data_NGA # _chem_comp.id NGA _chem_comp.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose _chem_comp.type "D-saccharide, beta linking" _chem_comp.pdbx_type ATOMS _chem_comp.formula "C8 H15 N O6" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ? _chem_comp.pdbx_synonyms ;N-acetyl-beta-D-galactosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose; 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose; 2-acetamido-2-deoxy-galactose; N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE ; _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 1999-07-08 _chem_comp.pdbx_modified_date 2024-09-27 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 221.208 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code NGA _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 3CHB _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site RCSB _chem_comp.pdbx_pcm Y # loop_ _pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal _pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id _pdbx_chem_comp_synonyms.name _pdbx_chem_comp_synonyms.provenance _pdbx_chem_comp_synonyms.type 1 NGA N-acetyl-beta-D-galactosamine PDB ? 2 NGA 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose PDB ? 3 NGA 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose PDB ? 4 NGA 2-acetamido-2-deoxy-galactose PDB ? 5 NGA N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE PDB ? # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal NGA C1 C1 C 0 1 N N R N N N -12.079 20.898 -1.919 0.071 1.072 -0.412 C1 NGA 1 NGA C2 C2 C 0 1 N N R N N N -11.844 19.742 -0.936 0.740 -0.250 -0.029 C2 NGA 2 NGA C3 C3 C 0 1 N N R N N N -10.967 20.217 0.174 -0.079 -1.412 -0.601 C3 NGA 3 NGA C4 C4 C 0 1 N N R N N N -9.669 20.856 -0.340 -1.516 -1.316 -0.080 C4 NGA 4 NGA C5 C5 C 0 1 N N R N N N -10.072 21.968 -1.280 -2.098 0.048 -0.461 C5 NGA 5 NGA C6 C6 C 0 1 N N N N N N -8.975 22.914 -1.693 -3.512 0.176 0.108 C6 NGA 6 NGA C7 C7 C 0 1 N N N N N N -13.368 17.886 -0.720 3.116 0.273 0.101 C7 NGA 7 NGA C8 C8 C 0 1 N N N N N N -14.811 17.468 -0.421 4.512 0.232 -0.465 C8 NGA 8 NGA N2 N2 N 0 1 N N N N N N -13.146 19.205 -0.610 2.097 -0.290 -0.578 N2 NGA 9 NGA O1 O1 O 0 1 N Y N N N N -12.834 20.294 -2.960 0.797 2.158 0.166 O1 NGA 10 NGA O3 O3 O 0 1 N N N N N N -10.588 19.109 0.990 0.498 -2.652 -0.187 O3 NGA 11 NGA O4 O4 O 0 1 N N N N N N -8.909 19.857 -0.976 -1.519 -1.456 1.342 O4 NGA 12 NGA O5 O5 O 0 1 N N N N N N -10.831 21.434 -2.362 -1.273 1.084 0.076 O5 NGA 13 NGA O6 O6 O 0 1 N N N N N N -9.573 24.131 -2.078 -4.099 1.398 -0.345 O6 NGA 14 NGA O7 O7 O 0 1 N N N N N N -12.407 17.166 -1.066 2.909 0.812 1.168 O7 NGA 15 NGA H1 H1 H 0 1 N N N N N N -12.610 21.759 -1.487 0.064 1.175 -1.497 H1 NGA 16 NGA H2 H2 H 0 1 N N N N N N -11.276 18.889 -1.337 0.783 -0.336 1.057 H2 NGA 17 NGA H3 H3 H 0 1 N N N N N N -11.545 20.967 0.734 -0.081 -1.355 -1.689 H3 NGA 18 NGA H4 H4 H 0 1 N N N N N N -9.048 21.280 0.463 -2.119 -2.106 -0.526 H4 NGA 19 NGA H5 H5 H 0 1 N N N N N N -10.720 22.644 -0.704 -2.133 0.138 -1.547 H5 NGA 20 NGA H61 H61 H 0 1 N N N N N N -8.287 23.083 -0.851 -4.118 -0.664 -0.231 H61 NGA 21 NGA H62 H62 H 0 1 N N N N N N -8.410 22.489 -2.536 -3.468 0.176 1.196 H62 NGA 22 NGA H81 H81 H 0 1 N N N N N N -14.914 16.381 -0.555 4.528 0.738 -1.430 H81 NGA 23 NGA H82 H82 H 0 1 N N N N N N -15.062 17.735 0.616 5.196 0.734 0.220 H82 NGA 24 NGA H83 H83 H 0 1 N N N N N N -15.493 17.988 -1.109 4.822 -0.805 -0.593 H83 NGA 25 NGA HN2 HN2 H 0 1 N N N N N N -13.878 19.814 -0.304 2.262 -0.721 -1.432 HN2 NGA 26 NGA HO1 HO1 H 0 1 N Y N N N N -13.031 20.942 -3.626 0.429 3.030 -0.036 HO1 NGA 27 NGA HO3 HO3 H 0 1 N Y N N N N -10.030 19.412 1.697 0.029 -3.433 -0.514 HO3 NGA 28 NGA HO4 HO4 H 0 