data_DHE # _chem_comp.id DHE _chem_comp.name "HEME D" _chem_comp.type NON-POLYMER _chem_comp.pdbx_type HETAIN _chem_comp.formula "C34 H32 Fe N4 O10" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ? _chem_comp.pdbx_synonyms ? _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 1999-07-08 _chem_comp.pdbx_modified_date 2023-09-23 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag Y _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 712.484 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code DHE _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag Y _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 1AOF _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site RCSB # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal DHE FE FE FE 0 0 N N N -0.577 15.488 82.469 ? ? ? FE DHE 1 DHE CHA CHA C 0 1 N N N -3.326 13.900 81.157 ? ? ? CHA DHE 2 DHE CHB CHB C 0 1 N N N 1.013 15.266 79.468 ? ? ? CHB DHE 3 DHE CHC CHC C 0 1 N N N 1.915 17.417 83.674 ? ? ? CHC DHE 4 DHE CHD CHD C 0 1 N N N -1.860 15.101 85.625 ? ? ? CHD DHE 5 DHE NA "N A" N 0 1 N N S -1.122 14.814 80.580 ? ? ? NA DHE 6 DHE C1A C1A C 0 1 N N N -2.292 14.142 80.266 ? ? ? C1A DHE 7 DHE C2A C2A C 0 1 N N N -2.218 13.745 78.907 ? ? ? C2A DHE 8 DHE C3A C3A C 0 1 N N N -0.982 14.115 78.429 ? ? ? C3A DHE 9 DHE C4A C4A C 0 1 N N N -0.282 14.761 79.491 ? ? ? C4A DHE 10 DHE CMA CMA C 0 1 N N N -0.402 13.894 77.066 ? ? ? CMA DHE 11 DHE CAA CAA C 0 1 N N N -3.304 13.003 78.180 ? ? ? CAA DHE 12 DHE CBA CBA C 0 1 N N N -3.257 11.572 78.462 ? ? ? CBA DHE 13 DHE CGA CGA C 0 1 N N N -4.184 10.686 77.759 ? ? ? CGA DHE 14 DHE O1A O1A O 0 1 N N N -4.921 11.146 76.874 ? ? ? O1A DHE 15 DHE O2A O2A O 0 1 N N N -4.194 9.494 78.076 ? ? ? O2A DHE 16 DHE NB "N B" N 0 1 N N N 1.187 16.261 81.702 ? ? ? NB DHE 17 DHE C1B C1B C 0 1 N N N 1.592 16.076 80.409 ? ? ? C1B DHE 18 DHE C2B C2B C 0 1 N N N 2.790 16.916 80.145 ? ? ? C2B DHE 19 DHE OMB OMB O 0 1 N N N 3.507 16.893 79.168 ? ? ? OMB DHE 20 DHE C3B C3B C 0 1 N N R 2.948 17.832 81.355 ? ? ? C3B DHE 21 DHE CGB CGB C 0 1 N N N 2.353 19.263 80.930 ? ? ? CGB DHE 22 DHE CAB CAB C 0 1 N N N 4.351 17.990 81.821 ? ? ? CAB DHE 23 DHE CBB CBB C 0 1 N N N 5.082 16.750 82.119 ? ? ? CBB DHE 24 DHE O1B O1B O 0 1 N N N 6.309 16.818 82.327 ? ? ? O1B DHE 25 DHE O2B