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JBCHA3 0071 0021-9258 267 6807 6814 Isolation and characterization of the beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase III gene (fabH) from Escherichia coli K-12 1992 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 0.00000 0.00000 85.88548 6.70204 64.25313 100.0 1 CCD 1999-01-21 OTHER SINGLE WAVELENGTH M x-ray 1 1.000 1.0 F2 CHESS 1.000 SYNCHROTRON CHESS BEAMLINE F2 33923.129 BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE III 2.3.1.41 2 man polymer 767.534 COENZYME A 2 syn non-polymer 18.015 water 704 nat water 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE III, KAS III no yes (MSE)YTKIIGTGSYLPEQVRTNADLEK(MSE)VDTSDEWIVTRTGIRERHIAAPNETVST(MSE)GFEAATRAIE (MSE)AGIEKDQIGLIVVATTSATHAFPSAACQIQS(MSE)LGIKGCPAFDVAAACAGFTYALSVADQYVKSGAVKYALV VGSDVLARTCDPTDRGTIIIFGDGAGAAVLAASEEPGIISTHLHADGSYGELLTLPNADRVNPENSIHLT(MSE)AGNEV FKVAVTELAHIVDETLAANNNDRSQLDWLVPHQANLRIISATAKKLG(MSE)S(MSE)DNVVVTLDRHGNTSAASVPCAL DEAVRDGRIKPGQLVLLEAFGGGFTWGSALVRF 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CD OE1 GLU GLU GLU 286 286 286 N 1 -4.50 0.50 120.30 115.80 B B B NE CZ NH2 ARG ARG ARG 292 292 292 N 1 -8.00 1.20 123.30 115.30 B B B OE1 CD OE2 GLU GLU GLU 302 302 302 N 1 -16.54 1.80 120.60 104.06 B B B CA C O GLY GLY GLY 307 307 307 N 1 25.58 2.20 117.20 142.78 B B B CA C N GLY GLY PHE 307 307 308 Y 1 -26.56 1.60 122.70 96.14 B B B O C N GLY GLY PHE 307 307 308 Y 1 8.55 1.40 123.60 132.15 B B B CD NE CZ ARG ARG ARG 316 316 316 N 1 B B CB CG GLU GLU 286 286 0.178 0.019 1.517 1.695 N 1 B B CG CD GLU GLU 286 286 0.097 0.015 1.515 1.612 N 1 B B CD OE1 GLU GLU 286 286 0.070 0.011 1.252 1.322 N 1 B B CD OE2 GLU GLU 286 286 -0.073 0.011 1.252 1.179 N 1 B B O O HOH HOH 2483 2684 1.60 1_555 3_755 1 B B N O ALA HOH 229 2352 1.70 1_555 3_755 1 B B CA O ALA HOH 229 2352 1.87 1_555 3_755 1 A B O O HOH HOH 1644 2434 2.08 1_555 4_445 1 B B OE1 O GLN HOH 237 2656 2.10 1_555 3_755 1 A SER 82 -142.44 36.32 1 A ALA 110 -151.04 33.00 1 A ALA 111 47.21 -138.00 1 A VAL 141 -117.08 55.80 1 A LEU 189 -163.72 106.03 1 A ALA 208 -112.02 77.35 1 A SER 276 53.77 -129.69 1 B SER 82 -140.84 28.52 1 B ALA 110 -148.77 30.81 1 B ALA 111 50.22 -138.40 1 B VAL 141 -118.41 54.34 1 B SER 276 59.59 -129.06 Restrained refinement with maximum likelihood residual, Minimization by sparse matrix 0.2250000 0.1870000 0.1890000 0.1890000 1.8 20.0 6164 230489 61640 97.2 RANDOM 1 0.0 0.0 Engh & Huber 1.8 20.0 704 5502 96 0 4702 0.011 1.8 17.17 1.8 31.6 1EBL 230489 61752 0.0 0.0 0.0560000 1 20.52 3.73 97.4 0.1400000 1.80 1.89 8193 2.88 89.8 phasing MLPHARE refinement REFMAC data reduction MOSFLM data scaling CCP4 (SCALA) BETA-KETOACYL-[ACYL CARRIER PROTEIN] SYNTHASE III (E.C.2.3.1.41) THE 