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n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n human Homo Escherichia sample VEGFA, VEGF 9606 Homo sapiens 562 Escherichia coli house mouse Mus Escherichia sample 10090 Mus musculus 562 Escherichia coli house mouse Mus Escherichia sample 10090 Mus musculus 562 Escherichia coli 1 3.53 65.11 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 6.0 PEG 4000, ISOPROPANOL, AMMONIUM SULFATE, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 293 repository Initial release Version format compliance Version format compliance Structure summary 1 0 2000-03-20 1 1 2008-04-27 1 2 2011-07-13 1 3 2017-04-05 CONTAINS VEGF COMPLEXED TO THE PARENT ANTIBODY CONTAINS 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Y N CYS 22 F N CYS 22 Y O ALA 79 F O ALA 79 Y N GLN 82 F N GLN 82 Y O THR 69 F O THR 69 Y N THR 59 F N THR 59 Y O TRP 50 F O TRP 50 Y O ILE 51 F O ILE 51 Y N MET 34 F N MET 34 Y O GLN 39 F O GLN 39 Y N VAL 93 F N VAL 93 Y N LYS 98 F N LYS 98 Y O VAL 112 F O VAL 112 Y N THR 59 F N THR 59 Y O TRP 50 F O TRP 50 Y O ILE 51 F O ILE 51 Y N MET 34 F N MET 34 Y O GLN 39 F O GLN 39 Y N VAL 93 F N VAL 93 Y N TYR 94 F N TYR 94 Y O THR 117 F O THR 117 Y N THR 120 F N THR 120 Y O GLY 10 F O GLY 10 Y N LEU 134 F N LEU 134 Y O GLY 149 F O GLY 149 Y O TYR 155 F O TYR 155 Y N TYR 186 F N TYR 186 Y O VAL 191 F O VAL 191 Y N HIS 174 F N HIS 174 Y N LEU 134 F N LEU 134 Y O GLY 149 F O GLY 149 Y O TYR 155 F O TYR 155 Y N TYR 186 F N TYR 186 Y O SER 187 F O SER 187 Y N VAL 179 F N VAL 179 Y O SER 163 F O SER 163 Y N ASN 207 F N ASN 207 Y O HIS 210 F O HIS 210 Y N THR 215 F N THR 215 1 L CYS 214 C CYS 214 1 Y 1 H SER 138 D SER 138 1 Y 1 H LYS 139 D LYS 139 1 Y 1 H SER 140 D SER 140 1 Y 1 H THR 141 D THR 141 1 Y 1 H SER 142 D SER 142 1 Y 1 H GLY 143 D GLY 143 1 Y 1 H SER 225 D SER 225 1 Y 1 H CYS 226 D CYS 226 1 Y 1 H ASP 227 D ASP 227 1 Y 1 H LYS 228 D LYS 228 1 Y 1 H THR 229 D THR 229 1 Y 1 H HIS 230 D HIS 230 1 Y 1 H LEU 231 D LEU 231 1 Y 1 X CYS 214 E CYS 214 1 Y 1 Y SER 138 F SER 138 1 Y 1 Y LYS 139 F LYS 139 1 Y 1 Y SER 140 F SER 140 1 Y 1 Y THR 141 F THR 141 1 Y 1 Y SER 142 F SER 142 1 Y 1 Y GLY 143 F GLY 143 1 Y 1 Y SER 225 F SER 225 1 Y 1 Y CYS 226 F CYS 226 1 Y 1 Y ASP 227 F ASP 227 1 Y 1 Y LYS 228 F LYS 228 1 Y 1 Y THR 229 F THR 229 1 Y 1 Y HIS 230 F HIS 230 1 Y 1 Y LEU 231 F LEU 231 1 Y 1 V V O O PRO HOH 28 218 2.17 1 W TYR 21 0.067 SIDE CHAIN 1 -4.25 0.50 120.30 116.05 V V V NE CZ NH1 ARG ARG ARG 56 56 56 N 1 3.53 0.50 120.30 123.83 V V V NE CZ NH2 ARG ARG ARG 56 56 56 N 1 -3.17 0.50 120.30 117.13 Y Y Y NE CZ NH1 ARG ARG ARG 19 19 19 N 1 3.27 0.50 120.30 123.57 Y Y Y NE CZ NH2 ARG ARG ARG 19 19 19 N 1 V CYS 26 -18.34 119.13 1 V GLU 42 -65.86 33.02 1 V HIS 86 78.51 -19.44 1 W CYS 26 -11.95 115.19 1 W TYR 39 -113.43 76.03 1 W GLU 42 -75.79 41.85 1 W HIS 86 76.09 -11.36 1 L SER 30 57.33 -132.77 1 L THR 51 66.51 -37.68 1 L SER 67 178.80 