data_KIO # _chem_comp.id KIO _chem_comp.name "(1~{R},22~{R},23~{S},24~{R})-14-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl]-7-azanyl-23,24-bis(oxidanyl)-25-oxa-2,4,6,9,14,17,20-heptazatetracyclo[20.2.1.0^{2,10}.0^{3,8}]pentacosa-3(8),4,6,9-tetraen-11-yne-16,19-dione" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_type HETAIN _chem_comp.formula "C27 H31 N13 O8" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ? _chem_comp.pdbx_synonyms ? _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2022-05-25 _chem_comp.pdbx_modified_date 2023-01-06 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 665.617 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code KIO _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 7ZZH _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site PDBE # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal KIO N1 N1 N 0 1 Y N N 19.671 4.242 7.728 9.151 -1.825 0.084 N1 KIO 1 KIO C7 C1 C 0 1 N N N 13.991 9.893 10.495 1.128 1.629 -0.347 C7 KIO 2 KIO C8 C2 C 0 1 N N N 14.343 10.799 12.747 0.121 0.850 -2.405 C8 KIO 3 KIO N2 N2 N 0 1 Y N N 19.205 6.370 8.755 6.853 -2.074 0.083 N2 KIO 4 KIO C9 C3 C 0 1 N N N 15.791 11.060 12.815 -0.691 0.169 -1.378 C9 KIO 5 KIO O1 O1 O 0 1 N N N 18.854 8.358 12.836 -3.790 0.836 0.063 O1 KIO 6 KIO C1 C4 C 0 1 Y N N 19.989 5.348 8.408 8.068 -2.579 0.130 C1 KIO 7 KIO O5 O2 O 0 1 N N N 18.559 9.385 16.223 -6.889 -0.474 -0.946 O5 KIO 8 KIO C5 C5 C 0 1 N N R 16.932 8.372 9.049 4.169 -0.363 -0.065 C5 KIO 9 KIO C6 C6 C 0 1 N N R 15.404 9.846 9.948 2.002 0.382 -0.192 C6 KIO 10 KIO N3 N3 N 0 1 Y N N 16.133 5.266 7.301 7.328 1.354 -0.166 N3 KIO 11 KIO C4 C7 C 0 1 Y N N 15.835 6.430 7.830 6.026 1.342 -0.176 C4 KIO 12 KIO O4 O3 O 0 1 N N N 18.312 6.785 15.842 -7.160 1.696 0.337 O4 KIO 13 KIO C3 C8 C 0 1 Y N N 17.474 5.098 7.608 7.790 0.084 -0.068 C3 KIO 14 KIO O3 O4 O 0 1 N N N 12.798 7.677 14.365 0.031 3.234 0.384 O3 KIO 15 KIO C2 C9 C 0 1 Y N N 17.954 6.183 8.327 6.668 -0.762 -0.015 C2 KIO 16 KIO N4 N4 N 0 1 Y N N 16.888 7.038 8.461 5.572 0.060 -0.085 N4 KIO 17 KIO N N5 N 0 1 N N N 18.105 2.989 6.583 10.206 0.280 -0.062 N KIO 18 KIO C C10 C 0 1 Y N N 18.401 4.082 7.300 9.066 -0.502 -0.014 C KIO 19 KIO O O5 O 0 1 N N N 15.900 8.497 10.013 3.334 0.636 -0.688 O KIO 20 KIO C10 C11 C 0 1 N N N 16.965 11.205 12.970 -1.446 -0.569 -0.834 C10 KIO 21 KIO C11 C12 C 0 1 Y N N 18.344 11.482 12.848 -2.388 -1.628 -0.602 C11 KIO 22 KIO C12 C13 C 0 1 Y N N 20.218 12.396 12.383 -3.206 -3.614 -0.268 C12 KIO 23 KIO C13 C14 C 0 1 Y N N 21.297 13.178 11.925 -3.480 -4.981 -0.072 C13 KIO 24 KIO C14 C15 