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Izard, T., Lawrence, M.C., Malby, R.L., Lilley, G.G., Colman, P.M. The Three-Dimensional Struture of N-acetylneuraminate Lyase Escherichia coli. Structure (1994) 2, 361. Structure and Mechanism of a Sub-Family of Enzymes Related to N-acetylneuraminate Lyase. M.C. Lawrence, J.A.R.G. Barbosa, B.J. Smith, N.E. Hall, P.A. Pilling, H,C, Ooi, S.M. Marcuccio. J. Mol. Biol. (1997) 266, 381-399. Structure and Mechanism of a Sub-Family of Enzymes Related to N-acetylneuraminate Lyase. M.C. Lawrence, J.A.R.G. Barbosa, B.J. Smith, N.E. Hall, P.A. Pilling, H,C, Ooi, S.M. Marcuccio J. Mol. Biol. (1997) 266, 381-399. Crystal Structure Analysis of N-acetylneuraminate Lyase from Haemophilus influenzae: Crystal Form I Crystal Structure Analysis of N-acetylneuraminate Lyase from Haemophilus influenzae: Crystal Form II RCSB Y RCSB 2000-06-22 REL REL HOH water WAT 6 2 HOH HOH 294 A WAT 9 2 HOH HOH 295 A WAT 14 2 HOH HOH 296 A WAT 15 2 HOH HOH 297 A WAT 27 2 HOH HOH 298 A WAT 39 2 HOH HOH 299 A WAT 43 2 HOH HOH 300 A WAT 46 2 HOH HOH 301 A WAT 57 2 HOH HOH 302 A WAT 58 2 HOH HOH 303 A WAT 63 2 HOH HOH 304 A WAT 71 2 HOH HOH 305 A WAT 88 2 HOH HOH 306 A WAT 94 2 HOH HOH 307 A WAT 96 2 HOH HOH 308 A WAT 101 2 HOH HOH 309 A WAT 107 2 HOH HOH 310 A WAT 116 2 HOH HOH 311 A WAT 117 2 HOH HOH 312 A WAT 122 2 HOH HOH 313 A WAT 131 2 HOH HOH 314 A WAT 136 2 HOH HOH 315 A WAT 140 2 HOH HOH 316 A WAT 143 2 HOH HOH 317 A WAT 160 2 HOH HOH 318 A WAT 168 2 HOH HOH 319 A WAT 169 2 HOH HOH 320 A WAT 171 2 HOH HOH 321 A WAT 174 2 HOH HOH 322 A WAT 177 2 HOH HOH 323 A WAT 183 2 HOH HOH 324 A WAT 185 2 HOH HOH 325 A WAT 186 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N LEU 42 B N LEU 42 B O ALA 75 B O ALA 75 B N ALA 78 B N ALA 78 B O CYS 102 B O CYS 102 B N ALA 105 B N ALA 105 B O ILE 134 B O ILE 134 B O MET 133 B O MET 133 B N LEU 161 B N LEU 161 B O LEU 161 B O LEU 161 B N LEU 184 B N LEU 184 B N ALA 187 B N ALA 187 B O GLY 203 B O GLY 203 B N ALA 204 B N ALA 204 B O GLY 6 B O GLY 6 C O ILE 7 C O ILE 7 C N GLY 41 C N GLY 41 C N LEU 42 C N LEU 42 C O ALA 75 C O ALA 75 C N ALA 78 C N ALA 78 C O CYS 102 C O CYS 102 C N ALA 105 C N ALA 105 C O ILE 134 C O ILE 134 C O MET 133 C O MET 133 C N LEU 161 C N LEU 161 C O LEU 161 C O LEU 161 C N LEU 184 C N LEU 184 C N ALA 187 C N ALA 187 C O GLY 203 C O GLY 203 C N ALA 204 C N ALA 204 C O GLY 6 C O GLY 6 D N SER 9 D N SER 9 D O GLY 41 D O GLY 41 D N