164.31 1 L ALA 84 177.25 -179.73 1 L ASN 138 49.38 72.92 1 X SER 30 52.65 -136.72 1 X THR 51 72.02 -40.79 1 X ALA 84 176.11 175.84 1 X PRO 120 -53.07 100.93 1 X ASP 122 -27.83 -71.65 1 X ASN 138 24.49 95.07 1 X ASN 152 70.75 -23.82 1 X LYS 169 -93.60 -66.03 1 X ALA 184 -66.92 -77.40 1 X LYS 190 -131.55 -60.30 1 X PRO 204 -45.87 96.66 1 X ARG 211 -41.51 108.18 1 Y GLN 3 -170.31 142.24 1 Y LYS 43 -116.39 -167.42 1 Y PRO 136 -77.19 -161.36 1 Y ASP 154 45.24 74.75 1 Y THR 170 -90.05 -77.10 1 Y SER 182 -54.66 -9.58 1 Y THR 201 -69.14 -83.51 50.3 0.08 0.00 -0.71 0.44 0.00 -0.52 0.267 0.003 0.208 0.208 2.40 20.00 6077 61689 9.9 97.1 SAME AS ENTRY 1BJ1 10000000.00 0.00 1 RESTRAINED THROUGHOUT 0.2 0.0 ENGH & HUBER 0.38 0.29 5.00 0.36 0.29 2.40 20.00 419 8577 10 0 8148 0.012 1.6 29.6 0.92 2.58 1.50 3.76 2.00 4.57 2.00 6.07 2.50 1 RESTRAINED 1 X-RAY DIFFRACTION 0.356 0.012 0.31 2.55 902 9243 6 8.9 96.3 48.1 2.4 30.0 1CZ8 61742 61742 0.0 0.0 0.076 1 13.6 3.4 97.4 0.38 2.40 2.53 1 2.5 96.7 data reduction MOSFLM data reduction TRUNCATE model building X-PLOR refinement X-PLOR 98.1 data scaling CCP4 (TRUNCATE) phasing X-PLOR VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR/LIGHT CHAIN OF NEUTRALIZING ANTIBODY/HEAVY CHAIN OF NEUTRALIZING ANTIBODY COMPLEX VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH AN AFFINITY MATURED ANTIBODY 1 N N 1 N N 2 N N 3 N N 2 N N 3 N N 4 N N 4 N N 5 N N 5 N N 5 N N 5 N N 5 N N 5 N N V LYS 16 A LYS 3 HELX_P V TYR 25 A TYR 12 1 1 10 V ILE 35 A ILE 22 HELX_P V TYR 39 A TYR 26 1 2 5 W LYS 16 B LYS 3 HELX_P W TYR 25 B TYR 12 1 3 10 W ILE 35 B ILE 22 HELX_P W TYR 39 B TYR 26 1 4 5 L GLN 79 C GLN 79 HELX_P L PHE 83 C PHE 83 5 5 5 L SER 121 C SER 121 HELX_P L LYS 126 C LYS 126 1 6 6 L LYS 183 C LYS 183 HELX_P L HIS 189 C HIS 189 1 7 7 H ASP 28 D ASP 28 HELX_P H HIS 31 D HIS 31 5 8 4 H ALA 62 D ALA 62 HELX_P H LYS 65 D LYS 65 5 9 4 H THR 74 D THR 74 HELX_P H LYS 76 D LYS 76 5 10 3 H ARG 87 D ARG 87 HELX_P H THR 91 D THR 91 5 11 5 H SER 166 D SER 166 HELX_P H ALA 168 D ALA 168 5 12 3 H SER 197 D SER 197 HELX_P H LEU 199 D LEU 199 5 13 3 H LYS 211 D LYS 211 HELX_P H ASN 214 D ASN 214 5 14 4 X GLN 79 E GLN 79 HELX_P X PHE 83 E PHE 83 5 15 5 X SER 121 E SER 121 HELX_P X LYS 126 E LYS 126 1 16 6 X SER 182 E SER 182 HELX_P X GLU 187 E GLU 187 1 17 6 Y ASP 28 F ASP 28 HELX_P Y HIS 31 F HIS 31 5 18 4 Y ALA 62 F ALA 62 HELX_P Y LYS 65 F LYS 65 5 19 4 Y THR 74 F THR 74 HELX_P Y LYS 76 F LYS 76 5 20 3 Y ARG 87 F ARG 87 HELX_P Y THR 91 F THR 91 5 21 5 Y SER 166 F SER 166 HELX_P Y ALA 168 F ALA 168 5 22 3 Y SER 197 F SER 197 HELX_P Y LEU 199 F LEU 199 5 23 3 Y LYS 211 F LYS 211 HELX_P Y ASN 214 F ASN 214 5 24 4 disulf 2.027 V CYS 26 A SG CYS 13 1_555 V CYS 68 A SG CYS 55 1_555 disulf 2.067 V CYS 51 A SG CYS 38 1_555 W CYS 60 B SG CYS 47 1_555 disulf 2.049 V CYS 57 A SG CYS 44 1_555 V CYS 102 A SG CYS 89 1_555 disulf 2.067 V CYS 60 A SG CYS 47 1_555 W CYS 51 B SG CYS 38 