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sing N 92 N sing N 93 N sing N 94 N sing N 95 N sing N 96 N sing N 97 N doub N 98 N sing N 99 N sing N 100 N sing N 101 N sing N 102 N sing N 103 N sing N 104 N sing N 105 N sing N 106 N sing N 107 N sing N 108 N doub N 109 N sing N 110 N sing N 111 N sing N 112 N sing N 113 N sing N 114 N sing N 115 N sing N 116 N doub N 117 N sing N 118 N sing N 119 N sing N 120 N sing N 121 N sing N 122 N sing N 123 N sing N 124 N sing N 125 N sing N 126 N doub N 127 N sing N 128 N sing N 129 N sing N 130 N sing N 131 N sing N 132 N sing N 133 N sing N 134 N sing N 135 N doub N 136 N sing N 137 N sing N 138 N sing N 139 N sing Y 140 N sing Y 141 N doub Y 142 N doub N 143 N sing Y 144 N sing N 145 N sing Y 146 N sing N 147 N sing N 148 N sing N 149 N sing N 150 N sing N 151 N sing N 152 N sing N 153 N sing N 154 N sing N 155 N sing N 156 N doub N 157 N sing N 158 N sing N 159 N sing N 160 N sing N 161 N sing N 162 N sing N 163 N sing N 164 N sing N 165 N sing N 166 N sing N 167 N sing N 168 N sing N 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JMOBAK 0070 0022-2836 222 89 98 Fibrinogen Structure in Projection at 18 Angstroms Resolution 1991 UK J.Mol.Biol. JMOBAK 0070 0022-2836 126 159 183 Crystals of Modified Fibrinogen: Size, Shape and Packing of Molecules 1978 UK J.Mol.Biol. JMOBAK 0070 0022-2836 110 363 385 Crystalline States of a Modified Fibrinogen 1977 10.2210/pdb1deq/pdb pdb_00001deq 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 0.00000 0.00000 100.0 1 100.0 1 100.0 1 CCD 1996-10-21 BRANDEIS IMAGE PLATE 1996-04-30 MARRESEARCH CCD 1997-11-23 PRINCETON 2K SINGLE WAVELENGTH M x-ray 1 1.15 1.0 0.908 1.0 X12C NSLS 1.15 SYNCHROTRON NSLS BEAMLINE X12C X12C NSLS 1.15 SYNCHROTRON NSLS BEAMLINE X12C F1 CHESS 0.908 SYNCHROTRON CHESS BEAMLINE F1 42767.410 FIBRINOGEN (ALPHA CHAIN) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PS-1-MODIFIED FRAGMENT 4 nat polymer 46901.641 FIBRINOGEN (BETA CHAIN) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PS-1-MODIFIED FRAGMENT 4 nat polymer 46626.605 FIBRINOGEN (GAMMA CHAIN) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PS-1-MODIFIED FRAGMENT 4 nat polymer DISORDERED DISULFIDE KNOT REGION 7677.455 FIBRINOGEN PSEUDOMONAS AERUGINOSA PS-1-MODIFIED FRAGMENT 2 nat polymer no no EDGSDPPSGDFLTEGGGVRGPRLVERQQSACKETGWPFCSDEDWNTKCPSGCRMKGLIDEVDQDFTSRINKLRDSLFNYQ 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n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n 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402 1 Y 1 P GLY 403 J GLY 403 