LEU 42 D N LEU 42 D O ALA 75 D O ALA 75 D N ALA 78 D N ALA 78 D O CYS 102 D O CYS 102 D O LEU 103 D O LEU 103 D N ILE 134 D N ILE 134 D O MET 133 D O MET 133 D N LEU 161 D N LEU 161 D O LEU 161 D O LEU 161 D N LEU 184 D N LEU 184 D N ALA 187 D N ALA 187 D O GLY 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OD1 ASP ASP ASP 72 72 72 N 1 -9.89 1.20 123.30 113.41 B B B OE1 CD OE2 GLU GLU GLU 97 97 97 N 1 -5.63 0.70 120.80 115.17 B B B CB CG CD1 PHE PHE PHE 113 113 113 N 1 -8.61 1.20 123.30 114.69 B B B OE1 CD OE2 GLU GLU GLU 191 191 191 N 1 12.84 2.00 118.30 131.14 B B B CG CD OE1 GLU GLU GLU 191 191 191 N 1 -4.95 0.60 121.00 116.05 B B B CB CG CD2 TYR TYR TYR 251 251 251 N 1 -6.46 0.90 118.30 111.84 B B B CB CG OD2 ASP ASP ASP 264 264 264 N 1 -3.56 0.50 120.30 116.74 B B B NE CZ NH2 ARG ARG ARG 269 269 269 N 1 -17.65 2.10 120.10 102.45 B B B CA C O GLU GLU GLU 270 270 270 N 1 -10.51 1.40 111.50 100.99 B B B CA N CD PRO PRO PRO 271 271 271 N 1 12.62 1.10 102.60 115.22 B B B N CA CB PRO PRO PRO 271 271 271 N 1 15.14 1.40 123.60 138.74 C C C CD NE CZ ARG ARG ARG 2 2 2 N 1 10.30 0.90 118.30 128.60 C C C CB CG OD1 ASP ASP ASP 3 3 3 N 1 6.64 0.90 118.30 124.94 C C C CB CG OD1 ASP ASP ASP 35 35 35 N 1 -4.57 0.60 121.00 116.43 C C C CB CG CD1 TYR TYR TYR 111 111 111 N 1 -7.38 1.20 123.30 115.92 C C C OE1 CD OE2 GLU GLU GLU 221 221 221 N 1 6.69 0.90 118.30 124.99 C C C CB CG OD1 ASP ASP ASP 240 240 240 N 1 -4.38 0.50 120.30 115.92 C C C NE CZ NH2 ARG ARG ARG 269 269 269 N 1 -17.80 2.10 120.10 102.30 C C C CA C O GLU GLU GLU 270 270 270 N 1 -10.86 1.40 111.50 100.64 C C C CA N CD PRO PRO PRO 271 271 271 N 1 11.86 1.10 102.60 114.46 C C C N CA CB PRO PRO PRO 271 271 271 N 1 7.22 1.20 103.80 111.02 C C C N CD CG PRO PRO PRO 271 271 271 N 1 -3.72 0.50 120.30 116.58 D D D NE CZ NH2 ARG ARG ARG 2 2 2 N 1 5.97 0.50 120.30 126.27 D D D NE CZ NH1 ARG ARG ARG 27 27 27 N 1 -5.18 0.50 120.30 115.12 D D D NE CZ NH2 ARG ARG ARG 27 27 27 N 1 6.51 0.90 118.30 124.81 D D D CB CG OD1 ASP ASP ASP 72 72 72 B B N 1 -5.74 0.90 118.30 112.56 D D D CB CG OD1 ASP ASP ASP 101 101 101 N 1 8.81 0.90 118.30 127.11 D D D CB CG OD2 ASP ASP ASP 101 101 101 N 1 -13.14 1.90 110.10 96.96 D D D CB CA C SER SER SER 137 137 137 N 1 11.93 1.50 110.50 122.43 D D D N CA CB SER SER SER 137 137 137 N 1 4.13 0.50 120.30 124.43 D D D NE CZ NH1 ARG ARG ARG 175 175 175 N 1 -4.09 0.50 120.30 116.21 D D D NE CZ NH2 ARG ARG ARG 175 175 175 N 1 -11.24 1.20 123.30 