data_N6E # _chem_comp.id N6E _chem_comp.name "N6-Methyladenosine 5'-triphosphate" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_type HETAIN _chem_comp.formula "C11 H18 N5 O13 P3" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ? _chem_comp.pdbx_synonyms ? _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2019-11-14 _chem_comp.pdbx_modified_date 2020-09-18 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 521.208 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code N6E _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 6TFE _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site PDBE # # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal N6E C1 C5 C 0 1 Y N N 22.934 -6.577 14.781 5.662 -1.534 -0.454 C1 N6E 1 N6E C2 C6 C 0 1 Y N N 23.486 -5.394 14.297 6.854 -2.232 -0.195 C2 N6E 2 N6E C3 C2 C 0 1 Y N N 21.647 -4.241 15.116 7.072 -1.056 1.780 C3 N6E 3 N6E C4 C4 C 0 1 Y N N 21.679 -6.513 15.438 5.235 -0.578 0.484 C4 N6E 4 N6E C5 C8 C 0 1 Y N N 22.269 -8.687 15.468 3.814 -0.677 -1.199 C5 N6E 5 N6E C6 C1* C 0 1 N N R 20.307 -8.153 16.493 3.247 0.982 0.615 C6 N6E 6 N6E C7 C2* C 0 1 N N R 19.443 -8.977 15.708 3.728 2.386 0.187 C7 N6E 7 N6E C8 C3* C 0 1 N N S 19.587 -10.348 16.163 2.425 3.204 0.048 C8 N6E 8 N6E C9 C4* C 0 1 N N R 19.881 -10.278 17.601 1.310 2.197 0.408 C9 N6E 9 N6E C10 C5* C 0 1 N N N 20.562 -11.475 18.114 0.080 2.426 -0.473 C10 N6E 10 N6E C11 CAA C 0 1 N N N 25.283 -4.123 13.039 8.571 -3.898 -0.798 C11 N6E 11 N6E N1 N1 N 0 1 Y N N 22.822 -4.267 14.474 7.516 -1.960 0.924 N1 N6E 12 N6E N2 N3 N 0 1 Y N N 21.109 -5.356 15.557 5.966 -0.373 1.575 N2 N6E 13 N6E N3 N6 N 0 1 N N N 24.779 -5.373 13.600 7.327 -3.180 -1.085 N3 N6E 14 N6E N4 N7 N 0 1 Y N N 23.311 -8.056 14.811 4.750 -1.544 -1.456 N4 N6E 15 N6E N5 N9 N 0 1 Y N N 21.455 -7.757 15.752 4.069 -0.055 -0.014 N5 N6E 16 N6E O1 O2* O 0 1 N N N 18.069 -8.521 15.944 4.571 2.954 1.192 O1 N6E 17 N6E O2 O3* O 0 1 N N N 18.348 -11.058 15.907 2.422 4.302 0.963 O2 N6E 18 N6E O3 O4* O 0 1 N N N 20.728 -8.990 17.775 1.885 0.899 0.142 O3 N6E 19 N6E O4 O5* O 0 1 N N N 19.939 -11.724 19.366 -0.978 1.565 -0.047 O4 N6E 20 N6E O5 OAU O 0 1 N N N 20.306 -14.136 20.222 -2.261 1.290 -2.203 O5 N6E 21 N6E O6 OAW O 0 1 N N N 20.185 -12.503 21.788 -3.156 2.956 -0.531 O6 N6E 22 N6E O7 OAX O 0 1 N N N 22.311 -12.574 20.408 -3.317 0.367 -0.105 O7 N6E 23 N6E O8 OAY O 0 1 N N N 22.933 -12.666 22.879 -4.191 -1.595 -1.621 O8 N6E 24 N6E O9 OBA O 0 1 N N N 24.595 -13.256 21.424 -5.562 0.491 -1.251 O9 N6E 25 N6E O10 OBB O 0 1 N N N 22.602 -14.910 21.677 -5.344 -1.107 0.690 O10 N6E 26 N6E O11 OBC O 0 1 N N N 22.350 -16.132 23.986 -7.895 -0.582 1.050 O11 N6E 27 N6E O12 OBE O 0 1 N N N 20.524 -16.271 22.540 -7.140 -2.652 -0.181 O12 N6E 28 N6E O13 OBF O 0 1 N N N 20.995 -14.293 23.634 -6.776 -2.597 2.316 O13 N6E 29 N6E P1 PAV P 0 1 N N N 20.673 -12.741 20.440 -2.425 1.539 -0.753 P1 N6E 30 N6E P2 PAZ P 0 1 N N N 23.149 -13.354 21.598 -4.624 -0.441 -0.586 P2 N6E 31 N6E P3 PBD P 0 1 N N N 21.637 -15.405 22.928 -6.796 -1.754 0.944 P3 N6E 32 N6E H1 H21 H 0 1 N N N 21.140 -3.300 15.272 7.642 -0.865 2.677 H1 N6E 33 N6E H2 H81 H 0 1 N N N 22.171 -9.739 15.690 2.962 -0.479 -1.833 H2 N6E 34 N6E H3 H1*1 H 0 1 N N N 19.760 -7.263 16.839 3.278 0.884 1.700 H3 N6E 35 N6E H4 H2*1 H 0 1 N N N 19.692 -8.898 14.639 4.253 2.336 -0.766 H4 N6E 36 N6E H5 H3*1 H 0 1 N N N 20.419 -10.836 15.635 2.303 3.558 -0.975 H5 N6E 37 N6E H6 H4*1 H 0 1 N N N 18.939 -10.140 18.152 1.044 2.286 1.462 H6 N6E 38 N6E H7 H5*2 H 0 1 N N N 