data_RUS # _chem_comp.id RUS _chem_comp.name "1-(5-O-phosphono-beta-D-ribofuranosyl)-2-selanylpyrimidin-4(1H)-one" _chem_comp.type "RNA linking" _chem_comp.pdbx_type ATOMN _chem_comp.formula "C9 H13 N2 O8 P Se" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id U _chem_comp.pdbx_synonyms ? _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2011-06-02 _chem_comp.pdbx_modified_date 2011-06-24 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 387.142 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code RUS _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 3S49 _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site RCSB # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal RUS P P P 0 1 N N N 19.896 14.690 2.541 4.330 0.936 0.358 P RUS 1 RUS N1 N1 N 0 1 N N N 17.462 10.297 4.403 -2.284 -0.162 0.904 N1 RUS 2 RUS C2 C2 C 0 1 N N N 16.480 9.442 4.886 -2.408 0.634 -0.174 C2 RUS 3 RUS SE2 SE2 SE 0 0 N N N 16.732 7.758 5.223 -1.041 0.564 -1.577 SE2 RUS 4 RUS N3 N3 N 0 1 N N N 15.254 10.043 5.079 -3.417 1.452 -0.307 N3 RUS 5 RUS C4 C4 C 0 1 N N N 14.912 11.365 4.849 -4.372 1.524 0.637 C4 RUS 6 RUS O4 O4 O 0 1 N N N 13.768 11.742 5.076 -5.313 2.291 0.506 O4 RUS 7 RUS C5 C5 C 0 1 N N N 15.978 12.189 4.349 -4.275 0.701 1.786 C5 RUS 8 RUS C6 C6 C 0 1 N N N 17.181 11.635 4.147 -3.218 -0.136 1.896 C6 RUS 9 RUS "C1'" C1* C 0 1 N N R 18.840 9.744 4.157 -1.139 -1.069 1.009 C1* RUS 10 RUS O1P O1P O 0 1 N N N 20.962 14.980 1.546 4.026 1.863 -0.754 O1P RUS 11 RUS "C2'" C2* C 0 1 N N R 18.982 9.030 2.820 -1.152 -2.089 -0.152 C2* RUS 12 RUS "O2'" O2* O 0 1 N N N 19.877 7.938 2.952 -1.714 -3.330 0.280 O2* RUS 13 RUS O2P O2P O 0 1 N N N 18.555 15.320 2.424 5.495 -0.079 -0.093 O2P RUS 14 RUS "C3'" C3* C 0 1 N N S 19.480 10.175 1.942 0.339 -2.265 -0.513 C3* RUS 15 RUS "O3'" O3* O 0 1 N N N 20.072 9.753 0.713 0.745 -3.621 -0.317 O3* RUS 16 RUS O3P O3P O 0 1 N Y N 20.495 15.088 3.972 4.818 1.778 1.641 O3P RUS 17 RUS "C4'" C4* C 0 1 N N R 20.487 10.817 2.880 1.078 -1.331 0.471 C4* RUS 18 RUS "O4'" O4* O 0 1 N N N 19.828 10.763 4.174 0.097 -0.339 0.844 O4* RUS 19 RUS "C5'" C5* C 0 1 N N N 20.842 12.254 2.549 2.271 -0.667 -0.219 C5* RUS 20 RUS "O5'" O5* O 0 1 N N N 19.708 13.108 2.627 3.007 0.100 0.737 O5* RUS 21 RUS H5 H5 H 0 1 N N N 15.812 13.236 4.140 -5.029 0.741 2.559 H5 RUS 22 RUS H6 H6 H 0 1 N N N 17.974 12.260 3.765 -3.115 -0.777 2.759 H6 RUS 23 RUS "H1'" H1* H 0 1 N N N 18.987 9.025 4.977 -1.150 -1.584 1.969 H1* RUS 24 RUS "H2'" H2* H 0 1 N N N 18.078 8.560 2.406 -1.709 -1.693 -1.001 H2* RUS 25 RUS "HO2'" HO2* H 0 0 N N N 19.963 7.495 2.116 -1.746 -4.007 -0.410 HO2* RUS 26 RUS HO2P HO2P H 0 0 N N N 18.535 15.884 1.660 5.747 -0.717 0.589 HO2P RUS 27 RUS "H3'" H3* H 0 1 N N N 18.678 10.840 1.588 