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EMJODG 0897 0261-4189 19 4204 4215 10.1093/emboj/19.16.4204 10944103 The structure of L-amino acid oxidase reveals the substrate trajectory into an enantiomerically conserved active site. 2000 10.2210/pdb1f8s/pdb pdb_00001f8s NAG A 1543 HAS WRONG CHIRALITY AT ATOM C1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 0.00000 0.00000 83 1 AREA DETECTOR 1999-08-31 MARRESEARCH SINGLE WAVELENGTH M x-ray 1 0.9790 1.0 X8C NSLS 0.9790 SYNCHROTRON NSLS BEAMLINE X8C 56299.258 L-AMINO ACID OXIDASE 1.4.3.2 8 nat polymer 221.208 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 8 man non-polymer 137.136 2-AMINOBENZOIC ACID 24 syn non-polymer 785.550 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 8 syn non-polymer 18.015 water 2378 nat water no no ADDRNPLAECFQENDYEEFLEIARNGLKATSNPKHVVIVGAGMAGLSAAYVLAGAGHQVTVLEASERPGGRVRTYRNEEA GWYANLGPMRLPEKHRIVREYIRKFDLRLNEFSQENDNAWYFIKNIRKKVGEVKKDPGLLKYPVKPSEAGKSAGQLYEES LGKVVEELKRTNCSYILNKYDTYSTKEYLIKEGDLSPGAVDMIGDLLNEDSGYYVSFIESLKHDDIFAYEKRFDEIVDGM 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n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n Malayan pit viper Calloselasma sample 8717 Calloselasma rhodostoma VENOM 1 2.42 49.12 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 4.5 PEG4000, ammonium sulfate, sodium citrate, glycerol, o-aminobenzoate., pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K 290 chem_comp database_PDB_caveat entity pdbx_chem_comp_identifier pdbx_entity_nonpoly struct_conn struct_site struct_site_gen atom_site chem_comp chem_comp_atom chem_comp_bond database_2 repository Initial release Carbohydrate remediation repository Remediation Version format compliance Non-polymer description Version format compliance Advisory Data collection Derived calculations Structure summary Atomic model Data collection Database references Structure summary 1 0 2000-08-24 1 1 2008-04-27 1 2 2011-07-13 1 3 2020-07-29 2 0 2023-11-15 _chem_comp.name _chem_comp.type _entity.pdbx_description _pdbx_entity_nonpoly.name _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_role _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id 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A WAT 1266 5 HOH HOH 1641 A WAT 1274 5 HOH HOH 1642 A WAT 1293 5 HOH HOH 1643 A WAT 1319 5 HOH HOH 1644 A WAT 1322 5 HOH HOH 1645 A WAT 1330 5 HOH HOH 1646 A WAT 1337 5 HOH HOH 1647 A WAT 1340 5 HOH HOH 1648 A WAT 1342 5 HOH HOH 1649 A WAT 1350 5 HOH HOH 1650 A WAT 1355 5 HOH HOH 1651 A WAT 1377 5 HOH HOH 1652 A WAT 1378 5 HOH HOH 1653 A WAT 1380 5 HOH HOH 1654 A WAT 1381 5 HOH HOH 1655 A WAT 1382 5 HOH HOH 