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EJBCAI 0262 0014-2956 209 993 998 Unusual Amino Acid Substitution in the Anion-binding Site of Lactobacillus plantarum Non-allosteric L-lactate Dehydrogenase 1992 10.2210/pdb1ez4/pdb pdb_00001ez4 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 0.00000 0.00000 100.0 1 1 DIFFRACTOMETER 1998-03-07 WEISSENBERG 1998-06-03 SINGLE WAVELENGTH M x-ray 1 1.000 1.0 BL-6A Photon Factory 1.000 SYNCHROTRON PHOTON FACTORY BEAMLINE BL-6A 34037.469 LACTATE DEHYDROGENASE 1.1.1.27 4 man polymer 663.425 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 4 syn non-polymer 18.015 water 785 nat water no no SMPNHQKVVLVGDGAVGSSYAFAMAQQGIAEEFVIVDVVKDRTKGDALDLEDAQAFTAPKKIYSGEYSDCKDADLVVITA GAPQKPGESRLDLVNKNLNILSSIVKPVVDSGFDGIFLVAANPVDILTYATWKFSGFPKERVIGSGTSLDSSRLRVALGK QFNVDPRSVDAYIMGEHGDSEFAAYSTATIGTRPVRDVAKEQGVSDDDLAKLEDGVRNKAYDIINLKGATFYGIGTALMR ISKAILRDENAVLPVGAYMDGQYGLNDIYIGTPAIIGGTGLKQIIESPLSADELKKMQDSAATLKKVLNDGLAELENK SMPNHQKVVLVGDGAVGSSYAFAMAQQGIAEEFVIVDVVKDRTKGDALDLEDAQAFTAPKKIYSGEYSDCKDADLVVITA GAPQKPGESRLDLVNKNLNILSSIVKPVVDSGFDGIFLVAANPVDILTYATWKFSGFPKERVIGSGTSLDSSRLRVALGK QFNVDPRSVDAYIMGEHGDSEFAAYSTATIGTRPVRDVAKEQGVSDDDLAKLEDGVRNKAYDIINLKGATFYGIGTALMR ISKAILRDENAVLPVGAYMDGQYGLNDIYIGTPAIIGGTGLKQIIESPLSADELKKMQDSAATLKKVLNDGLAELENK A,B,C,D polypeptide(L) n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n Lactobacillus 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CZ NH2 ARG ARG ARG 169 169 169 N 1 5.10 0.50 120.30 125.40 C C C NE CZ NH2 ARG ARG ARG 171 171 171 N 1 -14.52 1.90 111.40 96.88 C C C CB CA C VAL VAL VAL 180 180 180 N 1 -5.42 0.50 120.30 114.88 C C C NE CZ NH1 ARG ARG ARG 183 183 183 N 1 9.76 0.50 120.30 130.06 C C C NE CZ NH2 ARG ARG ARG 183 183 183 N 1 -3.19 0.50 120.30 117.11 C C C NE CZ NH1 ARG ARG ARG 209 209 209 N 1 4.13 0.50 120.30 124.43 C C C NE CZ NH2 ARG ARG ARG 212 212 212 N 1 11.34 1.60 100.20 111.54 C C C CG SD CE MET MET MET 256 256 256 N 1 -8.36 0.50 120.30 111.94 C C C NE CZ NH1 ARG ARG ARG 257 257 257 N 1 5.86 0.50 120.30 126.16 C C C NE CZ NH2 ARG ARG ARG 257 257 257 N 1 17.67 2.30 115.30 132.97 C C C CA CB CG LEU LEU LEU 332 332 332 N 1 6.51 0.80 106.30 112.81 D D D CD1 CG CD2 TRP TRP TRP 148 148 148 N 1 -5.61 0.80 107.30 101.69 D D D CE2 CD2 CG TRP TRP TRP 148 148 148 N 1 -5.33 0.50 120.30 114.97 D D D NE CZ NH1 ARG ARG ARG 169 169 169 N 1 6.73 0.50 120.30 127.03 D D D NE CZ NH2 ARG ARG ARG 169 169 169 N 1 -13.64 1.90 