data_M7G
#
_chem_comp.id M7G
_chem_comp.name "7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE"
_chem_comp.type NON-POLYMER
_chem_comp.pdbx_type HETAIN
_chem_comp.formula "C11 H18 N5 O11 P2"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ?
_chem_comp.pdbx_synonyms ?
_chem_comp.pdbx_formal_charge 1
_chem_comp.pdbx_initial_date 1999-07-08
_chem_comp.pdbx_modified_date 2024-02-21
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N
_chem_comp.pdbx_release_status REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by ?
_chem_comp.pdbx_replaces MDG
_chem_comp.formula_weight 458.235
_chem_comp.one_letter_code ?
_chem_comp.three_letter_code ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 1EJ1
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list ?
_chem_comp.pdbx_processing_site RCSB
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
M7G PA PA P 0 1 N N N N N N 4.418 11.773 14.326 -3.923 0.620 -0.367 PA M7G 1
M7G O1A O1A O 0 1 N N N N N N 4.950 11.847 12.934 -3.792 -0.038 -1.686 O1A M7G 2
M7G O2A O2A O 0 1 N N N N N N 4.818 10.458 14.881 -4.841 1.934 -0.512 O2A M7G 3
M7G O3A O3A O 0 1 N N N N N N 5.080 12.946 15.243 -4.606 -0.399 0.676 O3A M7G 4
M7G "O5'" "O5'" O 0 1 N N N N N N 2.779 11.869 14.344 -2.465 1.040 0.171 "O5'" M7G 5
M7G PB PB P 0 1 N N N N N N 4.651 14.509 15.233 -5.803 -1.471 0.571 PB M7G 6
M7G O1B O1B O 0 1 N N N N N N 4.732 15.083 13.864 -5.649 -2.263 -0.669 O1B M7G 7
M7G O2B O2B O 0 1 N N N N N N 5.611 15.230 16.108 -5.757 -2.454 1.845 O2B M7G 8
M7G O3B O3B O 0 1 N N N N N N 3.265 14.672 15.747 -7.215 -0.697 0.541 O3B M7G 9
M7G "C5'" "C5'" C 0 1 N N N N N N 2.039 12.541 13.352 -1.562 1.854 -0.581 "C5'" M7G 10
M7G "C4'" "C4'" C 0 1 N N R N N N 0.814 11.828 12.892 -0.274 2.059 0.218 "C4'" M7G 11
M7G "O4'" "O4'" O 0 1 N N N N N N 1.216 10.800 11.925 0.421 0.809 0.356 "O4'" M7G 12
M7G "C3'" "C3'" C 0 1 N N S N N N 0.143 10.948 13.900 0.662 3.023 -0.537 "C3'" M7G 13
M7G "O3'" "O3'" O 0 1 N N N N N N -0.626 11.721 14.854 0.933 4.181 0.255 "O3'" M7G 14
M7G "C2'" "C2'" C 0 1 N N R N N N -0.812 10.162 12.968 1.957 2.201 -0.754 "C2'" M7G 15
M7G "O2'" "O2'" O 0 1 N N N N N N -1.840 11.016 12.387 3.115 3.009 -0.538 "O2'" M7G 16
M7G "C1'" "C1'" C 0 1 N N R N N N 0.231 9.736 11.939 1.833 1.107 0.336 "C1'" M7G 17
M7G N9 N9 N 0 1 Y N N N N N 1.103 8.581 12.346 2.606 -0.081 -0.036 N9 M7G 18
M7G C8 C8 C 0 1 Y N N N N N 2.255 8.468 13.018 2.147 -1.152 -0.747 C8 M7G 19
M7G N7 N7 N 1 1 Y N N N N N 2.546 7.200 13.107 3.101 -2.024 -0.895 N7 M7G 20
