data_TYM
#
_chem_comp.id TYM
_chem_comp.name "TRYPTOPHANYL-5'AMP"
_chem_comp.type NON-POLYMER
_chem_comp.pdbx_type HETAIN
_chem_comp.formula "C21 H24 N7 O8 P"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ?
_chem_comp.pdbx_synonyms ?
_chem_comp.pdbx_formal_charge 0
_chem_comp.pdbx_initial_date 2001-03-08
_chem_comp.pdbx_modified_date 2011-06-04
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N
_chem_comp.pdbx_release_status REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by ?
_chem_comp.pdbx_replaces ?
_chem_comp.formula_weight 533.431
_chem_comp.one_letter_code ?
_chem_comp.three_letter_code TYM
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details ?
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 1I6L
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list ?
_chem_comp.pdbx_processing_site EBI
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
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_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
TYM P P P 0 1 N N R 50.981 20.990 40.372 2.407 0.242 1.066 P TYM 1
TYM O1P O1P O 0 1 N N N 51.212 19.494 40.319 2.247 1.814 0.758 O1P TYM 2
TYM O2P O2P O 0 1 N N N 49.651 21.630 40.092 3.839 -0.080 1.250 O2P TYM 3
TYM "O5'" "O5'" O 0 1 N N N 52.176 21.843 39.479 1.818 -0.608 -0.167 "O5'" TYM 4
TYM "C5'" "C5'" C 0 1 N N N 53.491 21.415 39.567 2.574 -0.238 -1.322 "C5'" TYM 5
TYM "C4'" "C4'" C 0 1 N N R 54.442 22.593 39.435 2.063 -1.015 -2.536 "C4'" TYM 6
TYM "O4'" "O4'" O 0 1 N N N 54.093 23.301 38.225 0.687 -0.684 -2.785 "O4'" TYM 7
TYM "C1'" "C1'" C 0 1 N N R 53.898 24.692 38.454 0.495 -0.722 -4.215 "C1'" TYM 8
TYM N9 N9 N 0 1 Y N N 52.887 25.217 37.557 -0.678 0.063 -4.600 N9 TYM 9
TYM C4 C4 C 0 1 Y N N 53.062 26.320 36.698 -1.474 -0.149 -5.697 C4 TYM 10
TYM N3 N3 N 0 1 Y N N 54.183 27.098 36.550 -1.492 -1.037 -6.686 N3 TYM 11
TYM C2 C2 C 0 1 Y N N 53.977 28.055 35.653 -2.419 -0.985 -7.618 C2 TYM 12
TYM N1 N1 N 0 1 Y N N 52.881 28.292 34.933 -3.370 -0.069 -7.622 N1 TYM 13
TYM C6 C6 C 0 1 Y N N 51.810 27.499 35.070 -3.437 0.856 -6.671 C6 TYM 14
TYM N6 N6 N 0 1 N N N 50.694 27.735 34.352 -4.437 1.813 -6.684 N6 TYM 15
TYM C5 C5 C 0 1 Y N N 51.888 26.448 36.023 -2.468 0.842 -5.653 C5 TYM 16
TYM N7 N7 N 0 1 Y N N 50.967 25.479 36.424 -2.227 1.601 -4.557 N7 TYM 17
TYM C8 C8 C 0 1 Y N N 51.588 24.776 37.317 -1.177 1.146 -3.938 C8 TYM 18
TYM "C2'" "C2'" C 0 1 N N R 53.438 24.705 39.984 1.792 -0.081 -4.771 "C2'" TYM 19
TYM "O2'" "O2'" O 0 1 N N N 53.621 26.029 40.542 2.052 -0.527 -6.103 "O2'" TYM 20
TYM "C3'" "C3'" C 0 1 N N S 54.362 23.655 40.609 2.867 -0.618 -3.789 "C3'" TYM 21
TYM "O3'" "O3'" O 0 1 N N N 55.674 24.110 40.833 3.531 -1.754 -4.347 "O3'" TYM 22
