data_TYM # _chem_comp.id TYM _chem_comp.name "TRYPTOPHANYL-5'AMP" _chem_comp.type NON-POLYMER _chem_comp.pdbx_type HETAIN _chem_comp.formula "C21 H24 N7 O8 P" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ? _chem_comp.pdbx_synonyms ? _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2001-03-08 _chem_comp.pdbx_modified_date 2011-06-04 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 533.431 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code TYM _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 1I6L _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site EBI # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal TYM P P P 0 1 N N R 50.981 20.990 40.372 2.407 0.242 1.066 P TYM 1 TYM O1P O1P O 0 1 N N N 51.212 19.494 40.319 2.247 1.814 0.758 O1P TYM 2 TYM O2P O2P O 0 1 N N N 49.651 21.630 40.092 3.839 -0.080 1.250 O2P TYM 3 TYM "O5'" "O5'" O 0 1 N N N 52.176 21.843 39.479 1.818 -0.608 -0.167 "O5'" TYM 4 TYM "C5'" "C5'" C 0 1 N N N 53.491 21.415 39.567 2.574 -0.238 -1.322 "C5'" TYM 5 TYM "C4'" "C4'" C 0 1 N N R 54.442 22.593 39.435 2.063 -1.015 -2.536 "C4'" TYM 6 TYM "O4'" "O4'" O 0 1 N N N 54.093 23.301 38.225 0.687 -0.684 -2.785 "O4'" TYM 7 TYM "C1'" "C1'" C 0 1 N N R 53.898 24.692 38.454 0.495 -0.722 -4.215 "C1'" TYM 8 TYM N9 N9 N 0 1 Y N N 52.887 25.217 37.557 -0.678 0.063 -4.600 N9 TYM 9 TYM C4 C4 C 0 1 Y N N 53.062 26.320 36.698 -1.474 -0.149 -5.697 C4 TYM 10 TYM N3 N3 N 0 1 Y N N 54.183 27.098 36.550 -1.492 -1.037 -6.686 N3 TYM 11 TYM C2 C2 C 0 1 Y N N 53.977 28.055 35.653 -2.419 -0.985 -7.618 C2 TYM 12 TYM N1 N1 N 0 1 Y N N 52.881 28.292 34.933 -3.370 -0.069 -7.622 N1 TYM 13 TYM C6 C6 C 0 1 Y N N 51.810 27.499 35.070 -3.437 0.856 -6.671 C6 TYM 14 TYM N6 N6 N 0 1 N N N 50.694 27.735 34.352 -4.437 1.813 -6.684 N6 TYM 15 TYM C5 C5 C 0 1 Y N N 51.888 26.448 36.023 -2.468 0.842 -5.653 C5 TYM 16 TYM N7 N7 N 0 1 Y N N 50.967 25.479 36.424 -2.227 1.601 -4.557 N7 TYM 17 TYM C8 C8 C 0 1 Y N N 51.588 24.776 37.317 -1.177 1.146 -3.938 C8 TYM 18 TYM "C2'" "C2'" C 0 1 N N R 53.438 24.705 39.984 1.792 -0.081 -4.771 "C2'" TYM 19 TYM "O2'" "O2'" O 0 1 N N N 53.621 26.029 40.542 2.052 -0.527 -6.103 "O2'" TYM 20 TYM "C3'" "C3'" C 0 1 N N S 54.362 23.655 40.609 2.867 -0.618 -3.789 "C3'" TYM 21 TYM "O3'" "O3'" O 0 1 N N N 55.674 24.110 40.833 3.531 -1.754 -4.347 "O3'" TYM 22 TYM NH3 NH3 N 0 1 N N N 50.603 21.398 45.433 2.043 0.271 5.988 NH3 TYM 23 TYM CA CA C 0 1 N N S 51.643 21.336 44.367 1.159 0.120 4.825 CA TYM 24 TYM CB CB C 0 1 N N N 52.414 20.029 44.452 -0.040 1.059 4.971 CB TYM 25 TYM CG CG C 0 1 Y N N 53.270 19.861 45.719 -0.798 0.713 6.226 CG TYM 26 TYM CD2 CD2 C 0 1 Y N N 54.442 20.542 46.022 -1.906 -0.237 6.341 CD2 TYM 27 TYM CE2 CE2 C 0 1 Y N N 54.785 20.014 47.305 -2.288 -0.227 7.696 CE2 TYM 28 TYM CE3 CE3 C 0 1 Y N N 55.252 21.514 45.428 -2.566 -1.072 5.438 CE3 TYM 29 TYM CD1 CD1 C 0 1 Y N N 52.910 18.962 46.718 -0.590 1.223 7.451 CD1 TYM 30 TYM NE1 NE1 N 0 1 Y N N 53.873 19.086 47.664 -1.470 0.673 8.341 NE1 TYM 31 TYM CZ2 CZ2 C 0 1 Y N N 55.964 20.474 47.963 -3.330 -1.046 8.116 CZ2 TYM 32 TYM CZ3 CZ3 C 0 1 Y N N 56.390 21.969 46.081 -3.588 -1.869 5.873 CZ3 TYM 33 TYM CH2 CH2 C 0 1 Y N N 56.755 21.443 47.344 -3.971 -1.859 7.206 CH2 TYM 34 TYM C C C 0 1 N N N 50.902 21.215 43.012 1.917 0.465 3.569 C TYM 35 TYM O O O 0 1 N N N 49.782 20.733 42.897 2.812 1.276 3.607 O TYM 36 TYM OPP OPP O 0 1 N N N 51.573 21.605 41.904 1.597 -0.126 2.407 OPP TYM 37 TYM H1PO OH1P H 0 0 N N N 52.053 19.089 40.496 1.301 1.982 0.645 H1PO TYM 38 TYM "H5'1" "1H5'" H 0 0 N N N 53.676 20.834 40.500 2.463 0.830 -1.502 "H5'1" TYM 39 TYM "H5'2" "2H5'" H 0 0 N N N 53.717 20.613 38.825 3.626 -0.471 -1.158 "H5'2" TYM 40 TYM "H4'C" "CH4'" H 0 0 N N N 55.470 22.161 39.446 2.160 -2.086 -2.358 "H4'C" TYM 41 TYM "H1'C" "CH1'" H 0 0 N N N 54.791 25.331 38.266 0.397 -1.751 -4.562 "H1'C" TYM 42 TYM HC2 HC2 H 0 1 N N N 54.824 28.740 35.484 -2.402 -1.720 -8.410 HC2 TYM 43 TYM HN61 1HN6 H 0 0 N N N 49.878 27.131 34.456 -5.099 1.813 -7.392 HN61 TYM 44 TYM HN62 2HN6 H 0 0 N N N 50.947 27.764 33.364 -4.475 2.484 -5.984 HN62 TYM 45 TYM HC8 HC8 H 0 1 N N N 51.083 23.924 37.803 -0.761 1.563 -3.033 HC8 TYM 46 TYM "H2'C" "CH2'" H 0 0 N N N 52.361 24.471 40.157 1.736 1.006 -4.731 "H2'C" TYM 47 TYM "H2'O" "OH2'" H 0 0 N N N 53.347 26.036 41.451 2.868 -0.094 -6.390 "H2'O" TYM 48 TYM "H3'C" "CH3'" H 0 0 N N N 53.981 23.315 41.600 3.588 0.163 -3.548 "H3'C" TYM 49 TYM "H3'O" "OH3'" H 0 0 N N N 55.626 24.746 41.536 3.964 -1.454 -5.158 "H3'O" TYM 50 TYM HH31 1HH3 H 0 0 N N N 50.085 22.275 45.376 2.341 1.235 6.002 HH31 TYM 51 TYM HH32 2HH3 H 0 0 N N N 51.001 21.252 46.360 1.471 0.132 6.807 HH32 TYM 52 TYM HCA HCA H 0 1 N N N 52.306 22.225 44.469 0.808 -0.910 4.766 HCA TYM 53 TYM HCB1 1HCB H 0 0 N N N 51.719 19.164 44.339 0.309 2.089 5.030 HCB1 TYM 54 TYM HCB2 2HCB H 0 0 N N N 53.043 19.893 43.541 -0.696 0.947 4.108 HCB2 TYM 55 TYM HE3C CHE3 H 0 0 N N N 54.991 21.924 44.437 -2.272 -1.086 4.399 HE3C TYM 56 TYM HD1C CHD1 H 0 0 N N N 52.037 18.287 46.752 0.161 1.959 7.696 HD1C TYM 57 TYM HE1N NHE1 H 0 0 N N N 53.906 18.551 48.531 -1.513 0.885 9.287 HE1N TYM 58 TYM HZ2C CHZ2 H 0 0 N N N 56.263 20.081 48.949 -3.636 -1.046 9.152 HZ2C TYM 59 TYM HZ3C CHZ3 H 0 0 N N N 57.003 22.747 45.596 -4.101 -2.511 5.172 HZ3C TYM 60 TYM HH2C CHH2 H 0 0 N N N 57.668 21.793 47.853 -4.781 -2.494 7.535 HH2C TYM 61 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal TYM P O1P SING N N 1 TYM P O2P DOUB N N 2 TYM P "O5'" SING N N 3 TYM P OPP SING N N 4 TYM O1P H1PO SING N N 5 TYM "O5'" "C5'" SING N N 6 TYM "C5'" "C4'" SING N N 7 TYM "C5'" "H5'1" SING N N 8 TYM "C5'" "H5'2" SING N N 9 TYM "C4'" "O4'" SING