data_UMA
#
_chem_comp.id UMA
_chem_comp.name "URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE"
_chem_comp.type "L-PEPTIDE LINKING"
_chem_comp.pdbx_type ATOMP
_chem_comp.formula "C23 H36 N4 O20 P2"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ALA
_chem_comp.pdbx_synonyms ?
_chem_comp.pdbx_formal_charge 0
_chem_comp.pdbx_initial_date 1999-07-08
_chem_comp.pdbx_modified_date 2024-09-27
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_chem_comp.formula_weight 750.494
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_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N
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_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code ?
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list ?
_chem_comp.pdbx_processing_site RCSB
_chem_comp.pdbx_pcm N
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
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_chem_comp_atom.type_symbol
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_chem_comp_atom.model_Cartn_x
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_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
UMA N1 N1 N 0 1 N N N N N N 49.395 1.826 11.639 -0.448 1.583 -7.810 N1 UMA 1
UMA C2 C2 C 0 1 N N N N N N 50.132 2.180 10.512 0.755 0.986 -7.761 C2 UMA 2
UMA N3 N3 N 0 1 N N N N N N 51.471 2.365 10.724 1.833 1.553 -8.335 N3 UMA 3
UMA C4 C4 C 0 1 N N N N N N 52.117 2.287 11.932 1.722 2.740 -8.964 C4 UMA 4
UMA C5 C5 C 0 1 N N N N N N 51.300 1.929 13.071 0.461 3.382 -9.019 C5 UMA 5
UMA C6 C6 C 0 1 N N N N N N 49.986 1.683 12.892 -0.603 2.789 -8.439 C6 UMA 6
UMA O2 O2 O 0 1 N N N N N N 49.632 2.353 9.403 0.870 -0.085 -7.197 O2 UMA 7
UMA O4 O4 O 0 1 N N N N N N 53.319 2.498 11.948 2.697 3.256 -9.479 O4 UMA 8
UMA C1B C1* C 0 1 N N R N N N 47.956 1.827 11.428 -1.604 0.939 -7.181 C1B UMA 9
UMA C2B C2* C 0 1 N N R N N N 47.446 0.448 11.065 -1.806 -0.492 -7.738 C2B UMA 10
UMA "O2'" O2* O 0 1 N N N N N N 46.426 0.717 10.018 -2.593 -0.469 -8.930 "O2'" UMA 11
UMA C3B C3* C 0 1 N N S N N N 46.707 0.096 12.334 -2.575 -1.185 -6.582 C3B UMA 12
UMA C4B C4* C 0 1 N N R N N N 46.180 1.407 12.877 -2.257 -0.317 -5.349 C4B UMA 13
UMA O4B O4* O 0 1 N N N N N N 47.255 2.319 12.555 -1.361 0.722 -5.774 O4B UMA 14
UMA O3B O3* O 0 1 N N N N N N 45.525 -0.600 12.003 -3.979 -1.192 -6.849 O3B UMA 15
UMA C5B C5* C 0 1 N N N N N N 45.986 1.322 14.389 -1.589 -1.171 -4.270 C5B UMA 16
UMA O5B O5* O 0 1 N N N N N N 47.141 0.717 14.987 -1.292 -0.357 -3.134 O5B UMA 17