TYM NH3 NH3 N 0 1 N N N 50.603 21.398 45.433 2.043 0.271 5.988 NH3 TYM 23
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TYM CB CB C 0 1 N N N 52.414 20.029 44.452 -0.040 1.059 4.971 CB TYM 25
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TYM NE1 NE1 N 0 1 Y N N 53.873 19.086 47.664 -1.470 0.673 8.341 NE1 TYM 31
TYM CZ2 CZ2 C 0 1 Y N N 55.964 20.474 47.963 -3.330 -1.046 8.116 CZ2 TYM 32
TYM CZ3 CZ3 C 0 1 Y N N 56.390 21.969 46.081 -3.588 -1.869 5.873 CZ3 TYM 33
TYM CH2 CH2 C 0 1 Y N N 56.755 21.443 47.344 -3.971 -1.859 7.206 CH2 TYM 34
TYM C C C 0 1 N N N 50.902 21.215 43.012 1.917 0.465 3.569 C TYM 35
TYM O O O 0 1 N N N 49.782 20.733 42.897 2.812 1.276 3.607 O TYM 36
TYM OPP OPP O 0 1 N N N 51.573 21.605 41.904 1.597 -0.126 2.407 OPP TYM 37
TYM H1PO OH1P H 0 0 N N N 52.053 19.089 40.496 1.301 1.982 0.645 H1PO TYM 38
TYM "H5'1" "1H5'" H 0 0 N N N 53.676 20.834 40.500 2.463 0.830 -1.502 "H5'1" TYM 39
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TYM "H4'C" "CH4'" H 0 0 N N N 55.470 22.161 39.446 2.160 -2.086 -2.358 "H4'C" TYM 41
TYM "H1'C" "CH1'" H 0 0 N N N 54.791 25.331 38.266 0.397 -1.751 -4.562 "H1'C" TYM 42
TYM HC2 HC2 H 0 1 N N N 54.824 28.740 35.484 -2.402 -1.720 -8.410 HC2 TYM 43
TYM HN61 1HN6 H 0 0 N N N 49.878 27.131 34.456 -5.099 1.813 -7.392 HN61 TYM 44
TYM HN62 2HN6 H 0 0 N N N 50.947 27.764 33.364 -4.475 2.484 -5.984 HN62 TYM 45
TYM HC8 HC8 H 0 1 N N N 51.083 23.924 37.803 -0.761 1.563 -3.033 HC8 TYM 46
TYM "H2'C" "CH2'" H 0 0 N N N 52.361 24.471 40.157 1.736 1.006 -4.731 "H2'C" TYM 47
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TYM HH31 1HH3 H 0 0 N N N 50.085 22.275 45.376 2.341 1.235 6.002 HH31 TYM 51
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TYM HCB1 1HCB H 0 0 N N N 51.719 19.164 44.339 0.309 2.089 5.030 HCB1 TYM 54
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TYM HE3C CHE3 H 0 0 N N N 54.991 21.924 44.437 -2.272 -1.086 4.399 HE3C TYM 56
TYM HD1C CHD1 H 0 0 N N N 52.037 18.287 46.752 0.161 1.959 7.696 HD1C TYM 57
TYM HE1N NHE1 H 0 0 N N N 53.906 18.551 48.531 -1.513 0.885 9.287 HE1N TYM 58
TYM HZ2C CHZ2 H 0 0 N N N 56.263 20.081 48.949 -3.636 -1.046 9.152 HZ2C TYM 59
TYM HZ3C CHZ3 H 0 0 N N N 57.003 22.747 45.596 -4.101 -2.511 5.172 HZ3C TYM 60
TYM HH2C CHH2 H 0 0 N N N 57.668 21.793 47.853 -4.781 -2.494 7.535 HH2C TYM 61
#
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
TYM P O1P SING N N 1
TYM P O2P DOUB N N 2
TYM P "O5'" SING N N 3
TYM P OPP SING N N 4
TYM O1P H1PO SING N N 5
TYM "O5'" "C5'" SING N N 6
TYM "C5'" "C4'" SING N N 7
TYM "C5'" "H5'1" SING N N 8
TYM "C5'" "H5'2" SING N N 9
TYM "C4'" "O4'" SING N N 10
TYM "C4'" "C3'" SING N N 11
TYM "C4'" "H4'C" SING N N 12
TYM "O4'" "C1'" SING N N 13
TYM "C1'" N9 SING N N 14