C 0 1 Y N N 22.697 11.504 12.704 -5.727 -4.472 0.068 C14 KIO 25 KIO C15 C16 C 0 1 Y N N 20.532 11.186 12.986 -4.287 -2.715 -0.284 C15 KIO 26 KIO C16 C17 C 0 1 N N R 19.165 9.262 13.867 -4.488 -0.214 -0.616 C16 KIO 27 KIO C17 C18 C 0 1 N N R 18.446 7.136 13.476 -4.744 1.736 0.643 C17 KIO 28 KIO C18 C19 C 0 1 N N N 17.659 6.288 12.491 -4.230 2.248 1.987 C18 KIO 29 KIO C19 C20 C 0 1 N N N 15.486 5.320 13.061 -3.135 4.069 0.844 C19 KIO 30 KIO C20 C21 C 0 1 N N N 13.981 5.518 13.077 -1.942 4.950 0.573 C20 KIO 31 KIO C21 C22 C 0 1 N N N 13.014 7.742 13.156 -0.346 3.670 -0.683 C21 KIO 32 KIO C22 C23 C 0 1 N N N 12.749 9.015 12.373 0.301 3.224 -1.969 C22 KIO 33 KIO C23 C24 C 0 1 N N S 17.754 7.552 14.783 -6.051 0.952 0.847 C23 KIO 34 KIO C24 C25 C 0 1 N N R 18.076 9.060 14.924 -5.869 -0.352 0.047 C24 KIO 35 KIO C25 C26 C 0 1 N N S 15.465 10.196 8.466 2.195 0.044 1.303 C25 KIO 36 KIO C26 C27 C 0 1 N N R 16.755 9.500 8.015 3.654 -0.458 1.388 C26 KIO 37 KIO N10 N6 N 0 1 Y N N 19.322 10.594 13.287 -3.747 -1.470 -0.502 N10 KIO 38 KIO N11 N7 N 0 1 N N N 16.210 6.353 12.635 -3.018 3.065 1.759 N11 KIO 39 KIO N12 N8 N 0 1 N N N 13.538 6.744 12.447 -1.371 4.576 -0.745 N12 KIO 40 KIO N5 N9 N 0 1 N N N 13.997 9.635 11.938 0.921 1.907 -1.774 N5 KIO 41 KIO N6 N10 N 0 1 Y N N 18.838 12.579 12.306 -2.078 -2.895 -0.458 N6 KIO 42 KIO N7 N11 N 0 1 N N N 21.155 14.365 11.318 -2.457 -5.913 -0.050 N7 KIO 43 KIO N8 N12 N 0 1 Y N N 22.547 12.690 12.101 -4.745 -5.354 0.090 N8 KIO 44 KIO N9 N13 N 0 1 Y N N 21.757 10.685 13.184 -5.517 -3.184 -0.109 N9 KIO 45 KIO O2 O6 O 0 1 N N N 15.984 4.260 13.433 -4.181 4.251 0.258 O2 KIO 46 KIO O6 O7 O 0 1 N N N 15.544 11.603 8.257 1.286 -0.982 1.706 O6 KIO 47 KIO O7 O8 O 0 1 N N N 17.868 10.385 8.022 3.693 -1.811 1.846 O7 KIO 48 KIO H1 H1 H 0 1 N N N 13.561 10.888 10.306 0.165 1.460 0.135 H1 KIO 49 KIO H2 H2 H 0 1 N N N 13.381 9.128 9.992 1.624 2.480 0.121 H2 KIO 50 KIO H3 H3 H 0 1 N N N 13.850 11.682 12.314 0.784 0.128 -2.882 H3 KIO 51 KIO H4 H4 H 0 1 N N N 13.971 10.635 13.769 -0.536 1.290 -3.155 H4 KIO 52 KIO H5 H5 H 0 1 N N N 21.021 5.425 8.719 8.184 -3.649 0.210 H5 KIO 53 KIO H6 H6 H 0 1 N N N 17.868 9.252 16.861 -7.781 -0.564 -0.584 H6 KIO 54 KIO H7 H7 H 0 1 N N N 17.908 8.513 9.537 4.056 -1.322 -0.571 H7 KIO 55 KIO H8 H8 H 0 1 N N N 16.049 10.531 10.519 1.555 -0.461 -0.718 H8 KIO 56 KIO H9 H9 H 0 1 N N N 14.850 6.868 7.773 5.399 2.218 -0.245 H9 KIO 57 KIO H10 H10 H 0 1 N N N 17.897 7.027 16.662 -8.012 1.250 0.438 H10 KIO 58 KIO H11 H11 H 0 1 N N N 18.927 2.430 6.472 10.131 1.244 -0.134 H11 KIO 59 KIO H12 H12 H 0 1 N N N 17.403 2.459 