data_PAR # _chem_comp.id PAR _chem_comp.name PAROMOMYCIN _chem_comp.type NON-POLYMER _chem_comp.pdbx_type HETAD _chem_comp.formula "C23 H45 N5 O14" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ? _chem_comp.pdbx_synonyms "PAROMOMYCIN I; AMMINOSIDIN; CATENULIN; CRESTOMYCIN; MONOMYCIN A; NEOMYCIN E" _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2000-08-25 _chem_comp.pdbx_modified_date 2020-05-27 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 615.628 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code PAR _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 1FJG _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site RCSB # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal PAR C11 C11 C 0 1 N N S 190.683 88.111 -9.450 -1.080 -0.649 2.633 C11 PAR 1 PAR O11 O11 O 0 1 N N N 191.497 89.297 -9.532 -0.316 0.450 3.132 O11 PAR 2 PAR C21 C21 C 0 1 N N R 189.371 88.414 -8.700 -2.376 -0.126 2.009 C21 PAR 3 PAR N21 N21 N 0 1 N N N 188.653 89.565 -9.314 -2.057 0.767 0.889 N21 PAR 4 PAR C31 C31 C 0 1 N N R 189.683 88.700 -7.188 -3.167 0.644 3.071 C31 PAR 5 PAR O31 O31 O 0 1 N N N 188.472 88.967 -6.441 -4.445 1.010 2.549 O31 PAR 6 PAR C41 C41 C 0 1 N N S 190.412 87.486 -6.554 -3.351 -0.259 4.296 C41 PAR 7 PAR O41 O41 O 0 1 N N N 190.675 87.771 -5.184 -3.956 0.486 5.355 O41 PAR 8 PAR C51 C51 C 0 1 N N R 191.733 87.185 -7.330 -1.982 -0.771 4.747 C51 PAR 9 PAR O51 O51 O 0 1 N N N 191.389 87.002 -8.766 -1.385 -1.540 3.704 O51 PAR 10 PAR C61 C61 C 0 1 N N N 192.432 85.898 -6.785 -2.153 -1.647 5.990 C61 PAR 11 PAR O61 O61 O 0 1 N N N 193.666 85.615 -7.478 -0.878 -2.148 6.399 O61 PAR 12 PAR C12 C12 C 0 1 N N R 193.984 91.226 -12.432 3.893 0.370 3.563 C12 PAR 13 PAR N12 N12 N 0 1 N N N 195.042 91.550 -13.429 5.245 -0.139 3.831 N12 PAR 14 PAR C22 C22 C 0 1 N N N 194.695 90.726 -11.154 3.033 0.221 4.819 C22 PAR 15 PAR C32 C32 C 0 1 N N S 193.651 90.380 -10.060 1.625 0.752 4.539 C32 PAR 16 PAR N32 N32 N 0 1 N N N 194.403 89.894 -8.885 0.799 0.609 5.745 N32 PAR 17 PAR C42 C42 C 0 1 N N R 192.577 89.349 -10.522 0.998 -0.045 3.394 C42 PAR 18 PAR C52 C52 C 0 1 N N R 191.961 89.780 -11.860 1.858 0.103 2.137 C52 PAR 19 PAR O52 O52 O 0 1 N N N 191.127 88.714 -12.362 1.273 -0.641 1.068 O52 PAR 20 PAR C62 C62 C 0 1 N N S 193.029 90.090 -12.902 3.266 -0.427 2.418 C62 PAR 21 PAR O62 O62 O 0 1 N N N 192.345 90.458 -14.085 4.070 -0.288 1.244 O62 PAR 22 PAR C13 C13 C 0 1 N N S 189.836 89.065 -12.903 1.618 0.032 -0.142 