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Venkatachalam, T.K.
Uckun, F.M.
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L-peptide linking
C6 H15 N4 O2 1
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y
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L-peptide linking
C4 H8 N2 O3
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y
ASPARAGINE
L-peptide linking
C4 H7 N O4
133.103
y
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L-peptide linking
C3 H7 N O2 S
121.158
y
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L-peptide linking
C5 H10 N2 O3
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y
GLUTAMINE
L-peptide linking
C5 H9 N O4
147.129
y
GLUTAMIC ACID
L-peptide linking
C2 H5 N O2
75.067
y
GLYCINE
peptide linking
C5 H5 N5 O
151.126
GUANINE
non-polymer
C6 H10 N3 O2 1
156.162
y
HISTIDINE
L-peptide linking
H2 O
18.015
WATER
non-polymer
C6 H13 N O2
131.173
y
ISOLEUCINE
L-peptide linking
C6 H13 N O2
131.173
y
LEUCINE
L-peptide linking
C6 H15 N2 O2 1
147.195
y
LYSINE
L-peptide linking
C5 H11 N O2 S
149.211
y
METHIONINE
L-peptide linking
C9 H11 N O2
165.189
y
PHENYLALANINE
L-peptide linking
C5 H9 N O2
115.130
y
PROLINE
L-peptide linking
C3 H7 N O3
105.093
y
SERINE
L-peptide linking
C4 H9 N O3
119.119
y
THREONINE
L-peptide linking
C11 H12 N2 O2
204.225
y
TRYPTOPHAN
L-peptide linking
C9 H11 N O3
181.189
y
TYROSINE
L-peptide linking
C5 H11 N O2
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L-peptide linking
N
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HOH
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n
43
THR
43
A
ASN
44
n
44
ASN
44
A
THR
45
n
45
THR
45
A
ASN
46
n
46
ASN
46
A
PRO
47
n
47
PRO
47
A
LYS
48
n
48
LYS
48
A
TYR
49
n
49
TYR
49
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50
n
50
VAL
50
A
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51
n
51
LEU
51
A
VAL
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n
52
VAL
52
A
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n
53
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53
A
LEU
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n
54
LEU
54
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GLN
55
n
55
GLN
55
A
GLY
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n
56
GLY
56
A
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57
n
57
SER
57
A
ASN
58
n
58
ASN
58
A
LYS
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n
59
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59
A
LYS
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n
60
LYS
60
A
THR
61
n
61
THR
61
A
ILE
62
n
62
ILE
62
A
THR
63
n
63
THR
63
A
LEU
64
n
64
LEU
64
A
MET
65
n
65
MET
65
A
LEU
66
n
66
LEU
66
A
ARG
67
n
67
ARG
67
A
ARG
68
n
68
ARG
68
A
ASN
69
n
69
ASN
69
A
ASN
70
n
70
ASN
70
A
LEU
71
n
71
LEU
71
A
TYR
72
n
72
TYR
72
A
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n
73
VAL
73
A
MET
74
n
74
MET
74
A
GLY
75
n
75
GLY
75
A
TYR
76
n
76
TYR
76
A
SER
77
n
77
SER
77
A
ASP
78
n
78
ASP
78
A
PRO
79
n
79
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79
A
PHE
80
n
80
PHE
80
A
GLU
81
n
81
GLU
81
A
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82
n
82
THR
82
A
ASN
83
n
83
ASN
83
A
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84
n
84
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A
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n
85
CYS
85
A
ARG
86
n
86
ARG
86
A
TYR
87
n
87
TYR
87
A
HIS
88
n
88
HIS
88
A
ILE
89
n
89
ILE
89
A
PHE
90
n
90
PHE
90
A
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n
91
ASN
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A
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n
92
ASP
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A
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n
93
ILE
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A
SER
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n
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SER
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A
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n
95
GLY
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n
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THR
96
A
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GLU
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n
98
ARG
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n
100
ASP
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n
101
VAL
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n
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n
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A
THR
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n
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THR
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A
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n
105
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A
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n
106
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n
107
PRO
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n
108
ASN
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A
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n
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ALA
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n
110
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A
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n
111
SER
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n
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n
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n
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n
115
LYS
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n
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ASN
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A
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n
117
ILE
117
A