112.06 D D D OE1 CD OE2 GLU GLU GLU 191 191 191 N 1 -7.67 1.20 123.30 115.63 D D D OE1 CD OE2 GLU GLU GLU 243 243 243 N 1 6.58 0.50 120.30 126.88 D D D NE CZ NH1 ARG ARG ARG 269 269 269 N 1 -7.00 0.50 120.30 113.30 D D D NE CZ NH2 ARG ARG ARG 269 269 269 N 1 -16.15 2.10 120.10 103.95 D D D CA C O GLU GLU GLU 270 270 270 N 1 -10.81 1.40 111.50 100.69 D D D CA N CD PRO PRO PRO 271 271 271 N 1 9.99 1.10 102.60 112.59 D D D N CA CB PRO PRO PRO 271 271 271 N 1 -7.45 1.20 123.30 115.85 D D D OE1 CD OE2 GLU GLU GLU 279 279 279 N 1 A ARG 2 -34.86 139.53 1 A LYS 71 61.08 -124.00 1 A PHE 109 -124.73 -165.37 1 A TYR 110 74.28 -81.58 1 B LYS 71 60.36 -121.63 1 B TYR 110 73.04 -74.10 1 B LYS 227 -112.92 63.53 1 C LYS 71 54.96 -126.54 1 C PHE 109 -128.17 -169.43 1 C TYR 110 76.25 -75.60 1 C ILE 138 -151.79 72.22 1 C THR 166 -101.06 63.66 1 D LYS 71 52.73 -121.22 1 D TYR 110 75.86 -81.50 1 D ILE 138 -156.81 72.70 0.261 0.188 2.25 20.0 1982 57035 57035 99.0 RANDOM 1 0 0 Engh & Huber 2.25 20.0 597 9760 0 0 9163 0.013 0.037 2.25 20.0 1F6P 58826 58235 0 0 0.11 1 12.5 4.5 99.0 0.39 2.25 2.29 2872 4.1 97.6 model building X-PLOR refinement REFMAC data reduction DENZO data scaling SCALEPACK phasing X-PLOR CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF N-ACETYLNEURAMINATE LYASE FROM HAEMOPHILUS INFLUENZAE: CRYSTAL FORM III 1 N N 1 N N 1 N N 1 N N 2 N N 2 N N 2 N N 2 N N The biological assembly is a tetramer from chains A, B, C, and D. A ASN 22 A ASN 22 HELX_P A LYS 36 A LYS 36 1 1 15 A GLY 46 A GLY 46 HELX_P A GLU 50 A GLU 50 5 2 5 A GLU 50 A GLU 50 HELX_P A LEU 54 A LEU 54 5 3 5 A SER 55 A SER 55 HELX_P A LYS 71 A LYS 71 1 4 17 A ASN 84 A ASN 84 HELX_P A GLY 99 A GLY 99 1 5 16 A SER 114 A SER 114 HELX_P A GLU 128 A GLU 128 1 6 15 A ILE 138 A ILE 138 HELX_P A GLY 143 A GLY 143 1 7 6 A GLY 147 A GLY 147 HELX_P A TYR 155 A TYR 155 1 8 9 A ASP 169 A ASP 169 HELX_P A TYR 180 A TYR 180 1 9 12 A PHE 189 A PHE 189 HELX_P A GLU 191 A GLU 191 5 10 3 A MET 192 A MET 192 HELX_P A LEU 199 A LEU 199 1 11 8 A THR 208 A THR 208 HELX_P A GLY 213 A GLY 213 1 12 6 A ASN 212 A ASN 212 HELX_P A ALA 225 A ALA 225 1 13 14 A LYS 227 A LYS 227 HELX_P A GLY 249 A GLY 249 1 14 23 A GLY 249 A GLY 249 HELX_P A GLU 261 A GLU 261 1 15 13 A THR 277 A THR 277 HELX_P A LEU 292 A LEU 292 1 16 16 B ASN 22 B ASN 22 HELX_P B LYS 36 B LYS 36 1 17 15 B GLY 46 B GLY 46 HELX_P B GLU 50 B GLU 50 5 18 5 B GLU 50 B GLU 50 HELX_P B LEU 54 B LEU 54 5 19 5 B SER 55 B SER 55 