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JMOBAK 0070 0022-2836 303 405 421 10.1006/jmbi.2000.4138 11031117 Active site modulation in the N-acetylneuraminate lyase sub-family as revealed by the structure of the inhibitor-complexed Haemophilus influenzae enzyme. 2000 10.2210/pdb1f74/pdb pdb_00001f74 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 0.00000 0.00000 113 1 IMAGE PLATE 1997-06-30 RIGAKU RAXIS II SINGLE WAVELENGTH M x-ray 1 1.5418 1.0 1.5418 ROTATING ANODE MACSCIENCE 32561.570 N-ACETYL-NEURAMINATE LYASE 4.1.3.3 2 man polymer 293.270 6,7,8,9-TETRAHYDROXY-5-METHYLCARBOXAMIDO-2-OXONONANOIC ACID 2 syn non-polymer 92.094 GLYCEROL 4 syn non-polymer 35.453 CHLORIDE ION 1 syn non-polymer 18.015 water 845 nat water NAL no no MRDLKGIFSALLVSFNEDGTINEKGLRQIIRHNIDKMKVDGLYVGGSTGENFMLSTEEKKEIFRIAKDEAKDQIALIAQV GSVNLKEAVELGKYATELGYDCLSAVTPFYYKFSFPEIKHYYDTIIAETGSNMIVYSIPFLTGVNMGIEQFGELYKNPKV LGVKFTAGDFYLLERLKKAYPNHLIWAGFDEMMLPAASLGVDGAIGSTFNVNGVRARQIFELTKAGKLKEALEIQHVTND LIEGILANGLYLTIKELLKLEGVDAGYCREPMTSKATAEQVAKAKDLKAKFLS MRDLKGIFSALLVSFNEDGTINEKGLRQIIRHNIDKMKVDGLYVGGSTGENFMLSTEEKKEIFRIAKDEAKDQIALIAQV GSVNLKEAVELGKYATELGYDCLSAVTPFYYKFSFPEIKHYYDTIIAETGSNMIVYSIPFLTGVNMGIEQFGELYKNPKV LGVKFTAGDFYLLERLKKAYPNHLIWAGFDEMMLPAASLGVDGAIGSTFNVNGVRARQIFELTKAGKLKEALEIQHVTND LIEGILANGLYLTIKELLKLEGVDAGYCREPMTSKATAEQVAKAKDLKAKFLS A,C polypeptide(L) n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n Haemophilus Escherichia sample 49247 727 Haemophilus influenzae 562 Escherichia coli PKKTAC 1 2.39 48.57 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 4.6 PEG 4000, sodium acetate, ammonium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 293 chem_comp_atom chem_comp_bond database_2 struct_site repository Initial release Version format compliance Derived calculations Version format compliance Data collection Database references Derived calculations 1 0 2000-11-22 1 1 2008-04-27 1 2 2011-07-13 1 3 2024-02-07 _database_2.pdbx_DOI _database_2.pdbx_database_accession _struct_site.pdbx_auth_asym_id _struct_site.pdbx_auth_comp_id _struct_site.pdbx_auth_seq_id N-acetylneuraminate Lyase from Escherichia coli. Izard, T., Lawrence, M.C., Malby, R.L., Lilley, G.G., Colman, P.M. The Three-dimensional Struture of N-acetylneuraminate Lyase from Escherichia coli. Structure (1994) 2, 361. Structure and Mechanism of a Sub-Family of Enzymes Related to N-acetylneuraminate Lyase. Lawrence, M.C., Barbosa, J.A.R.G., Smith, B.J., Hall, N.E., Pilling, P.A., Ooi, H.C., Marcuccio, S.M. J. Mol. Biol. (1997) 266, 381-399 Structure and Mechanism of a Sub-Family of Enzymes Related to N-acetylneuraminate