data_LLE # _chem_comp.id LLE _chem_comp.name "(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-~{N}-[3-oxidanylidene-3-[2-[(1~{R},4~{Z},6~{Z},8~{Z})-1,5,7,9-tetrakis(oxidanyl)-3,11-bis(oxidanylidene)dodeca-4,6,8-trienyl]sulfanylethylamino]propyl]-4-[tris(oxidanyl)-$l^{5}-phosphanyl]oxy-butanamide" _chem_comp.type NON-POLYMER _chem_comp.pdbx_type HETAIN _chem_comp.formula "C23 H39 N2 O13 P S" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ? _chem_comp.pdbx_synonyms ? _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2019-08-22 _chem_comp.pdbx_modified_date 2020-05-22 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 614.600 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code LLE _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag Y _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 6SMP _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site PDBE # # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal LLE C4 C1 C 0 1 N N N 14.698 -17.697 18.633 14.040 -0.683 0.273 C4 LLE 1 LLE C5 C2 C 0 1 N N N 15.639 -17.338 17.553 12.692 -0.204 -0.201 C5 LLE 2 LLE C6 C3 C 0 1 N N N 16.780 -17.960 17.510 11.602 -0.395 0.565 C6 LLE 3 LLE C7 C4 C 0 1 N N N 17.678 -17.600 16.432 10.311 -0.336 -0.013 C7 LLE 4 LLE C8 C5 C 0 1 N N N 18.900 -17.901 16.666 9.202 -0.167 0.792 C8 LLE 5 LLE C10 C6 C 0 1 N N N 22.855 -20.011 16.067 4.429 0.915 1.337 C10 LLE 6 LLE C13 C7 C 0 1 N N N 14.220 -15.610 20.004 15.610 -2.753 0.025 C13 LLE 7 LLE C28 C8 C 0 1 N N N 19.238 -29.836 9.883 -9.811 -0.560 -0.407 C28 LLE 8 LLE O25 O1 O 0 1 N N N 19.534 -32.681 8.623 -8.669 -3.248 0.789 O25 LLE 9 LLE P24 P1 P 0 1 N N N 18.300 -32.064 9.091 -10.342 -2.996 0.479 P24 LLE 10 LLE O26 O2 O 0 1 N N N 17.613 -33.039 9.919 -10.546 -2.386 2.074 O26 LLE 11 LLE O27 O3 O 0 1 N N N 18.436 -30.937 10.131 -9.943 -1.926 -0.807 O27 LLE 12 LLE C29 C9 C 0 1 N N N 20.127 -29.581 11.067 -9.457 0.296 -1.624 C29 LLE 13 LLE C30 C10 C 0 1 N N N 19.490 -28.518 11.914 -8.135 -0.189 -2.221 C30 LLE 14 LLE C31 C11 C 0 1 N N N 20.369 -30.805 11.911 -10.565 0.176 -2.672 C31 LLE 15 LLE C32 C12 C 0 1 N N R 21.383 -29.082 10.439 -9.317 1.758 -1.195 C32 LLE 16 LLE O33 O4 O 0 1 N N N 20.987 -27.870 9.839 -10.526 2.189 -0.569 O33 LLE 17 LLE C34 C13 C 0 1 N N N 22.508 -28.901 11.390 -8.173 1.889 -0.223 C34 LLE 18 LLE O35 O5 O 0 1 N N N 22.891 -29.838 12.027 -8.395 2.110 0.949 O35 LLE 19 LLE N36 N1 N 0 1 N N N 23.074 -27.718 11.441 -6.903 1.762 -0.655 N36 LLE 20 LLE C37 C14 C 0 1 N N N 24.190 -27.423 12.302 -5.797 1.775 0.306 C37 LLE 21 LLE C38 C15 C 0 1 N N N 24.130 -26.015 12.872 -4.471 1.614 -0.440 C38 LLE 22 LLE C39 C16 C 0 1 N N N 25.397 -25.708 13.612 -3.333 1.628 0.548 C39 LLE 23 LLE O40 O6 O 0 1 N N N 26.037 -26.610 14.082 -3.561 1.754 1.733 O40 LLE 24 LLE N41 N2 N 0 1 N N N 25.758 -24.440 13.715 -2.063 1.500 0.116 N41 LLE 25 LLE C42 C17 C 0 1 N N N 26.116 -23.810 14.973 -0.958 1.514 1.077 C42 LLE 26 LLE C12 C18 C 0 1 N N N 25.027 -23.154 15.821 0.368 1.353 0.331 C12 LLE 27 LLE S44 S1 S 0 1 N N N 24.242 -21.888 14.904 1.738 1.370 1.520 S44 LLE 28 LLE C11 C19 C 0 1 N N R 24.164 -20.182 15.407 3.199 1.171 0.464 C11 LLE 29 LLE O19 O7 O 0 1 N N N 24.301 -19.398 14.211 3.398 2.360 -0.303 O19 LLE 30 LLE C3 C20 C 0 1 N N N 22.100 -18.872 15.508 5.618 0.628 0.458 C3 LLE 31 LLE O23 O8 O 0 1 N N N 22.471 -18.198 14.588 5.494 0.628 -0.753 O23 LLE 32 LLE C2 C21 C 0 1 N N N 20.863 -18.695 16.138 6.854 0.364 1.028 C2 LLE 33 LLE C9 C22 C 0 1 N N N 20.058 -17.748 15.833 7.953 0.099 0.216 C9 LLE 34 LLE O20 O9 O 0 1 N N N 20.328 -16.851 14.925 7.815 0.099 -1.131 O20 LLE 35 LLE O21 O10 O 0 1 N N N 17.271 -16.994 15.342 10.165 -0.447 -1.353 O21 LLE 36 LLE O22 O11 O 0 1 N N N 15.348 -16.421 16.654 12.578 0.415 -1.395 O22 LLE 37 LLE C43 C23 C 0 1 N N N 13.894 -16.472 18.837 14.318 -2.049 -0.299 C43 LLE 38 LLE O24 O12 O 0 1 N N N 13.037 -16.226 18.027 13.505 -2.579 -1.019 O24 LLE 39 LLE H1 H1 H 0 1 N N N 14.057 -18.538 18.329 14.810 0.014 -0.058 H1 LLE 40 LLE H2 H2 H 0 1 N N N 15.242 -17.964 19.551 14.043 -0.738 1.362 H2 LLE 41 LLE H3 H3 H 0 1 N N N 17.045 -18.708 18.242 11.713 -0.592 1.622 H3 LLE 42 LLE H4 H4 H 0 1 N N N 19.088 -18.336 17.637 9.297 -0.240 1.865 H4 LLE 43 LLE H5 H5 H 0 1 N N N 22.265 -20.930 15.930 4.631 1.796 1.946 H5 LLE 44 LLE H6 H6 H 0 1 N N N 23.018 -19.836 17.141 4.242 0.060 1.987 H6 LLE 45 LLE H7 H7 H 0 1 N N N 13.562 -14.729 20.005 15.683 -2.900 1.103 H7 LLE 46 LLE H8 H8 H 0 1 N N N 14.071 -16.179 20.933 15.632 -3.721 -0.475 H8 LLE 47 LLE H9 H9 H 0 1 N N N 15.269 -15.285 19.938 16.450 -2.148 -0.317 H9 LLE 48 LLE H10 H10 H 0 1 N N N 19.858 -30.028 8.995 -10.753 -0.214 0.019 H10 LLE 49 LLE H11 H11 H 0 1 N N N 18.604 -28.955 9.705 -9.022 -0.474 0.340 H11 LLE 50 LLE H12 H12 H 0 1 N N N 20.009 -32.066 8.076 -8.182 -3.618 0.041 H12 LLE 51 LLE H13 H13 H 0 1 N N N 16.801 -32.666 10.241 -11.452 -2.117 2.279 H13 LLE 52 LLE H14 H14 H 0 1 N N N 20.126 -28.315 12.788 -8.266 -1.191 -2.629 H14 LLE 53 LLE H15 H15 H 0 1 N N N 19.376 -27.598 11.323 -7.825 0.489 -3.017 H15 LLE 54 LLE H16 H16 H 0 1 N N N 18.501 -28.862 12.252 -7.371 -0.210 -1.444 H16 LLE 55 LLE H17 H17 H 0 1 N N N 21.025 -30.545 12.755 -11.487 0.601 -2.276 H17 LLE 56 LLE H18 H18 H 