O2B O 0 1 N N N 4.462 15.668 82.156 ? ? ? O2B DHE 26 DHE C4B C4B C 0 1 N N N 1.988 17.158 82.324 ? ? ? C4B DHE 27 DHE NC "N C" N 0 1 N N N -0.058 16.147 84.363 ? ? ? NC DHE 28 DHE C1C C1C C 0 1 N N N 1.013 16.968 84.597 ? ? ? C1C DHE 29 DHE C2C C2C C 0 1 N N N 1.073 17.313 86.036 ? ? ? C2C DHE 30 DHE OMC OMC O 0 1 N N N 1.903 17.996 86.588 ? ? ? OMC DHE 31 DHE C3C C3C C 0 1 N N R -0.117 16.662 86.704 ? ? ? C3C DHE 32 DHE CGC CGC C 0 1 N N N -1.095 17.865 87.153 ? ? ? CGC DHE 33 DHE CAC CAC C 0 1 N N N 0.263 15.841 87.881 ? ? ? CAC DHE 34 DHE CBC CBC C 0 1 N N N 1.076 14.645 87.588 ? ? ? CBC DHE 35 DHE O1C O1C O 0 1 N N N 0.733 13.551 88.079 ? ? ? O1C DHE 36 DHE O2C O2C O 0 1 N N N 2.085 14.759 86.872 ? ? ? O2C DHE 37 DHE C4C C4C C 0 1 N N N -0.737 15.906 85.526 ? ? ? C4C DHE 38 DHE ND "N D" N 0 1 Y N N -2.324 14.659 83.251 ? ? ? ND DHE 39 DHE C1D C1D C 0 1 Y N N -2.662 14.622 84.584 ? ? ? C1D DHE 40 DHE C2D C2D C 0 1 Y N N -3.968 14.031 84.688 ? ? ? C2D DHE 41 DHE C3D C3D C 0 1 Y N N -4.403 13.762 83.412 ? ? ? C3D DHE 42 DHE C4D C4D C 0 1 Y N N -3.354 14.093 82.517 ? ? ? C4D DHE 43 DHE CMD CMD C 0 1 N N N -4.671 13.799 85.996 ? ? ? CMD DHE 44 DHE CAD CAD C 0 1 N N N -5.699 13.225 82.983 ? ? ? CAD DHE 45 DHE CBD CBD C 0 1 N N N -6.848 13.579 83.416 ? ? ? CBD DHE 46 DHE CGD CGD C 0 1 N N N -8.123 13.052 82.945 ? ? ? CGD DHE 47 DHE O1D O1D O 0 1 N N N -9.125 13.193 83.665 ? ? ? O1D DHE 48 DHE O2D O2D O 0 1 N N N -8.156 12.477 81.841 ? ? ? O2D DHE 49 DHE HHA HHA H 0 1 N N N -4.233 13.506 80.723 ? ? ? HHA DHE 50 DHE HHB HHB H 0 1 N N N 1.625 14.992 78.622 ? ? ? HHB DHE 51 DHE HHC HHC H 0 1 N N N 2.683 18.071 84.060 ? ? ? HHC DHE 52 DHE HHD HHD H 0 1 N N N -2.150 14.809 86.623 ? ? ? HHD DHE 53 DHE HMA1 HMA1 H 0 0 N N N 0.612 14.319 77.025 ? ? ? HMA1 DHE 54 DHE HMA2 HMA2 H 0 0 N N N -0.356 12.815 76.858 ? ? ? HMA2 DHE 55 DHE HMA3 HMA3 H 0 0 N N N -1.036 14.386 76.314 ? ? ? HMA3 DHE 56 DHE HAA1 HAA1 H 0 0 N N N -4.280 13.398 78.497 ? ? ? HAA1 DHE 57 DHE HAA2 HAA2 H 0 0 N N N -3.180 13.158 77.098 ? ? ? HAA2 DHE 58 DHE HBA1 HBA1 H 0 0 N N N -2.239 11.229 78.225 ? ? ? HBA1 DHE 59 DHE HBA2 HBA2 H 0 0 N N N -3.445 11.448 79.539 ? ? ? HBA2 DHE 60 DHE H2A H2A H 0 1 N N N -4.832 9.030 77.546 ? ? ? H2A DHE 61 DHE HGB1 HGB1 H 0 0 N N N 2.444 19.964 81.773 ? ? ? HGB1 DHE 62 