1 Y 1 P GLY 404 J GLY 404 1 Y 1 P ALA 405 J ALA 405 1 Y 1 P LYS 406 J LYS 406 1 Y 1 P GLN 407 J GLN 407 1 Y 1 P ALA 408 J ALA 408 1 Y 1 P GLY 409 J GLY 409 1 Y 1 P ASP 410 J ASP 410 1 Y 1 P VAL 411 J VAL 411 1 Y 1 Q GLU 1 K GLU 1 1 Y 1 Q ASP 2 K ASP 2 1 Y 1 Q GLY 3 K GLY 3 1 Y 1 Q SER 4 K SER 4 1 Y 1 Q ASP 5 K ASP 5 1 Y 1 Q PRO 6 K PRO 6 1 Y 1 Q PRO 7 K PRO 7 1 Y 1 Q SER 8 K SER 8 1 Y 1 Q GLY 9 K GLY 9 1 Y 1 Q ASP 10 K ASP 10 1 Y 1 Q PHE 11 K PHE 11 1 Y 1 Q LEU 12 K LEU 12 1 Y 1 Q THR 13 K THR 13 1 Y 1 Q GLU 14 K GLU 14 1 Y 1 Q GLY 15 K GLY 15 1 Y 1 Q GLY 16 K GLY 16 1 Y 1 Q GLY 17 K GLY 17 1 Y 1 Q VAL 18 K VAL 18 1 Y 1 Q ARG 19 K ARG 19 1 Y 1 Q GLY 20 K GLY 20 1 Y 1 Q PRO 21 K PRO 21 1 Y 1 Q ARG 22 K ARG 22 1 Y 1 Q LEU 23 K LEU 23 1 Y 1 Q VAL 24 K VAL 24 1 Y 1 Q GLU 25 K GLU 25 1 Y 1 Q ARG 26 K ARG 26 1 Y 1 Q GLN 27 K GLN 27 1 Y 1 Q GLN 28 K GLN 28 1 Y 1 Q SER 29 K SER 29 1 Y 1 Q ALA 30 K ALA 30 1 Y 1 Q CYS 31 K CYS 31 1 Y 1 Q LYS 32 K LYS 32 1 Y 1 Q GLU 33 K GLU 33 1 Y 1 Q THR 34 K THR 34 1 Y 1 Q GLY 35 K GLY 35 1 Y 1 Q TRP 36 K TRP 36 1 Y 1 Q PRO 37 K PRO 37 1 Y 1 Q PHE 38 K PHE 38 1 Y 1 Q CYS 39 K CYS 39 1 Y 1 Q SER 40 K SER 40 1 Y 1 Q ASP 41 K ASP 41 1 Y 1 Q GLU 42 K GLU 42 1 Y 1 Q ASP 43 K ASP 43 1 Y 1 Q TRP 44 K TRP 44 1 Y 1 Q LEU 225 K LEU 225 1 Y 1 Q GLN 226 K GLN 226 1 Y 1 Q GLU 227 K GLU 227 1 Y 1 Q ALA 228 K ALA 228 1 Y 1 Q PRO 229 K PRO 229 1 Y 1 Q LEU 230 K LEU 230 1 Y 1 Q GLU 231 K GLU 231 1 Y 1 Q TRP 232 K TRP 232 1 Y 1 Q LYS 233 K LYS 233 1 Y 1 Q ALA 234 K ALA 234 1 Y 1 Q LEU 235 K LEU 235 1 Y 1 Q LEU 236 K LEU 236 1 Y 1 Q GLU 237 K GLU 237 1 Y 1 Q MET 238 K MET 238 1 Y 1 Q GLN 239 K GLN 239 1 Y 1 Q GLN 240 K GLN 240 1 Y 1 Q THR 241 K THR 241 1 Y 1 Q LYS 242 K LYS 242 1 Y 1 Q MET 243 K MET 243 1 Y 1 Q VAL 244 K VAL 244 1 Y 1 Q LEU 245 K LEU 245 1 Y 1 Q GLU 246 K GLU 246 1 Y 1 Q THR 247 K THR 247 1 Y 1 Q PHE 248 K PHE 248 1 Y 1 Q GLY 249 K GLY 249 1 Y 1 Q GLY 250 K GLY 250 1 Y 1 Q ASP 251 K ASP 251 1 Y 1 Q GLY 252 K GLY 252 1 Y 1 Q HIS 253 K HIS 253 1 Y 1 Q ALA 254 K ALA 254 1 Y 1 Q ARG 255 K ARG 255 1 Y 1 Q GLY 256 K GLY 256 1 Y 1 Q ASP 257 K ASP 257 1 Y 1 Q SER 258 K SER 258 1 Y 1 Q VAL 259 K VAL 259 1 Y 1 Q SER 260 K SER 260 1 Y 1 Q GLN 261 K GLN 261 1 Y 1 Q GLY 262 K GLY 262 1 Y 1 Q THR 263 K THR 263 1 Y 1 Q GLY 264 K GLY 264 1 Y 1 Q LEU 265 K LEU 265 1 Y 1 Q ALA 266 K ALA 266 1 Y 1 Q PRO 267 K PRO 267 1 Y 1 Q GLY 268 K GLY 268 1 Y 1 Q SER 269 K SER 269 1 Y 1 Q PRO 270 K PRO 270 1 Y 1 Q ARG 271 K ARG 271 1 Y 1 Q LYS 272 K LYS 272 1 Y 1 Q PRO 273 K PRO 273 1 Y 1 Q GLY 274 K GLY 274 1 Y 1 Q THR 275 K THR 275 1 Y 1 Q SER 276 