data_DAT # _chem_comp.id DAT _chem_comp.name "2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _chem_comp.type NON-POLYMER _chem_comp.pdbx_type HETAIN _chem_comp.formula "C10 H15 N5 O9 P2" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ? _chem_comp.pdbx_synonyms DADP _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2000-11-07 _chem_comp.pdbx_modified_date 2020-06-17 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 411.202 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code DAT _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 1G4A _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site RCSB # # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal DAT PB PB P 0 1 N N N 17.500 69.957 37.710 1.120 -0.247 -5.558 PB DAT 1 DAT O1B O1B O 0 1 N N N 16.646 69.418 36.635 1.912 0.964 -5.250 O1B DAT 2 DAT O2B O2B O 0 1 N N N 17.692 69.152 38.962 1.988 -1.232 -6.490 O2B DAT 3 DAT O3B O3B O 0 1 N N N 16.966 71.405 38.078 -0.226 0.174 -6.332 O3B DAT 4 DAT PA PA P 0 1 N N S 19.379 70.086 35.560 -0.123 0.036 -3.310 PA DAT 5 DAT O1A O1A O 0 1 N N N 18.674 68.900 34.972 0.688 1.243 -3.036 O1A DAT 6 DAT O2A O2A O 0 1 N N N 19.278 71.429 34.860 -1.449 0.453 -4.121 O2A DAT 7 DAT O3A O3A O 0 1 N N N 18.890 70.269 37.045 0.739 -1.002 -4.188 O3A DAT 8 DAT "O5'" O5* O 0 1 N N N 20.932 69.752 35.795 -0.540 -0.656 -1.918 "O5'" DAT 9 DAT "C5'" C5* C 0 1 N N N 21.958 70.743 35.786 -1.299 0.309 -1.187 "C5'" DAT 10 DAT "C4'" C4* C 0 1 N N R 23.115 70.324 34.887 -1.730 -0.288 0.153 "C4'" DAT 11 DAT "O4'" O4* O 0 1 N N N 23.841 69.243 35.502 -0.581 -0.544 0.993 "O4'" DAT 12 DAT "C3'" C3* C 0 1 N N S 22.699 69.831 33.483 -2.556 0.738 0.968 "C3'" DAT 13 DAT "O3'" O3* O 0 1 N N N 23.236 70.699 32.495 -3.938 0.683 0.608 "O3'" DAT 14 DAT "C2'" C2* C 0 1 N N N 23.220 68.413 33.328 -2.343 0.246 2.420 "C2'" DAT 15 DAT "C1'" C1* C 0 1 N N R 23.933 68.105 34.635 -1.060 -0.603 2.347 "C1'" DAT 16 DAT N9 N9 N 0 1 Y N N 23.377 66.916 35.360 -0.049 -0.059 3.257 N9 DAT 17 DAT C8 C8 C 0 1 Y N N 22.594 66.923 36.500 0.882 0.888 2.953 C8 DAT 18 DAT N7 N7 N 0 1 Y N N 22.243 65.734 36.933 1.619 1.137 3.996 N7 DAT 19 DAT C5 C5 C 0 1 Y N N 22.821 64.871 36.034 1.204 0.372 5.035 C5 DAT 20 DAT C6 C6 C 0 1 Y N N 22.836 63.435 35.913 1.615 0.210 6.368 C6 DAT 21 DAT N6 N6 N 0 1 N N N 22.213 62.623 36.761 2.669 0.947 6.880 N6 DAT 22 DAT N1 N1 N 0 1 Y N N 23.540 62.865 34.854 0.964 -0.664 7.129 N1 DAT 23 DAT C2 C2 C 0 1 Y N N 24.189 63.699 33.966 -0.041 -1.372 6.650 C2 DAT 24 DAT N3 N3 N 0 1 Y N N 24.240 65.053 33.982 -0.457 -1.257 5.406 N3 DAT 25 DAT C4 C4 C 0 1 Y N N 23.534 65.582 35.042 0.132 -0.408 4.571 C4 DAT 26 DAT HOB2 2HOB H 0 0 N N N 18.242 69.499 39.654 2.195 -0.743 -7.298 HOB2 DAT 27 DAT HOB3 3HOB H 0 0 N N N 17.516 71.752 38.770 -0.711 -0.641 -6.514 HOB3 DAT 28 DAT HOA2 2HOA H 0 0 N N N 19.724 72.180 35.232 -1.948 -0.360 -4.279 HOA2 DAT 29 DAT "H5'1" 1H5* H 0 0 N N N 21.559 71.745 35.502 -2.183 0.587 -1.762 "H5'1" DAT 30 DAT "H5'2" 2H5* H 0 0 N N N 22.305 70.984 36.817 -0.687 1.193 -1.011 "H5'2" DAT 31 DAT "H4'" H4* H 0 1 N N N 23.725 71.248 34.761 -2.301 -1.204 -0.002 "H4'" DAT 32 DAT "H3'" H3* H 0 1 N N N 21.591 69.835 33.358 -2.162 1.746 0.837 "H3'" DAT 33 DAT "HO3'" *HO3 H 0 0 N N N 22.980 70.395 31.631 -4.408 1.275 1.212 "HO3'" DAT 34 DAT "H2'1" 1H2* H 