1_555 disulf 2.025 V CYS 61 A SG CYS 48 1_555 V CYS 104 A SG CYS 91 1_555 disulf 2.031 W CYS 26 B SG CYS 13 1_555 W CYS 68 B SG CYS 55 1_555 disulf 2.045 W CYS 57 B SG CYS 44 1_555 W CYS 102 B SG CYS 89 1_555 disulf 2.041 W CYS 61 B SG CYS 48 1_555 W CYS 104 B SG CYS 91 1_555 disulf 2.085 L CYS 23 C SG CYS 23 1_555 L CYS 88 C SG CYS 88 1_555 disulf 2.056 L CYS 134 C SG CYS 134 1_555 L CYS 194 C SG CYS 194 1_555 disulf 2.037 H CYS 22 D SG CYS 22 1_555 H CYS 96 D SG CYS 96 1_555 disulf 2.026 H CYS 150 D SG CYS 150 1_555 H CYS 206 D SG CYS 206 1_555 disulf 2.071 X CYS 23 E SG CYS 23 1_555 X CYS 88 E SG CYS 88 1_555 disulf 2.041 X CYS 134 E SG CYS 134 1_555 X CYS 194 E SG CYS 194 1_555 disulf 2.045 Y CYS 22 F SG CYS 22 1_555 Y CYS 96 F SG CYS 96 1_555 disulf 2.033 Y CYS 150 F SG CYS 150 1_555 Y CYS 206 F SG CYS 206 1_555 IMMUNE SYSTEM COMPLEX (ANTIBODY-ANTIGEN), CYSTINE KNOT, FAB FRAGMENT, IMMUNE SYSTEM V LYS 48 A LYS 35 1 V PRO 49 A PRO 36 -0.46 W LYS 48 B LYS 35 1 W PRO 49 B PRO 36 -0.67 L SER 7 C SER 7 1 L PRO 8 C PRO 8 -0.01 L VAL 94 C VAL 94 1 L PRO 95 C PRO 95 -0.04 L TYR 140 C TYR 140 1 L PRO 141 C PRO 141 0.86 H PHE 156 D PHE 156 1 H PRO 157 D PRO 157 -0.75 H GLU 158 D GLU 158 1 H PRO 159 D PRO 159 0.25 X SER 7 E SER 7 1 X PRO 8 E PRO 8 -0.47 X VAL 94 E VAL 94 1 X PRO 95 E PRO 95 -0.09 X TYR 140 E TYR 140 1 X PRO 141 E PRO 141 0.00 Y PHE 156 F PHE 156 1 Y PRO 157 F PRO 157 -0.27 Y GLU 158 F GLU 158 1 Y PRO 159 F PRO 159 -0.22 VEGFA_HUMAN UNP 1 40 P15692 VVKFMDVYQRSYCHPIETLVDIFQEYPDEIEYIFKPSCVPLMRCGGCCNDEGLECVPTEESNITMQIMRIKPHQGQHIGE MSFLQHNKCECRPK 1CZ8 PDB 2 1CZ8 1CZ8 PDB 3 1CZ8 40 133 1CZ8 14 107 P15692 V 1 1 94 40 133 1CZ8 14 107 P15692 W 1 1 94 1 214 1CZ8 1 214 1CZ8 L 2 1 214 1 214 1CZ8 1 214 1CZ8 X 2 1 214 1 231 1CZ8 1 231 1CZ8 H 3 1 231 1 231 1CZ8 1 231 1CZ8 Y 3 1 231 2 4 2 3 3 4 6 4 4 4 4 5 6 4 4 3 4 6 4 4 3 4 5 6 4 4 3 anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel V HIS 27 A HIS 14 V ASP 34 A ASP 21 V CYS 51 A CYS 38 V GLY 58 A GLY 45 V ILE 46 A ILE 33 V LYS 48 A LYS 35 V LEU 66 A LEU 53 V LYS 84 A LYS 71 V GLY 88 A GLY 75 V PRO 106 A PRO 93 Y TYR 102 F TYR 102 Y TYR 103 F TYR 103 W HIS 27 B HIS 14 W ASP 34 B ASP 21 W CYS 51 B CYS 38 W GLY 58 B GLY 45 W ILE 46 B ILE 33 W LYS 48 B LYS 35 W MET 81 B MET 68 W LYS 84 B LYS 71 W GLY 88 B GLY 75 W HIS 90 B HIS 77 W LEU 66 B LEU 53 W GLN 79 B GLN 66 W GLY 92 B GLY 79 W PRO 106 B PRO 93 H TYR 102 D TYR 102 H TYR 103 D TYR 103 L LEU 4 C LEU 4 L SER 7 C SER 7 L VAL 19 C VAL 19 L ALA 25 C ALA 25 L ASP 70 C ASP 70 L ILE 75 C ILE 75 L PHE 62 C PHE 62 L SER 67 C SER 67 L SER 10 C SER 10 L SER 14 C SER 14 L THR 102 C THR 102 L LYS 107 C LYS 107 L ALA 84 C ALA 84 L GLN 90 C GLN 90 L LEU 33 C LEU 33 L GLN 38 C GLN 38 L LYS 45 C LYS 45 L TYR 49 C TYR 49 L SER 53 C SER 53 L LEU 54 C LEU 54 L SER 10 C SER 10 L SER 14 C SER 14 L THR 102 C THR 102 L LYS 107 C LYS 107 L ALA 84 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