111.40 97.76 D D D CB CA C VAL VAL VAL 180 180 180 N 1 -4.49 0.50 120.30 115.81 D D D NE CZ NH1 ARG ARG ARG 183 183 183 N 1 5.41 0.50 120.30 125.71 D D D NE CZ NH2 ARG ARG ARG 183 183 183 N 1 4.98 0.50 120.30 125.28 D D D NE CZ NH2 ARG ARG ARG 212 212 212 N 1 -8.14 0.50 120.30 112.16 D D D NE CZ NH1 ARG ARG ARG 257 257 257 N 1 5.12 0.50 120.30 125.42 D D D NE CZ NH2 ARG ARG ARG 257 257 257 N 1 15.60 2.30 115.30 130.90 D D D CA CB CG LEU LEU LEU 332 332 332 N 1 A A NE2 CD2 HIS HIS 20 20 -0.073 0.011 1.373 1.300 N 1 B B NE2 CD2 HIS HIS 20 20 -0.072 0.011 1.373 1.301 N 1 B B NE2 CD2 HIS HIS 193 193 -0.069 0.011 1.373 1.304 N 1 C C NE2 CD2 HIS HIS 20 20 -0.070 0.011 1.373 1.303 N 1 D D NE2 CD2 HIS HIS 20 20 -0.075 0.011 1.373 1.298 N 1 D D NE2 CD2 HIS HIS 193 193 -0.067 0.011 1.373 1.306 N 1 A ASP 28 -94.01 40.23 1 A ALA 45 68.65 152.38 1 A THR 72 -127.65 -97.24 1 A HIS 193 -35.38 57.68 1 A ASP 195 59.74 -45.35 1 A THR 208 65.63 -6.16 1 A PHE 248 -145.52 -14.29 1 A ASP 265 30.82 54.68 1 A TYR 280 58.36 11.65 1 A GLU 333 -95.17 51.88 1 B ASP 28 -94.41 39.59 1 B ALA 45 68.06 148.99 1 B THR 72 -130.18 -99.27 1 B ASP 130 -143.46 39.06 1 B HIS 193 -37.71 58.32 1 B ASP 195 57.91 -45.03 1 B THR 208 63.37 -6.40 1 B PHE 248 -146.61 -16.32 1 B ASP 265 30.30 53.66 1 B TYR 280 59.88 12.27 1 C ASP 28 -97.17 38.60 1 C ALA 45 72.52 150.38 1 C THR 72 -127.29 -95.32 1 C ASP 130 -141.84 39.67 1 C HIS 193 -36.29 57.42 1 C ASP 195 60.03 -47.34 1 C THR 208 63.32 -3.66 1 C PHE 248 -145.64 -14.74 1 C ASP 265 34.21 53.19 1 C TYR 280 58.14 12.32 1 D ASP 28 -95.62 39.17 1 D ALA 45 69.49 147.74 1 D THR 72 -131.52 -95.84 1 D ASP 130 -143.45 39.52 1 D HIS 193 -36.96 58.00 1 D ASP 195 59.09 -45.52 1 D THR 208 62.57 -3.09 1 D PHE 248 -146.81 -15.56 1 D ASP 265 28.95 54.79 1 D TYR 280 59.11 10.09 bulk solvent correction 0.2410000 0.2050000 2.3 80.0 6181 105490 123624 RANDOM 1 2.0 X-PLOR 3.851 param19.pro 2.3 80.0 785 10353 176 0 9392 1.692 0.016 22.1 2.2 40 1EZ4 123693 0.1 0.1230000 1 8.3 8.7 99.3 0.3670000 2.20 2.28 286006 96.7 model building X-PLOR refinement X-PLOR 3.851 data reduction DENZO data scaling SCALEPACK phasing X-PLOR CRYSTAL STRUCTURE OF NON-ALLOSTERIC L-LACTATE DEHYDROGENASE FROM LACTOBACILLUS PENTOSUS AT 2.3 ANGSTROM RESOLUTION 1 N N 1 N N 1 N N 1 N N 2 N N 2 N N 2 N N 2 N N 3 N N 3 N N 3 N N 3 N N The biological assembly is a tetramer constructed from chain A-D. The symmetry partners have three two-fold axes in total. A GLY 