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Zhang, X.
Miyagi, M.
Huo, X.
Misono, K.S.
Yee, V.C.
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L-peptide linking
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y
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UK
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no
no
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n
n
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n
n
n
n
n
n
n
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Rattus
African green monkey
Chlorocebus
sample
10116
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9534
Chlorocebus aethiops
PCDNA3-NPR
1
2.99
58.92
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8.2
pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
277
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chem_comp
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pdbx_entity_branch
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struct_site_gen
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Carbohydrate remediation
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2020-07-29
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D
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E
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F
NAG
2
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RCSB
Y
RCSB
1999-12-23
REL
REL
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2
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1.0
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2
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1.1.0
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2
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C1
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NAG
NAG
2
1
2
O1
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n
n
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CL
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NAG
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6
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6
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WAT
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WAT
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WAT
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HOH
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C
WAT
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HOH
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C
WAT
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HOH
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C
WAT
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6
HOH
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C
WAT
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HOH
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C
WAT
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HOH
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C
WAT
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6
HOH
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C
WAT
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6
HOH
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HOH
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C
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6
HOH
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C
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6
HOH
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C
WAT
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HOH
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C
WAT
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6
HOH
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C
WAT
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6
HOH
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C
WAT
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6
HOH
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C
WAT
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6
HOH
HOH
687
C
WAT
176
6
HOH
HOH
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C
WAT
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6
HOH
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C
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C
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6
HOH
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C
WAT
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C
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6
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C
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6
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C
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6
HOH
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C
WAT
202
6
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C
WAT
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6
HOH
HOH
699
C
WAT
208
6
HOH
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C
WAT
210
6
HOH
HOH
701
C
WAT
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6
HOH
HOH
702
C
WAT
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6
HOH
HOH
703
C
WAT
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6
HOH
HOH
704
C
WAT
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6
HOH
HOH
705
C
WAT
221
6
HOH
HOH
706
C
WAT
225
6
HOH
HOH
707
C
WAT
231
6
HOH
HOH
708
C
WAT
233
6
HOH
HOH
709
C
WAT
234
6
HOH
HOH
710
C
WAT
235
6
HOH
HOH
711
C
WAT
236
6
HOH
HOH
712
C
WAT
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6
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C
WAT
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C
WAT
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6
HOH
HOH
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C
WAT
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6
HOH
HOH
716
C
WAT
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1
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ASP
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n
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ASN
