data_D2I # _chem_comp.id D2I _chem_comp.name "~{O}3-~{tert}-butyl ~{O}1-methyl (1~{R},3~{R})-4-oxidanylidene-1-(phenylmethyl)cyclohexane-1,3-dicarboxylate" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_type HETAIN _chem_comp.formula "C20 H26 O5" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ? _chem_comp.pdbx_synonyms ? _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2023-07-17 _chem_comp.pdbx_modified_date 2024-09-27 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 346.417 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code D2I _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 8PSW _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site PDBE _chem_comp.pdbx_pcm Y # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal D2I C15 C1 C 0 1 N N N N N N -26.321 -32.763 23.603 -4.039 2.743 0.610 C15 D2I 1 D2I O O1 O 0 1 N N N N N N -25.186 -31.893 23.596 -3.223 1.547 0.502 O D2I 2 D2I C14 C2 C 0 1 N N N N N N -24.421 -31.664 22.380 -1.903 1.723 0.330 C14 D2I 3 D2I C3 C3 C 0 1 N N N N N N -23.315 -29.745 21.275 0.448 1.003 0.023 C3 D2I 4 D2I C2 C4 C 0 1 N N R N N N -24.034 -28.464 21.712 1.360 -0.209 -0.192 C2 D2I 5 D2I C16 C5 C 0 1 N N N N N N -24.961 -28.044 20.599 2.798 0.240 -0.238 C16 D2I 6 D2I C17 C6 C 0 1 N N N N N N -25.301 -27.926 18.085 5.138 -0.155 -0.453 C17 D2I 7 D2I C18 C7 C 0 1 N N N N N N -24.770 -28.683 16.877 5.282 0.846 -1.601 C18 D2I 8 D2I C19 C8 C 0 1 N N N N N N -24.974 -26.444 17.976 6.109 -1.318 -0.666 C19 D2I 9 D2I C20 C9 C 0 1 N N N N N N -26.806 -28.124 18.206 5.458 0.540 0.872 C20 D2I 10 D2I C1 C10 C 0 1 N N N N N N -24.718 -28.541 23.055 1.165 -1.168 0.962 C1 D2I 11 D2I C6 C11 C 0 1 N N N N N N -24.143 -29.379 24.170 -0.245 -1.584 1.318 C6 D2I 12 D2I C5 C12 C 0 1 N N N N N N -22.910 -30.131 23.677 -1.099 -0.321 1.478 C5 D2I 13 D2I C4 C13 C 0 1 N N R N N N -23.155 -30.827 22.341 -0.993 0.527 0.210 C4 D2I 14 D2I C7 C14 C 0 1 N N N N N N -21.959 -31.732 21.981 -1.413 -0.312 -0.998 C7 D2I 15 D2I C8 C15 C 0 1 Y N N N N N -21.762 -32.867 22.976 -2.833 -0.781 -0.815 C8 D2I 16 D2I C9 C16 C 0 1 Y N N N N N -22.525 -34.029 22.880 -3.088 -1.981 -0.178 C9 D2I 17 D2I C10 C17 C 0 1 Y N N N N N -22.354 -35.063 23.796 -4.391 -2.411 -0.010 C10 D2I 18 D2I C11 C18 C 0 1 Y N N N N N -21.412 -34.945 24.810 -5.439 -1.641 -0.479 C11 D2I 19 D2I C12 C19 C 0 1 Y N N N N N -20.644 -33.790 24.909 -5.184 -0.441 -1.115 C12 D2I 20 D2I C13 C20 C 0 1 Y N N N N N -20.815 -32.755 23.992 -3.882 -0.009 -1.279 C13 D2I 21 D2I O1 O2 O 0 1 N N N N N N -24.825 -32.194 21.368 -1.445 2.839 0.272 O1 D2I 22 D2I O2 O3 O 0 1 N N N N N N -25.932 -27.345 20.840 3.069 1.411 -0.112 O2 D2I 23 D2I O3 O4 O 