ASN
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n
118
ASN
118
A
PHE
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n
119
PHE
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A
ASP
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n
120
ASP
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n
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ARG
122
n
122
ARG
122
A
TYR
123
n
123
TYR
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A
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n
124
PRO
124
A
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125
n
125
THR
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A
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126
n
126
LEU
126
A
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n
127
GLU
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A
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n
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n
129
LYS
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A
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n
130
ALA
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A
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n
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GLY
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n
132
VAL
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A
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n
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n
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n
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ARG
135
A
SER
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n
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SER
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A
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n
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n
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n
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A
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n
140
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GLY
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n
142
ILE
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A
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n
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GLN
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A
ILE
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n
144
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A
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n
145
LEU
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A
ASP
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n
146
ASP
146
A
SER
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n
147
SER
147
A
ASN
148
n
148
ASN
148
A
ILE
149
n
149
ILE
149
A
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n
150
GLY
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n
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LYS
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A
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n
152
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A
SER
153
n
153
SER
153
A
GLY
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n
154
GLY
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A
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n
155
VAL
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n
156
MET
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n
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PHE
158
n
158
PHE
158
A
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159
n
159
THR
159
A
GLU
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n
160
GLU
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A
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n
161
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A
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n
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THR
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A
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n
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n
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n
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n
166
PHE
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A
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n
167
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A
LEU
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n
168
LEU
168
A
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n
169
VAL
169
A
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n
170
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171
n
171
ILE
171
A
GLN
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n
172
GLN
172
A
MET
173
n
173
MET
173
A
VAL
174
n
174
VAL
174
A
SER
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n
175
SER
175
A
GLU
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n
176
GLU
176
A
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n
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A
ALA
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n
178
ALA
178
A
ARG
179
n
179
ARG
179
A
PHE
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n
180
PHE
180
A
LYS
181
n
181
LYS
181
A
TYR
182
n
182
TYR
182
A
ILE
183
n
183
ILE
183
A
GLU
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n
184
GLU
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A
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n
185
ASN
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A
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n
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GLN
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n
187
VAL
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A
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n