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n
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n
16
TYR
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21
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n
22
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23
VAL
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24
GLY
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26
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27
VAL
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28
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30
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n
31
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32
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n
33
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34
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36
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37
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38
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39
ASP
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n
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n
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42
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THR
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48
MET
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60
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62
ASP
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n
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THR
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n
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VAL
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n
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ASP
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n
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n
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n
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n
76
HIS
76
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SER
77
n
77
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A
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n
78
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n
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VAL
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n
81
PHE
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A
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n
82
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n
83
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n
84
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n
85
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n
86
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n
87
VAL
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n
88
TYR
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n
89
SER
89
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n
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n
93
VAL
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n
94
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n
95
ARG
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n
96
PHE
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100
TRP
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n
101
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n
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105
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n
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111
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n
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n
114
ILE
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n
115
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n
116
VAL
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n
118
ASP
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120
TYR
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125
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n
126
THR
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n
127
GLY
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PRO
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n
128
PRO
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129
n
129
SER
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HIS
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n
130
HIS
130
A
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n
131
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PHE
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139
ALA
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141
n
141
HIS
141
A
ARG
142
n
142
ARG
142
A
ARG
143
n
143
ARG
143
A
LEU
144
n
144
LEU
144
A
GLY
145
n
145
GLY
145
A
TRP
146
n
146
TRP
146
A
GLU
147
n
147
GLU
147
A
HIS
148
n
148
HIS
148
A
GLN
149
n
149
GLN
149
A
ALA
150
n
150
ALA
150
A
LEU
151
n
151
LEU
151
A
VAL
152
n
152
VAL
152
A
LEU
153
n
153
LEU
153
A
TYR
154
n
154
TYR
154
A
ALA
155
n
155
ALA
155
A
ASP
156
n
156
ASP
156
A
ARG
157
n
157
ARG
157
A
LEU
158
n
158
LEU
158
A
GLY
159
n
159
GLY
159
A
ASP
160
n
160
ASP
160
A
ASP
161
n
161
ASP
161
A
ARG
162
n
162
ARG
162
A
PRO
163
n
163
PRO
163
A
CYS
164
n
164
CYS
164
A
PHE
165
n
165
PHE
165
A
PHE
166
n
166
PHE
166
A
ILE
167
n
167
ILE
167
A
VAL
168
n
168
VAL
168
A
GLU
169
n
169
GLU
169
A
GLY
170
n
170
GLY
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A
LEU
171
n
171
LEU
171
A
TYR
172
n
172
TYR
172
A
MET
173
n
173
MET
173
A
ARG
174
n
174
ARG
174
A
VAL
175
n
175
VAL
175
A
ARG
176
n
176
ARG
176
A
GLU
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n
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GLU
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A
ARG
178
n
178
ARG
178
A
LEU
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n
179
LEU
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A
ASN
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n
180
ASN
180
A
ILE
181
n
181
ILE
181
A
THR
182
n
182
THR
182
A
VAL
183
n
183
VAL
183
A
ASN
184
n
184
ASN
184