1.8 A CRYSTAL STRUCTURE AND ACTIVE SITE ARCHITECTURE OF BETA-KETOACYL-[ACYL CARRIER PROTEIN] SYNTHASE III (FABH) FROM ESCHERICHIA COLI 1 N N 1 N N 2 N N 2 N N 3 N N 3 N N The biological assembly is a dimer constructed from chain A and chain B as represented in the crystal asymmetric unit. A ASN 19 A ASN 19 HELX_P A LYS 24 A LYS 24 1 1 6 A SER 29 A SER 29 HELX_P A GLY 38 A GLY 38 1 2 10 A THR 50 A THR 50 HELX_P A GLY 67 A GLY 67 1 3 18 A GLU 69 A GLU 69 HELX_P A ILE 73 A ILE 73 5 4 5 A SER 89 A SER 89 HELX_P A GLY 99 A GLY 99 1 5 11 A ALA 110 A ALA 110 HELX_P A CYS 112 A CYS 112 5 6 3 A ALA 113 A ALA 113 HELX_P A SER 128 A SER 128 1 7 16 A VAL 141 A VAL 141 HELX_P A CYS 146 A CYS 146 1 8 6 A ASP 150 A ASP 150 HELX_P A ILE 155 A ILE 155 1 9 6 A GLY 183 A GLY 183 HELX_P A GLU 187 A GLU 187 5 10 5 A ALA 208 A ALA 208 HELX_P A ASN 231 A ASN 231 1 11 24 A ASP 234 A ASP 234 HELX_P A LEU 238 A LEU 238 5 12 5 A ASN 247 A ASN 247 HELX_P A GLY 259 A GLY 259 1 13 13 A SER 261 A SER 261 HELX_P A ASN 264 A ASN 264 5 14 4 A THR 268 A THR 268 HELX_P A GLY 273 A GLY 273 1 15 6 A THR 275 A THR 275 HELX_P A ALA 277 A ALA 277 5 16 3 A ALA 278 A ALA 278 HELX_P A ASP 290 A ASP 290 1 17 13 B ASN 19 B ASN 19 HELX_P B VAL 26 B VAL 26 1 18 8 B SER 29 B SER 29 HELX_P B GLY 38 B GLY 38 1 19 10 B THR 50 B THR 50 HELX_P B GLY 67 B GLY 67 1 20 18 B GLU 69 B GLU 69 HELX_P B ILE 73 B ILE 73 5 21 5 B SER 89 B SER 89 HELX_P B LEU 98 B LEU 98 1 22 10 B ALA 110 B ALA 110 HELX_P B CYS 112 B CYS 112 5 23 3 B ALA 113 B ALA 113 HELX_P B SER 128 B SER 128 1 24 16 B VAL 141 B VAL 141 HELX_P B CYS 146 B CYS 146 1 25 6 B ASP 150 B ASP 150 HELX_P B ILE 155 B ILE 155 1 26 6 B GLY 183 B GLY 183 HELX_P B GLU 187 B GLU 187 5 27 5 B ALA 208 B ALA 208 HELX_P B ASN 231 B ASN 231 1 28 24 B ASP 234 B ASP 234 HELX_P B LEU 238 B LEU 238 5 29 5 B ASN 247 B ASN 247 HELX_P B LEU 258 B LEU 258 1 30 12 B SER 261 B SER 261 HELX_P B ASN 264 B ASN 264 5 31 4 B THR 268 B THR 268 HELX_P B GLY 273 B GLY 273 1 32 6 B THR 275 B THR 275 HELX_P B ALA 277 B ALA 277 5 33 3 B ALA 278 B ALA 278 HELX_P B ASP 290 B ASP 290 1 34 13 covale 1.333 A MSE 1 A C MSE 1 1_555 A TYR 2 A N TYR 2 1_555 covale 1.337 A LYS 24 A C LYS 24 1_555 A MSE 25 A N MSE 25 1_555 covale 1.316 A MSE 25 A C MSE 25 1_555 A VAL 26 A N VAL 26 1_555 covale 1.334 A THR 53 A C THR 53 1_555 A MSE 54 A N MSE 54 1_555 covale 1.331 A MSE 54 A C MSE 54 1_555 A GLY 55 A N GLY 55 1_555 covale 1.330 A GLU 64 A C GLU 64 1_555 A MSE 65 A N MSE 65 1_555 covale 1.319 A MSE 65 A C MSE 65 1_555 A ALA 66 A N ALA 66 1_555 covale 1.335 A SER 96 A C SER 96 1_555 A MSE 97 A N MSE 97 1_555 covale 1.329 A MSE 97 A C MSE 97 1_555 A LEU 98 A N LEU 98 1_555 covale 1.335 A THR 206 A C THR 206 1_555 A MSE 207 A N MSE 207 1_555 covale 1.311 