UMA PA PA P 0 1 N N R N N N 47.685 1.137 16.388 -0.594 -1.315 -2.044 PA UMA 18
UMA O1A O1A O 0 1 N N N N N N 48.435 -0.030 16.881 -1.524 -2.406 -1.679 O1A UMA 19
UMA O2A O2A O 0 1 N N N N N N 48.336 2.446 16.369 0.752 -1.942 -2.665 O2A UMA 20
UMA O3A O3A O 0 1 N N N N N N 46.310 1.277 17.232 -0.230 -0.458 -0.731 O3A UMA 21
UMA PB PB P 0 1 N N R N N N 45.980 2.111 18.547 0.460 -1.473 0.310 PB UMA 22
UMA O1B O1B O 0 1 N N N N N N 45.355 3.398 18.173 1.681 -2.047 -0.296 O1B UMA 23
UMA O2B O2B O 0 1 N N N N N N 47.131 2.057 19.484 -0.569 -2.658 0.667 O2B UMA 24
UMA "O1'" "O1'" O 0 1 N N N N N N 44.804 1.173 19.151 0.851 -0.678 1.654 "O1'" UMA 25
UMA "C1'" "C1'" C 0 1 N N R N N N 45.177 -0.146 19.587 1.457 -1.628 2.534 "C1'" UMA 26
UMA "C2'" "C2'" C 0 1 N N R N N N 44.108 -1.150 19.176 1.172 -1.226 3.983 "C2'" UMA 27
UMA "N2'" "N2'" N 0 1 N N N N N N 44.007 -1.200 17.725 -0.274 -1.228 4.217 "N2'" UMA 28
UMA "C7'" "C7'" C 0 1 N N N N N N 44.605 -2.180 17.050 -0.886 -2.349 4.646 "C7'" UMA 29
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UMA "C8'" "C8'" C 0 1 N N N N N N 44.586 -2.095 15.540 -2.374 -2.351 4.886 "C8'" UMA 31
UMA "C3'" "C3'" C 0 1 N N R N N N 42.790 -0.723 19.833 1.737 0.176 4.232 "C3'" UMA 32
UMA "O3'" "O3'" O 0 1 N N N N N N 41.745 -1.668 19.526 1.618 0.502 5.618 "O3'" UMA 33
UMA "C4'" "C4'" C 0 1 N N S N N N 42.978 -0.706 21.345 3.215 0.192 3.826 "C4'" UMA 34
UMA "O4'" "O4'" O 0 1 N N N N N N 41.771 -0.312 21.975 3.720 1.526 3.910 "O4'" UMA 35
UMA "C5'" "C5'" C 0 1 N N R N N N 44.089 0.254 21.711 3.342 -0.315 2.387 "C5'" UMA 36
UMA "O5'" "O5'" O 0 1 N N N N N N 45.317 -0.132 21.016 2.864 -1.656 2.305 "O5'" UMA 37
UMA "C6'" "C6'" C 0 1 N N N N N N 44.412 0.243 23.198 4.811 -0.273 1.961 "C6'" UMA 38
UMA "O6'" "O6'" O 0 1 N N N N N N 44.966 -1.009 23.587 4.931 -0.747 0.618 "O6'" UMA 39
UMA C18 C18 C 0 1 N N R N N N 40.722 -1.573 18.501 0.492 1.373 5.742 C18 UMA 40
UMA C19 C19 C 0 1 N N N N N N 40.824 -2.560 17.374 -0.141 1.185 7.096 C19 UMA 41
UMA O18 O18 O 0 1 N N N N N N 40.328 -2.329 16.266 0.324 0.384 7.878 O18 UMA 42
UMA C20 C20 C 0 1 N N N N N N 39.382 -1.106 19.041 0.952 2.825 5.591 C20 UMA 43
UMA N4 N4 N 0 1 N N N N N N 41.481 -3.673 17.690 -1.226 1.908 7.438 N4 UMA 44
UMA C21 C21 C 0 1 N N S N N N 41.466 -4.881 16.869 -1.843 1.725 8.755 C21 UMA 45
UMA C22 C22 C 0 1 N N N N N N 40.268 -5.814 17.126 -3.321 2.007 8.661 C22 UMA 46
UMA O19 O19 O 0 1 N N N N N N 39.573 -5.630 18.163 -3.808 2.327 7.603 O19 UMA 47