A
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185
n
185
HIS
185
A
GLN
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n
186
GLN
186
A
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n
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GLU
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A
PHE
188
n
188
PHE
188
A
VAL
189
n
189
VAL
189
A
GLU
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n
190
GLU
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A
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n
191
GLY
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A
ASP
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n
192
ASP
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A
PRO
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n
193
PRO
193
A
ASP
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n
194
ASP
194
A
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195
n
195
HIS
195
A
TYR
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n
196
TYR
196
A
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n
197
PRO
197
A
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198
n
198
LYS
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A
LEU
199
n
199
LEU
199
A
LEU
200
n
200
LEU
200
A
ARG
201
n
201
ARG
201
A
ALA
202
n
202
ALA
202
A
VAL
203
n
203
VAL
203
A
ARG
204
n
204
ARG
204
A
ARG
205
n
205
ARG
205
A
LYS
206
n
206
LYS
206
A
GLY
207
n
207
GLY
207
A
ARG
208
n
208
ARG
208
A
VAL
209
n
209
VAL
209
A
ILE
210
n
210
ILE
210
A
TYR
211
n
211
TYR
211
A
ILE
212
n
212
ILE
212
A
CYS
213
n
213
CYS
213
A
SER
214
n
214
SER
214
A
SER
215
n
215
SER
215
A
PRO
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n
216
PRO
216
A
ASP
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n
217
ASP
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A
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n
218
ALA
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A
PHE
219
n
219
PHE
219
A
ARG
220
n
220
ARG
220
A
ASN
221
n
221
ASN
221
A
LEU
222
n
222
LEU
222
A
MET
223
n
223
MET
223
A
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224
n
224
LEU
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A
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n
225
LEU
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A
ALA
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n
226
ALA
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A
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n
227
LEU
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A
ASN
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n
228
ASN
228
A
ALA
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n
229
ALA
229
A
GLY
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n
230
GLY
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A
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n
231
LEU
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A
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232
n
232
THR
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A
GLY
233
n
233
GLY
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A
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n
234
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n
235
ASP
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TYR
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n
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TYR
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n
237
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A
PHE
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n
238
PHE
238
A
PHE
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n
239
PHE
239
A
HIS
240
n
240
HIS
240
A
LEU
241
n
241
LEU
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A
ASP
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n
242
ASP
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A
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n
243
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A
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n
244
PHE
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A
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245
n
245
GLY
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n
246
GLN
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n
247
SER
247
A
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n
248
LEU
248
A
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n
249
LYS
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A
SER
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n
250
SER
250
A
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n
251
ALA
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n
252
GLN
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A
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n
253
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A
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n
254
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A
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n
255
VAL
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A
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n
256
PRO
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n
257
GLN
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A
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n
258
LYS
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A
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n
259
PRO
259
A
TRP
260
n
260
TRP
260
A
GLU
261
n
261
GLU
261
A
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262
n
262
ARG
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A
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n
263
GLY
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A
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n
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ASP
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A
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n
265
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A
