data_EIT # _chem_comp.id EIT _chem_comp.name "((3R,4R,5R)-4-(2-(1H-IMIDAZOL-1-YL)ETHOXY)-3-HYDROXY-5-(5-METHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDROPYRIMIDIN-1(2H)-YL)-TETRAHYDROFURAN-2-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE" _chem_comp.type "RNA LINKING" _chem_comp.pdbx_type ATOMN _chem_comp.formula "C15 H21 N4 O9 P" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id DT _chem_comp.pdbx_synonyms "2'-O-[1-ETHYL-1H-IMIDAZOL)] THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2004-12-16 _chem_comp.pdbx_modified_date 2021-03-01 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 432.322 _chem_comp.one_letter_code T _chem_comp.three_letter_code EIT _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag Y _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 1Y84 _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site RCSB # # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal EIT P P P 0 1 N N N 10.270 4.405 4.236 2.787 0.324 -4.407 P EIT 1 EIT OP3 O3P O 0 1 N Y N 11.415 4.961 3.451 1.198 0.588 -4.548 OP3 EIT 2 EIT OP2 O2P O 0 1 N N N 10.531 3.642 5.428 2.921 -1.270 -4.647 OP2 EIT 3 EIT "O5'" O5* O 0 1 N N N 9.292 5.609 4.627 3.063 0.476 -2.819 "O5'" EIT 4 EIT "C5'" C5* C 0 1 N N N 8.882 6.571 3.639 2.282 -0.292 -1.921 "C5'" EIT 5 EIT "C4'" C4* C 0 1 N N R 7.838 7.503 4.209 2.725 0.023 -0.498 "C4'" EIT 6 EIT "O4'" O4* O 0 1 N N N 6.642 6.762 4.507 2.470 1.422 -0.246 "O4'" EIT 7 EIT "C1'" C1* C 0 1 N N R 5.986 7.339 5.624 1.373 1.543 0.675 "C1'" EIT 8 EIT N1 N1 N 0 1 N N N 5.943 6.355 6.734 0.452 2.524 0.177 N1 EIT 9 EIT C6 C6 C 0 1 N N N 6.845 5.307 6.823 0.309 2.663 -1.199 C6 EIT 10 EIT C2 C2 C 0 1 N N N 4.960 6.539 7.696 -0.300 3.336 1.055 C2 EIT 11 EIT O2 O2 O 0 1 N N N 4.153 7.455 7.656 -0.225 3.269 2.283 O2 EIT 12 EIT N3 N3 N 0 1 N N N 4.967 5.620 8.707 -1.159 4.248 0.431 N3 EIT 13 EIT C4 C4 C 0 1 N N N 5.843 4.560 8.859 -1.338 4.427 -0.932 C4 EIT 14 EIT O4 O4 O 0 1 N N N 5.737 3.823 9.814 -2.112 5.251 -1.413 O4 EIT 15 EIT C5 C5 C 0 1 N N N 6.841 4.423 7.828 -0.514 3.537 -1.792 C5 EIT 16 EIT C5M C5M C 0 1 N N N 7.828 3.301 7.935 -0.651 3.669 -3.275 C5M EIT 17 EIT "C2'" C2* C 0 1 N N R 6.783 8.571 6.034 0.748 0.163 0.786 "C2'" EIT 18 EIT "O2'" O2* O 0 1 N N N 6.297 9.642 5.228 0.137 -0.058 2.041 "O2'" EIT 19 EIT "CB'" "CB'" C 0 1 N N N 4.991 10.173 5.442 -0.332 -1.396 2.174 "CB'" EIT 20 EIT "CC'" "CC'" C 0 1 N N N 4.981 11.589 4.846 -0.968 -1.583 3.544 "CC'" EIT 21 EIT "ND'" "ND'" N 0 1 Y N N 6.224 12.386 4.814 -2.127 -0.716 3.746 "ND'" EIT 22 EIT "CE'" "CE'" C 0 1 Y N N 7.292 12.172 4.004 -3.410 -1.030 3.443 "CE'" EIT 23 EIT "NF'" "NF'" N 0 1 Y N N 8.240 13.051 4.279 -4.224 -0.042 3.742 "NF'" EIT 24 EIT "CG'" "CG'" C 0 1 Y N N 7.730 13.820 5.285 -3.411 0.937 4.256 "CG'" EIT 25 EIT "CH'" "CH'" C 0 1 Y N N 6.459 13.446 5.659 -2.096 0.535 4.267 "CH'" EIT 26 EIT "C3'" C3* C 0 1 N N R 8.159 8.175 5.539 1.940 -0.742 0.560 "C3'" EIT 27 EIT "O3'" O3* O 0 1 N N N 9.030 9.274 5.446 2.742 -0.809 1.739 "O3'" EIT 28 EIT OP1 O1P O 0 1 N N N ? ? ? 