29 A GLY 14 HELX_P A GLY 43 A GLY 28 1 1 15 A VAL 54 A VAL 39 HELX_P A ASP 67 A ASP 52 1 2 14 A ALA 68 A ALA 53 HELX_P A THR 72 A THR 57 5 3 5 A GLU 82 A GLU 66 HELX_P A LYS 87 A LYS 71 5 4 6 A LEU 109 A LEU 93 HELX_P A SER 127 A SER 111 1 5 19 A PRO 139 A PRO 123 HELX_P A GLY 152 A GLY 136 1 6 14 A PRO 154 A PRO 138 HELX_P A GLU 156 A GLU 140 5 7 3 A THR 163 A THR 147 HELX_P A ASN 179 A ASN 163 1 8 17 A ASP 181 A ASP 165 HELX_P A ARG 183 A ARG 167 5 9 3 A TYR 201 A TYR 185 HELX_P A THR 203 A THR 187 5 10 3 A VAL 211 A VAL 195 HELX_P A GLN 218 A GLN 202 1 11 8 A SER 222 A SER 205 HELX_P A GLY 245 A GLY 228 1 12 24 A PHE 248 A PHE 231 HELX_P A ARG 264 A ARG 247 1 13 17 A GLN 279 A GLN 262 HELX_P A GLY 281 A GLY 264 5 14 3 A SER 307 A SER 290 HELX_P A GLU 333 A GLU 316 1 15 27 B GLY 29 B GLY 14 HELX_P B GLY 43 B GLY 28 1 16 15 B VAL 54 B VAL 39 HELX_P B ASP 67 B ASP 52 1 17 14 B ALA 68 B ALA 53 HELX_P B THR 72 B THR 57 5 18 5 B GLU 82 B GLU 66 HELX_P B LYS 87 B LYS 71 5 19 6 B SER 105 B SER 89 HELX_P B SER 127 B SER 111 1 20 23 B PRO 139 B PRO 123 HELX_P B GLY 152 B GLY 136 1 21 14 B PRO 154 B PRO 138 HELX_P B GLU 156 B GLU 140 5 22 3 B THR 163 B THR 147 HELX_P B ASN 179 B ASN 163 1 23 17 B ASP 181 B ASP 165 HELX_P B ARG 183 B ARG 167 5 24 3 B TYR 201 B TYR 185 HELX_P B THR 203 B THR 187 5 25 3 B VAL 211 B VAL 195 HELX_P B GLN 218 B GLN 202 1 26 8 B SER 222 B SER 205 HELX_P B GLY 245 B GLY 228 1 27 24 B PHE 248 B PHE 231 HELX_P B ARG 264 B ARG 247 1 28 17 B GLN 279 B GLN 262 HELX_P B GLY 281 B GLY 264 5 29 3 B SER 307 B SER 290 HELX_P B GLU 333 B GLU 316 1 30 27 C GLY 29 C GLY 14 HELX_P C GLY 43 C GLY 28 1 31 15 C VAL 54 C VAL 39 HELX_P C ASP 67 C ASP 52 1 32 14 C ALA 68 C ALA 53 HELX_P C THR 72 C THR 57 5 33 5 C GLU 82 C GLU 66 HELX_P C LYS 87 C LYS 71 5 34 6 C LEU 109 C LEU 93 HELX_P C SER 127 C SER 111 1 35 19 C PRO 139 C PRO 123 HELX_P C GLY 152 C GLY 136 1 36 14 C PRO 154 C PRO 138 HELX_P C GLU 156 C GLU 140 5 37 3 C THR 163 C THR 147 HELX_P C ASN 179 C ASN 163 1 38 17 C ASP 181 C ASP 165 HELX_P C ARG 183 C ARG 167 5 39 3 C TYR 201 C TYR 185 HELX_P C THR 203 C THR 187 5 40 3 C VAL 211 C VAL 195 HELX_P C GLN 218 C GLN 202 1 41 8 C SER 222 C SER 205 HELX_P C GLY 245 C GLY 228 1 42 24 C PHE 248 C PHE 231 HELX_P C ARG 264 C ARG 247 1 43 17 C GLN 279 C GLN 262 HELX_P C GLY 281 C GLY 264 5 44 3 C SER 307 C SER 290 HELX_P C GLU 333 C GLU 316 1 45 27 D GLY 29 D GLY 14 HELX_P D GLY 43 D GLY 28 1 46 15 D VAL 54 D