0.522 -1.956 -1.543 H3* RUS 28 RUS "HO3'" HO3* H 0 0 N N N 20.357 10.514 0.221 0.269 -4.258 -0.868 HO3* RUS 29 RUS HO3P HO3P H 0 0 N Y N 21.381 15.414 3.865 5.612 2.307 1.485 HO3P RUS 30 RUS "H4'" H4* H 0 1 N N N 21.448 10.286 2.821 1.407 -1.888 1.348 H4* RUS 31 RUS "H5'" H5* H 0 1 N N N 21.598 12.605 3.266 2.918 -1.434 -0.645 H5* RUS 32 RUS "H5'A" H5*A H 0 0 N N N 21.243 12.292 1.525 1.913 -0.012 -1.013 H5*A RUS 33 RUS HSE2 HSE2 H 0 0 N N N 15.489 7.167 5.709 -1.592 1.622 -2.583 HSE2 RUS 34 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal RUS O1P P DOUB N N 1 RUS O2P P SING N N 2 RUS P "O5'" SING N N 3 RUS P O3P SING N N 4 RUS C6 N1 SING N N 5 RUS "C1'" N1 SING N N 6 RUS N1 C2 SING N N 7 RUS C2 N3 DOUB N N 8 RUS C2 SE2 SING N N 9 RUS C4 N3 SING N N 10 RUS C5 C4 SING N N 11 RUS C4 O4 DOUB N N 12 RUS C6 C5 DOUB N N 13 RUS C5 H5 SING N N 14 RUS C6 H6 SING N N 15 RUS "C2'" "C1'" SING N N 16 RUS "C1'" "O4'" SING N N 17 RUS "C1'" "H1'" SING N N 18 RUS "C3'" "C2'" SING N N 19 RUS "C2'" "O2'" SING N N 20 RUS "C2'" "H2'" SING N N 21 RUS "O2'" "HO2'" SING N N 22 RUS O2P HO2P SING N N 23 RUS "O3'" "C3'" SING N N 24 RUS "C3'" "C4'" SING N N 25 RUS "C3'" "H3'" SING N N 26 RUS "O3'" "HO3'" SING N N 27 RUS O3P HO3P SING N N 28 RUS "C5'" "C4'" SING N N 29 RUS "C4'" "O4'" SING N N 30 RUS "C4'" "H4'" SING N N 31 RUS "C5'" "O5'" SING N N 32 RUS "C5'" "H5'" SING N N 33 RUS "C5'" "H5'A" SING N N 34 RUS SE2 HSE2 SING N N 35 # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor RUS SMILES ACDLabs 12.01 "O=P(O)(O)OCC2OC(N1C(=NC(=O)C=C1)[SeH])C(O)C2O" RUS SMILES_CANONICAL CACTVS 3.370 "O[C@H]1[C@@H](O)[C@@H](O[C@@H]1CO[P](O)(O)=O)N2C=CC(=O)N=C2[SeH]" RUS SMILES CACTVS 3.370 "O[CH]1[CH](O)[CH](O[CH]1CO[P](O)(O)=O)N2C=CC(=O)N=C2[SeH]" RUS SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 1.7.2 "C1=CN(C(=NC1=O)[SeH])[C@H]2[C@@H]([C@@H]([C@H](O2)COP(=O)(O)O)O)O" RUS SMILES "OpenEye OEToolkits" 1.7.2 "C1=CN(C(=NC1=O)[SeH])C2C(C(C(O2)COP(=O)(O)O)O)O" RUS InChI InChI 1.03 "InChI=1S/C9H13N2O8PSe/c12-5-1-2-11(9(21)10-5)8-7(14)6(13)4(19-8)3-18-20(15,16)17/h1-2,4,6-8,13-14H,3H2,(H,10,12,21)(H2,15,16,17)/t4-,6-,7-,8-/m1/s1" RUS InChIKey InChI 1.03 OOOIYMZGLXSVKX-XVFCMESISA-N # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier RUS "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 12.01 "1-(5-O-phosphono-beta-D-ribofuranosyl)-2-selanylpyrimidin-4(1H)-one" RUS "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 1.7.2 "[(2R,3S,4R,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(4-oxidanylidene-2-selanyl-pyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate" # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site RUS "Create component" 2011-06-02 RCSB RUS "Modify descriptor" 2011-06-04 RCSB #