UMA O20 O20 O 0 1 N N N N N N 40.071 -6.773 16.337 -4.094 1.902 9.752 O20 UMA 48
UMA C23 C23 C 0 1 N N N N N N 42.776 -5.637 17.024 -1.203 2.689 9.756 C23 UMA 49
UMA HN3 HN3 H 0 1 N N N N N N 52.040 2.581 9.905 2.693 1.107 -8.293 HN3 UMA 50
UMA H5 H5 H 0 1 N N N N N N 51.688 1.841 14.099 0.353 4.334 -9.518 H5 UMA 51
UMA H6 H6 H 0 1 N N N N N N 49.396 1.365 13.768 -1.573 3.263 -8.471 H6 UMA 52
UMA H1B H1* H 0 1 N N N N N N 47.763 2.514 10.571 -2.503 1.538 -7.327 H1B UMA 53
UMA H2B H2* H 0 1 N N N N N N 48.189 -0.313 10.732 -0.847 -0.979 -7.915 H2B UMA 54
UMA "HO2'" *HO2 H 0 0 N N N N N N 46.106 -0.148 9.790 -2.681 -1.386 -9.225 "HO2'" UMA 55
UMA H3B H3* H 0 1 N N N N N N 47.371 -0.482 13.017 -2.210 -2.202 -6.437 H3B UMA 56
UMA H4B H4* H 0 1 N N N N N N 45.190 1.705 12.457 -3.176 0.121 -4.958 H4B UMA 57
UMA "HO3'" *HO3 H 0 0 N N N N N N 45.060 -0.821 12.801 -4.106 -1.699 -7.663 "HO3'" UMA 58
UMA "H5'1" 1H5* H 0 0 N N N N N N 45.749 2.314 14.839 -0.665 -1.596 -4.663 "H5'1" UMA 59
UMA "H5'2" 2H5* H 0 0 N N N N N N 45.043 0.793 14.663 -2.262 -1.976 -3.974 "H5'2" UMA 60
UMA HOA2 2HOA H 0 0 N N N N N N 48.667 2.701 17.221 1.329 -1.199 -2.889 HOA2 UMA 61
UMA HOB2 2HOB H 0 0 N N N N N N 46.934 2.554 20.268 -1.349 -2.242 1.060 HOB2 UMA 62
UMA "H1'" "H1'" H 0 1 N N N N N N 46.142 -0.444 19.115 1.038 -2.616 2.343 "H1'" UMA 63
UMA "H2'" "H2'" H 0 1 N N N N N N 44.366 -2.179 19.516 1.651 -1.934 4.659 "H2'" UMA 64
UMA HN2 HN2 H 0 1 N N N N N N 43.497 -0.521 17.159 -0.791 -0.421 4.063 HN2 UMA 65
UMA "H8'1" "1H8'" H 0 0 N N N N N N 45.086 -2.915 14.974 -2.686 -3.338 5.227 "H8'1" UMA 66
UMA "H8'2" "2H8'" H 0 0 N N N N N N 43.532 -1.993 15.188 -2.620 -1.609 5.646 "H8'2" UMA 67
UMA "H8'3" "3H8'" H 0 0 N N N N N N 45.008 -1.114 15.219 -2.892 -2.106 3.959 "H8'3" UMA 68
UMA "H3'" "H3'" H 0 1 N N N N N N 42.507 0.285 19.449 1.186 0.904 3.637 "H3'" UMA 69
UMA "H4'" "H4'" H 0 1 N N N N N N 43.251 -1.729 21.692 3.784 -0.455 4.493 "H4'" UMA 70
UMA HO4 HO4 H 0 1 N N N N N N 41.888 -0.301 22.917 4.649 1.490 3.646 HO4 UMA 71
UMA "H5'" "H5'" H 0 1 N N N N N N 43.732 1.269 21.419 2.754 0.320 1.726 "H5'" UMA 72
UMA "H6'1" "1H6'" H 0 0 N N N N N N 45.075 1.093 23.482 5.176 0.752 2.018 "H6'1" UMA 73
UMA "H6'2" "2H6'" H 0 0 N N N N N N 43.522 0.509 23.815 5.400 -0.906 2.624 "H6'2" UMA 74
UMA HO6 HO6 H 0 1 N N N N N N 45.167 -1.015 24.515 5.869 -0.703 0.389 HO6 UMA 75
UMA H18 H18 H 0 1 N N N N N N 40.952 -0.700 17.846 -0.234 1.140 4.965 H18 UMA 76
UMA H201 1H20 H 0 0 N N N N N N 38.596 -1.033 18.253 1.665 3.064 6.380 H201 UMA 77