Lyase. Lawrence, M.C., Barbosa, J.A.R.G., Smith, B.J., Hall, N.E., Pilling, P.A., Ooi, H.C., Marcuccio, S.M. J. Mol. Biol. (1997) 266, 381-399 Active Site Modulation in the N-acetylneuraminate Lyase Sub-family as Revealed by the Structure of the Inhibitor-Complexed Haemophilus influenzae Enzyme Active Site Modulation in the N-acetylneuraminate Lyase Sub-family as Revealed by the Structure of the Inhibitor-Complexed Haemophilus influenzae Enzyme Active Site Modulation in the N-acetylneuraminate Lyase Sub-family as Revealed by the Structure of the Inhibitor-Complexed Haemophilus influenzae Enzyme RCSB Y RCSB 2000-06-26 REL REL NAY 6,7,8,9-TETRAHYDROXY-5-METHYLCARBOXAMIDO-2-OXONONANOIC ACID GOL GLYCEROL CL CHLORIDE ION HOH water NAY 1 2 NAY NAY 950 A GOL 3 3 GOL GOL 933 A GOL 4 3 GOL GOL 934 A CL 1 4 CL CL 999 C NAY 2 2 NAY NAY 951 C GOL 1 3 GOL GOL 931 C GOL 2 3 GOL GOL 932 C WAT 1 5 HOH HOH 951 A WAT 3 5 HOH HOH 952 A WAT 4 5 HOH HOH 953 A WAT 6 5 HOH HOH 954 A WAT 7 5 HOH HOH 955 A WAT 8 5 HOH HOH 956 A WAT 10 5 HOH HOH 957 A WAT 11 5 HOH HOH 958 A WAT 12 5 HOH HOH 959 A WAT 16 5 HOH HOH 960 A WAT 17 5 HOH 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C C C N CA CB TYR TYR TYR 110 110 110 N 1 17.07 1.80 110.60 127.67 C C C N CA CB TYR TYR TYR 155 155 155 N 1 -3.71 0.50 120.30 116.59 C C C NE CZ NH2 ARG ARG ARG 269 269 269 N 1 -16.36 2.10 120.10 103.74 C C C CA C O GLU GLU GLU 270 270 270 N 1 -9.20 1.40 111.50 102.30 C C C CA N CD PRO PRO PRO 271 271 271 N 1 9.35 1.10 102.60 111.95 C C C N CA CB PRO PRO PRO 271 271 271 N 1 A LYS 71 53.94 -122.76 1 A PHE 109 -124.47 -162.97 1 A TYR 110 71.93 -66.73 1 C LYS 71 51.12 -124.31 1 C PHE 109 -123.73 -165.04 1 C TYR 110 64.60 -52.41 0.202 0.169 1.60 15.0 3942 78772 78772 94.9 RANDOM 1 0 0 Engh & Huber 1.60 15.0 845 5490 65 0 4580 0.007 0.023 1.60 20.0 1F74 83160 78893 0 0 0.03 1 37.7 5.3 94.9 0.09 1.60 1.63 4116 1 1.8 53.5 model building X-PLOR refinement REFMAC data reduction DENZO data scaling SCALEPACK phasing X-PLOR CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF N-ACETYLNEURAMINATE LYASE FROM HAEMOPHILUS INFLUENZAE: CRYSTAL FORM II COMPLEXED WITH 4-DEOXY-SIALIC ACID 1 N N 1 N N 2 N N 3 N N 3 N N 4 N N 2 N N 3 N N 3 N N 5 N N 5 N N The biological assembly is a tetramer constructed from chains A and C generated by the two-fold. A ASN 22 A ASN 22 HELX_P A LYS 36 A LYS 36 1 1 15 A GLY 46 A GLY 46 HELX_P A GLU 50 A GLU 50 5 2 5 A GLU 50 A GLU 50 HELX_P A LEU 54 A LEU 54 5 3 5 A SER 55 A SER 55 HELX_P A LYS 71 A LYS 71 1 4 17 A ASN 84 A ASN 84 HELX_P A GLY 99 A GLY 99 1 5 16 A SER 114 A SER 114 HELX_P A GLY 130 A GLY 130 1 6 17 A GLY 143 A GLY 143 HELX_P A LYS 156 A LYS 156 1 7 14 A ASP 169 A ASP 169 HELX_P A TYR 180 A TYR 180 1 8 12 A PHE 189 