HELX_P B LYS 71 B LYS 71 1 20 17 B ASN 84 B ASN 84 HELX_P B LEU 98 B LEU 98 1 21 15 B SER 114 B SER 114 HELX_P B GLY 130 B GLY 130 1 22 17 B ILE 138 B ILE 138 HELX_P B GLY 143 B GLY 143 1 23 6 B GLY 147 B GLY 147 HELX_P B LYS 156 B LYS 156 1 24 10 B ASP 169 B ASP 169 HELX_P B TYR 180 B TYR 180 1 25 12 B PHE 189 B PHE 189 HELX_P B GLU 191 B GLU 191 5 26 3 B MET 192 B MET 192 HELX_P B LEU 199 B LEU 199 1 27 8 B THR 208 B THR 208 HELX_P B GLY 213 B GLY 213 1 28 6 B ASN 212 B ASN 212 HELX_P B ALA 225 B ALA 225 1 29 14 B LYS 227 B LYS 227 HELX_P B GLY 249 B GLY 249 1 30 23 B GLY 249 B GLY 249 HELX_P B LEU 260 B LEU 260 1 31 12 B THR 277 B THR 277 HELX_P B LEU 292 B LEU 292 1 32 16 C ASN 22 C ASN 22 HELX_P C LYS 36 C LYS 36 1 33 15 C GLY 46 C GLY 46 HELX_P C GLU 50 C GLU 50 5 34 5 C GLU 50 C GLU 50 HELX_P C LEU 54 C LEU 54 5 35 5 C SER 55 C SER 55 HELX_P C LYS 71 C LYS 71 1 36 17 C ASN 84 C ASN 84 HELX_P C LEU 98 C LEU 98 1 37 15 C SER 114 C SER 114 HELX_P C GLY 130 C GLY 130 1 38 17 C ILE 138 C ILE 138 HELX_P C GLY 143 C GLY 143 1 39 6 C GLY 147 C GLY 147 HELX_P C LYS 156 C LYS 156 1 40 10 C ASP 169 C ASP 169 HELX_P C TYR 180 C TYR 180 1 41 12 C PHE 189 C PHE 189 HELX_P C GLU 191 C GLU 191 5 42 3 C MET 192 C MET 192 HELX_P C LEU 199 C LEU 199 1 43 8 C THR 208 C THR 208 HELX_P C GLY 213 C GLY 213 1 44 6 C ASN 212 C ASN 212 HELX_P C GLY 226 C GLY 226 1 45 15 C LYS 227 C LYS 227 HELX_P C GLY 249 C GLY 249 1 46 23 C GLY 249 C GLY 249 HELX_P C LEU 260 C LEU 260 1 47 12 C THR 277 C THR 277 HELX_P C LEU 292 C LEU 292 1 48 16 D ASN 22 D ASN 22 HELX_P D LYS 36 D LYS 36 1 49 15 D GLY 46 D GLY 46 HELX_P D GLU 50 D GLU 50 5 50 5 D GLU 50 D GLU 50 HELX_P D LEU 54 D LEU 54 5 51 5 D SER 55 D SER 55 HELX_P D LYS 71 D LYS 71 1 52 17 D ASN 84 D ASN 84 HELX_P D GLY 99 D GLY 99 1 53 16 D SER 114 D SER 114 HELX_P D GLY 130 D GLY 130 1 54 17 D ILE 138 D ILE 138 HELX_P D GLY 143 D GLY 143 1 55 6 D GLY 147 D GLY 147 HELX_P D TYR 155 D TYR 155 1 56 9 D ASP 169 D ASP 169 HELX_P D TYR 180 D TYR 180 1 57 12 D PHE 189 D PHE 189 HELX_P D GLU 191 D GLU 191 5 58 3 D MET 192 D MET 192 HELX_P D LEU 199 D LEU 199 1 59 8 D THR 208 D THR 208 HELX_P D GLY 213 D GLY 213 1 60 6 D ASN 212 D ASN 212 HELX_P D ALA 225 D ALA 225 1 61 14 D LYS 227 D LYS 227 HELX_P D GLY 249 D GLY 249 1 62 23 D GLY 249 D GLY 249 HELX_P D LEU 260 D LEU 260 1 63 12 D THR 277 D THR 277 HELX_P D LEU 292 D LEU 292 1 64 16 LYASE BETA BARREL, LYASE NANA_HAEIN UNP 1 1 P44539 1 293 1F6P 