C13 PAR 23 PAR C23 C23 C 0 1 N N R 189.409 88.119 -14.000 1.022 -0.708 -1.360 C23 PAR 24 PAR O23 O23 O 0 1 N N N 189.985 88.500 -15.258 2.006 -1.547 -1.969 O23 PAR 25 PAR C33 C33 C 0 1 N N S 187.835 88.084 -13.889 0.607 0.425 -2.323 C33 PAR 26 PAR O33 O33 O 0 1 N N N 187.155 89.099 -14.714 1.323 0.323 -3.556 O33 PAR 27 PAR C43 C43 C 0 1 N N R 187.551 88.482 -12.434 0.998 1.719 -1.576 C43 PAR 28 PAR O43 O43 O 0 1 N N N 188.826 88.962 -11.867 1.017 1.345 -0.179 O43 PAR 29 PAR C53 C53 C 0 1 N N N 186.971 87.380 -11.575 -0.038 2.818 -1.819 C53 PAR 30 PAR O53 O53 O 0 1 N N N 186.439 88.014 -10.423 0.308 3.977 -1.059 O53 PAR 31 PAR C14 C14 C 0 1 N N R 186.864 88.657 -16.024 0.504 -0.436 -4.447 C14 PAR 32 PAR C24 C24 C 0 1 N N R 187.390 89.586 -17.128 1.222 -0.588 -5.790 C24 PAR 33 PAR N24 N24 N 0 1 N N N 188.838 89.972 -16.927 1.444 0.737 -6.382 N24 PAR 34 PAR C34 C34 C 0 1 N N R 186.489 90.798 -17.297 0.352 -1.432 -6.729 C34 PAR 35 PAR O34 O34 O 0 1 N N N 186.996 91.562 -18.353 0.254 -2.765 -6.223 O34 PAR 36 PAR C44 C44 C 0 1 N N S 185.048 90.349 -17.661 -1.042 -0.800 -6.802 C44 PAR 37 PAR O44 O44 O 0 1 N N N 184.165 91.472 -17.892 -0.955 0.476 -7.439 O44 PAR 38 PAR C54 C54 C 0 1 N N S 184.457 89.519 -16.505 -1.589 -0.633 -5.383 C54 PAR 39 PAR O54 O54 O 0 1 N N N 185.387 88.390 -16.222 -0.738 0.235 -4.638 O54 PAR 40 PAR C64 C64 C 0 1 N N N 184.192 90.395 -15.230 -2.996 -0.036 -5.448 C64 PAR 41 PAR N64 N64 N 0 1 N N N 183.462 89.617 -14.178 -3.524 0.121 -4.086 N64 PAR 42 PAR H11 H11 H 0 1 N N N 190.460 87.792 -10.495 -0.501 -1.178 1.876 H11 PAR 43 PAR H21 H21 H 0 1 N N N 188.704 87.523 -8.775 -2.971 -0.965 1.649 H21 PAR 44 PAR HN21 1HN2 H 0 0 N N N 187.784 89.765 -8.817 -1.539 0.219 0.219 HN21 PAR 45 PAR HN22 2HN2 H 0 0 N N N 188.490 89.417 -10.310 -2.933 1.008 0.451 HN22 PAR 46 PAR H31 H31 H 0 1 N N N 190.336 89.602 -7.143 -2.618 1.541 3.357 H31 PAR 47 PAR HO31 1HO3 H 0 0 N N N 188.660 89.140 -5.526 -4.911 1.481 3.254 HO31 PAR 48 PAR H41 H41 H 0 1 N N N 189.767 86.578 -6.619 -3.988 -1.103 4.034 H41 PAR 49 PAR HO41 1HO4 H 0 0 N N N 191.121 87.027 -4.795 -4.046 -0.117 6.105 HO41 PAR 50 PAR H51 H51 H 0 1 N N N 192.442 88.034 -7.195 -1.338 0.074 4.987 H51 PAR 51 PAR H611 1H61 H 0 0 N N N 192.592 85.961 -5.683 -2.586 -1.055 6.796 H611 PAR 52 PAR H612 2H61 H 0 0 N N N 191.743 85.021 -6.812 -2.814 -2.483 5.758 H612 PAR 53 PAR HO61 1HO6 H 0 0 N N N 194.090 84.832 -7.146 -1.039 -2.750 7.139 HO61 PAR 54 PAR H12 H12 H 0 1 N N N 