UMA H202 2H20 H 0 0 N N N N N N 39.043 -1.755 19.881 1.427 2.956 4.620 H202 UMA 78
UMA H203 3H20 H 0 0 N N N N N N 39.488 -0.140 19.587 0.090 3.489 5.667 H203 UMA 79
UMA HN4 HN4 H 0 1 N N N N N N 41.998 -3.599 18.565 -1.599 2.549 6.813 HN4 UMA 80
UMA H21 H21 H 0 1 N N N N N N 41.347 -4.531 15.816 -1.689 0.699 9.089 H21 UMA 81
UMA HO2 HO2 H 0 1 N N N N N N 39.332 -7.348 16.495 -5.043 2.082 9.692 HO2 UMA 82
UMA H231 1H23 H 0 0 N N N N N N 42.764 -6.559 16.397 -1.357 3.715 9.422 H231 UMA 83
UMA H232 2H23 H 0 0 N N N N N N 43.658 -4.992 16.800 -1.662 2.553 10.735 H232 UMA 84
UMA H233 3H23 H 0 0 N N N N N N 43.003 -5.862 18.092 -0.134 2.485 9.824 H233 UMA 85
#
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
UMA N1 C2 SING N N 1
UMA N1 C6 SING N N 2
UMA N1 C1B SING N N 3
UMA C2 N3 SING N N 4
UMA C2 O2 DOUB N N 5
UMA N3 C4 SING N N 6
UMA N3 HN3 SING N N 7
UMA C4 C5 SING N N 8
UMA C4 O4 DOUB N N 9
UMA C5 C6 DOUB N N 10
UMA C5 H5 SING N N 11
UMA C6 H6 SING N N 12
UMA C1B C2B SING N N 13
UMA C1B O4B SING N N 14
UMA C1B H1B SING N N 15
UMA C2B "O2'" SING N N 16
UMA C2B C3B SING N N 17
UMA C2B H2B SING N N 18
UMA "O2'" "HO2'" SING N N 19
UMA C3B C4B SING N N 20
UMA C3B O3B SING N N 21
UMA C3B H3B SING N N 22
UMA C4B O4B SING N N 23
UMA C4B C5B SING N N 24
UMA C4B H4B SING N N 25
UMA O3B "HO3'" SING N N 26
UMA C5B O5B SING N N 27
UMA C5B "H5'1" SING N N 28
UMA C5B "H5'2" SING N N 29
UMA O5B PA SING N N 30
UMA PA O1A DOUB N N 31
UMA PA O2A SING N N 32
UMA PA O3A SING N N 33
UMA O2A HOA2 SING N N 34
UMA O3A PB SING N N 35
UMA PB O1B DOUB N N 36
UMA PB O2B SING N N 37
UMA PB "O1'" SING N N 38
UMA O2B HOB2 SING N N 39
UMA "O1'" "C1'" SING N N 40
UMA "C1'" "C2'" SING N N 41
UMA "C1'" "O5'" SING N N 42
UMA "C1'" "H1'" SING N N 43
UMA "C2'" "N2'" SING N N 44
UMA "C2'" "C3'" SING N N 45
UMA "C2'" "H2'" SING N N 46
UMA "N2'" "C7'" SING N N 47
UMA "N2'" HN2 SING N N 48
UMA "C7'" "O7'" DOUB N N 49
UMA "C7'" "C8'" SING N N 50
UMA "C8'" "H8'1" SING N N 51
UMA "C8'" "H8'2" SING N N 52
UMA "C8'" "H8'3" SING N N 53
UMA "C3'" "O3'" SING N N 54
UMA "C3'" "C4'" SING N N 55
UMA "C3'" "H3'" SING N N 56
UMA "O3'" C18 SING N N 57
UMA "C4'" "O4'" SING N N 58
UMA "C4'" "C5'" SING N N 59
UMA "C4'" "H4'" SING N N 60
UMA "O4'" HO4 SING N N 61
UMA "C5'" "O5'" SING N N 62
UMA "C5'" "C6'" SING N N 63
UMA "C5'" "H5'" SING N N 64
UMA "C6'" "O6'" SING N N 65
UMA "C6'" "H6'1" SING N N 66
UMA "C6'" "H6'2" SING N N 67
UMA "O6'" HO6 SING N N 68
UMA C18 C19 SING N N 69
