data_SJT # _chem_comp.id SJT _chem_comp.name "spliceostatin A (form II)" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_type HETAIN _chem_comp.formula "C28 H45 N O8" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ? _chem_comp.pdbx_synonyms "[(~{Z},2~{S})-5-[[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{S})-6-[(2~{E},4~{E})-5-[(2~{R},3~{R},4~{S},6~{S})-6-methoxy-4,6-dimethyl-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]-3-methyl-penta-2,4-dienyl]-2,5-dimethyl-oxan-3-yl]amino]-5-oxidanylidene-pent-3-en-2-yl] ethanoate" _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2020-11-20 _chem_comp.pdbx_modified_date 2021-07-30 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 523.659 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code SJT _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 7B0I _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site PDBE # # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal SJT C9 C1 C 0 1 N N N -21.946 36.541 -35.081 -2.452 2.893 0.122 C9 SJT 1 SJT C8 C2 C 0 1 N N R -21.693 35.399 -34.127 -2.266 1.584 -0.649 C8 SJT 2 SJT C5 C3 C 0 1 N N N -28.954 31.116 -35.103 -9.329 -0.491 -0.952 C5 SJT 3 SJT C6 C4 C 0 1 N N N -30.386 30.709 -35.173 -10.012 -1.612 -1.692 C6 SJT 4 SJT C2 C5 C 0 1 N N N -27.031 33.229 -36.086 -7.425 -0.032 2.069 C2 SJT 5 SJT C4 C6 C 0 1 N N N -26.597 31.476 -37.846 -9.397 1.398 1.607 C4 SJT 6 SJT N N1 N 0 1 N N N -23.801 34.341 -34.809 -4.210 0.652 0.509 N SJT 7 SJT C C7 C 0 1 N N N -24.621 33.417 -35.334 -5.517 0.342 0.618 C SJT 8 SJT O O1 O 0 1 N N N -24.238 32.266 -35.600 -6.208 0.261 -0.380 O SJT 9 SJT C1 C8 C 0 1 N N N -25.997 33.896 -35.600 -6.108 0.102 1.943 C1 SJT 10 SJT C10 C9 C 0 1 N N S -21.875 34.888 -31.797 -1.113 -0.517 -0.577 C10 SJT 11 SJT C11 C10 C 0 1 N N S -22.536 33.531 -32.012 -2.422 -1.296 -0.737 C11 SJT 12 SJT C12 C11 C 0 1 N N N -24.040 33.562 -31.748 -3.003 -1.607 0.644 C12 SJT 13 SJT C13 C12 C 0 1 N N N -22.223 33.031 -33.424 -3.419 -0.446 -1.531 C13 SJT 14 SJT C14 C13 C 0 1 N N N -22.263 35.552 -30.479 -0.133 -1.334 0.267 C14 SJT 15 SJT C15 C14 C 0 1 N N N -21.741 34.808 -29.285 1.195 -0.625 0.322 C15 SJT 16 SJT C16 C15 C 0 1 N N N -22.382 34.730 -28.117 2.309 -1.273 -0.003 C16 SJT 17 SJT C17 C16 C 0 1 N N N -23.710 35.381 -27.845 2.250 -2.734 -0.370 C17 SJT 18 SJT C18 C17 C 0 1 N N N -21.769 33.970 -27.043 3.598 -0.565 -0.004 C18 SJT 19 SJT C19 C18 C 0 1 N N N -22.234 33.786 -25.821 4.712 -1.214 -0.329 C19 SJT 20 SJT C20 C19 C 0 1 N N R -21.553 32.987 -24.759 6.033 -0.488 -0.330 C20 SJT 21 SJT C21 C20 C 0 1 N N R -22.273 31.684 -24.412 7.023 -1.231 0.571 C21 SJT 22 SJT C22 C21 C 0 1 N N S -21.562 30.927 -23.280 8.344 -0.455 0.612 C22 SJT 23 SJT C23 C22 C 0 1 N N N -22.367 29.726 -22.803 9.314 -1.147 1.572 C23 SJT 24 SJT C24 C23 C 0 1 N N N -21.276 31.897 -22.127 8.071 0.971 1.099 C24 SJT 