TYM "C1'" "C2'" SING N N 15
TYM "C1'" "H1'C" SING N N 16
TYM N9 C4 SING Y N 17
TYM N9 C8 SING Y N 18
TYM C4 N3 DOUB Y N 19
TYM C4 C5 SING Y N 20
TYM N3 C2 SING Y N 21
TYM C2 N1 DOUB Y N 22
TYM C2 HC2 SING N N 23
TYM N1 C6 SING Y N 24
TYM C6 N6 SING N N 25
TYM C6 C5 DOUB Y N 26
TYM N6 HN61 SING N N 27
TYM N6 HN62 SING N N 28
TYM C5 N7 SING Y N 29
TYM N7 C8 DOUB Y N 30
TYM C8 HC8 SING N N 31
TYM "C2'" "O2'" SING N N 32
TYM "C2'" "C3'" SING N N 33
TYM "C2'" "H2'C" SING N N 34
TYM "O2'" "H2'O" SING N N 35
TYM "C3'" "O3'" SING N N 36
TYM "C3'" "H3'C" SING N N 37
TYM "O3'" "H3'O" SING N N 38
TYM NH3 CA SING N N 39
TYM NH3 HH31 SING N N 40
TYM NH3 HH32 SING N N 41
TYM CA CB SING N N 42
TYM CA C SING N N 43
TYM CA HCA SING N N 44
TYM CB CG SING N N 45
TYM CB HCB1 SING N N 46
TYM CB HCB2 SING N N 47
TYM CG CD2 SING Y N 48
TYM CG CD1 DOUB Y N 49
TYM CD2 CE2 DOUB Y N 50
TYM CD2 CE3 SING Y N 51
TYM CE2 NE1 SING Y N 52
TYM CE2 CZ2 SING Y N 53
TYM CE3 CZ3 DOUB Y N 54
TYM CE3 HE3C SING N N 55
TYM CD1 NE1 SING Y N 56
TYM CD1 HD1C SING N N 57
TYM NE1 HE1N SING N N 58
TYM CZ2 CH2 DOUB Y N 59
TYM CZ2 HZ2C SING N N 60
TYM CZ3 CH2 SING Y N 61
TYM CZ3 HZ3C SING N N 62
TYM CH2 HH2C SING N N 63
TYM C O DOUB N N 64
TYM C OPP SING N N 65
#
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
TYM SMILES ACDLabs 10.04 "O=C(OP(=O)(O)OCC3OC(n2cnc1c(ncnc12)N)C(O)C3O)C(N)Cc5c4ccccc4nc5"
TYM SMILES_CANONICAL CACTVS 3.341 "N[C@@H](Cc1c[nH]c2ccccc12)C(=O)O[P@@](O)(=O)OC[C@H]3O[C@H]([C@H](O)[C@@H]3O)n4cnc5c(N)ncnc45"
TYM SMILES CACTVS 3.341 "N[CH](Cc1c[nH]c2ccccc12)C(=O)O[P](O)(=O)OC[CH]3O[CH]([CH](O)[CH]3O)n4cnc5c(N)ncnc45"
TYM SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "c1ccc2c(c1)c(c[nH]2)C[C@@H](C(=O)O[P@](=O)(O)OC[C@@H]3[C@H]([C@H]([C@@H](O3)n4cnc5c4ncnc5N)O)O)N"
TYM SMILES "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "c1ccc2c(c1)c(c[nH]2)CC(C(=O)OP(=O)(O)OCC3C(C(C(O3)n4cnc5c4ncnc5N)O)O)N"
TYM InChI InChI 1.03
"InChI=1S/C21H24N7O8P/c22-12(5-10-6-24-13-4-2-1-3-11(10)13)21(31)36-37(32,33)34-7-14-16(29)17(30)20(35-14)28-9-27-15-18(23)25-8-26-19(15)28/h1-4,6,8-9,12,14,16-17,20,24,29-30H,5,7,22H2,(H,32,33)(H2,23,25,26)/t12-,14+,16+,17+,20+/m0/s1"
TYM InChIKey InChI 1.03 IFQVDHDRFCKAAW-SQIXAUHQSA-N
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
TYM "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 10.04 "5'-O-[(R)-{[(2S)-2-amino-3-(1H-indol-3-yl)propanoyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]adenosine"
TYM "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl] (2S)-2-amino-3-(1H-indol-3-yl)propanoate"
#
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
TYM "Create component" 2001-03-08 EBI
TYM "Modify descriptor" 2011-06-04 RCSB
#