1656 A WAT 1392 5 HOH HOH 1657 A WAT 1398 5 HOH HOH 1658 A WAT 1404 5 HOH HOH 1659 A WAT 1411 5 HOH HOH 1660 A WAT 1413 5 HOH HOH 1661 A WAT 1441 5 HOH HOH 1662 A WAT 1452 5 HOH HOH 1663 A WAT 1464 5 HOH HOH 1664 A WAT 1466 5 HOH HOH 1665 A WAT 1482 5 HOH HOH 1666 A WAT 1485 5 HOH HOH 1667 A WAT 1486 5 HOH HOH 1668 A WAT 1488 5 HOH HOH 1669 A WAT 1496 5 HOH HOH 1670 A WAT 1502 5 HOH HOH 1671 A WAT 1534 5 HOH HOH 1672 A WAT 1536 5 HOH HOH 1673 A WAT 1539 5 HOH HOH 1674 A WAT 1541 5 HOH HOH 1675 A WAT 1544 5 HOH HOH 1676 A WAT 1547 5 HOH HOH 1677 A WAT 1564 5 HOH HOH 1678 A WAT 1572 5 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120.30 123.61 A A A NE CZ NH1 ARG ARG ARG 103 103 103 N 1 -13.67 2.10 111.80 98.13 E E E CG CD NE ARG ARG ARG 96 96 96 N 1 B B CB CG GLU GLU 17 17 -0.118 0.019 1.517 1.399 N 1 C C CD OE1 GLU GLU 17 17 -0.070 0.011 1.252 1.182 N 1 A H OD1 OD1 ASP ASP 253 106 2.10 1_555 1_655 1 D H NH1 OD1 ARG ASP 170 194 2.15 1_555 1_656 1 C D OD1 OE2 ASP GLU 338 132 2.15 1_555 2_546 1 A ALA 41 -104.67 49.23 1 A PRO 143 -69.87 91.58 1 A THR 171 -130.88 -111.65 1 A SER 279 -102.53 -167.98 1 A ARG 353 61.62 -60.31 1 A TYR 436 75.54 -10.85 1 B ALA 41 -103.83 49.15 1 B PRO 143 -69.59 91.49 1 B THR 171 -131.08 -112.00 1 B SER 279 -102.39 -167.28 1 B ARG 353 60.69 -60.16 1 B TYR 436 75.71 -9.09 1 C ALA 41 -104.41 49.65 1 C THR 171 -132.70 -112.50 1 C SER 279 -101.57 -167.60 1 C ARG 353 62.17 -59.64 1 C TYR 436 77.28 -10.59 1 D ALA 41 -104.25 47.89 1 D PRO 143 -69.87 91.43 1 D THR 171 -130.73 -111.68 1 D SER 279 -102.29 -166.99 1 D ARG 353 61.21 -60.65 1 D TYR 436 76.50 -11.18 1 E ALA 41 -105.24 49.44 1 E MET 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2.00 500 28205 283071 283071 10.0 98.2 RANDOM 3864620.46 0.00 1 RESTRAINED THROUGHOUT 0 0 ENGH & HUBER FLAT MODEL 35.32 0.376 0.25 0.23 5.00 0.20 0.16 2.00 500 2378 33938 776 0 30784 0.007 1.3 23.8 4.06 1 1 X-RAY DIFFRACTION 2 50 2 2 X-RAY DIFFRACTION 2 200 0.267 0.004 0.241 2.13 4255 39238 6 9.8 90.8 11.6 1.80 100.0 1F8S 395029 335974 0 0 0.083 1 11.7 3.50 85.0 0.378 1.80 1.84 12419 1 1.13 47.4 data reduction DENZO data scaling SCALEPACK phasing AMoRE refinement CNS 0.9 CRYSTAL STRUCTURE OF L-AMINO ACID OXIDASE FROM CALLOSELASMA RHODOSTOMA, COMPLEXED WITH THREE MOLECULES OF O-AMINOBENZOATE. 