GLN
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n
266
GLN
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A
ASP
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n
267
ASP
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A
ARG
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n
268
ARG
268
A
SER
269
n
269
SER
269
A
ALA
270
n
270
ALA
270
A
ARG
271
n
271
ARG
271
A
GLN
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n
272
GLN
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A
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273
n
273
ALA
273
A
PHE
274
n
274
PHE
274
A
GLN
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n
275
GLN
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A
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276
n
276
ALA
276
A
ALA
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n
277
ALA
277
A
LYS
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n
278
LYS
278
A
ILE
279
n
279
ILE
279
A
ILE
280
n
280
ILE
280
A
THR
281
n
281
THR
281
A
TYR
282
n
282
TYR
282
A
LYS
283
n
283
LYS
283
A
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284
n
284
GLU
284
A
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n
285
PRO
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A
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286
n
286
ASP
286
A
ASN
287
n
287
ASN
287
A
PRO
288
n
288
PRO
288
A
GLU
289
n
289
GLU
289
A
TYR
290
n
290
TYR
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A
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291
n
291
LEU
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A
GLU
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n
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A
PHE
293
n
293
PHE
293
A
LEU
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n
294
LEU
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A
LYS
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n
295
LYS
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A
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n
296
GLN
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A
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297
n
297
LEU
297
A
LYS
298
n
298
LYS
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A
LEU
299
n
299
LEU
299
A
LEU
300
n
300
LEU
300
A
ALA
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n
301
ALA
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A
ASP
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n
302
ASP
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A
LYS
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n
303
LYS
303
A
LYS
304
n
304
LYS
304
A
PHE
305
n
305
PHE
305
A
ASN
306
n
306
ASN
306
A
PHE
307
n
307
PHE
307
A
THR
308
n
308
THR
308
A
VAL
309
n
309
VAL
309
A
GLU
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n
310
GLU
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A
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n
311
ASP
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A
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n
312
GLY
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A
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n
313
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A
LYS
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n
314
LYS
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A
ASN
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n
315
ASN
315
A
ILE
316
n
316
ILE
316
A
ILE
317
n
317
ILE
317
A
PRO
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n
318
PRO
318
A
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n
319
ALA
319
A
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n
320
SER
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PHE
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n
321
PHE
321
A
HIS
322
n
322
HIS
322
A
ASP
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n
323
ASP
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A
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n
324
GLY
324
A
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n
325
LEU
325
A
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n
326
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326
A
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n
327
LEU
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A
TYR
328
n
328
TYR
328
A
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n
329
VAL
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A
GLN
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n
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GLN
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n
331
ALA
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n
332
VAL
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THR
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n
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THR
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n
336
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A
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n
337
ALA
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A
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n
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GLN
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n
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A
GLY
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n
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THR
341
n
341
THR
341
A
VAL
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n
342
VAL
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A
THR
343
n
343
THR
343
A
ASP
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n
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ASP
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A
GLY
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n
345
GLY
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A
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n
346
GLU
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A
ASN