7.058 11.082 -0.137 -0.024 H12 KIO 60 KIO H13 H13 H 0 1 N N N 23.716 11.163 12.818 -6.741 -4.819 0.199 H13 KIO 61 KIO H14 H14 H 0 1 N N N 20.123 8.970 14.322 -4.610 0.051 -1.667 H14 KIO 62 KIO H15 H15 H 0 1 N N N 19.348 6.569 13.751 -4.916 2.572 -0.035 H15 KIO 63 KIO H16 H16 H 0 1 N N N 17.967 5.240 12.622 -4.997 2.858 2.463 H16 KIO 64 KIO H17 H17 H 0 1 N N N 17.915 6.621 11.475 -3.984 1.402 2.629 H17 KIO 65 KIO H18 H18 H 0 1 N N N 13.645 5.527 14.124 -2.254 5.994 0.555 H18 KIO 66 KIO H19 H19 H 0 1 N N N 13.516 4.672 12.550 -1.195 4.804 1.354 H19 KIO 67 KIO H20 H20 H 0 1 N N N 12.200 9.722 13.012 -0.455 3.158 -2.752 H20 KIO 68 KIO H21 H21 H 0 1 N N N 12.141 8.773 11.489 1.064 3.946 -2.260 H21 KIO 69 KIO H22 H22 H 0 1 N N N 16.667 7.406 14.700 -6.198 0.731 1.904 H22 KIO 70 KIO H23 H23 H 0 1 N N N 17.187 9.654 14.664 -5.884 -1.213 0.716 H23 KIO 71 KIO H24 H24 H 0 1 N N N 14.602 9.760 7.941 2.061 0.934 1.917 H24 KIO 72 KIO H25 H25 H 0 1 N N N 16.605 9.061 7.018 4.241 0.183 2.046 H25 KIO 73 KIO H26 H26 H 0 1 N N N 15.742 7.206 12.405 -2.189 2.896 2.233 H26 KIO 74 KIO H27 H27 H 0 1 N N N 13.628 6.844 11.456 -1.697 4.944 -1.581 H27 KIO 75 KIO H29 H29 H 0 1 N N N 22.056 14.726 11.075 -2.660 -6.852 0.086 H29 KIO 76 KIO H30 H30 H 0 1 N N N 20.607 14.252 10.489 -1.538 -5.627 -0.169 H30 KIO 77 KIO H31 H31 H 0 1 N N N 14.736 12.012 8.543 1.364 -1.234 2.637 H31 KIO 78 KIO H32 H32 H 0 1 N N N 18.646 9.919 7.738 3.325 -1.938 2.731 H32 KIO 79 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal KIO N C SING N N 1 KIO C C3 DOUB Y N 2 KIO C N1 SING Y N 3 KIO N3 C3 SING Y N 4 KIO N3 C4 DOUB Y N 5 KIO C3 C2 SING Y N 6 KIO N1 C1 DOUB Y N 7 KIO C4 N4 SING Y N 8 KIO C26 O7 SING N N 9 KIO C26 C25 SING N N 10 KIO C26 C5 SING N N 11 KIO O6 C25 SING N N 12 KIO C2 N4 SING Y N 13 KIO C2 N2 DOUB Y N 14 KIO C1 N2 SING Y N 15 KIO N4 C5 SING N N 16 KIO C25 C6 SING N N 17 KIO C5 O SING N N 18 KIO C6 O SING N N 19 KIO C6 C7 SING N N 20 KIO C7 N5 SING N N 21 KIO N7 C13 SING N N 22 KIO C13 N8 DOUB Y N 23 KIO C13 C12 SING Y N 24 KIO N5 C22 SING N N 25 KIO N5 C8 SING N N 26 KIO N8 C14 SING Y N 27 KIO N6 C12 SING Y N 28 KIO N6 C11 DOUB Y N 29 KIO C22 C21 SING N N 30 KIO C12 C15 DOUB Y N 31 KIO N12 C20 SING N N 32 KIO N12 C21 SING N N 33 KIO C18 N11 SING N N 34 KIO C18 C17 SING N N 35 KIO N11 C19 SING N N 36 KIO C14 N9 DOUB Y N 37 KIO C8 C9 SING N N 38 KIO C9 C10 TRIP N N 39 KIO O1 C17 SING N N 40 KIO O1 C16 SING N N 41 KIO C11 C10 SING N N 42 KIO C11 N10 SING Y N 43 KIO C15 N9 SING Y N 44 KIO C15 N10 SING Y N 45 KIO C19 C20 SING N N 46 KIO C19 O2 DOUB N N 47 KIO C21 O3 DOUB N N 48 KIO