K SER 276 1 Y 1 Q SER 277 K SER 277 1 Y 1 Q ILE 278 K ILE 278 1 Y 1 Q GLY 279 K GLY 279 1 Y 1 Q ASN 280 K ASN 280 1 Y 1 Q VAL 281 K VAL 281 1 Y 1 Q ASN 282 K ASN 282 1 Y 1 Q PRO 283 K PRO 283 1 Y 1 Q GLY 284 K GLY 284 1 Y 1 Q SER 285 K SER 285 1 Y 1 Q TYR 286 K TYR 286 1 Y 1 Q GLY 287 K GLY 287 1 Y 1 Q PRO 288 K PRO 288 1 Y 1 Q GLY 289 K GLY 289 1 Y 1 Q SER 290 K SER 290 1 Y 1 Q SER 291 K SER 291 1 Y 1 Q GLY 292 K GLY 292 1 Y 1 Q THR 293 K THR 293 1 Y 1 Q TRP 294 K TRP 294 1 Y 1 Q ASN 295 K ASN 295 1 Y 1 Q PRO 296 K PRO 296 1 Y 1 Q GLY 297 K GLY 297 1 Y 1 Q ARG 298 K ARG 298 1 Y 1 Q PRO 299 K PRO 299 1 Y 1 Q GLU 300 K GLU 300 1 Y 1 Q PRO 301 K PRO 301 1 Y 1 Q GLY 302 K GLY 302 1 Y 1 Q SER 303 K SER 303 1 Y 1 Q ALA 304 K ALA 304 1 Y 1 Q GLY 305 K GLY 305 1 Y 1 Q THR 306 K THR 306 1 Y 1 Q TRP 307 K TRP 307 1 Y 1 Q ASN 308 K ASN 308 1 Y 1 Q PRO 309 K PRO 309 1 Y 1 Q GLY 310 K GLY 310 1 Y 1 Q ARG 311 K ARG 311 1 Y 1 Q PRO 312 K PRO 312 1 Y 1 Q GLU 313 K GLU 313 1 Y 1 Q PRO 314 K PRO 314 1 Y 1 Q GLY 315 K GLY 315 1 Y 1 Q SER 316 K SER 316 1 Y 1 Q ALA 317 K ALA 317 1 Y 1 Q GLY 318 K GLY 318 1 Y 1 Q THR 319 K THR 319 1 Y 1 Q TRP 320 K TRP 320 1 Y 1 Q ASN 321 K ASN 321 1 Y 1 Q PRO 322 K PRO 322 1 Y 1 Q GLY 323 K GLY 323 1 Y 1 Q ARG 324 K ARG 324 1 Y 1 Q PRO 325 K PRO 325 1 Y 1 Q GLU 326 K GLU 326 1 Y 1 Q PRO 327 K PRO 327 1 Y 1 Q GLY 328 K GLY 328 1 Y 1 Q SER 329 K SER 329 1 Y 1 Q ALA 330 K ALA 330 1 Y 1 Q GLY 331 K GLY 331 1 Y 1 Q THR 332 K THR 332 1 Y 1 Q TRP 333 K TRP 333 1 Y 1 Q ASN 334 K ASN 334 1 Y 1 Q PRO 335 K PRO 335 1 Y 1 Q GLY 336 K GLY 336 1 Y 1 Q ARG 337 K ARG 337 1 Y 1 Q PRO 338 K PRO 338 1 Y 1 Q GLU 339 K GLU 339 1 Y 1 Q PRO 340 K PRO 340 1 Y 1 Q GLY 341 K GLY 341 1 Y 1 Q SER 342 K SER 342 1 Y 1 Q ALA 343 K ALA 343 1 Y 1 Q GLY 344 K GLY 344 1 Y 1 Q THR 345 K THR 345 1 Y 1 Q TRP 346 K TRP 346 1 Y 1 Q ASN 347 K ASN 347 1 Y 1 Q PRO 348 K PRO 348 1 Y 1 Q GLY 349 K GLY 349 1 Y 1 Q ARG 350 K ARG 350 1 Y 1 Q PRO 351 K PRO 351 1 Y 1 Q GLU 352 K GLU 352 1 Y 1 Q PRO 353 K PRO 353 1 Y 1 Q GLY 354 K GLY 354 1 Y 1 Q SER 355 K SER 355 1 Y 1 Q ALA 356 K ALA 356 1 Y 1 Q GLY 357 K GLY 357 1 Y 1 Q THR 358 K THR 358 1 Y 1 Q TRP 359 K TRP 359 1 Y 1 Q ASN 360 K ASN 360 1 Y 1 Q THR 361 K THR 361 1 Y 1 Q GLY 362 K GLY 362 1 Y 1 Q SER 363 K SER 363 1 Y 1 Q SER 364 K SER 364 1 Y 1 Q GLY 365 K GLY 365 1 Y 1 Q SER 366 K SER 366 1 Y 1 Q SER 367 K SER 367 1 Y 1 Q SER 368 K SER 368 1 Y 1 Q PHE 369 K PHE 369 1 Y 1 Q ARG 370 K ARG 370 1 Y 1 Q PRO 371 K PRO 371 1 Y 1 Q ASP 372 K ASP 372 1 Y 1 Q SER 373 K SER 373 1 Y 1 Q SER 374 K SER 374 1 Y 1 Q GLY 375 K GLY 375 1 Y 