1 N N 1 N N 1 N N 1 N N 1 N N 1 N N 1 N N 1 N N 2 N N 3 N N 3 N N 3 N N 4 N N 2 N N 3 N N 3 N N 3 N N 4 N N 2 N N 3 N N 3 N N 3 N N 4 N N 2 N N 3 N N 3 N N 3 N N 4 N N 2 N N 3 N N 3 N N 3 N N 4 N N 2 N N 3 N N 3 N N 3 N N 4 N N 2 N N 3 N N 3 N N 3 N N 4 N N 2 N N 3 N N 3 N N 3 N N 4 N N 5 N N 5 N N 5 N N 5 N N 5 N N 5 N N 5 N N 5 N N Biological unit is a dimer. A LEU 7 A LEU 7 HELX_P A GLN 12 A GLN 12 5 1 6 A ASP 15 A ASP 15 HELX_P A GLY 26 A GLY 26 1 2 12 A GLY 42 A GLY 42 HELX_P A ALA 55 A ALA 55 1 3 14 A HIS 95 A HIS 95 HELX_P A PHE 105 A PHE 105 1 4 11 A VAL 130 A VAL 130 HELX_P A ASP 136 A ASP 136 1 5 7 A PRO 137 A PRO 137 HELX_P A LYS 141 A LYS 141 5 6 5 A SER 152 A SER 152 HELX_P A LEU 161 A LEU 161 1 7 10 A LEU 161 A LEU 161 HELX_P A THR 171 A THR 171 1 8 11 A ASN 172 A ASN 172 HELX_P A TYR 180 A TYR 180 1 9 9 A ASP 181 A ASP 181 HELX_P A TYR 183 A TYR 183 5 10 3 A SER 184 A SER 184 HELX_P A GLU 192 A GLU 192 1 11 9 A SER 196 A SER 196 HELX_P A LEU 207 A LEU 207 1 12 12 A GLU 209 A GLU 209 HELX_P A TYR 213 A TYR 213 5 13 5 A SER 216 A SER 216 HELX_P A ALA 228 A ALA 228 1 14 13 A ASP 241 A ASP 241 HELX_P A ILE 251 A ILE 251 1 15 11 A THR 295 A THR 295 HELX_P A ARG 300 A ARG 300 1 16 6 A LEU 309 A LEU 309 HELX_P A VAL 319 A VAL 319 1 17 11 A LYS 334 A LYS 334 HELX_P A GLY 340 A GLY 340 5 18 7 A GLY 375 A GLY 375 HELX_P A ALA 383 A ALA 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anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel parallel parallel parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel parallel parallel parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel parallel parallel parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel A VAL 255 A VAL 255 A HIS 256 A HIS 256 A GLN 58 A GLN 58 A LEU 62 A LEU 62 A HIS 35 A HIS 35 A VAL 39 A VAL 39 A TYR 289 A TYR 289 A VAL 292 A VAL 292 A ILE 452 A ILE 452 A PHE 454 A PHE 454 A THR 74 A THR 74 A ASN 77 A ASN 77 A TRP 82 A TRP 82 A ASN 85 A ASN 85 A LEU 91 A LEU 91 A PRO 92 A PRO 92 A PHE 233 A PHE 233 A ILE 236 A ILE 236 A LEU 109 A LEU 109 A GLU 111 A GLU 111 A ILE 126 A ILE 126 A LYS 129 A LYS 129 A TRP 120 A TRP 120 A ILE 123 A ILE 123 A LYS 345 A LYS 345 A THR 348 A THR 348 A PHE 354 A PHE 354 A TYR 356 A TYR 356 A GLY 367 A GLY 367 A ILE 374 A ILE 374 A GLY 324 A GLY 324 A CYS 331 A CYS 331 A CYS 412 A CYS 412 A LYS 419 A LYS 419 A SER 284 A SER 284 A ALA 287 A ALA 287 A VAL 271 A VAL 271 A GLU 276 A GLU 276 A GLN 260 A GLN 260 A GLN 266 A GLN 266 A LYS 303 A LYS 303 A ASN 305 A ASN 305 A TYR 321 A TYR 321 A ARG 322 A ARG 322 A ILE 430 A ILE 430 A THR 431 A THR 431 B VAL 255 B VAL 255 B HIS 256 B HIS 256 B GLN 58 B GLN 58 B LEU 62 B LEU 62 B HIS 35 B HIS 35 B VAL 39 B VAL 39 B TYR 289 B TYR 289 B VAL 292 B VAL 292 B ILE 452 B ILE 452 B PHE 454 B PHE 454 B THR 74 B THR 74 B ASN 77 B ASN 77 B TRP 82 B TRP 82 B ASN 85 B ASN 85 B LEU 91 B LEU 91 B PRO 92 B PRO 92 B PHE 233 B PHE 233 B ILE 236 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