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n
347
ASN
347
A
ILE
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n
348
ILE
348
A
THR
349
n
349
THR
349
A
GLN
350
n
350
GLN
350
A
ARG
351
n
351
ARG
351
A
MET
352
n
352
MET
352
A
TRP
353
n
353
TRP
353
A
ASN
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n
354
ASN
354
A
ARG
355
n
355
ARG
355
A
SER
356
n
356
SER
356
A
PHE
357
n
357
PHE
357
A
GLN
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n
358
GLN
358
A
GLY
359
n
359
GLY
359
A
VAL
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n
360
VAL
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A
THR
361
n
361
THR
361
A
GLY
362
n
362
GLY
362
A
TYR
363
n
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TYR
363
A
LEU
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n
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A
LYS
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n
365
LYS
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A
ILE
366
n
366
ILE
366
A
ASP
367
n
367
ASP
367
A
ARG
368
n
368
ARG
368
A
ASN
369
n
369
ASN
369
A
GLY
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n
370
GLY
370
A
ASP
371
n
371
ASP
371
A
ARG
372
n
372
ARG
372
A
ASP
373
n
373
ASP
373
A
THR
374
n
374
THR
374
A
ASP
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n
375
ASP
375
A
PHE
376
n
376
PHE
376
A
SER
377
n
377
SER
377
A
LEU
378
n
378
LEU
378
A
TRP
379
n
379
TRP
379
A
ASP
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n
380
ASP
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A
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n
381
MET
381
A
ASP
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n
382
ASP
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A
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n
383
PRO
383
A
GLU
384
n
384
GLU
384
A
THR
385
n
385
THR
385
A
GLY
386
n
386
GLY
386
A
ALA
387
n
387
ALA
387
A
PHE
388
n
388
PHE
388
A
ARG
389
n
389
ARG
389
A
VAL
390
n
390
VAL
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A
VAL
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n
391
VAL
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A
LEU
392
n
392
LEU
392
A
ASN
393
n
393
ASN
393
A
TYR
394
n
394
TYR
394
A
ASN
395
n
395
ASN
395
A
GLY
396
n
396
GLY
396
A
THR
397
n
397
THR
397
A
SER
398
n
398
SER
398
A
GLN
399
n
399
GLN
399
A
GLU
400
n
400
GLU
400
A
LEU
401
n
401
LEU
401
A
MET
402
n
402
MET
402
A
ALA
403
n
403
ALA
403
A
VAL
404
n
404
VAL
404
A
SER
405
n
405
SER
405
A
GLU
406
n
406
GLU
406
A
HIS
407
n
407
HIS
407
A
LYS
408
n
408
LYS
408
A
LEU
409
n
409
LEU
409
A
TYR
410
n
410
TYR
410
A
TRP
411
n
411
TRP
411
A
PRO
412
n
412
PRO
412
A
LEU
413
n
413
LEU
413
A
GLY
414
n
414
GLY
414
A
TYR
415
n
415
TYR
415
A
PRO
416
n
416
PRO
416
A
PRO
417
n
417
PRO
417
A
PRO
418
n
418
PRO
418
A
ASP
419
n
419
ASP
419
A
VAL
420
n
420
VAL
420
A
PRO
421
n
421
PRO
421
A
LYS
422
n
422
LYS
422
A
CYS
423
n
423
CYS
423
A
GLY
424
n
424
GLY
424
A
PHE
425
n
425
PHE
425
A
n
426
426
A
n
427
427
A
n
428
428
A
n
429
429
A
n
430
430
A
n
431
431
A
n
432
432
A
n
433
433
A
n
434
434
A
n
435
435
A
SER
1
n
1
SER
1
C
ASP
2
n
2
ASP
2
C
LEU
3
n
3
LEU
3
C
THR
4
n
4
THR
4
C
VAL
5
n
5
VAL
5
C
ALA
6
n
6
ALA
6
C
VAL
7
n
7
VAL
7
C
VAL
8
n
8
VAL
8
C
LEU
9
n
9
LEU
9
C
PRO
10
n
10
PRO
10
C
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11
n
11
LEU
11
C
THR
12
n
12
THR
12
C
ASN
13
n
13
ASN
13
C
THR
14
n
14
THR
14
C
SER
15
n
15
SER
15
C
TYR
16
n
16
TYR
16
C
PRO
17
n
17
PRO
17
C
TRP
18
n
18
TRP
18
C
SER
19
n
19
SER
19
C
TRP
20
n
20
TRP
20
C
ALA
21
n
21
ALA
21
C
ARG
22
n
22
ARG
22
C
VAL
23
n
23
VAL
23
C
GLY
24
n
24
GLY
24
C
PRO
25
n
25
PRO
25
C
ALA
26
n
26
ALA
26
C
VAL
27
n
27
VAL
27
C
GLU
28
n
28
GLU
28
C
LEU
29
n
29
LEU
29
C
ALA
30
n
30
ALA
30
C
LEU
31
n
31
LEU
31
C
ALA
32
n
32
ALA
32
C
ARG
33
n
33
ARG
33
C
VAL
34
n
34
VAL
34
C
LYS
35
n
35
LYS
35
C
ALA
36
n
36
ALA
36
C
ARG
37
n
37
ARG
37
C
PRO
38
n
38
PRO
38
C
ASP
39
n
39
ASP
39
C
LEU
40
n
40
LEU
40
C
LEU
41
n
41
LEU
41
C
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42
n
42
PRO
42
C
GLY
43
n
43
GLY
43
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TRP
44
n
44
TRP
44
C
THR
45
n
45
THR
45
C
VAL
46
n
46
VAL
46
C
ARG
47
n
47
ARG
47
C
MET
48
n
48
MET
48
C
VAL
49
n
49
VAL
49
C
LEU
50
n
50
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50
C
GLY
51
n
51
GLY
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n
52
SER
52
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SER
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n
53
SER
53
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GLU
54
n
54
GLU
54
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ASN
55
n
55
ASN
55
C
ALA
56
n
56
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56
C
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n
57
ALA
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C
GLY
58
n
58
GLY
58
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VAL
59
n
59
VAL
59
C
CYS
60
n
60
CYS
60
C
SER
61
n
61
SER
61
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ASP
62
n
62
ASP
62
C
THR
63
n
63
THR
63
C
ALA
64
n
64
ALA
64
C
ALA
65
n
65
ALA
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C
PRO
66
n
66
PRO
66
C
LEU
67
n
67
LEU
67
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ALA
68
n
68
ALA
68
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n
69
ALA
69
C
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70
n
70
VAL
70
C
ASP
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n
71
ASP
71
C
LEU
72
n
72
LEU
72
C
LYS
73
n
73
LYS
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C
TRP
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n
74
TRP
74
C
GLU
75
n
75
GLU
75
C
HIS
76
n
76
HIS
76
C
SER
77
n
77
SER
77
C
PRO
78
n
78
PRO
78
C
ALA
79
n
79
ALA
79
C
VAL
80
n
80
VAL
80
C
PHE
81
n
81
PHE
81
C
LEU
82
n
82
LEU
82
C
GLY
83
n
83
GLY
83
C
PRO
84
n
84
PRO
84
C
GLY
85
n
85
GLY
85
C
CYS
86
n
86
CYS
86
C
VAL
87
n
87
VAL
87
C
TYR
88
n
88
TYR
88
C
SER
89
n
89
SER
89
C
ALA
90
n
90
ALA
90
C
ALA
91
n
91
ALA
91
C
PRO
92
n
92
PRO
92
C