1 Q HIS 376 K HIS 376 1 Y 1 Q GLY 377 K GLY 377 1 Y 1 Q ASN 378 K ASN 378 1 Y 1 Q ILE 379 K ILE 379 1 Y 1 Q ARG 380 K ARG 380 1 Y 1 Q PRO 381 K PRO 381 1 Y 1 Q SER 382 K SER 382 1 Y 1 Q SER 383 K SER 383 1 Y 1 Q PRO 384 K PRO 384 1 Y 1 Q ASP 385 K ASP 385 1 Y 1 Q TRP 386 K TRP 386 1 Y 1 Q GLY 387 K GLY 387 1 Y 1 Q THR 388 K THR 388 1 Y 1 Q PHE 389 K PHE 389 1 Y 1 Q ARG 390 K ARG 390 1 Y 1 R LYS 61 L LYS 1 1 Y 1 R VAL 62 L VAL 2 1 Y 1 R GLU 63 L GLU 3 1 Y 1 R ARG 64 L ARG 4 1 Y 1 R LYS 65 L LYS 5 1 Y 1 R PRO 66 L PRO 6 1 Y 1 R PRO 67 L PRO 7 1 Y 1 R ASP 68 L ASP 8 1 Y 1 R ALA 69 L ALA 9 1 Y 1 R ASP 70 L ASP 10 1 Y 1 R GLY 71 L GLY 11 1 Y 1 R CYS 72 L CYS 12 1 Y 1 R LEU 73 L LEU 13 1 Y 1 R HIS 74 L HIS 14 1 Y 1 R ALA 75 L ALA 15 1 Y 1 R ASP 76 L ASP 16 1 Y 1 R PRO 77 L PRO 17 1 Y 1 R ASP 78 L ASP 18 1 Y 1 R LEU 79 L LEU 19 1 Y 1 R GLY 80 L GLY 20 1 Y 1 R VAL 81 L VAL 21 1 Y 1 R LEU 82 L LEU 22 1 Y 1 R CYS 83 L CYS 23 1 Y 1 R PRO 84 L PRO 24 1 Y 1 R THR 85 L THR 25 1 Y 1 R GLY 86 L GLY 26 1 Y 1 R CYS 87 L CYS 27 1 Y 1 R GLN 468 L GLN 408 1 Y 1 S TYR 1 M TYR 1 1 Y 1 S VAL 2 M VAL 2 1 Y 1 S ALA 3 M ALA 3 1 Y 1 S THR 4 M THR 4 1 Y 1 S ARG 5 M ARG 5 1 Y 1 S ASP 6 M ASP 6 1 Y 1 S ASN 7 M ASN 7 1 Y 1 S CYS 8 M CYS 8 1 Y 1 S CYS 9 M CYS 9 1 Y 1 S ILE 10 M ILE 10 1 Y 1 S LEU 11 M LEU 11 1 Y 1 S ASP 12 M ASP 12 1 Y 1 S GLU 13 M GLU 13 1 Y 1 S ARG 14 M ARG 14 1 Y 1 S PHE 15 M PHE 15 1 Y 1 S GLY 16 M GLY 16 1 Y 1 S SER 17 M SER 17 1 Y 1 S TYR 18 M TYR 18 1 Y 1 S CYS 19 M CYS 19 1 Y 1 S PRO 20 M PRO 20 1 Y 1 S THR 21 M THR 21 1 Y 1 S THR 22 M THR 22 1 Y 1 S CYS 23 M CYS 23 1 Y 1 S GLY 24 M GLY 24 1 Y 1 S ILE 25 M ILE 25 1 Y 1 S ALA 26 M ALA 26 1 Y 1 S GLY 397 M GLY 397 1 Y 1 S GLN 398 M GLN 398 1 Y 1 S GLN 399 M GLN 399 1 Y 1 S HIS 400 M HIS 400 1 Y 1 S GLN 401 M GLN 401 1 Y 1 S LEU 402 M LEU 402 1 Y 1 S GLY 403 M GLY 403 1 Y 1 S GLY 404 M GLY 404 1 Y 1 S ALA 405 M ALA 405 1 Y 1 S LYS 406 M LYS 406 1 Y 1 S GLN 407 M GLN 407 1 Y 1 S ALA 408 M ALA 408 1 Y 1 S GLY 409 M GLY 409 1 Y 1 S ASP 410 M ASP 410 1 Y 1 S VAL 411 M VAL 411 1 Y Side chains were included in refinement. At this resolution, however, the correct side chain conformations cannot be generally determined, and only alpha Carbons are deposited here. A B-factor equal to 999 identifies a residue whose density is generally relatively disordered and thus is not included in refinement (but generally positioned using information from non- crystallographically-related copies). Note that of the asymmetric unit's four half-dimers, that designated by chain ids N, O, and P has the most residues included in the