20.420 -12.326 17.432 -0.240 3.465 -0.388 H7 N6E 39 N6E H8 H5*1 H 0 1 N N N 21.638 -11.285 18.245 0.331 2.207 -1.511 H8 N6E 40 N6E H9 HAA2 H 0 1 N N N 26.257 -4.302 12.560 9.391 -3.184 -0.713 H9 N6E 41 N6E H10 HAA1 H 0 1 N N N 24.571 -3.743 12.292 8.467 -4.445 0.140 H10 N6E 42 N6E H11 HAA3 H 0 1 N N N 25.401 -3.382 13.843 8.781 -4.599 -1.606 H11 N6E 43 N6E H12 H61 H 0 1 N N N 24.710 -6.023 12.843 6.834 -3.370 -1.898 H12 N6E 44 N6E H13 H2*2 H 0 1 N N N 17.977 -7.624 15.646 4.853 3.859 1.003 H13 N6E 45 N6E H14 H3*2 H 0 1 N N N 18.431 -11.957 16.201 3.140 4.935 0.820 H14 N6E 46 N6E H15 H1 H 0 1 N N N 19.783 -13.295 22.124 -3.296 3.185 0.398 H15 N6E 47 N6E H16 H2 H 0 1 N N N 23.766 -12.362 23.220 -3.575 -2.243 -1.253 H16 N6E 48 N6E H17 H3 H 0 1 N N N 21.917 -16.962 24.147 -7.733 0.045 1.768 H17 N6E 49 N6E H18 H4 H 0 1 N N N 20.055 -14.428 23.650 -7.620 -3.016 2.533 H18 N6E 50 # # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal N6E C11 N3 SING N N 1 N6E N3 C2 SING N N 2 N6E C2 N1 DOUB Y N 3 N6E C2 C1 SING Y N 4 N6E N1 C3 SING Y N 5 N6E C1 N4 SING Y N 6 N6E C1 C4 DOUB Y N 7 N6E N4 C5 DOUB Y N 8 N6E C3 N2 DOUB Y N 9 N6E C4 N2 SING Y N 10 N6E C4 N5 SING Y N 11 N6E C5 N5 SING Y N 12 N6E C7 O1 SING N N 13 N6E C7 C8 SING N N 14 N6E C7 C6 SING N N 15 N6E N5 C6 SING N N 16 N6E O2 C8 SING N N 17 N6E C8 C9 SING N N 18 N6E C6 O3 SING N N 19 N6E C9 O3 SING N N 20 N6E C9 C10 SING N N 21 N6E C10 O4 SING N N 22 N6E O4 P1 SING N N 23 N6E O5 P1 DOUB N N 24 N6E O7 P1 SING N N 25 N6E O7 P2 SING N N 26 N6E P1 O6 SING N N 27 N6E O9 P2 DOUB N N 28 N6E P2 O10 SING N N 29 N6E P2 O8 SING N N 30 N6E O10 P3 SING N N 31 N6E O12 P3 DOUB N N 32 N6E P3 O13 SING N N 33 N6E P3 O11 SING N N 34 N6E C3 H1 SING N N 35 N6E C5 H2 SING N N 36 N6E C6 H3 SING N N 37 N6E C7 H4 SING N N 38 N6E C8 H5 SING N N 39 N6E C9 H6 SING N N 40 N6E C10 H7 SING N N 41 N6E C10 H8 SING N N 42 N6E C11 H9 SING N N 43 N6E C11 H10 SING N N 44 N6E C11 H11 SING N N 45 N6E N3 H12 SING N N 46 N6E O1 H13 SING N N 47 N6E O2 H14 SING N N 48 N6E O6 H15 SING N N 49 N6E O8 H16 SING N N 50 N6E O11 H17 SING N N 51 N6E O13 H18 SING N N 52 # # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor N6E InChI InChI 1.03 "InChI=1S/C11H18N5O13P3/c1-12-9-6-10(14-3-13-9)16(4-15-6)11-8(18)7(17)5(27-11)2-26-31(22,23)29-32(24,25)28-30(19,20)21/h3-5,7-8,11,17-18H,2H2,1H3,(H,22,23)(H,24,25)(H,12,13,14)(H2,19,20,21)/t5-,7-,8-,11-/m1/s1" N6E InChIKey InChI 1.03 LCQWKKZWHQFOAH-IOSLPCCCSA-N N6E SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "CNc1ncnc2n(cnc12)[C@@H]3O[C@H](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]3O" N6E SMILES CACTVS 3.385 "CNc1ncnc2n(cnc12)[CH]3O[CH](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)[CH](O)[CH]3O" N6E SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "CNc1c2c(ncn1)n(cn2)[C@H]3[C@@H]([C@@H]([C@H](O3)COP(=O)(O)OP(=O)(O)OP(=O)(O)O)O)O" N6E SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "CNc1c2c(ncn1)n(cn2)C3C(C(C(O3)COP(=O)(O)OP(=O)(O)OP(=O)(O)O)O)O" # _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id N6E _pdbx_chem_comp_identifier.type "SYSTEMATIC NAME" _pdbx_chem_comp_identifier.program "OpenEye OEToolkits" _pdbx_chem_comp_identifier.program_version 2.0.7 _pdbx_chem_comp_identifier.identifier "[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[6-(methylamino)purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate" # # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site N6E "Create component" 2019-11-14 PDBE N6E "Initial release" 2020-09-23 RCSB ##