N N 10 TYM "C4'" "C3'" SING N N 11 TYM "C4'" "H4'C" SING N N 12 TYM "O4'" "C1'" SING N N 13 TYM "C1'" N9 SING N N 14 TYM "C1'" "C2'" SING N N 15 TYM "C1'" "H1'C" SING N N 16 TYM N9 C4 SING Y N 17 TYM N9 C8 SING Y N 18 TYM C4 N3 DOUB Y N 19 TYM C4 C5 SING Y N 20 TYM N3 C2 SING Y N 21 TYM C2 N1 DOUB Y N 22 TYM C2 HC2 SING N N 23 TYM N1 C6 SING Y N 24 TYM C6 N6 SING N N 25 TYM C6 C5 DOUB Y N 26 TYM N6 HN61 SING N N 27 TYM N6 HN62 SING N N 28 TYM C5 N7 SING Y N 29 TYM N7 C8 DOUB Y N 30 TYM C8 HC8 SING N N 31 TYM "C2'" "O2'" SING N N 32 TYM "C2'" "C3'" SING N N 33 TYM "C2'" "H2'C" SING N N 34 TYM "O2'" "H2'O" SING N N 35 TYM "C3'" "O3'" SING N N 36 TYM "C3'" "H3'C" SING N N 37 TYM "O3'" "H3'O" SING N N 38 TYM NH3 CA SING N N 39 TYM NH3 HH31 SING N N 40 TYM NH3 HH32 SING N N 41 TYM CA CB SING N N 42 TYM CA C SING N N 43 TYM CA HCA SING N N 44 TYM CB CG SING N N 45 TYM CB HCB1 SING N N 46 TYM CB HCB2 SING N N 47 TYM CG CD2 SING Y N 48 TYM CG CD1 DOUB Y N 49 TYM CD2 CE2 DOUB Y N 50 TYM CD2 CE3 SING Y N 51 TYM CE2 NE1 SING Y N 52 TYM CE2 CZ2 SING Y N 53 TYM CE3 CZ3 DOUB Y N 54 TYM CE3 HE3C SING N N 55 TYM CD1 NE1 SING Y N 56 TYM CD1 HD1C SING N N 57 TYM NE1 HE1N SING N N 58 TYM CZ2 CH2 DOUB Y N 59 TYM CZ2 HZ2C SING N N 60 TYM CZ3 CH2 SING Y N 61 TYM CZ3 HZ3C SING N N 62 TYM CH2 HH2C SING N N 63 TYM C O DOUB N N 64 TYM C OPP SING N N 65 # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor TYM SMILES ACDLabs 10.04 "O=C(OP(=O)(O)OCC3OC(n2cnc1c(ncnc12)N)C(O)C3O)C(N)Cc5c4ccccc4nc5" TYM SMILES_CANONICAL CACTVS 3.341 "N[C@@H](Cc1c[nH]c2ccccc12)C(=O)O[P@@](O)(=O)OC[C@H]3O[C@H]([C@H](O)[C@@H]3O)n4cnc5c(N)ncnc45" TYM SMILES CACTVS 3.341 "N[CH](Cc1c[nH]c2ccccc12)C(=O)O[P](O)(=O)OC[CH]3O[CH]([CH](O)[CH]3O)n4cnc5c(N)ncnc45" TYM SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "c1ccc2c(c1)c(c[nH]2)C[C@@H](C(=O)O[P@](=O)(O)OC[C@@H]3[C@H]([C@H]([C@@H](O3)n4cnc5c4ncnc5N)O)O)N" TYM SMILES "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "c1ccc2c(c1)c(c[nH]2)CC(C(=O)OP(=O)(O)OCC3C(C(C(O3)n4cnc5c4ncnc5N)O)O)N" TYM InChI InChI 1.03 "InChI=1S/C21H24N7O8P/c22-12(5-10-6-24-13-4-2-1-3-11(10)13)21(31)36-37(32,33)34-7-14-16(29)17(30)20(35-14)28-9-27-15-18(23)25-8-26-19(15)28/h1-4,6,8-9,12,14,16-17,20,24,29-30H,5,7,22H2,(H,32,33)(H2,23,25,26)/t12-,14+,16+,17+,20+/m0/s1" TYM InChIKey InChI 1.03 IFQVDHDRFCKAAW-SQIXAUHQSA-N # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier TYM "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 10.04 "5'-O-[(R)-{[(2S)-2-amino-3-(1H-indol-3-yl)propanoyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]adenosine" TYM "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl] (2S)-2-amino-3-(1H-indol-3-yl)propanoate" # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site TYM "Create component" 2001-03-08 EBI TYM "Modify descriptor" 2011-06-04 RCSB #