0 1 N N N 19.409 -31.181 12.295 -10.273 0.716 -3.573 H18 LLE 57 LLE H19 H19 H 0 1 N N N 20.850 -31.583 11.299 -10.723 -0.875 -2.914 H19 LLE 58 LLE H20 H20 H 0 1 N N N 21.692 -29.796 9.661 -9.121 2.377 -2.072 H20 LLE 59 LLE H21 H21 H 0 1 N N N 21.733 -27.472 9.407 -10.763 1.682 0.220 H21 LLE 60 LLE H22 H22 H 0 1 N N N 22.715 -26.990 10.857 -6.721 1.661 -1.603 H22 LLE 61 LLE H23 H23 H 0 1 N N N 24.192 -28.141 13.135 -5.797 2.722 0.846 H23 LLE 62 LLE H24 H24 H 0 1 N N N 25.120 -27.530 11.724 -5.919 0.953 1.012 H24 LLE 63 LLE H25 H25 H 0 1 N N N 24.004 -25.294 12.051 -4.471 0.668 -0.981 H25 LLE 64 LLE H26 H26 H 0 1 N N N 23.277 -25.937 13.562 -4.349 2.436 -1.146 H26 LLE 65 LLE H27 H27 H 0 1 N N N 25.786 -23.886 12.883 -1.881 1.399 -0.832 H27 LLE 66 LLE H28 H28 H 0 1 N N N 26.585 -24.585 15.597 -0.958 2.460 1.617 H28 LLE 67 LLE H29 H29 H 0 1 N N N 26.855 -23.029 14.741 -1.079 0.692 1.782 H29 LLE 68 LLE H30 H30 H 0 1 N N N 25.480 -22.722 16.726 0.368 0.407 -0.210 H30 LLE 69 LLE H31 H31 H 0 1 N N N 24.283 -23.911 16.109 0.490 2.175 -0.375 H31 LLE 70 LLE H32 H32 H 0 1 N N N 24.992 -20.006 16.110 3.049 0.326 -0.208 H32 LLE 71 LLE H33 H33 H 0 1 N N N 23.585 -18.776 14.156 3.538 3.153 0.231 H33 LLE 72 LLE H34 H34 H 0 1 N N N 20.575 -19.388 16.915 6.964 0.365 2.103 H34 LLE 73 LLE H35 H35 H 0 1 N N N 21.167 -17.047 14.525 8.649 0.001 -1.611 H35 LLE 74 LLE H36 H36 H 0 1 N N N 16.330 -16.871 15.380 10.985 -0.651 -1.823 H36 LLE 75 LLE H37 H37 H 0 1 N N N 14.484 -16.067 16.830 11.700 0.783 -1.564 H37 LLE 76 LLE O1 O13 O 0 1 N Y N 17.424 -31.679 7.871 -10.537 -4.677 0.169 O1 LLE 77 LLE H39 H39 H 0 1 N N N 16.618 -31.276 8.173 -10.761 -5.198 0.953 H39 LLE 78 LLE H38 H38 H 0 1 N N N ? ? ? -11.772 -2.781 0.214 H38 LLE 79 # # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal LLE O25 P24 SING N N 1 LLE P24 O26 SING N N 2 LLE P24 O27 SING N N 3 LLE O33 C32 SING N N 4 LLE C28 O27 SING N N 5 LLE C28 C29 SING N N 6 LLE C32 C29 SING N N 7 LLE C32 C34 SING N N 8 LLE C29 C31 SING N N 9 LLE C29 C30 SING N N 10 LLE C34 N36 SING N N 11 LLE C34 O35 DOUB N N 12 LLE N36 C37 SING N N 13 LLE C37 C38 SING N N 14 LLE C38 C39 SING N N 15 LLE C39 N41 SING N N 16 LLE C39 O40 DOUB N N 17 LLE N41 C42 SING N N 18 LLE O19 C11 SING N N 19 LLE O23 C3 DOUB N N 20 LLE S44 C11 SING N N 21 LLE S44 C12 SING N N 22 LLE O20 C9 SING N N 23 LLE C42 C12 SING N N 24 LLE O21 C7 SING N N 25 LLE C11 C10 SING N N 26 LLE C3 C10 SING N N 27 LLE C3 C2 SING N N 28 LLE C9 C2 DOUB N Z 29 LLE C9 C8 SING N N 30 LLE C7 C8 DOUB N Z 31 LLE C7 C6 SING N N 32 LLE O22 C5 SING N N 33 LLE C6 C5 DOUB N Z 34 LLE C5 C4 SING N