1 N Y N N N N -8.100 20.233 -1.302 -2.398 -1.404 1.740 HO4 NGA 29 NGA HO6 HO6 H 0 1 N Y N N N N -8.899 24.746 -2.343 -4.998 1.546 -0.022 HO6 NGA 30 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal NGA C1 C2 SING N N 1 NGA C1 O1 SING N N 2 NGA C1 O5 SING N N 3 NGA C1 H1 SING N N 4 NGA C2 C3 SING N N 5 NGA C2 N2 SING N N 6 NGA C2 H2 SING N N 7 NGA C3 C4 SING N N 8 NGA C3 O3 SING N N 9 NGA C3 H3 SING N N 10 NGA C4 C5 SING N N 11 NGA C4 O4 SING N N 12 NGA C4 H4 SING N N 13 NGA C5 C6 SING N N 14 NGA C5 O5 SING N N 15 NGA C5 H5 SING N N 16 NGA C6 O6 SING N N 17 NGA C6 H61 SING N N 18 NGA C6 H62 SING N N 19 NGA C7 C8 SING N N 20 NGA C7 N2 SING N N 21 NGA C7 O7 DOUB N N 22 NGA C8 H81 SING N N 23 NGA C8 H82 SING N N 24 NGA C8 H83 SING N N 25 NGA N2 HN2 SING N N 26 NGA O1 HO1 SING N N 27 NGA O3 HO3 SING N N 28 NGA O4 HO4 SING N N 29 NGA O6 HO6 SING N N 30 # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor NGA SMILES ACDLabs 10.04 "O=C(NC1C(O)C(O)C(OC1O)CO)C" NGA SMILES_CANONICAL CACTVS 3.352 "CC(=O)N[C@H]1[C@H](O)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O" NGA SMILES CACTVS 3.352 "CC(=O)N[CH]1[CH](O)O[CH](CO)[CH](O)[CH]1O" NGA SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 1.7.0 "CC(=O)N[C@@H]1[C@H]([C@H]([C@H](O[C@H]1O)CO)O)O" NGA SMILES "OpenEye OEToolkits" 1.7.0 "CC(=O)NC1C(C(C(OC1O)CO)O)O" NGA InChI InChI 1.03 "InChI=1S/C8H15NO6/c1-3(11)9-5-7(13)6(12)4(2-10)15-8(5)14/h4-8,10,12-14H,2H2,1H3,(H,9,11)/t4-,5-,6+,7-,8-/m1/s1" NGA InChIKey InChI 1.03 OVRNDRQMDRJTHS-JAJWTYFOSA-N # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier NGA "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 10.04 "2-(acetylamino)-2-deoxy-beta-D-galactopyranose" NGA "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 1.6.1 "N-[(2R,3R,4R,5R,6R)-2,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-3-yl]ethanamide" NGA "CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL" GMML 1.0 DGalpNAcb NGA "COMMON NAME" GMML 1.0 N-acetyl-b-D-galactopyranosamine NGA "IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL" PDB-CARE 1.0 b-D-GalpNAc NGA "SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL" GMML 1.0 GalNAc # loop_ _pdbx_chem_comp_feature.comp_id _pdbx_chem_comp_feature.type _pdbx_chem_comp_feature.value _pdbx_chem_comp_feature.source _pdbx_chem_comp_feature.support NGA "CARBOHYDRATE ISOMER" D PDB ? NGA "CARBOHYDRATE RING" pyranose PDB ? NGA "CARBOHYDRATE ANOMER" beta PDB ? NGA "CARBOHYDRATE PRIMARY CARBONYL GROUP" aldose PDB ? # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site NGA "Create component" 1999-07-08 RCSB NGA "Modify descriptor" 2011-06-04 RCSB NGA "Other modification" 2019-08-12 RCSB NGA "Other modification" 2019-12-19 RCSB NGA "Other modification" 2020-07-03 RCSB NGA "Modify name" 2020-07-17 RCSB NGA "Modify synonyms" 2020-07-17 RCSB NGA "Modify PCM" 2024-09-27 PDBE # loop_ _pdbx_chem_comp_pcm.pcm_id _pdbx_chem_comp_pcm.comp_id _pdbx_chem_comp_pcm.modified_residue_id _pdbx_chem_comp_pcm.type _pdbx_chem_comp_pcm.category _pdbx_chem_comp_pcm.position _pdbx_chem_comp_pcm.polypeptide_position _pdbx_chem_comp_pcm.comp_id_linking_atom _pdbx_chem_comp_pcm.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_chem_comp_pcm.uniprot_specific_ptm_accession _pdbx_chem_comp_pcm.uniprot_generic_ptm_accession 1 NGA ASN N-Glycosylation Carbohydrate "Amino-acid side chain" "Any position" C1 ND2 ? ? 2 NGA THR O-Glycosylation Carbohydrate "Amino-acid side chain" "Any position" C1 OG1 ? ? 3 NGA SER None Carbohydrate "Amino-acid side chain" "Any position" C1 OG ? ? 4 NGA SER None Carbohydrate "Amino-acid side chain" "Any position" C6 OG ? ? 5 NGA TYR None Carbohydrate "Amino-acid side chain" "Any position" C1 OH ? ? #