data_RZY
#
_chem_comp.id RZY
_chem_comp.name "(2~{S})-2-[[[(1~{S})-1-acetamidoethyl]-phosphonooxy-phosphoryl]methyl]pentanedioic acid"
_chem_comp.type non-polymer
_chem_comp.pdbx_type HETAIN
_chem_comp.formula "C10 H19 N O10 P2"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ?
_chem_comp.pdbx_synonyms ?
_chem_comp.pdbx_formal_charge 0
_chem_comp.pdbx_initial_date 2020-03-03
_chem_comp.pdbx_modified_date 2020-08-07
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N
_chem_comp.pdbx_release_status REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by ?
_chem_comp.pdbx_replaces ?
_chem_comp.formula_weight 375.206
_chem_comp.one_letter_code ?
_chem_comp.three_letter_code RZY
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 6VZQ
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list ?
_chem_comp.pdbx_processing_site RCSB
# #
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
RZY O14 O1 O 0 1 N N N 21.661 13.710 10.344 -1.893 -3.243 -0.216 O14 RZY 1
RZY C01 C1 C 0 1 N N N 26.481 19.343 4.538 5.418 -0.351 1.247 C01 RZY 2
RZY C02 C2 C 0 1 N N N 25.437 18.233 4.531 4.290 0.366 0.552 C02 RZY 3
RZY C03 C3 C 0 1 N N N 25.938 17.030 5.323 3.087 -0.572 0.432 C03 RZY 4
RZY C04 C4 C 0 1 N N S 24.922 16.539 6.349 1.941 0.155 -0.274 C04 RZY 5
RZY C05 C5 C 0 1 N N N 24.117 15.380 5.768 2.344 0.470 -1.692 C05 RZY 6
RZY C08 C6 C 0 1 N N N 25.620 16.132 7.645 0.699 -0.738 -0.284 C08 RZY 7
RZY C16 C7 C 0 1 N N S 25.419 16.278 10.732 -1.087 1.470 0.612 C16 RZY 8
RZY C18 C8 C 0 1 N N N 27.372 14.739 10.065 -3.451 1.855 1.057 C18 RZY 9
RZY C19 C9 C 0 1 N N N 28.883 14.612 9.890 -4.750 2.568 0.782 C19 RZY 10
RZY C21 C10 C 0 1 N N N 24.821 15.337 11.782 0.054 2.489 0.661 C21 RZY 11
RZY N17 N1 N 0 1 N N N 26.834 16.012 10.519 -2.349 2.163 0.344 N17 RZY 12
RZY O06 O2 O 0 1 N N N 23.218 15.591 4.912 2.968 -0.339 -2.337 O06 RZY 13
RZY O07 O3 O 0 1 N N N 24.363 14.204 6.142 2.009 1.650 -2.238 O07 RZY 14
RZY O10 O4 O 0 1 N N N 23.549 17.237 8.988 -0.516 0.977 -1.985 O10 RZY 15
RZY O11 O5 O 0 1 N N N 23.690 14.703 9.211 -2.042 -0.704 -0.882 O11 RZY 16
RZY O13 O6 O 0 1 N N N 21.482 15.993 9.521 -4.237 -2.065 -0.389 O13 RZY 17
RZY O15 O7 O 0 1 N N N 21.599 14.081 7.877 -2.607 -1.487 1.450 O15 RZY 18
RZY O20 O8 O 0 1 N N N 26.673 13.814 9.817 -3.397 1.005 1.921 O20 RZY 19
RZY O22 O9 O 0 1 N N N 27.271 19.471 3.566 5.275 -1.495 1.610 O22 RZY 20
RZY O23 O10 O 0 1 N N N 26.550 20.122 5.524 6.582 0.281 1.464 O23 RZY 21
RZY P09 P1 P 0 1 N N R 24.492 16.128 9.127 -0.764 0.261 -0.714 P09 RZY 22
RZY P12 P2 P 0 1 N N N 22.056 14.630 9.223 -2.693 -1.867 0.022 P12 RZY 23
RZY H1 H1 H 0 1 N N N 21.199 12.959 9.990 -1.970 -3.593 -1.114 H1 RZY 24
RZY H2 H2 H 0 1 N N N 24.508 18.606 4.987 4.007 1.246 1.129 H2 RZY 25
RZY H3 H3 H 0 1 N N N 25.239 17.927 3.493 4.612 0.672 -0.443 H3 RZY 26
RZY H4 H4 H 0 1 N N N 26.154 16.211 4.621 3.369 -1.453 -0.146 H4 RZY 27
RZY H5 H5 H 0 1 N N N 26.861 17.314 5.849 2.764 -0.879 1.427 H5 RZY 28
RZY H6 H6 H 0 1 N N N 24.229 17.364 6.573 1.718 1.082 0.255 H6 RZY 29
RZY H7 H7 H 0 1 N N N 26.030 15.119 7.517 0.827 -1.531 -1.020 H7 RZY 30
RZY H8 H8 H 0 1 N N N 26.442 16.839 7.835 0.560 -1.178 0.704 H8 RZY 31
