 N CA SING N N 37
D16 N HN SING N N 38
D16 CA CB SING N N 39
D16 CA CT SING N N 40
D16 CA HA SING N N 41
D16 CB CG SING N N 42
D16 CB HB1 SING N N 43
D16 CB HB2 SING N N 44
D16 CG CD SING N N 45
D16 CG HG1 SING N N 46
D16 CG HG2 SING N N 47
D16 CD OE1 DOUB N N 48
D16 CD OE2 SING N N 49
D16 OE2 HOE2 SING N N 50
D16 CT O1 DOUB N N 51
D16 CT O2 SING N N 52
D16 O2 HO2 SING N N 53
D16 CP1 HP11 SING N N 54
D16 CP1 HP12 SING N N 55
D16 CP1 HP13 SING N N 56
# #
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
D16 SMILES ACDLabs 12.01 "O=C(c3sc(N(C)Cc2ccc1NC(=NC(=O)c1c2)C)cc3)NC(C(=O)O)CCC(=O)O"
D16 InChI InChI 1.03 "InChI=1S/C21H22N4O6S/c1-11-22-14-4-3-12(9-13(14)19(28)23-11)10-25(2)17-7-6-16(32-17)20(29)24-15(21(30)31)5-8-18(26)27/h3-4,6-7,9,15H,5,8,10H2,1-2H3,(H,24,29)(H,26,27)(H,30,31)(H,22,23,28)/t15-/m0/s1"
D16 InChIKey InChI 1.03 IVTVGDXNLFLDRM-HNNXBMFYSA-N
D16 SMILES_CANONICAL CACTVS 3.370 "CN(Cc1ccc2NC(=NC(=O)c2c1)C)c3sc(cc3)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O"
D16 SMILES CACTVS 3.370 "CN(Cc1ccc2NC(=NC(=O)c2c1)C)c3sc(cc3)C(=O)N[CH](CCC(O)=O)C(O)=O"
D16 SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 1.7.6 "CC1=NC(=O)c2cc(ccc2N1)CN(C)c3ccc(s3)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O"
D16 SMILES "OpenEye OEToolkits" 1.7.6 "CC1=NC(=O)c2cc(ccc2N1)CN(C)c3ccc(s3)C(=O)NC(CCC(=O)O)C(=O)O"
# #
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
D16 "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 12.01 "N-[(5-{methyl[(2-methyl-4-oxo-1,4-dihydroquinazolin-6-yl)methyl]amino}thiophen-2-yl)carbonyl]-L-glutamic acid"
D16 "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 1.7.6 "(2S)-2-[[5-[methyl-[(2-methyl-4-oxidanylidene-1H-quinazolin-6-yl)methyl]amino]thiophen-2-yl]carbonylamino]pentanedioic acid"
# #
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
D16 "Create component" 1999-07-08 EBI
D16 "Modify descriptor" 2011-06-04 RCSB
D16 "Modify synonyms" 2012-10-03 RCSB
D16 "Modify synonyms" 2020-06-05 PDBE
# #
loop_
_pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal
_pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id
_pdbx_chem_comp_synonyms.name
_pdbx_chem_comp_synonyms.provenance
_pdbx_chem_comp_synonyms.type
1 D16 ZD1694 ? ?
2 D16 Raltitrexed ? ?
##