A MSE 207 A C MSE 207 1_555 A ALA 208 A N ALA 208 1_555 covale 1.327 A GLY 259 A C GLY 259 1_555 A MSE 260 A N MSE 260 1_555 covale 1.329 A MSE 260 A C MSE 260 1_555 A SER 261 A N SER 261 1_555 covale 1.324 A SER 261 A C SER 261 1_555 A MSE 262 A N MSE 262 1_555 covale 1.336 A MSE 262 A C MSE 262 1_555 A ASP 263 A N ASP 263 1_555 covale 1.334 B MSE 1 B C MSE 1 1_555 B TYR 2 B N TYR 2 1_555 covale 1.329 B LYS 24 B C LYS 24 1_555 B MSE 25 B N MSE 25 1_555 covale 1.325 B MSE 25 B C MSE 25 1_555 B VAL 26 B N VAL 26 1_555 covale 1.323 B THR 53 B C THR 53 1_555 B MSE 54 B N MSE 54 1_555 covale 1.336 B MSE 54 B C MSE 54 1_555 B GLY 55 B N GLY 55 1_555 covale 1.335 B GLU 64 B C GLU 64 1_555 B MSE 65 B N MSE 65 1_555 covale 1.332 B MSE 65 B C MSE 65 1_555 B ALA 66 B N ALA 66 1_555 covale 1.328 B SER 96 B C SER 96 1_555 B MSE 97 B N MSE 97 1_555 covale 1.323 B MSE 97 B C MSE 97 1_555 B LEU 98 B N LEU 98 1_555 covale 1.331 B THR 206 B C THR 206 1_555 B MSE 207 B N MSE 207 1_555 covale 1.316 B MSE 207 B C MSE 207 1_555 B ALA 208 B N ALA 208 1_555 covale 1.350 B GLY 259 B C GLY 259 1_555 B MSE 260 B N MSE 260 1_555 covale 1.334 B MSE 260 B C MSE 260 1_555 B SER 261 B N SER 261 1_555 covale 1.320 B SER 261 B C SER 261 1_555 B MSE 262 B N MSE 262 1_555 covale 1.346 B MSE 262 B C MSE 262 1_555 B ASP 263 B N ASP 263 1_555 TRANSFERASE ACYLTRANSFERASE, CONDENSING ENZYME, FATTY ACID SYNTHESIS, LIPID METABOLISM, ALPHA-BETA PROTEIN, FIVE-LAYERED FOLD, COENZYME A BINDING PROTEIN, HELIX DIPOLE, MALONYL COA DECARBOXYLATING ENZYME, TRANSFERASE A GLY 307 A GLY 307 1 A PHE 308 A PHE 308 -0.88 given -0.331030 -0.402310 -0.852560 -0.405020 -0.756420 0.513600 -0.852280 0.515730 0.087450 0.00001 0.00002 0.00002 FABH_ECOLI UNP 1 P0A6R0 1 317 1EBL 1 317 P0A6R0 A 1 1 317 1 317 1EBL 1 317 P0A6R0 B 1 1 317 1 MET MODIFIED RESIDUE MSE 1 1EBL A P0A6R0 UNP 1 1 1 MET MODIFIED RESIDUE MSE 25 1EBL A P0A6R0 UNP 25 25 1 MET MODIFIED RESIDUE MSE 54 1EBL A P0A6R0 UNP 54 54 1 MET MODIFIED RESIDUE MSE 65 1EBL A P0A6R0 UNP 65 65 1 MET MODIFIED RESIDUE MSE 97 1EBL A P0A6R0 UNP 97 97 1 MET MODIFIED RESIDUE MSE 207 1EBL A P0A6R0 UNP 207 207 1 MET MODIFIED RESIDUE MSE 260 1EBL A P0A6R0 UNP 260 260 1 MET MODIFIED RESIDUE MSE 262 1EBL A P0A6R0 UNP 262 262 2 MET MODIFIED RESIDUE MSE 1 1EBL B P0A6R0 UNP 1 1 2 MET MODIFIED RESIDUE MSE 25 1EBL B P0A6R0 UNP 25 25 2 MET MODIFIED RESIDUE MSE 54 1EBL B P0A6R0 UNP 54 54 2 MET MODIFIED RESIDUE MSE 65 1EBL B P0A6R0 UNP 65 65 2 MET MODIFIED RESIDUE MSE 97 1EBL B P0A6R0 UNP 97 97 2 MET MODIFIED RESIDUE MSE 207 1EBL B P0A6R0 UNP 207 207 2 MET MODIFIED RESIDUE MSE 260 1EBL B P0A6R0 UNP 260 260 2 MET MODIFIED RESIDUE MSE 262 1EBL B P0A6R0 UNP 262 262 10 2 3 4 3 2 4 anti-parallel anti-parallel parallel parallel anti-parallel parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel A TYR 2 A TYR 2 A TYR 11 A TYR 11 A GLY 160 A GLY 160 A SER 169 A SER 169 A TYR 133 A TYR 133 A ASP 140 A ASP 140 A LEU 75 A LEU 75 A ALA 79 A ALA 79 A ALA 105 A ALA 105 A ALA 109 A ALA 109 B ALA 105 B ALA 105 B ALA 109 B ALA 109 B ILE 76 B ILE 76 B ALA 79 B ALA 79 B TYR 133 B TYR 133 B ASP 140 B ASP 140 B GLY 160 B GLY 160 B SER 169 B SER 169 B TYR 2 B TYR 2 B TYR 11 B TYR 11 A GLN 15 A GLN 15 A THR 18 A THR 18 A GLU 41 A GLU 41 A ILE 44 A ILE 44 A HIS 85 A HIS 85 A PHE 87 A PHE 87 B LEU 189 B LEU 189 B PRO 192 B PRO 192 B THR 206 B THR 206 B MSE 207 B MSE 207 A ILE 174 A ILE 174 A ALA 181 A ALA 181 A THR 309 A THR 309 A ARG 316 A ARG 316 A LEU 298 A LEU 298 A GLY 305 A GLY 305 A TRP 240 A TRP 240 A PRO 243 A PRO 243 A THR 206 A THR 206 A MSE 207 A MSE 207 A LEU 189 A LEU 189 A PRO 192 A PRO 192 B HIS 85 B HIS 85 B PHE 87 B PHE 87 B GLN 15 B GLN 15 B THR 18 B THR 18 B GLU 41 B GLU 41 B ILE 44 B ILE 44 B ILE 174 B ILE 174 B ALA 181 B ALA 181 B THR 309 B THR 309 B ARG 316 B ARG 316 B LEU 298 B LEU 298 B GLY 305 B GLY 305 B TRP 240 B TRP 240 B PRO 243 B PRO 243 BINDING SITE FOR RESIDUE COA A 1350 Software 26 BINDING SITE FOR RESIDUE COA B 2350 Software 28 A TRP 32 A TRP 32 26 1_555 A ARG 36 A ARG 36 26 1_555 A THR 37 A THR 37 26 1_555 A CYS 112 A CYS 112 26 1_555 A ARG 151 A ARG 151 26 1_555 A GLY 152 A GLY 152 26 1_555 A ILE 156 A ILE 156 26 1_555 A ARG 196 A ARG 196 26 4_445 A VAL 197 A VAL 197 26 4_445 A PRO 199 A PRO 199 26 4_445 A GLU 200 A GLU 200 26 4_445 A MSE 207 A MSE 207 26 1_555 A PHE 213 A PHE 213 26 1_555 A HIS 244 A HIS 244 26 1_555 A ASN 247 A ASN 247 26 1_555 A ILE 250 A ILE 250 26 1_555 A ASN 274 A ASN 274 26 1_555 A HOH 1445 E HOH 26 1_555 A HOH 1503 E HOH 26 1_555 A HOH 1515 E HOH 26 4_445 A HOH 1522 E HOH 26 1_555 A HOH 1548 E HOH 26 1_555 A HOH 1566 E HOH 26 1_555 A HOH 1633 E HOH 26 1_555 A HOH 1675 E HOH 26 1_555 B ARG 144 B ARG 144 26 4_445 A ASP 225 A ASP 225 28 1_655 A GLU 226 A GLU 226 28 1_655 A ALA 229 A ALA 229 28 1_655 A HOH 1565 E HOH 28 1_655 A HOH 1579 E HOH 28 1_655 A HOH 1646 E HOH 28 1_655 A HOH 1663 E HOH 28 1_655 A HOH 1678 E HOH 28 1_655 B ASP 27 B ASP 27 28 1_555 B THR 28 B THR 28 28 1_555 B TRP 32 B TRP 32 28 1_555 B THR 37 B THR 37 28 1_555 B CYS 112 B CYS 112 28 1_555 B ARG 151 B ARG 151 28 1_555 B GLY 152 B GLY 152 28 1_555 B ILE 155 B ILE 155 28 1_555 B ILE 156 B ILE 156 28 1_555 B MSE 207 B MSE 207 28 1_555 B GLY 209 B GLY 209 28 1_555 B VAL 212 B VAL 212 28 1_555 B PHE 213 B PHE 213 28 1_555 B HIS 244 B HIS 244 28 1_555 B ALA 246 B ALA 246 28 1_555 B ASN 247 B ASN 247 28 1_555 B ARG 249 B ARG 249 28 1_555 B ASN 274 B ASN 274 28 1_555 B HOH 2472 F HOH 28 1_555 B HOH 2620 F HOH 28 1_555 19 P 21 21 21