0 0 N N N 22.432 67.670 33.059 -3.187 -0.364 2.743 "H2'1" DAT 35 DAT "H2'2" 2H2* H 0 0 N N N 23.853 68.262 32.423 -2.203 1.091 3.093 "H2'2" DAT 36 DAT "H1'" H1* H 0 1 N N N 24.989 67.867 34.367 -1.283 -1.636 2.616 "H1'" DAT 37 DAT H8 H8 H 0 1 N N N 22.266 67.829 37.036 0.993 1.361 1.988 H8 DAT 38 DAT HN61 1HN6 H 0 0 N N N 22.223 61.606 36.675 2.940 0.829 7.803 HN61 DAT 39 DAT HN62 2HN6 H 0 0 N N N 21.236 62.913 36.796 3.138 1.579 6.313 HN62 DAT 40 DAT H2 H2 H 0 1 N N N 24.737 63.221 33.136 -0.542 -2.071 7.303 H2 DAT 41 # # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal DAT PB O1B DOUB N N 1 DAT PB O2B SING N N 2 DAT PB O3B SING N N 3 DAT PB O3A SING N N 4 DAT O2B HOB2 SING N N 5 DAT O3B HOB3 SING N N 6 DAT PA O1A DOUB N N 7 DAT PA O2A SING N N 8 DAT PA O3A SING N N 9 DAT PA "O5'" SING N N 10 DAT O2A HOA2 SING N N 11 DAT "O5'" "C5'" SING N N 12 DAT "C5'" "C4'" SING N N 13 DAT "C5'" "H5'1" SING N N 14 DAT "C5'" "H5'2" SING N N 15 DAT "C4'" "O4'" SING N N 16 DAT "C4'" "C3'" SING N N 17 DAT "C4'" "H4'" SING N N 18 DAT "O4'" "C1'" SING N N 19 DAT "C3'" "O3'" SING N N 20 DAT "C3'" "C2'" SING N N 21 DAT "C3'" "H3'" SING N N 22 DAT "O3'" "HO3'" SING N N 23 DAT "C2'" "C1'" SING N N 24 DAT "C2'" "H2'1" SING N N 25 DAT "C2'" "H2'2" SING N N 26 DAT "C1'" N9 SING N N 27 DAT "C1'" "H1'" SING N N 28 DAT N9 C8 SING Y N 29 DAT N9 C4 SING Y N 30 DAT C8 N7 DOUB Y N 31 DAT C8 H8 SING N N 32 DAT N7 C5 SING Y N 33 DAT C5 C6 SING Y N 34 DAT C5 C4 DOUB Y N 35 DAT C6 N6 SING N N 36 DAT C6 N1 DOUB Y N 37 DAT N6 HN61 SING N N 38 DAT N6 HN62 SING N N 39 DAT N1 C2 SING Y N 40 DAT C2 N3 DOUB Y N 41 DAT C2 H2 SING N N 42 DAT N3 C4 SING Y N 43 # # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor DAT SMILES ACDLabs 10.04 "O=P(O)(O)OP(=O)(O)OCC3OC(n2cnc1c(ncnc12)N)CC3O" DAT SMILES_CANONICAL CACTVS 3.341 "Nc1ncnc2n(cnc12)[C@H]3C[C@H](O)[C@@H](CO[P@@](O)(=O)O[P](O)(O)=O)O3" DAT SMILES CACTVS 3.341 "Nc1ncnc2n(cnc12)[CH]3C[CH](O)[CH](CO[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)O3" DAT SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "c1nc(c2c(n1)n(cn2)[C@H]3C[C@@H]([C@H](O3)CO[P@](=O)(O)OP(=O)(O)O)O)N" DAT SMILES "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "c1nc(c2c(n1)n(cn2)C3CC(C(O3)COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)O)N" DAT InChI InChI 1.03 "InChI=1S/C10H15N5O9P2/c11-9-8-10(13-3-12-9)15(4-14-8)7-1-5(16)6(23-7)2-22-26(20,21)24-25(17,18)19/h3-7,16H,1-2H2,(H,20,21)(H2,11,12,13)(H2,17,18,19)/t5-,6+,7+/m0/s1" DAT InChIKey InChI 1.03 DAEAPNUQQAICNR-RRKCRQDMSA-N # # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier DAT "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 10.04 "2'-deoxyadenosine 5'-(trihydrogen diphosphate)" DAT "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "[(2R,3S,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-hydroxy-oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate" # # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site DAT "Create component" 2000-11-07 RCSB DAT "Modify descriptor" 2011-06-04 RCSB DAT "Modify synonyms" 2020-06-05 PDBE # _pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal 1 _pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id DAT _pdbx_chem_comp_synonyms.name DADP _pdbx_chem_comp_synonyms.provenance ? _pdbx_chem_comp_synonyms.type ? ##