188
LYS
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189
n
189
THR
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A
ASN
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n
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ASN
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A
PHE
191
n
191
PHE
191
A
ASN
192
n
192
ASN
192
A
ARG
193
n
193
ARG
193
A
ALA
194
n
194
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194
A
PHE
195
n
195
PHE
195
A
ASN
196
n
196
ASN
196
A
PRO
197
n
197
PRO
197
A
ASN
198
n
198
ASN
198
A
PRO
199
n
199
PRO
199
A
LYS
200
n
200
LYS
200
A
VAL
201
n
201
VAL
201
A
LEU
202
n
202
LEU
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A
ASN
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n
203
ASN
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A
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204
n
204
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A
GLN
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n
205
GLN
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A
GLU
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n
206
GLU
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A
THR
207
n
207
THR
207
A
TRP
208
n
208
TRP
208
A
GLY
209
n
209
GLY
209
A
LYS
210
n
210
LYS
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A
ILE
211
n
211
ILE
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A
SER
212
n
212
SER
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213
n
213
THR
213
A
ALA
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n
214
ALA
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A
ILE
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n
215
ILE
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A
HIS
216
n
216
HIS
216
A
ASP
217
n
217
ASP
217
A
ALA
218
n
218
ALA
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A
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219
n
219
LYS
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A
ASN
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n
220
ASN
220
A
GLY
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n
221
GLY
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A
VAL
222
n
222
VAL
222
A
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n
223
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PRO
224
n
224
PRO
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n
225
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A
PRO
226
n
226
PRO
226
A
LEU
227
n
227
LEU
227
A
GLU
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n
228
GLU
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A
LEU
229
n
229
LEU
229
A
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230
n
230
VAL
230
A
ASP
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n
231
ASP
231
A
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232
n
232
ALA
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A
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233
n
233
SER
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A
GLY
234
n
234
GLY
234
A
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235
n
235
ALA
235
A
LYS
236
n
236
LYS
236
A
TRP
237
n
237
TRP
237
A
ILE
238
n
238
ILE
238
A
VAL
239
n
239
VAL
239
A
LEU
240
n
240
LEU
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A
ARG
241
n
241
ARG
241
A
VAL
242
n
242
VAL
242
A
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n
243
ASP
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A
GLU
244
n
244
GLU
244
A
ILE
245
n
245
ILE
245
A
LYS
246
n
246
LYS
246
A
PRO
247
n
247
PRO
247
A
ASP
248
n
248
ASP
248
A
VAL
249
n
249
VAL
249
A
ALA
250
n
250
ALA
250
A
LEU
251
n
251
LEU
251
A
LEU
252
n
252
LEU
252
A
ASN
253
n
253
ASN
253
A
TYR
254
n
254
TYR
254
A
VAL
255
n
255
VAL
255
A
GLY
256
n
256
GLY
256
A
GLY
257
n
257
GLY
257
A
SER
258
n
258
SER
258
A
CYS
259
n
259
CYS
259
A
GLN
260
n
260
GLN
260
A
THR
261
n
261
THR
261
A
THR
262
n
262
THR
262
A
VAL
1
n
1
VAL
1
B
ASN
2
n
2
ASN
2
B
THR
3
n
3
THR
3
B
ILE
4
n
4
ILE
4
B
ILE
5
n
5
ILE
5
B
TYR
6
n
6
TYR
6
B
ASN
7
n
7
ASN
7
B
VAL
8
n
8
VAL
8
B
GLY
9
n
9
GLY
9
B
SER
10
n
10
SER
10
B
THR
11
n
11
THR
11
B
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12
n
12
THR
12
B
ILE
13
n
13
ILE
13
B
SER
14
n
14
SER
14
B
LYS
15
n
15
LYS
15
B
TYR
16
n
16
TYR
16
B
ALA
17
n
17
ALA
17
B
THR
18
n
18
THR
18
B
PHE
19
n
19
PHE
19
B
LEU
20
n
20
LEU
20
B
ASN
21
n
21
ASN
21
B
ASP
22
n
22
ASP
22
B
LEU
23
n
23
LEU
23
B
ARG
24
n
24
ARG
24
B
ASN
25
n
25
ASN
25
B
GLU
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n
26
GLU
26
B
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27
n
27
ALA
27
B
LYS
28
n
28
LYS
28
B
ASP
29
n
29
ASP
29
B
PRO
30
n
30
PRO
30
B
SER
31
n
31
SER
31
B
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32
n
32
LEU
32
B
LYS
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n
33
LYS
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B
CYS
34
n
34
CYS
34
B
TYR
35
n
35
TYR
35
B
GLY
36
n
36
GLY
36
B
ILE
37
n
37
ILE
37
B
PRO
38
n
38
PRO
38
B
MET
39
n
39
MET
39
B
LEU
40
n
40
LEU
40
B
PRO
41
n
41
PRO
41
B
ASN
42
n
42
ASN
42
B
THR
43
n
43
THR
43
B
ASN
44
n
44
ASN
44
B
THR
45
n
45
THR
45
B
ASN
46
n
46
ASN
46
B
PRO
47
n
47
PRO
47
B
LYS
48
n
48
LYS
48
B
TYR
49
n
49
TYR
49
B
VAL
50
n
50
VAL
50
B
LEU
51
n
51
LEU
51
B
VAL
52
n
52
VAL
52
B
GLU
53
n
53
GLU
53
B
LEU
54
n
54
LEU
54
B
GLN
55
n
55
GLN
55
B
GLY
56
n
56
GLY
56
B
SER
57
n
57
SER
57
B
ASN
58
n
58
ASN
58
B
LYS
59
n
59
LYS
59
B
LYS
60
n
60
LYS
60
B
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61
n
61
THR
61
B
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n
62
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n
63
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B
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64
n
64
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65
n
65
MET
65
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66