3.659 1.172 -5.286 OP1 EIT 29 EIT HOP3 3HOP H 0 0 N N N 11.243 5.465 2.664 0.799 0.616 -5.443 HOP3 EIT 30 EIT HOP2 2HOP H 0 0 N N N 9.804 3.289 5.927 2.886 -1.617 -5.563 HOP2 EIT 31 EIT "H5'" 1H5* H 0 1 N N N 8.531 6.079 2.702 1.229 -0.035 -2.051 "H5'" EIT 32 EIT "H5''" 2H5* H 0 0 N N N 9.751 7.129 3.218 2.428 -1.352 -2.133 "H5''" EIT 33 EIT "H4'" H4* H 0 1 N N N 7.759 8.283 3.416 3.804 -0.139 -0.410 "H4'" EIT 34 EIT "H1'" H1* H 0 1 N N N 4.938 7.625 5.373 1.754 1.910 1.633 "H1'" EIT 35 EIT H6 H6 H 0 1 N N N 7.614 5.168 6.045 0.928 1.995 -1.790 H6 EIT 36 EIT HN3 HN3 H 0 1 N N N 4.246 5.737 9.419 -1.709 4.843 1.045 HN3 EIT 37 EIT H71 1H5M H 0 1 N N N 8.848 3.750 7.890 -1.057 2.748 -3.690 H71 EIT 38 EIT H72 2H5M H 0 1 N N N 7.825 2.565 8.772 0.324 3.866 -3.719 H72 EIT 39 EIT H73 3H5M H 0 1 N N N 7.779 2.723 6.983 -1.320 4.497 -3.510 H73 EIT 40 EIT "H2'" H2* H 0 1 N N N 6.742 8.866 7.109 -0.000 0.004 -0.000 "H2'" EIT 41 EIT "HB'1" "1HB'" H 0 0 N N N 4.676 10.145 6.511 0.529 -2.064 2.070 "HB'1" EIT 42 EIT "HB'2" "2HB'" H 0 0 N N N 4.181 9.522 5.039 -1.039 -1.602 1.364 "HB'2" EIT 43 EIT "HC'1" "1HC'" H 0 0 N N N 4.194 12.184 5.365 -0.251 -1.368 4.346 "HC'1" EIT 44 EIT "HC'2" "2HC'" H 0 0 N N N 4.572 11.533 3.810 -1.313 -2.615 3.669 "HC'2" EIT 45 EIT "HE'" "HE'" H 0 1 N N N 7.378 11.392 3.229 -3.700 -1.979 3.011 "HE'" EIT 46 EIT "HG'" "HG'" H 0 1 N N N 8.285 14.654 5.746 -3.814 1.881 4.592 "HG'" EIT 47 EIT "HH'" "HH'" H 0 1 N N N 5.803 13.881 6.431 -1.186 1.020 4.591 "HH'" EIT 48 EIT "H3'" H3* H 0 1 N N N 8.719 7.499 6.226 1.675 -1.764 0.277 "H3'" EIT 49 EIT "HO3'" H3T H 0 0 N Y N 9.230 9.693 6.275 3.447 -0.153 1.628 "HO3'" EIT 50 # # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal EIT P OP3 SING N N 1 EIT P OP2 SING N N 2 EIT P "O5'" SING N N 3 EIT P OP1 DOUB N N 4 EIT OP3 HOP3 SING N N 5 EIT OP2 HOP2 SING N N 6 EIT "O5'" "C5'" SING N N 7 EIT "C5'" "C4'" SING N N 8 EIT "C5'" "H5'" SING N N 9 EIT "C5'" "H5''" SING N N 10 EIT "C4'" "O4'" SING N N 11 EIT "C4'" "C3'" SING N N 12 EIT "C4'" "H4'" SING N N 13 EIT "O4'" "C1'" SING N N 14 EIT "C1'" N1 SING N N 15 EIT "C1'" "C2'" SING N N 16 EIT "C1'" "H1'" SING N N 17 EIT N1 C6 SING N N 18 EIT N1 C2 SING N N 19 EIT C6 C5 DOUB N N 20 EIT C6 H6 SING N N 21 EIT C2 O2 DOUB N N 