193.372 92.144 -12.273 3.950 1.422 3.284 H12 PAR 55 PAR H121 1H12 H 0 0 N N N 194.572 91.880 -14.272 5.617 0.413 4.589 H121 PAR 56 PAR H122 2H12 H 0 0 N N N 195.676 90.771 -13.604 5.136 -1.078 4.184 H122 PAR 57 PAR H221 1H22 H 0 0 N N N 195.376 89.869 -11.364 2.976 -0.830 5.098 H221 PAR 58 PAR H222 2H22 H 0 0 N N N 195.455 91.454 -10.788 3.480 0.789 5.635 H222 PAR 59 PAR H32 H32 H 0 1 N N N 193.063 91.295 -9.814 1.682 1.804 4.260 H32 PAR 60 PAR H321 1H32 H 0 0 N N N 193.716 89.666 -8.165 1.292 1.077 6.491 H321 PAR 61 PAR H322 2H32 H 0 0 N N N 195.115 90.550 -8.565 -0.045 1.135 5.582 H322 PAR 62 PAR H42 H42 H 0 1 N N N 193.069 88.354 -10.631 0.941 -1.097 3.673 H42 PAR 63 PAR H52 H52 H 0 1 N N N 191.366 90.705 -11.678 1.916 1.155 1.859 H52 PAR 64 PAR H62 H62 H 0 1 N N N 193.676 89.198 -13.071 3.209 -1.479 2.696 H62 PAR 65 PAR HO62 2HO6 H 0 0 N N N 191.762 89.764 -14.371 4.946 -0.633 1.463 HO62 PAR 66 PAR H13 H13 H 0 1 N N N 189.929 90.101 -13.302 2.701 0.109 -0.238 H13 PAR 67 PAR H23 H23 H 0 1 N N N 189.785 87.073 -13.904 0.153 -1.294 -1.062 H23 PAR 68 PAR HO23 3HO2 H 0 0 N N N 189.716 87.904 -15.948 2.226 -2.233 -1.324 HO23 PAR 69 PAR H33 H33 H 0 1 N N N 187.472 87.082 -14.217 -0.467 0.398 -2.504 H33 PAR 70 PAR H43 H43 H 0 1 N N N 186.760 89.268 -12.438 1.986 2.055 -1.892 H43 PAR 71 PAR H531 1H53 H 0 0 N N N 186.230 86.742 -12.112 -0.058 3.070 -2.879 H531 PAR 72 PAR H532 2H53 H 0 0 N N N 187.701 86.571 -11.338 -1.022 2.463 -1.511 H532 PAR 73 PAR HO53 3HO5 H 0 0 N N N 186.074 87.322 -9.883 -0.368 4.643 -1.241 HO53 PAR 74 PAR H14 H14 H 0 1 N N N 187.418 87.694 -16.124 0.321 -1.422 -4.020 H14 PAR 75 PAR H24 H24 H 0 1 N N N 187.361 89.009 -18.081 2.181 -1.084 -5.637 H24 PAR 76 PAR H241 1H24 H 0 0 N N N 189.187 90.589 -17.660 2.013 1.255 -5.728 H241 PAR 77 PAR H242 2H24 H 0 0 N N N 189.427 89.144 -16.833 2.008 0.595 -7.207 H242 PAR 78 PAR H34 H34 H 0 1 N N N 186.459 91.382 -16.347 0.799 -1.450 -7.723 H34 PAR 79 PAR HO34 4HO3 H 0 0 N N N 186.432 92.319 -18.458 -0.299 -3.259 -6.842 HO34 PAR 80 PAR H44 H44 H 0 1 N N N 185.122 89.750 -18.598 -1.706 -1.448 -7.374 H44 PAR 81 PAR HO44 4HO4 H 0 0 N N N 183.283 91.197 -18.114 -0.601 0.322 -8.326 HO44 PAR 82 PAR H54 H54 H 0 1 N N N 183.461 89.116 -16.804 -1.631 -1.606 -4.894 H54 PAR 83 PAR H641 1H64 H 0 0 N N N 185.136 90.835 -14.832 -3.647 -0.700 -6.015 H641 PAR 84 PAR H642 2H64 H 0 0 N N N 183.657 91.339 -15.486 -2.955 0.937 -5.937 H642 PAR 85 PAR HN61 1HN6 H 0 0 N N N 183.289 