M7G CM7 CM7 C 0 1 N N N N N N 3.715 6.625 13.762 2.980 -3.300 -1.604 CM7 M7G 21
M7G C5 C5 C 0 1 Y N N N N N 1.539 6.346 12.451 4.225 -1.567 -0.291 C5 M7G 22
M7G C6 C6 C 0 1 N N N N N N 1.359 5.107 12.262 5.536 -2.076 -0.133 C6 M7G 23
M7G O6 O6 O 0 1 N N N N N N 2.153 4.183 12.691 5.846 -3.158 -0.601 O6 M7G 24
M7G N1 N1 N 0 1 N N N N N N 0.186 4.886 11.550 6.435 -1.332 0.548 N1 M7G 25
M7G C2 C2 C 0 1 N N N N N N -0.681 5.853 11.090 6.077 -0.123 1.066 C2 M7G 26
M7G N2 N2 N 0 1 N N N N N N -1.753 5.491 10.421 7.012 0.611 1.753 N2 M7G 27
M7G N3 N3 N 0 1 N N N N N N -0.476 7.133 11.294 4.863 0.361 0.927 N3 M7G 28
M7G C4 C4 C 0 1 Y N N N N N 0.663 7.369 12.000 3.921 -0.317 0.260 C4 M7G 29
M7G HOA2 HOA2 H 0 0 N N N N N N 5.313 9.976 14.229 -4.970 2.417 0.316 HOA2 M7G 30
M7G HOB2 HOB2 H 0 0 N N N N N N 6.063 15.895 15.602 -6.451 -3.127 1.849 HOB2 M7G 31
M7G HOB3 HOB3 H 0 0 N N N N N N 2.733 15.107 15.091 -7.384 -0.156 1.325 HOB3 M7G 32
M7G "H5'1" "H5'1" H 0 0 N N N N N N 1.734 13.518 13.756 -1.330 1.361 -1.525 "H5'1" M7G 33
M7G "H5'2" "H5'2" H 0 0 N N N N N N 2.694 12.692 12.481 -2.025 2.820 -0.780 "H5'2" M7G 34
M7G "H4'" "H4'" H 0 1 N N N N N N 0.094 12.532 12.448 -0.509 2.463 1.203 "H4'" M7G 35
M7G "H3'" "H3'" H 0 1 N N N N N N 0.859 10.271 14.389 0.225 3.309 -1.493 "H3'" M7G 36
M7G "HO3'" "HO3'" H 0 0 N N N N N N -1.038 11.135 15.478 1.518 4.822 -0.171 "HO3'" M7G 37
M7G "H2'" "H2'" H 0 1 N N N N N N -1.238 9.291 13.487 1.974 1.759 -1.750 "H2'" M7G 38
M7G "HO2'" "HO2'" H 0 0 N N N N N N -2.403 10.497 11.824 3.188 3.762 -1.140 "HO2'" M7G 39
M7G "H1'" "H1'" H 0 1 N N N N N N -0.225 9.572 10.952 2.159 1.490 1.303 "H1'" M7G 40
M7G H81 H81 H 0 1 N N N N N N 2.840 9.283 13.416 1.143 -1.260 -1.129 H81 M7G 41
M7G HM71 HM71 H 0 0 N N N N N N 3.685 5.529 13.672 3.234 -3.158 -2.655 HM71 M7G 42
M7G HM72 HM72 H 0 0 N N N N N N 4.629 7.007 13.283 3.661 -4.028 -1.162 HM72 M7G 43
M7G HM73 HM73 H 0 0 N N N N N N 3.714 6.905 14.826 1.956 -3.665 -1.524 HM73 M7G 44
M7G HN1 HN1 H 0 1 N N N N N N -0.051 3.935 11.353 7.340 -1.660 0.669 HN1 M7G 45
M7G HN21 HN21 H 0 0 N N N N N N -2.388 6.185 10.082 7.912 0.267 1.864 HN21 M7G 46
M7G HN22 HN22 H 0 0 N N N N N N -1.933 4.522 10.252 6.772 1.473 2.128 HN22 M7G 47
#
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
M7G PA O1A DOUB N N 1
M7G PA O2A SING N N 2
M7G PA O3A SING N N 3
M7G PA "O5'" SING N N 4
M7G O2A HOA2 SING N N 5
M7G O3A PB SING N N 6
M7G "O5'" "C5'" SING N N 7