N10 C16 SING N N 49 KIO C17 C23 SING N N 50 KIO C16 C24 SING N N 51 KIO C23 C24 SING N N 52 KIO C23 O4 SING N N 53 KIO C24 O5 SING N N 54 KIO C7 H1 SING N N 55 KIO C7 H2 SING N N 56 KIO C8 H3 SING N N 57 KIO C8 H4 SING N N 58 KIO C1 H5 SING N N 59 KIO O5 H6 SING N N 60 KIO C5 H7 SING N N 61 KIO C6 H8 SING N N 62 KIO C4 H9 SING N N 63 KIO O4 H10 SING N N 64 KIO N H11 SING N N 65 KIO N H12 SING N N 66 KIO C14 H13 SING N N 67 KIO C16 H14 SING N N 68 KIO C17 H15 SING N N 69 KIO C18 H16 SING N N 70 KIO C18 H17 SING N N 71 KIO C20 H18 SING N N 72 KIO C20 H19 SING N N 73 KIO C22 H20 SING N N 74 KIO C22 H21 SING N N 75 KIO C23 H22 SING N N 76 KIO C24 H23 SING N N 77 KIO C25 H24 SING N N 78 KIO C26 H25 SING N N 79 KIO N11 H26 SING N N 80 KIO N12 H27 SING N N 81 KIO N7 H29 SING N N 82 KIO N7 H30 SING N N 83 KIO O6 H31 SING N N 84 KIO O7 H32 SING N N 85 # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor KIO InChI InChI 1.06 "InChI=1S/C27H31N13O8/c28-22-16-24(34-8-32-22)39(10-36-16)26-20(45)19(44)12(48-26)6-38-3-1-2-13-37-17-23(29)33-9-35-25(17)40(13)27-21(46)18(43)11(47-27)4-30-14(41)5-31-15(42)7-38/h8-12,18-21,26-27,43-46H,3-7H2,(H,30,41)(H,31,42)(H2,28,32,34)(H2,29,33,35)/t11-,12-,18-,19-,20-,21-,26-,27-/m1/s1" KIO InChIKey InChI 1.06 PTXCAMBXJMFPQL-WNZAMUCISA-N KIO SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "Nc1ncnc2n(cnc12)[C@@H]3O[C@H](CN4CC#Cc5nc6c(N)ncnc6n5[C@@H]7O[C@H](CNC(=O)CNC(=O)C4)[C@@H](O)[C@H]7O)[C@@H](O)[C@H]3O" KIO SMILES CACTVS 3.385 "Nc1ncnc2n(cnc12)[CH]3O[CH](CN4CC#Cc5nc6c(N)ncnc6n5[CH]7O[CH](CNC(=O)CNC(=O)C4)[CH](O)[CH]7O)[CH](O)[CH]3O" KIO SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "c1nc(c2c(n1)n(cn2)[C@H]3[C@@H]([C@@H]([C@H](O3)CN4CC#Cc5nc6c(ncnc6n5[C@H]7[C@@H]([C@@H]([C@H](O7)CNC(=O)CNC(=O)C4)O)O)N)O)O)N" KIO SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "c1nc(c2c(n1)n(cn2)C3C(C(C(O3)CN4CC#Cc5nc6c(ncnc6n5C7C(C(C(O7)CNC(=O)CNC(=O)C4)O)O)N)O)O)N" # _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id KIO _pdbx_chem_comp_identifier.type "SYSTEMATIC NAME" _pdbx_chem_comp_identifier.program "OpenEye OEToolkits" _pdbx_chem_comp_identifier.program_version 3.1.0.0 _pdbx_chem_comp_identifier.identifier "(1~{R},22~{R},23~{S},24~{R})-14-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl]-7-azanyl-23,24-bis(oxidanyl)-25-oxa-2,4,6,9,14,17,20-heptazatetracyclo[20.2.1.0^{2,10}.0^{3,8}]pentacosa-3(8),4,6,9-tetraen-11-yne-16,19-dione" # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site KIO "Create component" 2022-05-25 PDBE KIO "Modify descriptor" 2022-08-22 RCSB KIO "Initial release" 2023-01-11 RCSB #