25 SJT C25 C24 C 0 1 N N S -20.541 33.154 -22.578 7.040 1.628 0.178 C25 SJT 26 SJT C26 C25 C 0 1 N N N -20.355 34.162 -21.473 6.717 3.032 0.693 C26 SJT 27 SJT C27 C26 C 0 1 N N N -18.371 33.727 -23.460 6.683 2.318 -2.089 C27 SJT 28 SJT C3 C27 C 0 1 N N S -27.051 31.773 -36.436 -8.342 0.479 0.988 C3 SJT 29 SJT C7 C28 C 0 1 N N R -22.394 34.096 -34.510 -3.621 0.891 -0.811 C7 SJT 30 SJT O1 O2 O 0 1 N N N -28.451 31.331 -36.337 -8.998 -0.643 0.340 O1 SJT 31 SJT O2 O3 O 0 1 N N N -28.311 31.243 -34.102 -9.078 0.544 -1.522 O2 SJT 32 SJT O3 O4 O 0 1 N N N -22.229 35.796 -32.850 -1.377 0.729 0.071 O3 SJT 33 SJT O4 O5 O 0 1 N N N -22.390 30.870 -25.571 7.255 -2.541 0.049 O4 SJT 34 SJT O5 O6 O 0 1 N N N -20.308 30.450 -23.803 8.915 -0.414 -0.697 O5 SJT 35 SJT O6 O7 O 0 1 N N N -21.367 33.784 -23.572 5.847 0.840 0.161 O6 SJT 36 SJT O7 O8 O 0 1 N N N -19.333 32.713 -23.151 7.571 1.717 -1.145 O7 SJT 37 SJT H1 H1 H 0 1 N N N -21.408 37.436 -34.734 -1.487 3.386 0.238 H1 SJT 38 SJT H2 H2 H 0 1 N N N -21.590 36.266 -36.085 -3.130 3.546 -0.428 H2 SJT 39 SJT H3 H3 H 0 1 N N N -23.024 36.754 -35.120 -2.871 2.679 1.105 H3 SJT 40 SJT H4 H4 H 0 1 N N N -20.611 35.219 -34.050 -1.847 1.799 -1.633 H4 SJT 41 SJT H5 H5 H 0 1 N N N -30.770 30.540 -34.156 -10.200 -1.307 -2.721 H5 SJT 42 SJT H6 H6 H 0 1 N N N -30.970 31.505 -35.658 -9.373 -2.495 -1.685 H6 SJT 43 SJT H7 H7 H 0 1 N N N -30.475 29.781 -35.757 -10.958 -1.846 -1.203 H7 SJT 44 SJT H8 H8 H 0 1 N N N -27.943 33.785 -36.245 -7.838 -0.508 2.947 H8 SJT 45 SJT H9 H9 H 0 1 N N N -25.550 31.791 -37.969 -10.060 1.768 0.825 H9 SJT 46 SJT H10 H10 H 0 1 N N N -26.680 30.396 -38.038 -9.977 0.842 2.343 H10 SJT 47 SJT H11 H11 H 0 1 N N N -27.231 32.025 -38.558 -8.904 2.240 2.094 H11 SJT 48 SJT H12 H12 H 0 1 N N N -24.175 35.247 -34.612 -3.659 0.716 1.304 H12 SJT 49 SJT H13 H13 H 0 1 N N N -26.182 34.934 -35.365 -5.472 0.036 2.814 H13 SJT 50 SJT H14 H14 H 0 1 N N N -20.785 34.740 -31.797 -0.679 -0.331 -1.560 H14 SJT 51 SJT H15 H15 H 0 1 N N N -22.086 32.823 -31.300 -2.230 -2.227 -1.269 H15 SJT 52 SJT H16 H16 H 0 1 N N N -24.226 33.925 -30.727 -2.968 -0.711 1.264 H16 SJT 53 SJT H17 H17 H 0 1 N N N -24.525 34.235 -32.471 -4.037 -1.935 0.538 H17 SJT 54 SJT H18 H18 H 0 1 N N N -24.452 32.548 -31.857 -2.418 -2.397 1.115 H18 SJT 55 SJT H19 H19 H 0 1 N N N -22.897 32.192 -33.652 -3.027 -0.266 -2.532 H19 SJT 56 SJT H20 H20 H 0 1 N N N -21.181 32.680 -33.444 -4.371 -0.972 -1.602 H20 SJT 57 SJT H21 H21 H 0 1 N N N -21.854 36.573 -30.465 -0.528 -1.445 1.277 H21 SJT 58 SJT H22 H22 H 0 1 N N N -23.360 35.595 -30.416 -0.001 -2.319 -0.181 H22 SJT 59 SJT H23 H23 H 0 1 N N N -20.789 34.305 -29.376 1.242 0.411 0.625 H23 SJT 60 SJT H24 H24 H 0 1 N N N -24.020 35.166 -26.812 1.999 -2.833 -1.426 H24 SJT 61 SJT H25 H25 H 0 1 N N N -23.620 36.469 -27.982 3.220 -3.194 -0.182 H25 SJT 62 SJT H26 H26 H 0 1 N N N -24.462 