data_MSG # _chem_comp.id MSG _chem_comp.name 7-METHYL-6-THIO-GUANOSINE _chem_comp.type NON-POLYMER _chem_comp.pdbx_type HETAIN _chem_comp.formula "C11 H15 N5 O4 S" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ? _chem_comp.pdbx_synonyms ? _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2005-02-10 _chem_comp.pdbx_modified_date 2011-06-04 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 313.333 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code MSG _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 1YRY _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site RCSB # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal MSG "O5'" O5* O 0 1 N N N 50.949 49.239 29.776 4.956 1.984 1.394 "O5'" MSG 1 MSG "C5'" C5* C 0 1 N N N 50.393 48.757 31.036 4.745 1.285 0.166 "C5'" MSG 2 MSG "C4'" C4* C 0 1 N N R 50.612 47.255 31.272 3.709 0.180 0.379 "C4'" MSG 3 MSG "O4'" O4* O 0 1 N N N 50.382 46.771 29.897 2.416 0.753 0.673 "O4'" MSG 4 MSG "C1'" C1* C 0 1 N N R 51.614 46.207 29.244 1.461 -0.286 0.369 "C1'" MSG 5 MSG N9 N9 N 0 1 Y N N 51.939 46.995 28.052 0.132 0.291 0.151 N9 MSG 6 MSG C8 C8 C 0 1 Y N N 51.083 47.847 27.417 -0.141 1.581 -0.197 C8 MSG 7 MSG N7 N7 N 1 1 Y N N 51.763 48.443 26.281 -1.427 1.750 -0.305 N7 MSG 8 MSG C1 C1 C 0 1 N N N 51.071 48.113 25.034 -2.089 3.006 -0.663 C1 MSG 9 MSG C5 C5 C 0 1 Y N N 53.043 47.882 26.310 -2.059 0.583 -0.029 C5 MSG 10 MSG C6 C6 C 0 1 Y N N 54.125 48.171 25.360 -3.404 0.174 0.004 C6 MSG 11 MSG S6 S6 S -1 1 N N N 54.069 49.301 23.954 -4.701 1.312 -0.355 S6 MSG 12 MSG N1 N1 N 0 1 Y N N 55.280 47.425 25.699 -3.677 -1.089 0.318 N1 MSG 13 MSG C2 C2 C 0 1 Y N N 55.386 46.535 26.774 -2.707 -1.953 0.590 C2 MSG 14 MSG N2 N2 N 0 1 N N N 56.640 45.825 27.005 -3.044 -3.257 0.911 N2 MSG 15 MSG N3 N3 N 0 1 Y N N 54.332 46.330 27.598 -1.429 -1.610 0.565 N3 MSG 16 MSG C4 C4 C 0 1 Y N N 53.194 47.018 27.334 -1.067 -0.368 0.262 C4 MSG 17 MSG "C2'" C2* C 0 1 N N R 52.719 46.191 30.295 1.983 -0.937 -0.931 "C2'" MSG 18 MSG "O2'" O2* O 0 1 N N N 53.168 44.804 30.438 1.767 -2.350 -0.913 "O2'" MSG 19 MSG "C3'" C3* C 0 1 N N S 52.083 46.789 31.633 3.497 -0.621 -0.925 "C3'" MSG 20 MSG "O3'" O3* O 0 1 N N N 52.112 45.750 32.699 4.262 -1.828 -0.900 "O3'" MSG 21 MSG "H5'" H5* H 0 1 N N N 50.814 50.168 29.630 5.615 2.669 1.216 "H5'" MSG 22 MSG "H5'1" 1H5* H 0 0 N N N 49.311 49.014 31.113 5.684 0.843 -0.167 "H5'1" MSG 23 MSG "H5'2" 2H5* H 0 0 N N N 50.787 49.352 31.893 4.383 1.982 -0.591 "H5'2" MSG 24 MSG "H4'" H4* H 0 1 N N N 49.986 46.901 32.124 4.022 -0.483 1.185 "H4'" MSG 25 MSG "H1'" H1* H 0 1 N N N 51.467 45.162 28.885 1.428 -1.020 1.174 "H1'" MSG 26 MSG H8 H8 H 0 1 N N N 50.047 48.020 27.755 0.600 2.350 -0.359 H8 MSG 27 MSG H11 1H1 H 0 1 N N N 49.995 48.401 25.070 -2.203 3.061 -1.746 H11 MSG 28 MSG H12 2H1 H 0 1 N N N 51.593 48.571 24.162 -3.070 3.048 -0.192 H12 MSG 29 MSG H13 3H1 H 0 1 N N N 50.945 47.012 24.910 -1.485 3.846 -0.319 H13 MSG 30 MSG HN21 1HN2 H 0 0 N N N 57.392 46.510 27.076 -2.348 -3.902 1.113 HN21 MSG 31 MSG HN22 2HN2 H 0 0 N N N 56.717 45.176 27.788 -3.976 -3.526 0.934 HN22 MSG 32 MSG "H2'" H2* H 0 1 N N N 53.610 46.805 30.026 1.503 -0.490 -1.801 "H2'" MSG 33 MSG H2 H2 H 0 1 N N N 53.856 44.794 31.093 2.167 -2.704 -1.718 H2 MSG 34 MSG "H3'" H3* H 0 1 N N N 52.656 47.662 32.025 3.766 -0.018 -1.792 "H3'" MSG 35 MSG H1 H1 H 0 1 N N N 52.994 45.471 32.915 5.191 -1.569 -0.835 H1 MSG 36 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal MSG "O5'" "C5'" SING N N 1 MSG "O5'" "H5'" SING N N 2 MSG "C5'" "C4'" SING N N 3 MSG "C5'" "H5'1" SING N N 4 MSG "C5'" "H5'2" SING N N 5 MSG "C4'" "O4'" SING N N 6 MSG "C4'" "C3'" SING N N 7 MSG "C4'" "H4'" SING N N 8 MSG "O4'" "C1'" SING N N 9 MSG "C1'" N9 SING N N 10 MSG "C1'" "C2'" SING N N 11 MSG "C1'" "H1'" SING N N 12 MSG N9 C8 SING Y N 13 MSG N9 C4 SING Y N 14 MSG C8 N7 DOUB Y N 15 MSG C8 H8 SING N N 16 MSG N7 C1 SING N N 17 MSG N7 C5 SING Y N 18 MSG C1 H11 SING N N 19 MSG C1 H12 SING N N 20 MSG C1 H13 SING N N 21 MSG C5 C6 SING Y N 22 MSG C5 C4 DOUB Y N 23 MSG C6 S6 SING N N 24 MSG C6 N1 DOUB Y N 25 MSG N1 C2 SING Y N 26 MSG C2 N2 SING N N 27 MSG C2 N3 DOUB Y N 28 MSG N2 HN21 SING N N 29 MSG N2 HN22 SING N N 30 MSG N3 C4 SING Y N 31 MSG "C2'" "O2'" SING N N 32 MSG "C2'" "C3'" SING N N 33 MSG "C2'" "H2'" SING N N 34 MSG "O2'" H2 SING N N 35 MSG "C3'" "O3'" SING N N 36 MSG "C3'" "H3'" SING N N 37 MSG "O3'" H1 SING N N 38 # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor MSG SMILES ACDLabs 10.04 "[S-]c3nc(nc1c3[n+](cn1C2OC(C(O)C2O)CO)C)N" MSG SMILES_CANONICAL CACTVS 3.341 "C[n+]1cn([C@@H]2O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]2O)c3nc(N)nc([S-])c13" MSG SMILES CACTVS 3.341 "C[n+]1cn([CH]2O[CH](CO)[CH](O)[CH]2O)c3nc(N)nc([S-])c13" MSG SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "C[n+]1cn(c2c1c(nc(n2)N)[S-])[C@H]3[C@@H]([C@@H]([C@H](O3)CO)O)O" MSG SMILES "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "C[n+]1cn(c2c1c(nc(n2)N)[S-])C3C(C(C(O3)CO)O)O" MSG InChI InChI 1.03 "InChI=1S/C11H15N5O4S/c1-15-3-16(8-5(15)9(21)14-11(12)13-8)10-7(19)6(18)4(2-17)20-10/h3-4,6-7,10,17-19H,2H2,1H3,(H2-,12,13,14,21)/t4-,6-,7-,10-/m1/s1" MSG InChIKey InChI 1.03 RFHIWBUKNJIBSE-KQYNXXCUSA-N # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier MSG "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 10.04 2-amino-7-methyl-9-beta-D-ribofuranosyl-9H-purin-7-ium-6-thiolate MSG "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "2-amino-9-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-7-methyl-purin-7-ium-6-thiolate" # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site MSG "Create component" 2005-02-10 RCSB MSG "Modify descriptor" 2011-06-04 RCSB #