DHE HGB2 HGB2 H 0 0 N N N 2.915 19.652 80.068 ? ? ? HGB2 DHE 63 DHE HGB3 HGB3 H 0 0 N N N 1.293 19.153 80.658 ? ? ? HGB3 DHE 64 DHE HAB1 HAB1 H 0 0 N N N 4.906 18.526 81.037 ? ? ? HAB1 DHE 65 DHE HAB2 HAB2 H 0 0 N N N 4.333 18.597 82.738 ? ? ? HAB2 DHE 66 DHE H2B H2B H 0 1 N N N 5.066 14.963 82.359 ? ? ? H2B DHE 67 DHE HGC1 HGC1 H 0 0 N N N -1.985 17.449 87.648 ? ? ? HGC1 DHE 68 DHE HGC2 HGC2 H 0 0 N N N -0.563 18.529 87.851 ? ? ? HGC2 DHE 69 DHE HGC3 HGC3 H 0 0 N N N -1.403 18.437 86.266 ? ? ? HGC3 DHE 70 DHE HAC1 HAC1 H 0 0 N N N 0.837 16.480 88.569 ? ? ? HAC1 DHE 71 DHE HAC2 HAC2 H 0 0 N N N -0.662 15.509 88.375 ? ? ? HAC2 DHE 72 DHE H2C H2C H 0 1 N N N 2.507 13.913 86.782 ? ? ? H2C DHE 73 DHE HMD1 HMD1 H 0 0 N N N -5.268 14.686 86.254 ? ? ? HMD1 DHE 74 DHE HMD2 HMD2 H 0 0 N N N -5.333 12.925 85.906 ? ? ? HMD2 DHE 75 DHE HMD3 HMD3 H 0 0 N N N -3.927 13.616 86.785 ? ? ? HMD3 DHE 76 DHE HAD1 HAD1 H 0 0 N N N -5.736 13.400 81.898 ? ? ? HAD1 DHE 77 DHE HAD2 HAD2 H 0 0 N N N -5.640 12.144 83.179 ? ? ? HAD2 DHE 78 DHE HBD1 HBD1 H 0 0 N N N -6.829 13.375 84.497 ? ? ? HBD1 DHE 79 DHE HBD2 HBD2 H 0 0 N N N -6.901 14.665 83.249 ? ? ? HBD2 DHE 80 DHE H2D H2D H 0 1 N N N -9.042 12.183 81.663 ? ? ? H2D DHE 81 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal DHE FE NA SING N N 1 DHE FE NB SING N N 2 DHE FE NC SING N N 3 DHE FE ND SING N N 4 DHE CHA C1A DOUB N N 5 DHE CHA C4D SING N N 6 DHE CHA HHA SING N N 7 DHE CHB C4A DOUB N N 8 DHE CHB C1B SING N N 9 DHE CHB HHB SING N N 10 DHE CHC C4B DOUB N N 11 DHE CHC C1C SING N N 12 DHE CHC HHC SING N N 13 DHE CHD C4C DOUB N N 14 DHE CHD C1D SING N N 15 DHE CHD HHD SING N N 16 DHE NA C1A SING N N 17 DHE NA C4A SING N N 18 DHE C1A C2A SING N N 19 DHE C2A C3A DOUB N N 20 DHE C2A CAA SING N N 21 DHE C3A C4A SING N N 22 DHE C3A CMA SING N N 23 DHE CMA HMA1 SING N N 24 DHE CMA HMA2 SING N N 25 DHE CMA HMA3 SING N N 26 DHE CAA CBA SING N N 27 DHE CAA HAA1 SING N N 28 DHE CAA HAA2 SING N N 29 DHE CBA CGA SING N N 30 DHE CBA HBA1 SING N N 31 DHE CBA HBA2 SING N N 32 DHE CGA O1A DOUB N N 33 DHE CGA O2A SING N N 34 DHE O2A H2A SING N N 35 DHE NB C1B DOUB N N 36 DHE NB C4B SING N N 37 DHE C1B C2B SING N N 38 DHE C2B OMB DOUB N N 39 DHE C2B C3B SING N N 40 DHE C3B CGB SING N N 41 DHE C3B CAB SING N N 42 DHE C3B C4B SING N N 43 DHE