34.985 -28.543 1.489 -3.230 0.233 H26 SJT 63 SJT H27 H27 H 0 1 N N N -20.823 33.501 -27.270 3.640 0.481 0.259 H27 SJT 64 SJT H28 H28 H 0 1 N N N -23.178 34.248 -25.571 4.670 -2.260 -0.592 H28 SJT 65 SJT H29 H29 H 0 1 N N N -20.559 32.712 -25.142 6.425 -0.449 -1.346 H29 SJT 66 SJT H30 H30 H 0 1 N N N -23.280 31.945 -24.055 6.614 -1.306 1.578 H30 SJT 67 SJT H31 H31 H 0 1 N N N -21.822 29.216 -21.995 9.501 -2.165 1.228 H31 SJT 68 SJT H32 H32 H 0 1 N N N -23.344 30.065 -22.429 10.253 -0.595 1.600 H32 SJT 69 SJT H33 H33 H 0 1 N N N -22.517 29.029 -23.641 8.878 -1.176 2.571 H33 SJT 70 SJT H34 H34 H 0 1 N N N -22.233 32.194 -21.672 7.682 0.940 2.117 H34 SJT 71 SJT H35 H35 H 0 1 N N N -20.659 31.379 -21.378 8.997 1.546 1.080 H35 SJT 72 SJT H36 H36 H 0 1 N N N -19.726 33.728 -20.682 7.626 3.632 0.707 H36 SJT 73 SJT H37 H37 H 0 1 N N N -19.867 35.062 -21.876 5.982 3.500 0.037 H37 SJT 74 SJT H38 H38 H 0 1 N N N -21.336 34.433 -21.055 6.311 2.964 1.703 H38 SJT 75 SJT H39 H39 H 0 1 N N N -17.476 33.262 -23.899 7.160 2.348 -3.069 H39 SJT 76 SJT H40 H40 H 0 1 N N N -18.805 34.438 -24.179 5.765 1.733 -2.150 H40 SJT 77 SJT H41 H41 H 0 1 N N N -18.092 34.261 -22.539 6.446 3.333 -1.769 H41 SJT 78 SJT H42 H42 H 0 1 N N N -26.428 31.212 -35.724 -7.761 1.035 0.252 H42 SJT 79 SJT H43 H43 H 0 1 N N N -21.909 33.717 -35.421 -4.287 1.524 -1.398 H43 SJT 80 SJT H44 H44 H 0 1 N N N -22.838 30.063 -25.348 6.459 -3.087 -0.010 H44 SJT 81 SJT H45 H45 H 0 1 N N N -19.842 29.975 -23.125 9.108 -1.285 -1.070 H45 SJT 82 # # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal SJT C4 C3 SING N N 1 SJT C3 O1 SING N N 2 SJT C3 C2 SING N N 3 SJT O1 C5 SING N N 4 SJT C2 C1 DOUB N Z 5 SJT C1 C SING N N 6 SJT O C DOUB N N 7 SJT C N SING N N 8 SJT C6 C5 SING N N 9 SJT C5 O2 DOUB N N 10 SJT C9 C8 SING N N 11 SJT N C7 SING N N 12 SJT C7 C8 SING N N 13 SJT C7 C13 SING N N 14 SJT C8 O3 SING N N 15 SJT C13 C11 SING N N 16 SJT O3 C10 SING N N 17 SJT C11 C10 SING N N 18 SJT C11 C12 SING N N 19 SJT C10 C14 SING N N 20 SJT C14 C15 SING N N 21 SJT C15 C16 DOUB N E 22 SJT C16 C17 SING N N 23 SJT C16 C18 SING N N 24 SJT C18 C19 DOUB N E 25 SJT C19 C20 SING N N 26 SJT O4 C21 SING N N 27 SJT C20 C21 SING N N 28 SJT C20 O6 SING N N 29 SJT C21 C22 SING N N 30 SJT O5 C22 SING N N 31 SJT O6 C25 SING N N 32 SJT C27 O7 SING N N 33 SJT C22 C23 SING N N 34 SJT C22 C24 SING N N 35 SJT O7 C25 SING N N 36 SJT C25 C24 SING N N 37 SJT C25 C26 SING N N 38 SJT C9 H1 SING N N 39 SJT C9 H2 SING N N 40 SJT C9 H3 SING N N 41 SJT C8 H4 SING N N 42 SJT C6 H5 SING N N 43 SJT C6 H6 SING N N 44 SJT C6 H7 SING N N 45 SJT C2 H8 SING N N 46 SJT C4 H9 SING N N 47 SJT C4 H10 SING N N 48 SJT C4 H11 SING N N 49 SJT N H12 SING N N 50 SJT C1 H13 SING N N 51 SJT C10 H14 SING N N 52 SJT C11 H15 SING N N 53 SJT C12 H16 SING N N 54 SJT C12 H17 SING N N 55 SJT C12 H18 SING N N 56 SJT C13 H19 SING N N 57 