N 35 LLE O24 C43 DOUB N N 36 LLE C4 C43 SING N N 37 LLE C43 C13 SING N N 38 LLE C4 H1 SING N N 39 LLE C4 H2 SING N N 40 LLE C6 H3 SING N N 41 LLE C8 H4 SING N N 42 LLE C10 H5 SING N N 43 LLE C10 H6 SING N N 44 LLE C13 H7 SING N N 45 LLE C13 H8 SING N N 46 LLE C13 H9 SING N N 47 LLE C28 H10 SING N N 48 LLE C28 H11 SING N N 49 LLE O25 H12 SING N N 50 LLE O26 H13 SING N N 51 LLE C30 H14 SING N N 52 LLE C30 H15 SING N N 53 LLE C30 H16 SING N N 54 LLE C31 H17 SING N N 55 LLE C31 H18 SING N N 56 LLE C31 H19 SING N N 57 LLE C32 H20 SING N N 58 LLE O33 H21 SING N N 59 LLE N36 H22 SING N N 60 LLE C37 H23 SING N N 61 LLE C37 H24 SING N N 62 LLE C38 H25 SING N N 63 LLE C38 H26 SING N N 64 LLE N41 H27 SING N N 65 LLE C42 H28 SING N N 66 LLE C42 H29 SING N N 67 LLE C12 H30 SING N N 68 LLE C12 H31 SING N N 69 LLE C11 H32 SING N N 70 LLE O19 H33 SING N N 71 LLE C2 H34 SING N N 72 LLE O20 H35 SING N N 73 LLE O21 H36 SING N N 74 LLE O22 H37 SING N N 75 LLE P24 O1 SING N N 76 LLE O1 H39 SING N N 77 LLE P24 H38 SING N N 78 # # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor LLE InChI InChI 1.03 "InChI=1S/C23H39N2O13PS/c1-14(26)8-15(27)9-16(28)10-17(29)11-18(30)12-20(32)40-7-6-24-19(31)4-5-25-22(34)21(33)23(2,3)13-38-39(35,36)37/h9-11,20-21,27-29,32-33,35-37,39H,4-8,12-13H2,1-3H3,(H,24,31)(H,25,34)/b15-9-,16-10-,17-11-/t20-,21+/m1/s1" LLE InChIKey InChI 1.03 FQZZDEAQTCCCMT-XOXVVNQZSA-N LLE SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "CC(=O)C/C(O)=C/C(O)=C/C(O)=C/C(=O)C[C@H](O)SCCNC(=O)CCNC(=O)[C@H](O)C(C)(C)CO[PH](O)(O)O" LLE SMILES CACTVS 3.385 "CC(=O)CC(O)=CC(O)=CC(O)=CC(=O)C[CH](O)SCCNC(=O)CCNC(=O)[CH](O)C(C)(C)CO[PH](O)(O)O" LLE SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "CC(=O)C/C(=C/C(=C/C(=C/C(=O)C[C@H](O)SCCNC(=O)CCNC(=O)[C@@H](C(C)(C)COP(O)(O)O)O)/O)/O)/O" LLE SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "CC(=O)CC(=CC(=CC(=CC(=O)CC(O)SCCNC(=O)CCNC(=O)C(C(C)(C)COP(O)(O)O)O)O)O)O" # _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id LLE _pdbx_chem_comp_identifier.type "SYSTEMATIC NAME" _pdbx_chem_comp_identifier.program "OpenEye OEToolkits" _pdbx_chem_comp_identifier.program_version 2.0.7 _pdbx_chem_comp_identifier.identifier "(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-~{N}-[3-oxidanylidene-3-[2-[(1~{R},4~{Z},6~{Z},8~{Z})-1,5,7,9-tetrakis(oxidanyl)-3,11-bis(oxidanylidene)dodeca-4,6,8-trienyl]sulfanylethylamino]propyl]-4-[tris(oxidanyl)-$l^{5}-phosphanyl]oxy-butanamide" # # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site LLE "Create component" 2019-08-22 PDBE LLE "Initial release" 2020-05-27 RCSB ##