VAL 39 HELX_P D ASP 67 D ASP 52 1 47 14 D ALA 68 D ALA 53 HELX_P D THR 72 D THR 57 5 48 5 D GLU 82 D GLU 66 HELX_P D LYS 87 D LYS 71 5 49 6 D SER 105 D SER 89 HELX_P D SER 127 D SER 111 1 50 23 D PRO 139 D PRO 123 HELX_P D GLY 152 D GLY 136 1 51 14 D PRO 154 D PRO 138 HELX_P D GLU 156 D GLU 140 5 52 3 D THR 163 D THR 147 HELX_P D ASN 179 D ASN 163 1 53 17 D ASP 181 D ASP 165 HELX_P D ARG 183 D ARG 167 5 54 3 D TYR 201 D TYR 185 HELX_P D THR 203 D THR 187 5 55 3 D VAL 211 D VAL 195 HELX_P D GLN 218 D GLN 202 1 56 8 D SER 222 D SER 205 HELX_P D GLY 245 D GLY 228 1 57 24 D PHE 248 D PHE 231 HELX_P D ARG 264 D ARG 247 1 58 17 D GLN 279 D GLN 262 HELX_P D GLY 281 D GLY 264 5 59 3 D SER 307 D SER 290 HELX_P D GLU 333 D GLU 316 1 60 27 OXIDOREDUCTASE Rossmann fold, OXIDOREDUCTASE A ASN 138 A ASN 122 1 A PRO 139 A PRO 123 -2.76 B ASN 138 B ASN 122 1 B PRO 139 B PRO 123 -7.79 C ASN 138 C ASN 122 1 C PRO 139 C PRO 123 -2.50 D ASN 138 D ASN 122 1 D PRO 139 D PRO 123 -5.44 LDH_LACPE UNP 1 3 P56511 SMPNHQKVVLVGDGAVGSSYAFAMAQQGIAEEFVIVDVVKDRTKGDALDLEDAQAFTAPKKIYSGEYSDCKDADLVVITA GAPQKPGESRLDLVNKNLNILSSIVKPVVDSGFDGIFLVAANPVDILTYATWKFSGFPKERVIGSGTSLDSSRLRVALGK QFNVDPRSVDAYIMGEHGDSEFAAYSTATIGTRPVRDVAKEQGVSDDDLAKLEDGVRNKAYDIINLKGATFYGIGTALMR ISKAILRDENAVLPVGAYMDGQYGLNDIYIGTPAIIGGTGLKQIIESPLSADELKKMQDSAATLKKVLNDGLAELENK 3 320 1EZ4 16 334 P56511 A 1 1 317 3 320 1EZ4 16 334 P56511 B 1 1 317 3 320 1EZ4 16 334 P56511 C 1 1 317 3 320 1EZ4 16 334 P56511 D 1 1 317 6 3 2 3 6 3 2 3 6 3 2 3 6 3 2 3 parallel parallel parallel parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel parallel parallel parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel parallel parallel parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel parallel parallel parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel A LYS 77 A LYS 61 A SER 80 A SER 64 A GLU 47 A GLU 32 A VAL 51 A VAL 36 A LYS 22 A LYS 7 A VAL 26 A VAL 11 A LEU 91 A LEU 75 A ILE 94 A ILE 78 A ILE 132 A ILE 116 A VAL 135 A VAL 119 A VAL 158 A VAL 142 A GLY 160 A GLY 144 A VAL 185 A VAL 169 A ASP 186 A ASP 170 A THR 205 A THR 189 A ILE 206 A ILE 190 A ARG 209 A ARG 193 A PRO 210 A PRO 194 A ILE 189 A ILE 173 A MET 190 A MET 174 A PHE 198 A PHE 182 A ALA 199 A ALA 183 A ALA 268 A ALA 251 A ASP 277 A ASP 260 A ASN 283 A ASN 266 A GLY 294 A GLY 277 A GLY 297 A GLY 280 A ILE 301 A ILE 284 B LYS 77 B LYS 61 B SER 80 B SER 64 B GLU 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