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93
n
93
VAL
93
C
GLY
94
n
94
GLY
94
C
ARG
95
n
95
ARG
95
C
PHE
96
n
96
PHE
96
C
THR
97
n
97
THR
97
C
ALA
98
n
98
ALA
98
C
HIS
99
n
99
HIS
99
C
TRP
100
n
100
TRP
100
C
ARG
101
n
101
ARG
101
C
VAL
102
n
102
VAL
102
C
PRO
103
n
103
PRO
103
C
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104
n
104
LEU
104
C
LEU
105
n
105
LEU
105
C
THR
106
n
106
THR
106
C
ALA
107
n
107
ALA
107
C
GLY
108
n
108
GLY
108
C
ALA
109
n
109
ALA
109
C
PRO
110
n
110
PRO
110
C
ALA
111
n
111
ALA
111
C
LEU
112
n
112
LEU
112
C
GLY
113
n
113
GLY
113
C
ILE
114
n
114
ILE
114
C
GLY
115
n
115
GLY
115
C
VAL
116
n
116
VAL
116
C
LYS
117
n
117
LYS
117
C
ASP
118
n
118
ASP
118
C
GLU
119
n
119
GLU
119
C
TYR
120
n
120
TYR
120
C
ALA
121
n
121
ALA
121
C
LEU
122
n
122
LEU
122
C
THR
123
n
123
THR
123
C
THR
124
n
124
THR
124
C
ARG
125
n
125
ARG
125
C
THR
126
n
126
THR
126
C
GLY
127
n
127
GLY
127
C
PRO
128
n
128
PRO
128
C
SER
129
n
129
SER
129
C
HIS
130
n
130
HIS
130
C
VAL
131
n
131
VAL
131
C
LYS
132
n
132
LYS
132
C
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133
n
133
LEU
133
C
GLY
134
n
134
GLY
134
C
ASP
135
n
135
ASP
135
C
PHE
136
n
136
PHE
136
C
VAL
137
n
137
VAL
137
C
THR
138
n
138
THR
138
C
ALA
139
n
139
ALA
139
C
LEU
140
n
140
LEU
140
C
HIS
141
n
141
HIS
141
C
ARG
142
n
142
ARG
142
C
ARG
143
n
143
ARG
143
C
LEU
144
n
144
LEU
144
C
GLY
145
n
145
GLY
145
C
TRP
146
n
146
TRP
146
C
GLU
147
n
147
GLU
147
C
HIS
148
n
148
HIS
148
C
GLN
149
n
149
GLN
149
C
ALA
150
n
150
ALA
150
C
LEU
151
n
151
LEU
151
C
VAL
152
n
152
VAL
152
C
LEU
153
n
153
LEU
153
C
TYR
154
n
154
TYR
154
C
ALA
155
n
155
ALA
155
C
ASP
156
n
156
ASP
156
C
ARG
157
n
157
ARG
157
C
LEU
158
n
158
LEU
158
C
GLY
159
n
159
GLY
159
C
ASP
160
n
160
ASP
160
C
ASP
161
n
161
ASP
161
C
ARG
162
n
162
ARG
162
C
PRO
163
n
163
PRO
163
C
CYS
164
n
164
CYS
164
C
PHE
165
n
165
PHE
165
C
PHE
166
n
166
PHE
166
C
ILE
167
n
167
ILE
167
C
VAL
168
n
168
VAL
168
C
GLU
169
n
169
GLU
169
C
GLY
170
n
170
GLY
170
C
LEU
171
n
171
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C
TYR
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n
172
TYR
172
C
MET
173
n
173
MET
173
C
ARG
174
n
174
ARG
174
C
VAL
175
n
175
VAL
175
C
ARG
176
n
176
ARG
176
C
GLU
177
n
177
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C
ARG
178
n
178
ARG
178
C
LEU
179
n
179
LEU
179
C
ASN
180
n
180
ASN
180
C
ILE
181
n
181
ILE
181
C
THR
182
n
182
THR
182
C
VAL
183
n
183
VAL
183
C
ASN
184
n
184
ASN
184
C
HIS
185
n
185
HIS
185
C
GLN
186
n
186
GLN
186
C
GLU
187
n
187
GLU
187
C
PHE
188
n
188
PHE
188
C
VAL
189
n
189
VAL
189
C
GLU
190
n
190
GLU
190
C
GLY
191
n
191
GLY
191
C
ASP
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n
192
ASP
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C
PRO
193
n
193
PRO
193
C
ASP
194
n
194
ASP
194
C
HIS
195
n
195
HIS
195
C
TYR
196
n
196
TYR
196
C
PRO
197
n
197
PRO
197
C
LYS
198
n
198
LYS
198
C
LEU
199
n
199
LEU
199
C
LEU
200
n
200
LEU
200
C
ARG
201
n
201
ARG
201
C
ALA
202
n
202
ALA
202
C
VAL
203
n
203
VAL
203
C
ARG
204
n
204
ARG
204
C
ARG
205
n
205
ARG
205
C
LYS
206
n
206
LYS
206
C
GLY
207
n
207
GLY
207
C
ARG
208
n
208
ARG
208
C
VAL
209
n
209
VAL
209
C
ILE
210
n
210
ILE
210
C
TYR
211
n
211
TYR
211
C
ILE
212
n
212
ILE
212
C
CYS
213
n
213
CYS
213
C
SER
214
n
214
SER
214
C
SER
215
n
215
SER
215
C
PRO
216
n
216
PRO
216
C
ASP
217
n
217
ASP
217
C
ALA
218
n
218
ALA
218
C
PHE
219
n
219
PHE
219
C
ARG
220
n
220
ARG
220
C
ASN
221
n
221
ASN
221
C
LEU
222
n
222
LEU
222
C
MET
223
n
223
MET
223
C
LEU
224
n
224
LEU
224
C
LEU
225
n
225
LEU
225
C
ALA
226
n
226
ALA
226
C
LEU
227
n
227
LEU
227
C
ASN
228
n
228
ASN
228
C
ALA
229
n
229
ALA
229
C
GLY
230
n
230
GLY
230
C
LEU
231
n
231
LEU
231
C
THR
232
n
232
THR
232
C
GLY
233
n
233
GLY
233
C
GLU
234
n
234
GLU
234
C
ASP
235
n
235
ASP
235
C
TYR
236
n
236
TYR
236
C
VAL
237
n
237
VAL
237
C
PHE
238
n
238
PHE
238
C
PHE
239
n
239
PHE
239
C
HIS
240
n
240
HIS
240
C
LEU
241
n
241
LEU
241
C
ASP
242
n
242
ASP
242
C
VAL
243
n
243
VAL
243
C
PHE
244
n
244
PHE
244
C
GLY
245
n
245
GLY
245
C
GLN
246
n
246
GLN
246
C
SER
247
n
247
SER
247
C
LEU
248
n
248
LEU
248
C
LYS
249
n
249
LYS
249
C
n
250
250
C
n
251
251
C
n
252
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A
ALA
431
1
Y
1
A
CYS
432
A
CYS
432
1
Y
1
A
ASN
433
A
ASN
433
1
Y
1
A
GLN
434
A
GLN
434
1
Y
1
A
ASP
435
A
ASP
435
1
Y
1
C
SER
250
B
SER
250
1
Y
1
C
ALA
251
B
ALA
251
1
Y
1
C
GLN
252
B
GLN
252
1
Y
1
C
GLY
253
B
GLY
253
1
Y
1
C
LEU
254
B
LEU
254
1
Y
1
C
VAL
255
B
VAL
255
1
Y
1
C
TYR
196
0.063
SIDE CHAIN
1
A
ARG
157
-69.34
-141.91
1
A
ASP
160
-117.16
-159.89
1
A
ARG
262
-140.05
-15.39
1
A
PHE
274
-68.20
0.35
1
C
TYR
120
-90.00
59.34
1
C
LEU
158
9.14
-64.11
1
C
ASP
367
-69.96
-179.14
1
C
ASN
427
-37.69
110.84
PROTEIN_REP.PARAM
PROTEIN.TOP
CARBOHYDRATE.PARAM
CARBOHYDRATE.TOP
ION.PARAM
ION.TOP
WATER_REP.PARAM
WATER.TOP
30.8
0.225
0.004
0.198
2.00
30.00
3965
80496
78461
5.1
98.3
RANDOM
3501141.53
0.00
1
RESTRAINED
THROUGHOUT
2.0
0
Engh & Huber
FLAT MODEL
46.45
0.343
0.26
0.22
5.00
0.17
0.11
2.00
30.00
514
7407
173
0
6720
0.010
1.5
23.4
0.99
0.252
0.010
0.213
2.13
648
12036
6
5.1
96.8
18.1
2.0
30.0
1DP4
80413
79776
2.0
0
0.066
1
32
11.0
98.3
0.285
2.00
2.13
12036
1
4
96.8
data reduction
DENZO
data reduction
TRUNCATE
phasing
SOLVE
refinement
CNS
0.5
data scaling
CCP4
(TRUNCATE)
ATRIAL NATRIURETIC PEPTIDE RECEPTOR A (E.C.4.6.1.2)
DIMERIZED HORMONE BINDING DOMAIN OF THE ATRIAL NATRIURETIC PEPTIDE RECEPTOR
1
N
N
1
N
N
2
N
N
2
N
N
2
N
N
2
N
N
3
N
N
3
N
N
3
N
N
3
N
N
4
N
N
5
N
N
3
N
N
3
N
N
3
N
N
3
N
N
3
N
N
4
N
N
6
N
N
6
N
N
THE DIMER IN THIS ENTRY IS THE HEAD TO HEAD (HH)-DIMER THAT HAS SUBSEQUENTLY BEEN IDENTIFIED AS THE PHYSIOLOGICALLY ACTIVE DIMER BY SITE-DIRECTED MUTAGENESIS STUDIES (QIU, Y., OGAWA, H., ZHANG, X., MISONO, K.S. J.BIOL.CHEM. 279:6115-23, 2004) AND THE DIMER IN SOLUTION BY ELECTRON MICROSCOPY COUPLED WITH SINGLE PARTICLE RECONSTRUCTION (SUBMITTED FOR PUBLICATION). THE CC DIMER (biolomecule 1) WAS CHOSEN by author FOR A SLIGHTLY LARGER BURIED SURFACE AREA AND MORE CARBOXYL TERMINAL STRUCTURE ASSIGNED.
