data_KAN # _chem_comp.id KAN _chem_comp.name "KANAMYCIN A" _chem_comp.type NON-POLYMER _chem_comp.pdbx_type HETAIN _chem_comp.formula "C18 H36 N4 O11" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ? _chem_comp.pdbx_synonyms ? _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 1999-07-08 _chem_comp.pdbx_modified_date 2011-06-04 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 484.499 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code KAN _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 1KNY _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site EBI # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal KAN C1 C1 C 0 1 N N R 19.800 47.345 42.542 -0.861 0.389 -2.437 C1 KAN 1 KAN C2 C2 C 0 1 N N R 18.676 47.083 43.509 -2.090 -0.076 -3.221 C2 KAN 2 KAN C3 C3 C 0 1 N N S 18.123 45.670 43.398 -1.628 -0.784 -4.499 C3 KAN 3 KAN C4 C4 C 0 1 N N S 17.981 45.156 41.969 -0.684 0.150 -5.263 C4 KAN 4 KAN C5 C5 C 0 1 N N R 19.041 45.708 41.011 0.439 0.599 -4.325 C5 KAN 5 KAN C6 C6 C 0 1 N N N 18.540 45.634 39.585 1.407 1.505 -5.088 C6 KAN 6 KAN C7 C7 C 0 1 N N R 24.992 47.643 42.634 2.647 -0.896 1.140 C7 KAN 7 KAN C8 C8 C 0 1 N N S 24.417 46.315 42.126 1.321 -0.155 1.328 C8 KAN 8 KAN C9 C9 C 0 1 N N R 22.984 46.495 41.649 0.324 -0.615 0.262 C9 KAN 9 KAN C10 C10 C 0 1 N N R 22.234 46.836 42.939 0.887 -0.309 -1.127 C10 KAN 10 KAN C11 C11 C 0 1 N N S 22.648 48.204 43.480 2.212 -1.050 -1.315 C11 KAN 11 KAN C12 C12 C 0 1 N N N 24.147 48.166 43.796 3.209 -0.590 -0.249 C12 KAN 12 KAN C13 C13 C 0 1 N N S 25.640 44.363 41.501 0.670 0.810 3.305 C13 KAN 13 KAN C14 C14 C 0 1 N N R 27.143 44.209 41.794 0.847 0.592 4.809 C14 KAN 14 KAN C15 C15 C 0 1 N N S 27.998 44.307 40.533 -0.212 -0.397 5.300 C15 KAN 15 KAN C16 C16 C 0 1 N N S 27.456 43.411 39.419 -1.593 0.112 4.873 C16 KAN 16 KAN C17 C17 C 0 1 N N R 25.969 43.684 39.266 -1.587 0.366 3.364 C17 KAN 17 KAN C18 C18 C 0 1 N N N 25.345 42.817 38.210 -2.972 0.844 2.924 C18 KAN 18 KAN N1 N1 N 0 1 N N N 17.194 45.001 39.462 2.487 1.934 -4.190 N1 KAN 19 KAN N2 N2 N 0 1 N N N 21.868 48.490 44.676 2.752 -0.757 -2.649 N2 KAN 20 KAN N3 N3 N 0 1 N N N 26.401 47.524 43.035 3.604 -0.455 2.163 N3 KAN 21 KAN N4 N4 N 0 1 N N N 29.408 43.917 40.843 -0.156 -0.500 6.764 N4 KAN 22 KAN O5 O5 O 0 1 N N N 19.323 47.093 41.240 -0.111 1.315 -3.221 O5 KAN 23 KAN O6 O6 O 0 1 N N N 19.208 47.294 44.791 -2.853 -0.981 -2.420 O6 KAN 24 KAN O7 O7 O 0 1 N N N 16.877 45.568 44.075 -2.761 -1.094 -5.312 O7 KAN 25 KAN O8 O8 O 0 1 N N N 18.008 43.740 41.900 -0.125 -0.541 -6.381 O8 KAN 26 KAN O9 O9 O 0 1 N N N 20.837 46.454 42.911 -0.043 -0.738 -2.123 O9 KAN 27 KAN O10 O10 O 0 1 N N N 22.542 45.273 41.083 -0.913 0.077 0.437 O10 KAN 28 KAN O11 O11 O 0 1 N N N 25.291 45.687 41.156 0.796 -0.440 2.626 O11 KAN 29 KAN O12 O12 O 0 1 N N N 25.289 43.439 40.513 -0.618 1.363 3.046 O12 KAN 30 KAN O13 O13 O 0 1 N N N 27.581 45.134 42.781 2.150 0.065 5.066 O13 KAN 31 KAN O14 O14 O 0 1 N N N 28.138 43.741 38.212 -2.585 -0.866 5.189 O14 KAN 32 KAN O15 O15 O 0 1 N N N 25.669 41.450 38.488 -2.975 1.059 1.511 O15 KAN 33 KAN H1 H1 H 0 1 N N N 20.176 48.394 42.564 -1.182 0.873 -1.514 H1 KAN 34 KAN H2 H2 H 0 1 N N N 17.820 47.762 43.286 -2.704 0.784 -3.483 H2 KAN 35 KAN H3 H3 H 0 1 N N N 18.884 45.016 43.885 -1.102 -1.703 -4.239 H3 KAN 36 KAN H4 H4 H 0 1 N N N 16.982 45.530 41.642 -1.238 1.021 -5.613 H4 KAN 37 KAN H5 H5 H 0 1 N N N 19.953 45.091 41.184 0.975 -0.275 -3.958 H5 KAN 38 KAN H61 1H6 H 0 1 N N N 18.547 46.642 39.110 0.871 2.381 -5.455 H61 KAN 39 KAN H62 2H6 H 0 1 N N N 19.281 45.117 38.931 1.830 0.958 -5.930 H62 KAN 40 KAN H7 H7 H 0 1 N N N 24.954 48.370 41.789 2.480 -1.969 1.237 H7 KAN 41 KAN H8 H8 H 0 1 N N N 24.370 45.596 42.977 1.488 0.917 1.231 H8 KAN 42 KAN H9 H9 H 0 1 N N N 22.839 47.277 40.867 0.158 -1.687 0.359 H9 KAN 43 KAN H10 H10 H 0 1 N N N 22.566 46.168 43.768 1.054 0.763 -1.224 H10 KAN 44 KAN H11 H11 H 0 1 N N N 22.457 49.008 42.731 2.046 -2.123 -1.218 H11 KAN 45 KAN H121 1H12 H 0 0 N N N 24.342 47.580 44.724 4.153 -1.118 -0.383 H121 KAN 46 KAN H122 2H12 H 0 0 N N N 24.507 49.166 44.131 3.376 0.481 -0.346 H122 KAN 47 KAN H13 H13 H 0 1 N N N 25.057 44.148 42.427 1.438 1.496 2.945 H13 KAN 48 KAN H14 H14 H 0 1 N N N 27.280 43.180 42.200 0.729 1.542 5.331 H14 KAN 49 KAN H15 H15 H 0 1 N N N 27.965 45.364 40.179 -0.031 -1.377 4.857 H15 KAN 50 KAN H16 H16 H 0 1 N N N 27.613 42.332 39.655 -1.817 1.040 5.398 H16 KAN 51 KAN H17 H17 H 0 1 N N N 25.863 44.751 38.963 -1.340 -0.558 2.842 H17 KAN 52 KAN H181 1H18 H 0 0 N N N 24.246 42.984 38.114 -3.715 0.088 3.178 H181 KAN 53 KAN H182 2H18 H 0 0 N N N 25.637 43.123 37.178 -3.213 1.776 3.434 H182 KAN 54 KAN HN11 1HN1 H 0 0 N N N 16.856 44.951 38.500 3.098 2.526 -4.732 HN11 KAN 55 KAN HN12 2HN1 H 0 0 N N N 16.515 45.473 40.059 2.064 2.520 -3.486 HN12 KAN 56 KAN HN21 1HN2 H 0 0 N N N 22.144 49.403 45.037 3.708 -1.079 -2.652 HN21 KAN 57 KAN HN22 2HN2 H 0 0 N N N 21.945 47.753 45.377 2.248 -1.339 -3.301 HN22 KAN 58 KAN HN31 1HN3 H 0 0 N N N 26.783 48.407 43.372 4.458 -0.967 2.001 HN31 KAN 59 KAN HN32 2HN3 H 0 0 N N N 26.968 47.142 42.278 3.806 0.514 1.972 HN32 KAN 60 KAN HN41 1HN4 H 0 0 N N N 29.979 43.982 40.000 0.766 -0.838 6.995 HN41 KAN 61 KAN HN42 2HN4 H 0 0 N N N 29.464 42.993 41.273 -0.219 0.439 7.124 HN42 KAN 62 KAN HO6 HO6 H 0 1 N N N 18.498 47.128 45.401 -3.202 -0.471 -1.677 HO6 KAN 63 KAN HO7 HO7 H 0 1 N N N 16.531 44.685 44.005 -3.332 -1.673 -4.788 HO7 KAN 64 KAN HO8 HO8 H 0 1 N N N 17.919 43.419 41.010 -0.866 -0.812 -6.940 HO8 KAN 65 KAN HO1 HO1 H 0 1 N N N 21.647 45.385 40.785 -1.532 -0.291 -0.206 HO1 KAN 66 KAN HO3 HO3 H 0 1 N N N 28.508 45.038 42.961 2.785 0.718 4.743 HO3 KAN 67 KAN HO4 HO4 H 0 1 N N N 27.801 43.184 37.519 -3.435 -0.508 4.898 HO4 KAN 68 KAN HO5 HO5 H 0 1 N N N 25.274 40.901 37.820 -3.838 1.433 1.287 HO5 KAN 69 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal KAN C1 C2 SING N N 1 KAN C1 O5 SING N N 2 KAN C1 O9 SING N N 3 KAN C1 H1 SING N N 4 KAN C2 C3 SING N N 5 KAN C2 O6 SING N N 6 KAN C2 H2 SING N N 7 KAN C3 C4 SING N N 8 KAN C3 O7 SING N N 9 KAN C3 H3 SING N N 10 KAN C4 C5 SING N N 11 KAN C4 O8 SING N N 12 KAN C4 H4 SING N N 13 KAN C5 C6 SING N N 14 KAN C5 O5 SING N N 15 KAN C5 H5 SING N N 16 KAN C6 N1 SING N N 17 KAN C6 H61 SING N N 18 KAN C6 H62 SING