A PHE 189 HELX_P A GLU 191 A GLU 191 5 9 3 A MET 192 A MET 192 HELX_P A LEU 199 A LEU 199 1 10 8 A THR 208 A THR 208 HELX_P A GLY 213 A GLY 213 1 11 6 A ASN 212 A ASN 212 HELX_P A ALA 225 A ALA 225 1 12 14 A LYS 227 A LYS 227 HELX_P A GLY 249 A GLY 249 1 13 23 A GLY 249 A GLY 249 HELX_P A GLU 261 A GLU 261 1 14 13 A THR 277 A THR 277 HELX_P A LEU 292 A LEU 292 1 15 16 C ASN 22 B ASN 22 HELX_P C LYS 36 B LYS 36 1 16 15 C GLY 46 B GLY 46 HELX_P C GLU 50 B GLU 50 5 17 5 C GLU 50 B GLU 50 HELX_P C LEU 54 B LEU 54 5 18 5 C SER 55 B SER 55 HELX_P C LYS 71 B LYS 71 1 19 17 C ASN 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VAL 44 C ALA 75 B ALA 75 C GLN 79 B GLN 79 C CYS 102 B CYS 102 C SER 104 B SER 104 C MET 133 B MET 133 C TYR 136 B TYR 136 C VAL 160 B VAL 160 C PHE 165 B PHE 165 C LEU 184 B LEU 184 C ALA 187 B ALA 187 C GLY 203 B GLY 203 C GLY 206 B GLY 206 C GLY 6 B GLY 6 C ALA 10 B ALA 10 BINDING SITE FOR RESIDUE CL C 999 C CL 999 Software 4 BINDING SITE FOR RESIDUE NAY A 950 A NAY 950 Software 18 BINDING SITE FOR RESIDUE NAY C 951 C NAY 951 Software 19 BINDING SITE FOR RESIDUE GOL C 931 C GOL 931 Software 9 BINDING SITE FOR RESIDUE GOL C 932 C GOL 932 Software 11 BINDING SITE FOR RESIDUE GOL A 933 A GOL 933 Software 8 BINDING SITE FOR RESIDUE GOL A 934 A GOL 934 Software 6 C TYR 180 B TYR 180 4 1_555 C PRO 181 B PRO 181 4 1_555 C ASN 182 B ASN 182 4 1_555 C HIS 183 B HIS 183 4 1_555 A ALA 10 A ALA 10 18 1_555 A TYR 43 A TYR 43 18 1_555 A SER 47 A SER 47 18 1_555 A THR 48 A THR 48 18 1_555 A TYR 136 A TYR 136 18 1_555 A LYS 164 A LYS 164 18 1_555 A GLY 188 A GLY 188 18 1_555 A PHE 189 A PHE 189 18 1_555 A ASP 190 A ASP 190 18 1_555 A GLU 191 A GLU 191 18 1_555 A ILE 205 A ILE 205 18 1_555 A GLY 206 A GLY 206 18 1_555 A SER 207 A SER 207 18 1_555 A LEU 250 A LEU 250 18 1_555 A HOH 1312 J HOH 18 1_555 A HOH 1313 J HOH 18 1_555 A HOH 1344 J HOH 18 1_555 A HOH 1373 J HOH 18 1_555 C ALA 10 B ALA 10 19 1_555 C TYR 43 B TYR 43 19 1_555 C SER 47 B SER 47 19 1_555 C THR 48 B THR 48 19 1_555 C TYR 136 B TYR 136 19 1_555 C LYS 164 B LYS 164 19 1_555 C GLY 188 B GLY 188 19 1_555 C PHE 189 B PHE 189 19 1_555 C ASP 190 B ASP 190 19 1_555 C GLU 191 B GLU 191 19 1_555 C ILE 205 B ILE 205 19 1_555 C GLY 206 B GLY 206 19 1_555 C SER 207 B SER 207 19 1_555 C LEU 250 B LEU 250 19 1_555 C HOH 1260 K HOH 19 1_555 C HOH 1290 K HOH 19 1_555 C HOH 1296 K HOH 19 1_555 C HOH 1315 K HOH 19 1_555 C HOH 1329 K HOH 19 1_555 C ASN 132 B ASN 132 9 4_556 C PRO 158 B PRO 158 9 4_556 C LYS 159 B LYS 159 9 4_556 C LEU 161 B LEU 161 9 4_556 C GLU 230 B GLU 230 9 1_555 C GOL 932 I GOL 9 1_555 C HOH 1141 K HOH 9 4_556 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