0 1 N N N N N N -24.655 -28.460 19.237 3.777 -0.660 -0.419 O3 D2I 24 D2I O4 O5 O 0 1 N N N N N N -25.730 -27.881 23.253 2.111 -1.592 1.582 O4 D2I 25 D2I H1 H1 H 0 1 N N N N N N -26.752 -32.796 24.614 -5.082 2.460 0.746 H1 D2I 26 D2I H2 H2 H 0 1 N N N N N N -27.075 -32.388 22.895 -3.708 3.333 1.465 H2 D2I 27 D2I H3 H3 H 0 1 N N N N N N -26.009 -33.775 23.304 -3.938 3.335 -0.300 H3 D2I 28 D2I H4 H4 H 0 1 N N N N N N -23.882 -30.179 20.439 0.770 1.547 0.911 H4 D2I 29 D2I H5 H5 H 0 1 N N N N N N -22.309 -29.464 20.929 0.505 1.659 -0.846 H5 D2I 30 D2I H6 H6 H 0 1 N N N N N N -23.262 -27.685 21.793 1.098 -0.704 -1.127 H6 D2I 31 D2I H7 H7 H 0 1 N N N N N N -25.016 -29.751 16.975 6.304 1.225 -1.627 H7 D2I 32 D2I H8 H8 H 0 1 N N N N N N -25.231 -28.283 15.962 5.055 0.351 -2.545 H8 D2I 33 D2I H9 H9 H 0 1 N N N N N N -23.678 -28.563 16.820 4.591 1.675 -1.450 H9 D2I 34 D2I H10 H10 H 0 1 N N N N N N -25.366 -25.916 18.858 6.006 -2.031 0.152 H10 D2I 35 D2I H11 H11 H 0 1 N N N N N N -23.883 -26.312 17.925 5.881 -1.813 -1.610 H11 D2I 36 D2I H12 H12 H 0 1 N N N N N N -25.436 -26.033 17.067 7.130 -0.939 -0.691 H12 D2I 37 D2I H13 H13 H 0 1 N N N N N N -27.180 -27.573 19.082 5.355 -0.173 1.690 H13 D2I 38 D2I H14 H14 H 0 1 N N N N N N -27.299 -27.747 17.298 6.480 0.919 0.846 H14 D2I 39 D2I H15 H15 H 0 1 N N N N N N -27.026 -29.195 18.325 4.767 1.369 1.024 H15 D2I 40 D2I H16 H16 H 0 1 N N N N N N -23.860 -28.725 25.008 -0.656 -2.205 0.523 H16 D2I 41 D2I H17 H17 H 0 1 N N N N N N -24.899 -30.102 24.509 -0.236 -2.144 2.253 H17 D2I 42 D2I H18 H18 H 0 1 N N N N N N -22.634 -30.888 24.426 -2.139 -0.604 1.641 H18 D2I 43 D2I H19 H19 H 0 1 N N N N N N -22.083 -29.416 23.557 -0.741 0.254 2.332 H19 D2I 44 D2I H20 H20 H 0 1 N N N N N N -22.132 -32.164 20.984 -1.344 0.293 -1.902 H20 D2I 45 D2I H21 H21 H 0 1 N N N N N N -21.046 -31.118 21.962 -0.754 -1.175 -1.087 H21 D2I 46 D2I H22 H22 H 0 1 N N N N N N -23.254 -34.128 22.089 -2.269 -2.582 0.188 H22 D2I 47 D2I H23 H23 H 0 1 N N N N N N -22.954 -35.958 23.718 -4.590 -3.349 0.487 H23 D2I 48 D2I H24 H24 H 0 1 N N N N N N -21.276 -35.748 25.519 -6.457 -1.978 -0.348 H24 D2I 49 D2I H25 H25 H 0 1 N N N N N N -19.913 -33.695 25.699 -6.003 0.161 -1.481 H25 D2I 50 D2I H26 H26 H 0 1 N N N N N N -20.211 -31.863 24.069 -3.683 0.931 -1.773 H26 D2I 51 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal D2I C18 C17 SING N N 1 D2I C19 C17 SING N N 2 D2I C17 C20 SING N N 3 D2I C17 O3 SING N N 4 D2I O3 C16 SING N N 5 D2I C16 O2 DOUB N N 6 D2I C16 C2 SING N N 7 D2I C3 C2 SING N N 8 D2I C3 C4 SING N N 9 D2I O1 C14 DOUB N N 10 D2I C2 C1 SING N N 11 D2I C7 C4 SING N N 12 D2I C7 C8 SING N N 13 D2I C4 C14 SING N N 