RZY H9 H9 H 0 1 N N N 25.276 17.318 11.060 -1.152 0.951 1.568 H9 RZY 32
RZY H10 H10 H 0 1 N N N 29.127 13.601 9.531 -4.604 3.291 -0.020 H10 RZY 33
RZY H11 H11 H 0 1 N N N 29.231 15.356 9.158 -5.507 1.842 0.485 H11 RZY 34
RZY H12 H12 H 0 1 N N N 29.380 14.788 10.856 -5.078 3.086 1.684 H12 RZY 35
RZY H13 H13 H 0 1 N N N 25.379 15.437 12.725 0.441 2.649 -0.345 H13 RZY 36
RZY H14 H14 H 0 1 N N N 23.766 15.599 11.951 -0.318 3.431 1.061 H14 RZY 37
RZY H15 H15 H 0 1 N N N 24.888 14.299 11.424 0.851 2.111 1.301 H15 RZY 38
RZY H16 H16 H 0 1 N N N 27.480 16.754 10.697 -2.393 2.843 -0.346 H16 RZY 39
RZY H17 H17 H 0 1 N N N 23.788 13.600 5.687 2.353 1.837 -3.122 H17 RZY 40
RZY H18 H18 H 0 1 N N N 22.146 16.656 9.373 -4.693 -2.751 0.117 H18 RZY 41
RZY H19 H19 H 0 1 N N N 27.248 20.750 5.383 7.277 -0.219 1.913 H19 RZY 42
# #
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
RZY O22 C01 DOUB N N 1
RZY C02 C01 SING N N 2
RZY C02 C03 SING N N 3
RZY C01 O23 SING N N 4
RZY O06 C05 DOUB N N 5
RZY C03 C04 SING N N 6
RZY C05 O07 SING N N 7
RZY C05 C04 SING N N 8
RZY C04 C08 SING N N 9
RZY C08 P09 SING N N 10
RZY O15 P12 DOUB N N 11
RZY O10 P09 DOUB N N 12
RZY P09 O11 SING N N 13
RZY P09 C16 SING N N 14
RZY O11 P12 SING N N 15
RZY P12 O13 SING N N 16
RZY P12 O14 SING N N 17
RZY O20 C18 DOUB N N 18
RZY C19 C18 SING N N 19
RZY C18 N17 SING N N 20
RZY N17 C16 SING N N 21
RZY C16 C21 SING N N 22
RZY O14 H1 SING N N 23
RZY C02 H2 SING N N 24
RZY C02 H3 SING N N 25
RZY C03 H4 SING N N 26
RZY C03 H5 SING N N 27
RZY C04 H6 SING N N 28
RZY C08 H7 SING N N 29
RZY C08 H8 SING N N 30
RZY C16 H9 SING N N 31
RZY C19 H10 SING N N 32
RZY C19 H11 SING N N 33
RZY C19 H12 SING N N 34
RZY C21 H13 SING N N 35
RZY C21 H14 SING N N 36
RZY C21 H15 SING N N 37
RZY N17 H16 SING N N 38
RZY O07 H17 SING N N 39
RZY O13 H18 SING N N 40
RZY O23 H19 SING N N 41
# #
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
RZY InChI InChI 1.03 "InChI=1S/C10H19NO10P2/c1-6(12)11-7(2)22(17,21-23(18,19)20)5-8(10(15)16)3-4-9(13)14/h7-8H,3-5H2,1-2H3,(H,11,12)(H,13,14)(H,15,16)(H2,18,19,20)/t7-,8+,22+/m0/s1"
RZY InChIKey InChI 1.03 LWXGQCMUFYLATN-GADVLXDNSA-N
RZY SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "C[C@@H](NC(C)=O)[P@@](=O)(C[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)O[P](O)(O)=O"
RZY SMILES CACTVS 3.385 "C[CH](NC(C)=O)[P](=O)(C[CH](CCC(O)=O)C(O)=O)O[P](O)(O)=O"
RZY SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "C[C@@H](NC(=O)C)[P@@](=O)(C[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)OP(=O)(O)O"
RZY SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "CC(NC(=O)C)P(=O)(CC(CCC(=O)O)C(=O)O)OP(=O)(O)O"
#
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id RZY
_pdbx_chem_comp_identifier.type "SYSTEMATIC NAME"
_pdbx_chem_comp_identifier.program "OpenEye OEToolkits"
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version 2.0.7
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier "(2~{S})-2-[[[(1~{S})-1-acetamidoethyl]-phosphonooxy-phosphoryl]methyl]pentanedioic acid"
# #
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
RZY "Create component" 2020-03-03 RCSB
RZY "Initial release" 2020-08-12 RCSB
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