N N 19 KAN C7 C8 SING N N 20 KAN C7 C12 SING N N 21 KAN C7 N3 SING N N 22 KAN C7 H7 SING N N 23 KAN C8 C9 SING N N 24 KAN C8 O11 SING N N 25 KAN C8 H8 SING N N 26 KAN C9 C10 SING N N 27 KAN C9 O10 SING N N 28 KAN C9 H9 SING N N 29 KAN C10 C11 SING N N 30 KAN C10 O9 SING N N 31 KAN C10 H10 SING N N 32 KAN C11 C12 SING N N 33 KAN C11 N2 SING N N 34 KAN C11 H11 SING N N 35 KAN C12 H121 SING N N 36 KAN C12 H122 SING N N 37 KAN C13 C14 SING N N 38 KAN C13 O11 SING N N 39 KAN C13 O12 SING N N 40 KAN C13 H13 SING N N 41 KAN C14 C15 SING N N 42 KAN C14 O13 SING N N 43 KAN C14 H14 SING N N 44 KAN C15 C16 SING N N 45 KAN C15 N4 SING N N 46 KAN C15 H15 SING N N 47 KAN C16 C17 SING N N 48 KAN C16 O14 SING N N 49 KAN C16 H16 SING N N 50 KAN C17 C18 SING N N 51 KAN C17 O12 SING N N 52 KAN C17 H17 SING N N 53 KAN C18 O15 SING N N 54 KAN C18 H181 SING N N 55 KAN C18 H182 SING N N 56 KAN N1 HN11 SING N N 57 KAN N1 HN12 SING N N 58 KAN N2 HN21 SING N N 59 KAN N2 HN22 SING N N 60 KAN N3 HN31 SING N N 61 KAN N3 HN32 SING N N 62 KAN N4 HN41 SING N N 63 KAN N4 HN42 SING N N 64 KAN O6 HO6 SING N N 65 KAN O7 HO7 SING N N 66 KAN O8 HO8 SING N N 67 KAN O10 HO1 SING N N 68 KAN O13 HO3 SING N N 69 KAN O14 HO4 SING N N 70 KAN O15 HO5 SING N N 71 # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor KAN SMILES ACDLabs 10.04 "O(C2C(O)C(OC1OC(CN)C(O)C(O)C1O)C(N)CC2N)C3OC(C(O)C(N)C3O)CO" KAN SMILES_CANONICAL CACTVS 3.341 "NC[C@H]1O[C@H](O[C@@H]2[C@@H](N)C[C@@H](N)[C@H](O[C@H]3O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](N)[C@H]3O)[C@H]2O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O" KAN SMILES CACTVS 3.341 "NC[CH]1O[CH](O[CH]2[CH](N)C[CH](N)[CH](O[CH]3O[CH](CO)[CH](O)[CH](N)[CH]3O)[CH]2O)[CH](O)[CH](O)[CH]1O" KAN SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "C1[C@H]([C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H]1N)O[C@@H]2[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O2)CN)O)O)O)O)O[C@@H]3[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O3)CO)O)N)O)N" KAN SMILES "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "C1C(C(C(C(C1N)OC2C(C(C(C(O2)CN)O)O)O)O)OC3C(C(C(C(O3)CO)O)N)O)N" KAN InChI InChI 1.03 "InChI=1S/C18H36N4O11/c19-2-6-10(25)12(27)13(28)18(30-6)33-16-5(21)1-4(20)15(14(16)29)32-17-11(26)8(22)9(24)7(3-23)31-17/h4-18,23-29H,1-3,19-22H2/t4-,5+,6-,7-,8+,9-,10-,11-,12+,13-,14-,15+,16-,17-,18-/m1/s1" KAN InChIKey InChI 1.03 SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier KAN "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 10.04 "(1S,2R,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-[(6-amino-6-deoxy-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]-2-hydroxycyclohexyl 3-amino-3-deoxy-alpha-D-glucopyranoside" KAN "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "(2R,3S,4S,5R,6R)-2-(aminomethyl)-6-[(1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-3-[(2S,3R,4S,5S,6R)-4-amino-3,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxy-2-hydroxy-cyclohexyl]oxy-oxane-3,4,5-triol" # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site KAN "Create component" 1999-07-08 EBI KAN "Modify descriptor" 2011-06-04 RCSB #