22 EIT C2 N3 SING N N 23 EIT N3 C4 SING N N 24 EIT N3 HN3 SING N N 25 EIT C4 O4 DOUB N N 26 EIT C4 C5 SING N N 27 EIT C5 C5M SING N N 28 EIT C5M H71 SING N N 29 EIT C5M H72 SING N N 30 EIT C5M H73 SING N N 31 EIT "C2'" "O2'" SING N N 32 EIT "C2'" "C3'" SING N N 33 EIT "C2'" "H2'" SING N N 34 EIT "O2'" "CB'" SING N N 35 EIT "CB'" "CC'" SING N N 36 EIT "CB'" "HB'1" SING N N 37 EIT "CB'" "HB'2" SING N N 38 EIT "CC'" "ND'" SING N N 39 EIT "CC'" "HC'1" SING N N 40 EIT "CC'" "HC'2" SING N N 41 EIT "ND'" "CE'" SING Y N 42 EIT "ND'" "CH'" SING Y N 43 EIT "CE'" "NF'" DOUB Y N 44 EIT "CE'" "HE'" SING N N 45 EIT "NF'" "CG'" SING Y N 46 EIT "CG'" "CH'" DOUB Y N 47 EIT "CG'" "HG'" SING N N 48 EIT "CH'" "HH'" SING N N 49 EIT "C3'" "O3'" SING N N 50 EIT "C3'" "H3'" SING N N 51 EIT "O3'" "HO3'" SING N N 52 # # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor EIT SMILES ACDLabs 10.04 "O=C1NC(=O)N(C=C1C)C3OC(C(O)C3OCCn2ccnc2)COP(=O)(O)O" EIT SMILES_CANONICAL CACTVS 3.341 "CC1=CN([C@@H]2O[C@H](CO[P](O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]2OCCn3ccnc3)C(=O)NC1=O" EIT SMILES CACTVS 3.341 "CC1=CN([CH]2O[CH](CO[P](O)(O)=O)[CH](O)[CH]2OCCn3ccnc3)C(=O)NC1=O" EIT SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "CC1=CN(C(=O)NC1=O)[C@H]2[C@@H]([C@@H]([C@H](O2)COP(=O)(O)O)O)OCCn3ccnc3" EIT SMILES "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "CC1=CN(C(=O)NC1=O)C2C(C(C(O2)COP(=O)(O)O)O)OCCn3ccnc3" EIT InChI InChI 1.03 "InChI=1S/C15H21N4O9P/c1-9-6-19(15(22)17-13(9)21)14-12(26-5-4-18-3-2-16-8-18)11(20)10(28-14)7-27-29(23,24)25/h2-3,6,8,10-12,14,20H,4-5,7H2,1H3,(H,17,21,22)(H2,23,24,25)/t10-,11-,12-,14-/m1/s1" EIT InChIKey InChI 1.03 WIDKIMZIZVKQGR-HKUMRIAESA-N # # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier EIT "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 10.04 "2'-O-[2-(1H-imidazol-1-yl)ethyl]-5-methyluridine 5'-(dihydrogen phosphate)" EIT "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "[(2R,3R,4R,5R)-3-hydroxy-4-(2-imidazol-1-ylethoxy)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-pyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate" # # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site EIT "Create component" 2004-12-16 RCSB EIT "Modify linking type" 2011-06-04 RCSB EIT "Modify descriptor" 2011-06-04 RCSB EIT "Modify synonyms" 2021-03-01 PDBE # _pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal 1 _pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id EIT _pdbx_chem_comp_synonyms.name "2'-O-[1-ETHYL-1H-IMIDAZOL)] THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" _pdbx_chem_comp_synonyms.provenance ? _pdbx_chem_comp_synonyms.type ? ##