refinement, and its electron density is best ordered. The central disulphide knot region could not be traced, and only some coordinates for part of this domain are included (resname=UNK, chainid M and Z for the two molecules per a.u.). Due to anisotropy in the the diffraction, the data in the highest shells (esp. 4.0-3.5) are quite incomplete, and hence the structure is judged overall to at ~4.0 angstroms resolution. 0.3700000 0.2570000 0.2630000 0.2630000 3.5 10.0 3444 69051 69051 86.9 random 1 0 molecular replacement (using human fragment d coordinates) human fragment d coordinates (see related entry 1fza) modified CHARMM in X-Plor 3.5 10.0 0 3900 0 0 3900 0.012 1.83 28.1 3.4 210 1DEQ 79465 79465 0.0 0.0 0.0750000 1 7.05 4.42 78.5 0.2800000 3.38 3.57 6830 1 2.3 46.7 phasing AMoRE refinement X-PLOR 3.851 data reduction DENZO data scaling CCP4 (SCALA) THE CRYSTAL STRUCTURE OF MODIFIED BOVINE FIBRINOGEN (AT ~4 ANGSTROM RESOLUTION) 1 N N 2 N N 3 N N 1 N N 2 N N 3 N N 4 N N 1 N N 2 N N 3 N N 1 N N 2 N N 3 N N 4 N N An ~ 4 Angstrom structure of the 285 kDa major fragment of bovine fibrinogen. The alpha-carbon coordinates for both molecules per asymmetric unit are provided. The molecule is a dimer of a heterotrimer. Coordinates with chain ids ABC:DEF and NOP:QRS are the two crystallographically independent dimers. A,D,N, and Q correspond to the A-alpha chain. B,E,O, and R correspond to the B-beta chain. C,F,P, and S correspond to the gamma chain. These alpha-carbon coordinates include the end gamma and beta domains (i.e. the C-terminal globular domains of the gamma and B-beta chains, respectively) and the coiled coils (which are made of the A-alpha, B-beta, and gamma chains.). The density corresponding to the central disulfide knot region is too irregular to be traced at this resolution, and only some coordinates for part of this domain are included where density is seen (designated M and Z for the for the two molecules per a.u.). BLOOD CLOTTING COILED-COIL, BLOOD CLOTTING FIBA_BOVIN UNP 1 P02672 FIBB_BOVIN UNP 2 P02676 FIBG_BOVIN UNP 3 P12799 1DEQ PDB 4 1DEQ 20 409 1DEQ 1 390 P02672 A 1 1 390 61 468 1DEQ 61 468 P02676 B 2 1 408 25 432 1DEQ 1 407 P12799 C 3 1 407 20 409 1DEQ 1 390 P02672 D 1 1 390 61 468 1DEQ 61 468 P02676 E 2 1 408 25 432 1DEQ 1 407 P12799 F 3 1 407 1 145 1DEQ 1 145 1DEQ M 4 1 90 20 409 1DEQ 1 390 P02672 N 1 1 390 61 468 1DEQ 61 468 P02676 O 2 1 408 25 432 1DEQ 1 407 P12799 P 3 1 407 20 409 1DEQ 1 390 P02672 Q 1 1 390 61 468 1DEQ 61 468 P02676 R 2 1 408 25 432 1DEQ 1 407 P12799 S 3 1 407 1 145 1DEQ 1 145 1DEQ Z 4 1 90 4 P 1 21 1