UMA C18 C20 SING N N 70
UMA C18 H18 SING N N 71
UMA C19 O18 DOUB N N 72
UMA C19 N4 SING N N 73
UMA C20 H201 SING N N 74
UMA C20 H202 SING N N 75
UMA C20 H203 SING N N 76
UMA N4 C21 SING N N 77
UMA N4 HN4 SING N N 78
UMA C21 C22 SING N N 79
UMA C21 C23 SING N N 80
UMA C21 H21 SING N N 81
UMA C22 O19 DOUB N N 82
UMA C22 O20 SING N N 83
UMA O20 HO2 SING N N 84
UMA C23 H231 SING N N 85
UMA C23 H232 SING N N 86
UMA C23 H233 SING N N 87
#
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
UMA SMILES ACDLabs 10.04 "O=P(OC1OC(C(O)C(OC(C(=O)NC(C(=O)O)C)C)C1NC(=O)C)CO)(O)OP(=O)(O)OCC3OC(N2C=CC(=O)NC2=O)C(O)C3O"
UMA SMILES_CANONICAL CACTVS 3.341 "C[C@H](NC(=O)[C@@H](C)O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H](O[P@](O)(=O)O[P@@](O)(=O)OC[C@H]2O[C@H]([C@H](O)[C@@H]2O)N3C=CC(=O)NC3=O)[C@@H]1NC(C)=O)C(O)=O"
UMA SMILES CACTVS 3.341 "C[CH](NC(=O)[CH](C)O[CH]1[CH](O)[CH](CO)O[CH](O[P](O)(=O)O[P](O)(=O)OC[CH]2O[CH]([CH](O)[CH]2O)N3C=CC(=O)NC3=O)[CH]1NC(C)=O)C(O)=O"
UMA SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@@H](C)O[C@@H]1[C@H]([C@H](O[C@@H]([C@H]1O)CO)O[P@@](=O)(O)O[P@](=O)(O)OC[C@@H]2[C@H]([C@H]([C@@H](O2)N3C=CC(=O)NC3=O)O)O)NC(=O)C"
UMA SMILES "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "CC(C(=O)O)NC(=O)C(C)OC1C(C(OC(C1O)CO)OP(=O)(O)OP(=O)(O)OCC2C(C(C(O2)N3C=CC(=O)NC3=O)O)O)NC(=O)C"
UMA InChI InChI 1.03 "InChI=1S/C23H36N4O20P2/c1-8(21(35)36)24-19(34)9(2)43-18-14(25-10(3)29)22(45-11(6-28)16(18)32)46-49(40,41)47-48(38,39)42-7-12-15(31)17(33)20(44-12)27-5-4-13(30)26-23(27)37/h4-5,8-9,11-12,14-18,20,22,28,31-33H,6-7H2,1-3H3,(H,24,34)(H,25,29)(H,35,36)(H,38,39)(H,40,41)(H,26,30,37)/t8-,9+,11+,12+,14+,15+,16+,17+,18+,20+,22+/m0/s1"
UMA InChIKey InChI 1.03 NTMMCWJNQNKACG-KBKUWGQMSA-N
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UMA "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 10.04 "(2S)-2-{[(2R)-2-{[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-(acetylamino)-2-{[(R)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-4-yl]oxy}propanoyl]amino}propanoic acid (non-preferred name)"
UMA "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "(2S)-2-[[(2R)-2-[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-acetamido-2-[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-4-yl]oxypropanoyl]amino]propanoic acid"
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UMA "Create component" 1999-07-08 RCSB
UMA "Modify descriptor" 2011-06-04 RCSB
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