14 D2I C4 C5 SING N N 15 D2I C14 O SING N N 16 D2I C9 C8 DOUB Y N 17 D2I C9 C10 SING Y N 18 D2I C8 C13 SING Y N 19 D2I C1 O4 DOUB N N 20 D2I C1 C6 SING N N 21 D2I O C15 SING N N 22 D2I C5 C6 SING N N 23 D2I C10 C11 DOUB Y N 24 D2I C13 C12 DOUB Y N 25 D2I C11 C12 SING Y N 26 D2I C15 H1 SING N N 27 D2I C15 H2 SING N N 28 D2I C15 H3 SING N N 29 D2I C3 H4 SING N N 30 D2I C3 H5 SING N N 31 D2I C2 H6 SING N N 32 D2I C18 H7 SING N N 33 D2I C18 H8 SING N N 34 D2I C18 H9 SING N N 35 D2I C19 H10 SING N N 36 D2I C19 H11 SING N N 37 D2I C19 H12 SING N N 38 D2I C20 H13 SING N N 39 D2I C20 H14 SING N N 40 D2I C20 H15 SING N N 41 D2I C6 H16 SING N N 42 D2I C6 H17 SING N N 43 D2I C5 H18 SING N N 44 D2I C5 H19 SING N N 45 D2I C7 H20 SING N N 46 D2I C7 H21 SING N N 47 D2I C9 H22 SING N N 48 D2I C10 H23 SING N N 49 D2I C11 H24 SING N N 50 D2I C12 H25 SING N N 51 D2I C13 H26 SING N N 52 # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor D2I InChI InChI 1.06 "InChI=1S/C20H26O5/c1-19(2,3)25-17(22)15-13-20(18(23)24-4,11-10-16(15)21)12-14-8-6-5-7-9-14/h5-9,15H,10-13H2,1-4H3/t15-,20+/m1/s1" D2I InChIKey InChI 1.06 WAKMFGLCJLDCIS-QRWLVFNGSA-N D2I SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "COC(=O)[C@@]1(CCC(=O)[C@@H](C1)C(=O)OC(C)(C)C)Cc2ccccc2" D2I SMILES CACTVS 3.385 "COC(=O)[C]1(CCC(=O)[CH](C1)C(=O)OC(C)(C)C)Cc2ccccc2" D2I SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "CC(C)(C)OC(=O)[C@@H]1C[C@](CCC1=O)(Cc2ccccc2)C(=O)OC" D2I SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "CC(C)(C)OC(=O)C1CC(CCC1=O)(Cc2ccccc2)C(=O)OC" # _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id D2I _pdbx_chem_comp_identifier.type "SYSTEMATIC NAME" _pdbx_chem_comp_identifier.program "OpenEye OEToolkits" _pdbx_chem_comp_identifier.program_version 2.0.7 _pdbx_chem_comp_identifier.identifier "~{O}3-~{tert}-butyl ~{O}1-methyl (1~{R},3~{R})-4-oxidanylidene-1-(phenylmethyl)cyclohexane-1,3-dicarboxylate" # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site D2I "Create component" 2023-07-17 PDBE D2I "Initial release" 2024-07-24 RCSB D2I "Modify PCM" 2024-09-27 PDBE # _pdbx_chem_comp_pcm.pcm_id 1 _pdbx_chem_comp_pcm.comp_id D2I _pdbx_chem_comp_pcm.modified_residue_id CYS _pdbx_chem_comp_pcm.type None _pdbx_chem_comp_pcm.category "Covalent chemical modification" _pdbx_chem_comp_pcm.position "Amino-acid side chain" _pdbx_chem_comp_pcm.polypeptide_position "Any position" _pdbx_chem_comp_pcm.comp_id_linking_atom C3 _pdbx_chem_comp_pcm.modified_residue_id_linking_atom SG _pdbx_chem_comp_pcm.uniprot_specific_ptm_accession ? _pdbx_chem_comp_pcm.uniprot_generic_ptm_accession ? _pdbx_chem_comp_pcm.first_instance_model_db_code 8PSW #