A
SER
19
A
SER
19
HELX_P
A
ALA
36
A
ALA
36
1
1
18
A
THR
63
A
THR
63
HELX_P
A
SER
77
A
SER
77
1
2
15
A
CYS
86
A
CYS
86
HELX_P
A
ARG
101
A
ARG
101
1
3
16
A
ALA
111
A
ALA
111
HELX_P
A
VAL
116
A
VAL
116
5
4
6
A
SER
129
A
SER
129
HELX_P
A
GLY
145
A
GLY
145
1
5
17
A
ARG
162
A
ARG
162
HELX_P
A
ASN
180
A
ASN
180
1
6
19
A
ASP
192
A
ASP
192
HELX_P
A
ASP
194
A
ASP
194
5
7
3
A
HIS
195
A
HIS
195
HELX_P
A
GLY
207
A
GLY
207
1
8
13
A
SER
215
A
SER
215
HELX_P
A
ALA
229
A
ALA
229
1
9
15
A
GLN
266
A
GLN
266
HELX_P
A
PHE
274
A
PHE
274
1
10
9
A
ASN
287
A
ASN
287
HELX_P
A
ASN
306
A
ASN
306
1
11
20
A
GLY
312
A
GLY
312
HELX_P
A
LYS
314
A
LYS
314
5
12
3
A
ASN
315
A
ASN
315
HELX_P
A
GLN
338
A
GLN
338
1
13
24
A
ASP
344
A
ASP
344
HELX_P
A
ARG
351
A
ARG
351
1
14
8
C
SER
19
B
SER
19
HELX_P
C
ALA
36
B
ALA
36
1
15
18
C
THR
63
B
THR
63
HELX_P
C
SER
77
B
SER
77
1
16
15
C
CYS
86
B
CYS
86
HELX_P
C
ARG
101
B
ARG
101
1
17
16
C
ALA
111
B
ALA
111
HELX_P
C
VAL
116
B
VAL
116
5
18
6
C
SER
129
B
SER
129
HELX_P
C
GLY
145
B
GLY
145
1
19
17
C
ARG
162
B
ARG
162
HELX_P
C
ASN
180
B
ASN
180
1
20
19
C
ASP
194
B
ASP
194
HELX_P
C
GLY
207
B
GLY
207
1
21
14
C
SER
215
B
SER
215
HELX_P
C
ALA
229
B
ALA
229
1
22
15
C
GLN
266
B
GLN
266
HELX_P
C
PHE
274
B
PHE
274
1
23
9
C
ASN
287
B
ASN
287
HELX_P
C
ASN
306
B
ASN
306
1
24
20
C
GLY
312
B
GLY
312
HELX_P
C
LYS
314
B
LYS
314
5
25
3
C
ASN
315
B
ASN
315
HELX_P
C
GLN
338
B
GLN
338
1
26
24
C
ASP
344
B
ASP
344
HELX_P
C
ARG
351
B
ARG
351
1
27
8
disulf
2.044
A
CYS
60
A
SG
CYS
60
1_555
A
CYS
86
A
SG
CYS
86
1_555
disulf
2.058
A
CYS
164
A
SG
CYS
164
1_555
A
CYS
213
A
SG
CYS
213
1_555
disulf
2.052
C
CYS
60
B
SG
CYS
60
1_555
C
CYS
86
B
SG
CYS
86
1_555
disulf
2.055
C
CYS
164
B
SG
CYS
164
1_555
C
CYS
213
B
SG
CYS
213
1_555
disulf
2.039
C
CYS
423
B
SG
CYS
423
1_555
C
CYS
432
B
SG
CYS
432
1_555
covale
1.445
one
N-Glycosylation
A
ASN
13
A
ND2
ASN
13
1_555
B
NAG
1
C
C1
NAG
1_555
covale
1.443
one
N-Glycosylation
A
ASN
395
A
ND2
ASN
395
1_555
D
NAG
1
D
C1
NAG
1_555
covale
1.448
one
N-Glycosylation
C
ASN
13
B
ND2
ASN
13
1_555
E
NAG
1
E
C1
NAG
1_555
covale
1.463
one
N-Glycosylation
C
ASN
180
B
ND2
ASN
180
1_555
C
NAG
455
L
