data_EQ0 # _chem_comp.id EQ0 _chem_comp.name "[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(5-azanyl-7-oxidanyl-imidazo[4,5-b]pyridin-3-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate" _chem_comp.type "RNA linking" _chem_comp.pdbx_type ATOMN _chem_comp.formula "C11 H15 N4 O8 P" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id G _chem_comp.pdbx_synonyms ? _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2022-01-12 _chem_comp.pdbx_modified_date 2022-08-22 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 362.233 _chem_comp.one_letter_code G _chem_comp.three_letter_code EQ0 _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 7QP2 _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site PDBE # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal EQ0 C1 C1 C 0 1 Y N N -7.444 -1.387 4.526 5.590 -0.636 0.474 C1 EQ0 1 EQ0 C2 C2 C 0 1 Y N N -8.249 -0.542 3.785 4.932 0.472 1.002 C2 EQ0 2 EQ0 C4 C3 C 0 1 Y N N -9.997 -0.541 5.402 2.899 -0.224 0.146 C4 EQ0 3 EQ0 C5 C4 C 0 1 Y N N -9.331 -1.382 6.254 3.489 -1.368 -0.411 C5 EQ0 4 EQ0 C6 C5 C 0 1 Y N N -8.007 -1.856 5.870 4.870 -1.574 -0.247 C6 EQ0 5 EQ0 "C1'" C6 C 0 1 N N R -12.172 0.563 5.376 0.530 0.679 0.190 "C1'" EQ0 6 EQ0 "C2'" C7 C 0 1 N N R -13.600 0.203 5.756 0.438 1.790 -0.879 "C2'" EQ0 7 EQ0 "C3'" C8 C 0 1 N N S -14.322 1.436 5.233 -1.073 2.103 -0.967 "C3'" EQ0 8 EQ0 "C4'" C9 C 0 1 N N R -13.379 2.542 5.670 -1.714 1.144 0.060 "C4'" EQ0 9 EQ0 "C5'" C10 C 0 1 N N N -13.813 3.123 6.994 -3.057 0.628 -0.460 "C5'" EQ0 10 EQ0 C8 C11 C 0 1 Y N N -11.251 -0.885 7.152 1.374 -1.439 -0.892 C8 EQ0 11 EQ0 N2 N1 N 0 1 N N N -7.813 -0.071 2.530 5.656 1.414 1.726 N2 EQ0 12 EQ0 N3 N2 N 0 1 Y N N -9.554 -0.077 4.197 3.632 0.646 0.828 N3 EQ0 13 EQ0 N7 N3 N 0 1 Y N N -10.165 -1.606 7.423 2.504 -2.067 -1.031 N7 EQ0 14 EQ0 N9 N4 N 0 1 Y N N -11.139 -0.251 6.011 1.561 -0.295 -0.174 N9 EQ0 15 EQ0 "O2'" O1 O 0 1 N N N -14.033 -1.012 5.195 1.168 2.946 -0.465 "O2'" EQ0 16 EQ0 "O3'" O2 O 0 1 N N N -14.328 1.409 3.823 -1.324 3.463 -0.607 "O3'" EQ0 17 EQ0 "O4'" O3 O 0 1 N N N -12.051 1.916 5.751 -0.773 0.056 0.188 "O4'" EQ0 18 EQ0 "O5'" O4 O 0 1 N N N -12.974 4.165 7.460 -3.688 -0.163 0.550 "O5'" EQ0 19 EQ0 O6 O5 O 0 1 N N N -7.299 -2.695 6.690 5.481 -2.662 -0.780 O6 EQ0 20 EQ0 OP1 O6 O 0 1 N N N -14.498 6.051 6.541 -6.119 0.151 -0.049 OP1 EQ0 21 EQ0 OP2 O7 O 0 1 N N N -12.456 6.463 8.046 -5.010 -1.985 -0.808 OP2 EQ0 22 EQ0 P P1 P 0 1 N N N -13.197 5.702 7.049 -5.121 -0.867 0.346 P EQ0 23 EQ0 H1 H1 H 0 1 N N N -6.471 -1.699 4.176 6.652 -0.760 0.621 H1 EQ0 24 EQ0 "H1'" H2 H 0 1 N N N -12.076 0.473 4.284 0.743 1.111 1.168 "H1'" EQ0 25 EQ0 "H2'" H3 H 0 1 N N N -13.684 0.176 6.852 0.809 1.429 -1.838 "H2'" EQ0 26 EQ0 "H3'" H4 H 0 1 N N N -15.322 1.547 5.679 -1.448 1.896 -1.969 "H3'" EQ0 27 EQ0 "H4'" H5 H 0 1 N N N -13.373 3.335 4.908 -1.846 1.647 1.019 "H4'" EQ0 28 EQ0 "H5''" H6 H 0 0 N N N -14.832 3.522 6.881 -3.698 1.472 -0.713 "H5''" EQ0 29 EQ0 "H5'" H7 H 0 1 N N N -13.815 2.317 7.743 -2.893 0.018 -1.348 "H5'" EQ0 30 EQ0 H8 H8 H 0 1 N N N -12.118 -0.830 7.794 0.426 -1.773 -1.288 H8 EQ0 31 EQ0 H22 H9 H 0 1 N N N -8.513 0.524 2.135 5.207 2.190 2.097 H22 EQ0 32 EQ0 H21 H10 H 0 1 N N N -6.964 0.444 2.644 6.609 1.296 1.859 H21 EQ0 33 EQ0 "HO2'" H12 H 0 0 N N N -13.537 -1.730 5.571 1.144 3.675 -1.099 "HO2'" EQ0 34 EQ0 H2 H13 H 0 1 N N N -14.912 0.723 3.521 -0.943 4.108 -1.218 H2 EQ0 35 EQ0 H4 H14 H 0 1 N N N -7.805 -2.875 7.473 5.503 -3.429 -0.191 H4 EQ0 36 EQ0 H5 H15 H 0 1 N N N -12.964 7.222 8.307 -4.372 -2.686 -0.615 H5 EQ0 37 EQ0 OP3 O8 O 0 1 N Y N -12.235 5.795 5.789 -5.579 -1.562 1.724 OP3 EQ0 38 EQ0 H3 H16 H 0 1 N N N -12.737 6.052 5.025 -6.436 -2.006 1.674 H3 EQ0 39 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal EQ0 N2 C2 SING N N 1 EQ0 C2 N3 DOUB Y N 2 EQ0 C2 C1 SING Y N 3 EQ0 "O3'" "C3'" SING N N 4 EQ0 N3 C4 SING Y N 5 EQ0 C1 C6 DOUB Y N 6 EQ0 "O2'" "C2'" SING N N 7 EQ0 "C3'" "C4'" SING N N 8 EQ0 "C3'" "C2'" SING N N 9 EQ0 "C1'" "O4'" SING N N 10 EQ0 "C1'" "C2'" SING N N 11 EQ0 "C1'" N9 SING N N 12 EQ0 C4 N9 SING Y N 13 EQ0 C4 C5 DOUB Y N 14 EQ0 "C4'" "O4'" SING N N 15 EQ0 "C4'" "C5'" SING N N 16 EQ0 C6 C5 SING Y N 17 EQ0 C6 O6 SING N N 18 EQ0 N9 C8 SING Y N 19 EQ0 C5 N7 SING Y N 20 EQ0 OP1 P DOUB N N 21 EQ0 "C5'" "O5'" SING N N 22 EQ0 P "O5'" SING N N 23 EQ0 P OP2 SING N N 24 EQ0 C8 N7 DOUB Y N 25 EQ0 C1 H1 SING N N 26 EQ0 "C1'" "H1'" SING N N 27 EQ0 "C2'" "H2'" SING N N 28 EQ0 "C3'" "H3'" SING N N 29 EQ0 "C4'" "H4'" SING N N 30 EQ0 "C5'" "H5''" SING N N 31 EQ0 "C5'" "H5'" SING N N 32 EQ0 C8 H8 SING N N 33 EQ0 N2 H22 SING N N 34 EQ0 N2 H21 SING N N 35 EQ0 "O2'" "HO2'" SING N N 36 EQ0 "O3'" H2 SING N N 37 EQ0 O6 H4 SING N N 38 EQ0 OP2 H5 SING N N 39 EQ0 OP3 P SING N N 40 EQ0 OP3 H3 SING N N 41 # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor EQ0 InChI InChI 1.06 "InChI=1S/C11H15N4O8P/c12-6-1-4(16)7-10(14-6)15(3-13-7)11-9(18)8(17)5(23-11)2-22-24(19,20)21/h1,3,5,8-9,11,17-18H,2H2,(H3,12,14,16)(H2,19,20,21)/t5-,8-,9-,11-/m1/s1" EQ0 InChIKey InChI 1.06 RKVDRBUBGMVIFI-MGUDNFKCSA-N EQ0 SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "Nc1cc(O)c2ncn([C@@H]3O[C@H](CO[P](O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]3O)c2n1" EQ0 SMILES CACTVS 3.385 "Nc1cc(O)c2ncn([CH]3O[CH](CO[P](O)(O)=O)[CH](O)[CH]3O)c2n1" EQ0 SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "c1c(c2c(nc1N)n(cn2)[C@H]3[C@@H]([C@@H]([C@H](O3)COP(=O)(O)O)O)O)O" EQ0 SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "c1c(c2c(nc1N)n(cn2)C3C(C(C(O3)COP(=O)(O)O)O)O)O" # _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id EQ0 _pdbx_chem_comp_identifier.type "SYSTEMATIC NAME" _pdbx_chem_comp_identifier.program "OpenEye OEToolkits" _pdbx_chem_comp_identifier.program_version 2.0.7 _pdbx_chem_comp_identifier.identifier "[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(5-azanyl-7-oxidanyl-imidazo[4,5-b]pyridin-3-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate" # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site EQ0 "Create component" 2022-01-12 PDBE EQ0 "Initial release" 2022-07-20 RCSB EQ0 "Modify descriptor" 2022-08-22 RCSB #