M7G PB O1B DOUB N N 8
M7G PB O2B SING N N 9
M7G PB O3B SING N N 10
M7G O2B HOB2 SING N N 11
M7G O3B HOB3 SING N N 12
M7G "C5'" "C4'" SING N N 13
M7G "C5'" "H5'1" SING N N 14
M7G "C5'" "H5'2" SING N N 15
M7G "C4'" "O4'" SING N N 16
M7G "C4'" "C3'" SING N N 17
M7G "C4'" "H4'" SING N N 18
M7G "O4'" "C1'" SING N N 19
M7G "C3'" "O3'" SING N N 20
M7G "C3'" "C2'" SING N N 21
M7G "C3'" "H3'" SING N N 22
M7G "O3'" "HO3'" SING N N 23
M7G "C2'" "O2'" SING N N 24
M7G "C2'" "C1'" SING N N 25
M7G "C2'" "H2'" SING N N 26
M7G "O2'" "HO2'" SING N N 27
M7G "C1'" N9 SING N N 28
M7G "C1'" "H1'" SING N N 29
M7G N9 C8 SING Y N 30
M7G N9 C4 SING Y N 31
M7G C8 N7 DOUB Y N 32
M7G C8 H81 SING N N 33
M7G N7 CM7 SING N N 34
M7G N7 C5 SING Y N 35
M7G CM7 HM71 SING N N 36
M7G CM7 HM72 SING N N 37
M7G CM7 HM73 SING N N 38
M7G C5 C6 SING N N 39
M7G C5 C4 DOUB Y N 40
M7G C6 O6 DOUB N N 41
M7G C6 N1 SING N N 42
M7G N1 C2 SING N N 43
M7G N1 HN1 SING N N 44
M7G C2 N2 SING N N 45
M7G C2 N3 DOUB N N 46
M7G N2 HN21 SING N N 47
M7G N2 HN22 SING N N 48
M7G N3 C4 SING N N 49
#
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
M7G SMILES ACDLabs 12.01 "O=P(O)(O)OP(=O)(O)OCC1OC(n2c[n+](C)c3c2N=C(N)NC3=O)C(O)C1O"
M7G InChI InChI 1.06 "InChI=1S/C11H17N5O11P2/c1-15-3-16(8-5(15)9(19)14-11(12)13-8)10-7(18)6(17)4(26-10)2-25-29(23,24)27-28(20,21)22/h3-4,6-7,10,17-18H,2H2,1H3,(H5-,12,13,14,19,20,21,22,23,24)/p+1/t4-,6-,7-,10-/m1/s1"
M7G InChIKey InChI 1.06 SBASPRRECYVBRF-KQYNXXCUSA-O
M7G SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "C[n+]1cn([C@@H]2O[C@H](CO[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]2O)c3N=C(N)NC(=O)c13"
M7G SMILES CACTVS 3.385 "C[n+]1cn([CH]2O[CH](CO[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)[CH](O)[CH]2O)c3N=C(N)NC(=O)c13"
M7G SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "C[n+]1cn(c2c1C(=O)NC(=N2)N)[C@H]3[C@@H]([C@@H]([C@H](O3)CO[P@](=O)(O)OP(=O)(O)O)O)O"
M7G SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "C[n+]1cn(c2c1C(=O)NC(=N2)N)C3C(C(C(O3)COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)O)O"
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
M7G "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 12.01
;7-methylguanosine 5'-(trihydrogen diphosphate)
;
M7G "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate"
#
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
M7G "Create component" 1999-07-08 RCSB
M7G "Modify descriptor" 2011-06-04 RCSB
M7G "Other modification" 2024-02-21 RCSB
#