CGB HGB1 SING N N 44 DHE CGB HGB2 SING N N 45 DHE CGB HGB3 SING N N 46 DHE CAB CBB SING N N 47 DHE CAB HAB1 SING N N 48 DHE CAB HAB2 SING N N 49 DHE CBB O1B DOUB N N 50 DHE CBB O2B SING N N 51 DHE O2B H2B SING N N 52 DHE NC C1C DOUB N N 53 DHE NC C4C SING N N 54 DHE C1C C2C SING N N 55 DHE C2C OMC DOUB N N 56 DHE C2C C3C SING N N 57 DHE C3C CGC SING N N 58 DHE C3C CAC SING N N 59 DHE C3C C4C SING N N 60 DHE CGC HGC1 SING N N 61 DHE CGC HGC2 SING N N 62 DHE CGC HGC3 SING N N 63 DHE CAC CBC SING N N 64 DHE CAC HAC1 SING N N 65 DHE CAC HAC2 SING N N 66 DHE CBC O1C DOUB N N 67 DHE CBC O2C SING N N 68 DHE O2C H2C SING N N 69 DHE ND C1D SING Y N 70 DHE ND C4D SING Y N 71 DHE C1D C2D DOUB Y N 72 DHE C2D C3D SING Y N 73 DHE C2D CMD SING N N 74 DHE C3D C4D DOUB Y N 75 DHE C3D CAD SING N N 76 DHE CMD HMD1 SING N N 77 DHE CMD HMD2 SING N N 78 DHE CMD HMD3 SING N N 79 DHE CAD CBD SING N N 80 DHE CAD HAD1 SING N N 81 DHE CAD HAD2 SING N N 82 DHE CBD CGD SING N N 83 DHE CBD HBD1 SING N N 84 DHE CBD HBD2 SING N N 85 DHE CGD O1D DOUB N N 86 DHE CGD O2D SING N N 87 DHE O2D H2D SING N N 88 # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor DHE InChI InChI 1.06 "InChI=1S/C34H34N4O10.Fe/c1-15-17(5-7-27(39)40)21-10-22-18(6-8-28(41)42)16(2)20(36-22)11-25-33(3,13-29(43)44)32(48)24(38-25)12-26-34(4,14-30(45)46)31(47)23(37-26)9-19(15)35-21;/h9-12H,5-8,13-14H2,1-4H3,(H6,35,36,37,38,39,40,41,42,43,44,45,46,47,48);/q;+2/p-2/t33-,34-;/m1./s1" DHE InChIKey InChI 1.06 XLQCGNUTSJTZNF-YDXXJHAFSA-L DHE SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "CC1=C(CCC(O)=O)C2=Cc3n4[Fe][N@]2C1=CC5=NC(=CC6=NC(=Cc4c(C)c3CCC(O)=O)[C@@](C)(CC(O)=O)C6=O)[C@@](C)(CC(O)=O)C5=O" DHE SMILES CACTVS 3.385 "CC1=C(CCC(O)=O)C2=Cc3n4[Fe][N]2C1=CC5=NC(=CC6=NC(=Cc4c(C)c3CCC(O)=O)[C](C)(CC(O)=O)C6=O)[C](C)(CC(O)=O)C5=O" DHE SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "Cc1c2n3c(c1CCC(=O)O)C=C4C(=C(C5=CC6=[N]7[Fe]3(N45)[N]8=C(C=C7[C@@](C6=O)(C)CC(=O)O)C(=O)[C@](C8=C2)(C)CC(=O)O)C)CCC(=O)O" DHE SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "Cc1c2n3c(c1CCC(=O)O)C=C4C(=C(C5=CC6=[N]7[Fe]3(N45)[N]8=C(C=C7C(C6=O)(C)CC(=O)O)C(=O)C(C8=C2)(C)CC(=O)O)C)CCC(=O)O" # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site DHE "Create component" 1999-07-08 RCSB DHE "Modify descriptor" 2023-09-23 RCSB #