90.186 -13.349 -4.448 0.516 -4.177 HN61 PAR 86 PAR HN62 2HN6 H 0 0 N N N 183.951 88.753 -13.943 -3.641 -0.807 -3.711 HN62 PAR 87 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal PAR C11 O11 SING N N 1 PAR C11 C21 SING N N 2 PAR C11 O51 SING N N 3 PAR C11 H11 SING N N 4 PAR O11 C42 SING N N 5 PAR C21 N21 SING N N 6 PAR C21 C31 SING N N 7 PAR C21 H21 SING N N 8 PAR N21 HN21 SING N N 9 PAR N21 HN22 SING N N 10 PAR C31 O31 SING N N 11 PAR C31 C41 SING N N 12 PAR C31 H31 SING N N 13 PAR O31 HO31 SING N N 14 PAR C41 O41 SING N N 15 PAR C41 C51 SING N N 16 PAR C41 H41 SING N N 17 PAR O41 HO41 SING N N 18 PAR C51 O51 SING N N 19 PAR C51 C61 SING N N 20 PAR C51 H51 SING N N 21 PAR C61 O61 SING N N 22 PAR C61 H611 SING N N 23 PAR C61 H612 SING N N 24 PAR O61 HO61 SING N N 25 PAR C12 N12 SING N N 26 PAR C12 C22 SING N N 27 PAR C12 C62 SING N N 28 PAR C12 H12 SING N N 29 PAR N12 H121 SING N N 30 PAR N12 H122 SING N N 31 PAR C22 C32 SING N N 32 PAR C22 H221 SING N N 33 PAR C22 H222 SING N N 34 PAR C32 N32 SING N N 35 PAR C32 C42 SING N N 36 PAR C32 H32 SING N N 37 PAR N32 H321 SING N N 38 PAR N32 H322 SING N N 39 PAR C42 C52 SING N N 40 PAR C42 H42 SING N N 41 PAR C52 O52 SING N N 42 PAR C52 C62 SING N N 43 PAR C52 H52 SING N N 44 PAR O52 C13 SING N N 45 PAR C62 O62 SING N N 46 PAR C62 H62 SING N N 47 PAR O62 HO62 SING N N 48 PAR C13 C23 SING N N 49 PAR C13 O43 SING N N 50 PAR C13 H13 SING N N 51 PAR C23 O23 SING N N 52 PAR C23 C33 SING N N 53 PAR C23 H23 SING N N 54 PAR O23 HO23 SING N N 55 PAR C33 O33 SING N N 56 PAR C33 C43 SING N N 57 PAR C33 H33 SING N N 58 PAR O33 C14 SING N N 59 PAR C43 O43 SING N N 60 PAR C43 C53 SING N N 61 PAR C43 H43 SING N N 62 PAR C53 O53 SING N N 63 PAR C53 H531 SING N N 64 PAR C53 H532 SING N N 65 PAR O53 HO53 SING N N 66 PAR C14 C24 SING N N 67 PAR C14 O54 SING N N 68 PAR C14 H14 SING N N 69 PAR C24 N24 SING N N 70 PAR C24 C34 SING N N 71 PAR C24 H24 SING N N 72 PAR N24 H241 SING N N 73 PAR N24 H242 SING N N 74 PAR C34 O34 SING N N 75 PAR C34 C44 SING N N 76 PAR C34 H34 SING N N 77 PAR O34 HO34 SING N N 78 PAR C44 O44 SING N N 79 PAR C44 C54 SING N N 80 PAR C44 H44 SING N N 81 PAR O44 HO44 SING N N 82 PAR C54 O54 SING N N 83 PAR C54 C64 SING N N 84 PAR C54 H54 SING N N 85 PAR C64 N64 SING N N 86 PAR C64 H641 SING N N 87 PAR C64 H642 SING N N 88 PAR N64 HN61 SING N N 89 PAR N64 HN62 SING N N 90 # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor PAR SMILES ACDLabs 10.04 "O(C2C(OC1OC(CO)C(O)C(O)C1N)C(N)CC(N)C2O)C4OC(C(OC3OC(CN)C(O)C(O)C3N)C4O)CO" PAR SMILES_CANONICAL CACTVS 3.341 "NC[C@@H]1O[C@H](O[C@H]2[C@@H](O)[C@@H](O[C@@H]2CO)O[C@@H]3[C@@H](O)[C@H](N)C[C@H](N)[C@H]3O[C@H]4O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]4N)[C@H](N)[C@@H](O)[C@@H]1O" PAR SMILES CACTVS 3.341 "NC[CH]1O[CH](O[CH]2[CH](O)[CH](O[CH]2CO)O[CH]3[CH](O)[CH](N)C[CH](N)[CH]3O[CH]4O[CH](CO)[CH](O)[CH](O)[CH]4N)[CH](N)[CH](O)[CH]1O" PAR SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "C1[C@H]([C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H]1N)O[C@@H]2[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O2)CO)O)O)N)O[C@H]3[C@@H]([C@@H]([C@H](O3)CO)O[C@@H]4[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@@H](O4)CN)O)O)N)O)O)N" PAR SMILES "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "C1C(C(C(C(C1N)OC2C(C(C(C(O2)CO)O)O)N)OC3C(C(C(O3)CO)OC4C(C(C(C(O4)CN)O)O)N)O)O)N" PAR InChI InChI 1.03 "InChI=1S/C23H45N5O14/c24-2-7-13(32)15(34)10(27)21(37-7)41-19-9(4-30)39-23(17(19)36)42-20-12(31)5(25)1-6(26)18(20)40-22-11(28)16(35)14(33)8(3-29)38-22/h5-23,29-36H,1-4,24-28H2/t5-,6+,7+,8-,9-,10-,11-,12+,13-,14-,15-,16-,17-,18-,19-,20-,21-,22-,23+/m1/s1" PAR InChIKey InChI 1.03 UOZODPSAJZTQNH-LSWIJEOBSA-N # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier PAR "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 10.04 "(1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2-{[3-O-(2,6-diamino-2,6-dideoxy-beta-L-idopyranosyl)-beta-D-ribofuranosyl]oxy}-3-hydroxycyclohexyl 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside" PAR "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "(2R,3S,4R,5R,6S)-5-amino-6-[(1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2-[(2S,3R,4S,5R)-4-[(2R,3R,4R,5S,6S)-3-amino-6-(aminomethyl)-4,5-dihydroxy-oxan-2-yl]oxy-3-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]oxy-3-hydroxy-cyclohexyl]oxy-2-(hydroxymethyl)oxane-3,4-diol" # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site PAR "Create component" 2000-08-25 RCSB PAR "Modify descriptor" 2011-06-04 RCSB PAR "Modify synonyms" 2020-05-27 PDBE # loop_ _pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal _pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id _pdbx_chem_comp_synonyms.name _pdbx_chem_comp_synonyms.provenance _pdbx_chem_comp_synonyms.type 1 PAR "PAROMOMYCIN I" ? ? 2 PAR AMMINOSIDIN ? ? 3 PAR CATENULIN ? ? 4 PAR CRESTOMYCIN ? ? 5 PAR "MONOMYCIN A" ? ? 6 PAR "NEOMYCIN E" ? ? #