C1
NAG
1_555
covale
1.445
one
N-Glycosylation
C
ASN
395
B
ND2
ASN
395
1_555
F
NAG
1
F
C1
NAG
1_555
covale
1.385
both
B
NAG
1
C
O4
NAG
1_555
B
NAG
2
C
C1
NAG
1_555
covale
1.387
both
D
NAG
1
D
O4
NAG
1_555
D
NAG
2
D
C1
NAG
1_555
covale
1.388
both
E
NAG
1
E
O4
NAG
1_555
E
NAG
2
E
C1
NAG
1_555
covale
1.392
both
F
NAG
1
F
O4
NAG
1_555
F
NAG
2
F
C1
NAG
1_555
HORMONE/GROWTH FACTOR RECEPTOR, LYASE
periplasmic binding protein fold, dimer, HORMONE/GROWTH FACTOR RECEPTOR, LYASE COMPLEX, HORMONE-GROWTH FACTOR RECEPTOR
A
GLY
83
A
GLY
83
1
A
PRO
84
A
PRO
84
0.30
C
GLY
83
B
GLY
83
1
C
PRO
84
B
PRO
84
0.37
ANPA_RAT
UNP
1
P18910
29
463
1DP4
1
435
P18910
A
1
1
435
29
463
1DP4
1
435
P18910
C
1
1
435
5
8
2
5
8
2
parallel
parallel
parallel
parallel
parallel
parallel
parallel
parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
parallel
parallel
parallel
parallel
parallel
parallel
parallel
parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
A
THR
45
A
THR
45
A
SER
52
A
SER
52
A
ASP
2
A
ASP
2
A
LEU
9
A
LEU
9
A
VAL
80
A
VAL
80
A
LEU
82
A
LEU
82
A
LEU
104
A
LEU
104
A
THR
106
A
THR
106
A
THR
123
A
THR
123
A
ARG
125
A
ARG
125
A
THR
182
A
THR
182
A
PHE
188
A
PHE
188
A
GLN
149
A
GLN
149
A
ALA
155
A
ALA
155
A
VAL
209
A
VAL
209
A
CYS
213
A
CYS
213
A
VAL
237
A
VAL
237
A
LEU
241
A
LEU
241
A
ALA
277
A
ALA
277
A
TYR
282
A
TYR
282
A
PHE
376
A
PHE
376
A
MET
381
A
MET
381
A
PHE
388
A
PHE
388
A
TYR
394
A
TYR
394
A
LEU
401
A
LEU
401
A
ALA
403
A
ALA
403
A
ARG
355
A
ARG
355
A
GLY
359
A
GLY
359
A
GLY
362
A
GLY
362
A
ILE
366
A
ILE
366
C
THR
45
B
THR
45
C
SER
52
B
SER
52
C
ASP
2
B
ASP
2
C
LEU
9
B
LEU
9
C
VAL
80
B
VAL
80
C
LEU
82
B
LEU
82
C
LEU
104
B
LEU
104
C
THR
106
B
THR
106
C
THR
123
B
THR
123
C
ARG
125
B
ARG
125
C
THR
182
B
THR
182
C
GLU
187
B
GLU
187
C
GLN
149
B
GLN
149
C
TYR
154
B
TYR
154
C
VAL
209
B
VAL
209
C
CYS
213
B
CYS
213
C
VAL
237
B
VAL
237
C
LEU
241
B
LEU
241
C
ALA
277
B
ALA
277
C
TYR
282
B
TYR
282
C
PHE
376
B
PHE
376
C
MET
381
B
MET
381
C
PHE
388
B
PHE
388
C
ASN
395
B
ASN
395
C
GLU
400
B
GLU
400
C
ALA
403
B
ALA
403
C
ARG
355
B
ARG
355
C
GLY
359
B
GLY
359
C
GLY
362
B
GLY
362
C
ILE
366
B
ILE
366
92
P 41 21 2