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n
67
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n
68
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n
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69
B
ASN
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n
70
ASN
70
B
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n
71
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TYR
72
n
72
TYR
72
B
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73
n
73
VAL
73
B
MET
74
n
74
MET
74
B
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n
75
GLY
75
B
TYR
76
n
76
TYR
76
B
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77
n
77
SER
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B
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78
n
78
ASP
78
B
PRO
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n
79
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79
B
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80
n
80
PHE
80
B
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n
81
GLU
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n
82
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B
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n
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ASN
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n
84
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B
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n
85
CYS
85
B
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n
86
ARG
86
B
TYR
87
n
87
TYR
87
B
HIS
88
n
88
HIS
88
B
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89
n
89
ILE
89
B
PHE
90
n
90
PHE
90
B
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n
91
ASN
91
B
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n
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B
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n
93
ILE
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B
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n
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94
B
GLY
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n
95
GLY
95
B
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96
n
96
THR
96
B
GLU
97
n
97
GLU
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B
ARG
98
n
98
ARG
98
B
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n
99
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n
100
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n
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VAL
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B
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n
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n
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n
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n
106
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n
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n
109
ALA
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n
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n
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n
115
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n
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n
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n
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n
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n
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n
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n
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n
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ALA
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n
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n
216
HIS
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ASN
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ARG
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ASP
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ASP
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249
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ALA
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n
257
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258
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259
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A
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N
LEU
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ILE
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A
O
ILE
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A
O
MET
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A
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MET
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MET
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PHE
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A
N
PHE
80
A
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LYS
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A
O
LYS
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A
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TYR
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A
O
VAL
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CYS
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A
N
CYS
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A
O
ILE
37
A
O
ILE
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LEU
229
A
N
LEU
229
A
O
TRP
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A
O
TRP
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B
N
ILE
4
B
N
ILE
4
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LEU
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B
O
LEU
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B
N
LEU
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B
N
LEU
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B
O
ILE
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B