1 293 P44539 A 1 1 293 1 293 1F6P 1 293 P44539 B 1 1 293 1 293 1F6P 1 293 P44539 C 1 1 293 1 293 1F6P 1 293 P44539 D 1 1 293 1 ASN SEE REMARK 999 SER 131 1F6P A P44539 UNP 131 131 1 ALA SEE REMARK 999 LYS 229 1F6P A P44539 UNP 229 229 1 GLU SEE REMARK 999 ALA 278 1F6P A P44539 UNP 278 278 1 LEU SEE REMARK 999 VAL 281 1F6P A P44539 UNP 281 281 2 ASN SEE REMARK 999 SER 131 1F6P B P44539 UNP 131 131 2 ALA SEE REMARK 999 LYS 229 1F6P B P44539 UNP 229 229 2 GLU SEE REMARK 999 ALA 278 1F6P B P44539 UNP 278 278 2 LEU SEE REMARK 999 VAL 281 1F6P B P44539 UNP 281 281 3 ASN SEE REMARK 999 SER 131 1F6P C P44539 UNP 131 131 3 ALA SEE REMARK 999 LYS 229 1F6P C P44539 UNP 229 229 3 GLU SEE REMARK 999 ALA 278 1F6P C P44539 UNP 278 278 3 LEU SEE REMARK 999 VAL 281 1F6P C P44539 UNP 281 281 4 ASN SEE REMARK 999 SER 131 1F6P D P44539 UNP 131 131 4 ALA SEE REMARK 999 LYS 229 1F6P D P44539 UNP 229 229 4 GLU SEE REMARK 999 ALA 278 1F6P D P44539 UNP 278 278 4 LEU SEE REMARK 999 VAL 281 1F6P D P44539 UNP 281 281 9 9 9 9 parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel parallel A GLY 6 A GLY 6 A ALA 10 A ALA 10 A GLY 41 A GLY 41 A VAL 44 A VAL 44 A ALA 75 A ALA 75 A GLN 79 A GLN 79 A CYS 102 A CYS 102 A VAL 106 A VAL 106 A MET 133 A MET 133 A SER 137 A SER 137 A VAL 160 A VAL 160 A PHE 165 A PHE 165 A LEU 184 A LEU 184 A ALA 187 A ALA 187 A GLY 203 A GLY 203 A GLY 206 A GLY 206 A GLY 6 A GLY 6 A ALA 10 A ALA 10 B GLY 6 B GLY 6 B ALA 10 B ALA 10 B GLY 41 B GLY 41 B VAL 44 B VAL 44 B ALA 75 B ALA 75 B GLN 79 B GLN 79 B CYS 102 B CYS 102 B VAL 106 B VAL 106 B MET 133 B MET 133 B SER 137 B SER 137 B VAL 160 B VAL 160 B PHE 165 B PHE 165 B LEU 184 B LEU 184 B ALA 187 B ALA 187 B GLY 203 B GLY 203 B GLY 206 B GLY 206 B GLY 6 B GLY 6 B ALA 10 B ALA 10 C GLY 6 C GLY 6 C ALA 10 C ALA 10 C GLY 41 C GLY 41 C VAL 44 C VAL 44 C ALA 75 C ALA 75 C GLN 79 C GLN 79 C CYS 102 C CYS 102 C VAL 106 C VAL 106 C MET 133 C MET 133 C SER 137 C SER 137 C VAL 160 C VAL 160 C PHE 165 C PHE 165 C LEU 184 C LEU 184 C ALA 187 C ALA 187 C GLY 203 C GLY 203 C GLY 206 C GLY 206 C GLY 6 C GLY 6 C ALA 10 C ALA 10 D GLY 6 D GLY 6 D ALA 10 D ALA 10 D GLY 41 D GLY 41 D VAL 44 D VAL 44 D ALA 75 D ALA 75 D GLN 79 D GLN 79 D CYS 102 D CYS 102 D VAL 106 D VAL 106 D MET 133 D MET 133 D SER 137 D SER 137 D VAL 160 D VAL 160 D PHE 165 D PHE 165 D LEU 184 D LEU 184 D ALA 187 D ALA 187 D GLY 203 D GLY 203 D GLY 206 D GLY 206 D GLY 6 D GLY 6 D ALA 10 D ALA 10 19 P 21 21 21