data_PLG
#
_chem_comp.id PLG
_chem_comp.name "N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE]"
_chem_comp.type NON-POLYMER
_chem_comp.pdbx_type HETAIN
_chem_comp.formula "C10 H15 N2 O7 P"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ?
_chem_comp.pdbx_synonyms N-PYRIDOXYL-GLYCINE-5-MONOPHOSPHATE
_chem_comp.pdbx_formal_charge 0
_chem_comp.pdbx_initial_date 1999-12-01
_chem_comp.pdbx_modified_date 2024-09-27
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N
_chem_comp.pdbx_release_status REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by ?
_chem_comp.pdbx_replaces ?
_chem_comp.formula_weight 306.209
_chem_comp.one_letter_code ?
_chem_comp.three_letter_code PLG
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details ?
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 1DFO
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list ?
_chem_comp.pdbx_processing_site RCSB
_chem_comp.pdbx_pcm Y
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
PLG N1 N1 N 0 1 Y N N N N N 5.284 48.979 54.972 3.469 0.637 -0.120 N1 PLG 1
PLG C2 C2 C 0 1 Y N N N N N 4.525 48.093 54.298 3.389 0.278 -1.386 C2 PLG 2
PLG C2A C2A C 0 1 N N N N N N 3.654 48.639 53.222 4.569 0.494 -2.299 C2A PLG 3
PLG C3 C3 C 0 1 Y N N N N N 4.643 46.720 54.695 2.228 -0.290 -1.888 C3 PLG 4
PLG O3 O3 O 0 1 N N N N N N 3.918 45.822 54.064 2.150 -0.658 -3.194 O3 PLG 5
PLG C4 C4 C 0 1 Y N N N N N 5.534 46.376 55.774 1.148 -0.488 -1.033 C4 PLG 6
PLG C4A C4A C 0 1 N N N N N N 5.633 44.973 56.156 -0.129 -1.109 -1.535 C4A PLG 7
PLG C5 C5 C 0 1 Y N N N N N 6.286 47.351 56.452 1.275 -0.096 0.289 C5 PLG 8
PLG C6 C6 C 0 1 Y N N N N N 6.144 48.689 56.004 2.463 0.468 0.714 C6 PLG 9
PLG C5A C5A C 0 1 N N N N N N 7.214 47.211 57.611 0.132 -0.284 1.253 C5A PLG 10
PLG OP4 OP4 O 0 1 N N N N N N 8.361 46.396 57.460 0.513 0.196 2.543 OP4 PLG 11
PLG P P P 0 1 N N N N N N 9.166 45.624 58.545 -0.747 -0.034 3.517 P PLG 12
PLG OP1 OP1 O 0 1 N N N N N N 9.170 46.560 59.713 -1.072 -1.476 3.569 OP1 PLG 13
PLG OP2 OP2 O 0 1 N N N N N N 8.380 44.298 58.776 -0.385 0.488 4.996 OP2 PLG 14
PLG OP3 OP3 O 0 1 N N N N N N 10.552 45.256 58.088 -2.015 0.782 2.954 OP3 PLG 15
PLG C C C 0 1 N N N N N N 3.592 41.932 55.423 -3.216 0.308 -3.014 C PLG 16
PLG O O O 0 1 N N N N N N 2.887 42.571 54.615 -2.921 1.479 -2.993 O PLG 17
PLG OXT OXT O 0 1 N N N N N N 3.413 40.724 55.675 -4.407 -0.075 -3.500 OXT PLG 18
PLG CA CA C 0 1 N N N N N N 4.723 42.657 56.118 -2.246 -0.722 -2.496 CA PLG 19
PLG N N N 0 1 N N N N N N 4.635 44.083 55.890 -1.026 -0.054 -2.024 N PLG 20
PLG H2A1 1H2A H 0 0 N N N N N N 3.025 47.905 52.664 5.211 -0.386 -2.277 H2A1 PLG 21
PLG H2A2 2H2A H 0 0 N N N N N N 3.006 49.444 53.638 4.215 0.661 -3.316 H2A2 PLG 22
PLG H2A3 3H2A H 0 0 N N N N N N 4.272 49.224 52.502 5.133 1.364 -1.963 H2A3 PLG 23
PLG HO3 HO3 H 0 1 N N N N N N 3.996 44.912 54.327 1.808 0.104 -3.680 HO3 PLG 24
PLG H4A1 1H4A H 0 0 N N N N N N 6.576 44.567 55.721 0.096 -1.799 -2.348 H4A1 PLG 25
PLG H4A2 2H4A H 0 0 N N N N N N 5.843 44.931 57.250 -0.614 -1.650 -0.723 H4A2 PLG 26
PLG H6 H6 H 0 1 N N N N N N 6.710 49.515 56.464 2.568 0.776 1.744 H6 PLG 27
PLG H5A1 1H5A H 0 0 N N N N N N 7.531 48.225 57.946 -0.735 0.271 0.899 H5A1 PLG 28
PLG H5A2 2H5A H 0 0 N N N N N N 6.636 46.863 58.498 -0.116 -1.343 1.319 H5A2 PLG 29