SJT C13 H20 SING N N 58 SJT C14 H21 SING N N 59 SJT C14 H22 SING N N 60 SJT C15 H23 SING N N 61 SJT C17 H24 SING N N 62 SJT C17 H25 SING N N 63 SJT C17 H26 SING N N 64 SJT C18 H27 SING N N 65 SJT C19 H28 SING N N 66 SJT C20 H29 SING N N 67 SJT C21 H30 SING N N 68 SJT C23 H31 SING N N 69 SJT C23 H32 SING N N 70 SJT C23 H33 SING N N 71 SJT C24 H34 SING N N 72 SJT C24 H35 SING N N 73 SJT C26 H36 SING N N 74 SJT C26 H37 SING N N 75 SJT C26 H38 SING N N 76 SJT C27 H39 SING N N 77 SJT C27 H40 SING N N 78 SJT C27 H41 SING N N 79 SJT C3 H42 SING N N 80 SJT C7 H43 SING N N 81 SJT O4 H44 SING N N 82 SJT O5 H45 SING N N 83 # # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor SJT InChI InChI 1.03 "InChI=1S/C28H45NO8/c1-17(10-13-24-26(32)27(6,33)16-28(7,34-8)37-24)9-12-23-18(2)15-22(20(4)36-23)29-25(31)14-11-19(3)35-21(5)30/h9-11,13-14,18-20,22-24,26,32-33H,12,15-16H2,1-8H3,(H,29,31)/b13-10+,14-11-,17-9+/t18-,19-,20+,22+,23-,24+,26+,27-,28-/m0/s1" SJT InChIKey InChI 1.03 KFBJURVXOOMXKK-GSHHMAPISA-N SJT SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "CO[C@]1(C)C[C@](C)(O)[C@H](O)[C@H](O1)/C=C/C(C)=C/C[C@@H]2O[C@H](C)[C@@H](C[C@@H]2C)NC(=O)\C=C/[C@H](C)OC(C)=O" SJT SMILES CACTVS 3.385 "CO[C]1(C)C[C](C)(O)[CH](O)[CH](O1)C=CC(C)=CC[CH]2O[CH](C)[CH](C[CH]2C)NC(=O)C=C[CH](C)OC(C)=O" SJT SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "C[C@H]1C[C@H]([C@H](O[C@H]1C/C=C(\C)/C=C/[C@@H]2[C@H]([C@@](C[C@@](O2)(C)OC)(C)O)O)C)NC(=O)/C=C\[C@H](C)OC(=O)C" SJT SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "CC1CC(C(OC1CC=C(C)C=CC2C(C(CC(O2)(C)OC)(C)O)O)C)NC(=O)C=CC(C)OC(=O)C" # _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id SJT _pdbx_chem_comp_identifier.type "SYSTEMATIC NAME" _pdbx_chem_comp_identifier.program "OpenEye OEToolkits" _pdbx_chem_comp_identifier.program_version 2.0.7 _pdbx_chem_comp_identifier.identifier "[(~{Z},2~{S})-5-[[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{S})-6-[(2~{E},4~{E})-5-[(2~{R},3~{R},4~{S},6~{S})-6-methoxy-4,6-dimethyl-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]-3-methyl-penta-2,4-dienyl]-2,5-dimethyl-oxan-3-yl]amino]-5-oxidanylidene-pent-3-en-2-yl] ethanoate" # _pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal 1 _pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id SJT _pdbx_chem_comp_synonyms.name "[(~{Z},2~{S})-5-[[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{S})-6-[(2~{E},4~{E})-5-[(2~{R},3~{R},4~{S},6~{S})-6-methoxy-4,6-dimethyl-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]-3-methyl-penta-2,4-dienyl]-2,5-dimethyl-oxan-3-yl]amino]-5-oxidanylidene-pent-3-en-2-yl] ethanoate" _pdbx_chem_comp_synonyms.provenance PDB _pdbx_chem_comp_synonyms.type ? # # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site SJT "Create component" 2020-11-20 PDBE SJT "Modify synonyms" 2021-03-13 RCSB SJT "Initial release" 2021-08-04 RCSB ##