O
ILE
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B
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MET
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B
O
MET
65
B
N
MET
74
B
N
MET
74
B
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PHE
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B
N
PHE
80
B
O
LYS
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B
O
LYS
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B
N
TYR
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B
N
TYR
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B
O
VAL
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B
O
VAL
113
B
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CYS
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N
CYS
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O
ILE
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B
O
ILE
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N
LEU
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B
N
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B
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TRP
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B
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TRP
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B
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B
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B
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1
MONOMERS A AND B ARE CONNECTED BY NCS. AT THE END OF CRYSTALLOGRAPHIC
REFINEMENT THE POSITIONAL RESTRAINTS BETWEEN TWO MONOMERS WERE 60 KCAL/MOL/A2
AND 30 KCAL/MOL/A2 FOR SIDE CHAINS (B-FACTOR RESTRAINTS - 10 AND 4 A2
RESPECTIVELY)
1
X-RAY DIFFRACTION
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20.0
1D6A
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80.2
data scaling
SCALEPACK
model building
X-PLOR
refinement
X-PLOR
3.843
phasing
X-PLOR
STRUCTURE OF POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN COMPLEXED WITH GUANINE
1
N
N
1
N
N
2
N
N
2
N
N
3
N
N
3
N
N
A
THR
12
A
THR
12
HELX_P
A
LYS
28
A
LYS
28
1
1
17
A
SER
57
A
SER
57
HELX_P
A
LYS
59
A
LYS
59
5
2
3
A
GLY
95
A
GLY
95
HELX_P
A
CYS
106
A
CYS
106
1
3
12
A
ASN
108
A
ASN
108
HELX_P
A
ASN
110
A
ASN
110
5
4
3
A
ARG
122
A
ARG
122
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A
ALA
130
A
ALA
130
1
5
9
A
SER
134
A
SER
134
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A
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138
A
VAL
138
5
6
5
A
GLY
141
A
GLY
141
HELX_P
A
SER
153
A
SER
153
1
7
13
A
THR
159
A
THR
159
HELX_P
A
SER
175
A
SER
175
1
8
17
A
VAL
174
A
VAL
174
HELX_P
A
PHE
180
A
PHE
180
1
9
7
A
PHE
180
A
PHE
180
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A
ASN
190
A
ASN
190
1
10
11
A
ASN
198
A
ASN
198
HELX_P
A
THR
207
A
THR
207
1
11
10
A
THR
207
A
THR
207
HELX_P
A
ALA
218
A
ALA
218
1
12
12
A
VAL
242
A
VAL
242
HELX_P
A
LYS
246
A
LYS
246
1
13
5
B
THR
12
B
THR
12
HELX_P
B
LYS
28
B
LYS
28
1
14
17
B
SER
57
B
SER
57
HELX_P
B
LYS
59
B
LYS
59
5
15
3
B
GLY
95
B
GLY
95
HELX_P
B
CYS
106
B
CYS
106
1
16
12
B
ASN
108
B
ASN
108
HELX_P
B
ASN
110
B
ASN
110
5
17
3
B
ARG
122
B
ARG
122
HELX_P
B
ALA
130
B
ALA
130
1
18
9
B
SER
134
B
SER
134
HELX_P
B
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138
B
VAL
138
5
19
5
B
GLY
141
B
GLY
141
HELX_P
B
SER
153
B
SER
153
1
20
13
B
THR
159
B
THR
159
HELX_P
B
VAL
174
B
VAL
174
1
21
16
B
VAL
174
B
VAL
174
HELX_P
B
PHE
180
B
PHE
180
1
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7
B
PHE
180
B
PHE
180
HELX_P
B
ASN
190
B
ASN
190
1
23
11
B
ASN
198
B
ASN
198
HELX_P
B
TRP
208
B
TRP
208
1
24
11
B
THR
207
B
THR
207
HELX_P
B
ALA
218
B
ALA
218
1
25
12
B
VAL
242
B
VAL
242
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B
LYS
246
B
LYS
246
1
26
5
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2.024
A
CYS
34
A
SG
CYS
34
1_555
A
CYS
259
A
SG
CYS
259
1_555
disulf
2.034
A
CYS
85
A
SG
CYS
85
1_555
A
CYS
106
A
SG
CYS
106
1_555
disulf
2.030
B
CYS
34
B
SG
CYS
34
1_555
B
CYS
259
B
SG
CYS
259
1_555
disulf
2.035
B
CYS
85
B
SG
CYS
85
1_555
B
CYS
106
B
SG
CYS
106
1_555
HYDROLASE
POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN, RIBOSOME INACTIVATING PROTEIN, HYDROLASE
A
ASN
46
A
ASN
46
1
A
PRO
47
A
PRO
47
-0.36
B
ASN
46
B
ASN
46
1
B
PRO
47
B
PRO
47
-0.11
RIP1_PHYAM
UNP
1
P10297
23
284
1D6A
1
262
P10297
A
1
1
262
23
284
1D6A
1
262
P10297
B
1
1
262
6
2
2
6
2
2
parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
parallel
anti-parallel
anti-parallel
parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
parallel
anti-parallel
anti-parallel
A
THR
3
A
THR
3
A
ASN
7
A
ASN
7
A
TYR
49
A
TYR
49
A
GLN
55
A
GLN
55
A
THR
61
A
THR
61
A
ARG
67
A
ARG
67
A
VAL
73
A
VAL
73
A
PHE
80
A
PHE
80
A
LYS
84
A
LYS
84
A
ILE
89
A
ILE
89
A
ARG
112
A
ARG
112
A
SER
114
A
SER
114
A
LYS
33
A
LYS
33
A
CYS
34
A
CYS
34
A
ILE
37
A
ILE
37
A
PRO
38
A
PRO
38
A
VAL
222
A
VAL
222
A
VAL
230
A
VAL
230
A
LYS
236
A
LYS
236
A
ARG
241
A
ARG
241
B
THR
3
B
THR
3
B
ASN
7
B
ASN
7
B
TYR
49
B
TYR
49
B
GLN
55
B
GLN
55
B
THR
61
B
THR
61
B
ARG
67
B
ARG
67
B
VAL
73
B
VAL
73
B
PHE
80
B
PHE
80
B
LYS
84
B
LYS
84
B
ILE
89
B
ILE
89
B
ARG
112
B
ARG
112
B
SER
114
B
SER
114
B
LYS
33
B
LYS
33
B
CYS
34
B
CYS
34
B
ILE
37
B
ILE
37
B
PRO
38
B
PRO
38
B
VAL
222
B
VAL
222
B
VAL
230
B
VAL
230
B
LYS
236
B
LYS
236
B
ARG
241
B
ARG
241
BINDING SITE FOR RESIDUE GUN A 901
A
GUN
901
Software
8
BINDING SITE FOR RESIDUE GUN B 902
B
GUN
902
Software
8
A
TYR
72
A
TYR
72
8
1_555
A
VAL
73
A
VAL
73
8
1_555
A
SER
121
A
SER
121
8
1_555
A
TYR
123
A
TYR
123
8
1_555
A
ILE
171
A
ILE
171
8
1_555
A
GLU
176
A
GLU
176
8
1_555
A
ARG
179
A
ARG
179
8
1_555
A
HOH
1057
E
HOH
8
1_555
B
TYR
72
B
TYR
72
8
1_555
B
VAL
73
B
VAL
73
8
1_555
B
SER
121
B
SER
121
8
1_555
B
TYR
123
B
TYR
123
8
1_555
B
ILE
171
B
ILE
171
8
1_555
B
GLU
176
B
GLU
176
8
1_555
B
ARG
179
B
ARG
179
8
1_555
B
HOH
1105
F
HOH
8
1_555
1
P 1