PLG HOP2 2HOP H 0 0 N N N N N N 8.871 43.826 59.438 -1.165 0.332 5.546 HOP2 PLG 30
PLG HOP3 3HOP H 0 0 N N N N N N 11.043 44.784 58.750 -1.762 1.715 2.936 HOP3 PLG 31
PLG HXT HXT H 0 1 N N N N N N 3.949 40.237 56.289 -5.029 0.586 -3.833 HXT PLG 32
PLG HA2 HA2 H 0 1 N N N N N N 4.762 42.414 57.205 -1.993 -1.418 -3.296 HA2 PLG 33
PLG HA1 HA1 H 0 1 N N N N N N 5.718 42.251 55.819 -2.704 -1.269 -1.671 HA1 PLG 34
PLG H H H 0 1 N N N N N N 4.377 44.210 54.911 -1.290 0.497 -1.221 H PLG 35
#
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
PLG N1 C2 DOUB Y N 1
PLG N1 C6 SING Y N 2
PLG C2 C2A SING N N 3
PLG C2 C3 SING Y N 4
PLG C2A H2A1 SING N N 5
PLG C2A H2A2 SING N N 6
PLG C2A H2A3 SING N N 7
PLG C3 O3 SING N N 8
PLG C3 C4 DOUB Y N 9
PLG O3 HO3 SING N N 10
PLG C4 C4A SING N N 11
PLG C4 C5 SING Y N 12
PLG C4A N SING N N 13
PLG C4A H4A1 SING N N 14
PLG C4A H4A2 SING N N 15
PLG C5 C6 DOUB Y N 16
PLG C5 C5A SING N N 17
PLG C6 H6 SING N N 18
PLG C5A OP4 SING N N 19
PLG C5A H5A1 SING N N 20
PLG C5A H5A2 SING N N 21
PLG OP4 P SING N N 22
PLG P OP1 DOUB N N 23
PLG P OP2 SING N N 24
PLG P OP3 SING N N 25
PLG OP2 HOP2 SING N N 26
PLG OP3 HOP3 SING N N 27
PLG C O DOUB N N 28
PLG C OXT SING N N 29
PLG C CA SING N N 30
PLG OXT HXT SING N N 31
PLG CA N SING N N 32
PLG CA HA2 SING N N 33
PLG CA HA1 SING N N 34
PLG N H SING N N 35
#
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
PLG SMILES ACDLabs 10.04 "O=P(O)(O)OCc1cnc(c(O)c1CNCC(=O)O)C"
PLG SMILES_CANONICAL CACTVS 3.341 "Cc1ncc(CO[P](O)(O)=O)c(CNCC(O)=O)c1O"
PLG SMILES CACTVS 3.341 "Cc1ncc(CO[P](O)(O)=O)c(CNCC(O)=O)c1O"
PLG SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "Cc1c(c(c(cn1)COP(=O)(O)O)CNCC(=O)O)O"
PLG SMILES "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "Cc1c(c(c(cn1)COP(=O)(O)O)CNCC(=O)O)O"
PLG InChI InChI 1.03 "InChI=1S/C10H15N2O7P/c1-6-10(15)8(3-11-4-9(13)14)7(2-12-6)5-19-20(16,17)18/h2,11,15H,3-5H2,1H3,(H,13,14)(H2,16,17,18)"
PLG InChIKey InChI 1.03 FEVQWBMNLWUBTF-UHFFFAOYSA-N
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
PLG "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 10.04 "N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)glycine"
PLG "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "2-[[3-hydroxy-2-methyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methylamino]ethanoic acid"
#
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
PLG "Create component" 1999-12-01 RCSB
PLG "Modify descriptor" 2011-06-04 RCSB
PLG "Modify synonyms" 2021-03-01 PDBE
PLG "Modify PCM" 2024-09-27 PDBE
#
_pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal 1
_pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id PLG
_pdbx_chem_comp_synonyms.name N-PYRIDOXYL-GLYCINE-5-MONOPHOSPHATE
_pdbx_chem_comp_synonyms.provenance ?
_pdbx_chem_comp_synonyms.type ?
#
_pdbx_chem_comp_pcm.pcm_id 1
_pdbx_chem_comp_pcm.comp_id PLG
_pdbx_chem_comp_pcm.modified_residue_id LYS
_pdbx_chem_comp_pcm.type None
_pdbx_chem_comp_pcm.category "Covalent chemical modification"
_pdbx_chem_comp_pcm.position "Amino-acid side chain"
_pdbx_chem_comp_pcm.polypeptide_position "Any position"
_pdbx_chem_comp_pcm.comp_id_linking_atom C4A
_pdbx_chem_comp_pcm.modified_residue_id_linking_atom NZ
_pdbx_chem_comp_pcm.uniprot_specific_ptm_accession ?
_pdbx_chem_comp_pcm.uniprot_generic_ptm_accession ?
#