0.005999 0.000000 0.001551 0.000000 0.005910 0.000000 0.000000 0.000000 0.003117 0.00000 0.00000 0.00000 Jaeger, J. Restle, T. Steitz, T.A. http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic 16 90.00 104.50 90.00 166.700 169.200 331.400 C10 H14 N5 O7 P 347.221 y ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE RNA linking C3 H7 N O2 89.093 y ALANINE L-peptide linking C6 H15 N4 O2 1 175.209 y ARGININE L-peptide linking C4 H8 N2 O3 132.118 y ASPARAGINE L-peptide linking C4 H7 N O4 133.103 y ASPARTIC ACID L-peptide linking C9 H14 N3 O8 P 323.197 y CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE RNA linking C3 H7 N O2 S 121.158 y CYSTEINE L-peptide linking C10 H14 N5 O8 P 363.221 y GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE RNA linking C5 H10 N2 O3 146.144 y GLUTAMINE L-peptide linking C5 H9 N O4 147.129 y GLUTAMIC ACID L-peptide linking C2 H5 N O2 75.067 y GLYCINE peptide linking C6 H10 N3 O2 1 156.162 y HISTIDINE L-peptide linking C6 H13 N O2 131.173 y ISOLEUCINE L-peptide linking C6 H13 N O2 131.173 y LEUCINE L-peptide linking C6 H15 N2 O2 1 147.195 y LYSINE L-peptide linking C5 H11 N O2 S 149.211 y METHIONINE L-peptide linking C9 H11 N O2 165.189 y PHENYLALANINE L-peptide linking C5 H9 N O2 115.130 y PROLINE L-peptide linking C3 H7 N O3 105.093 y SERINE L-peptide linking C4 H9 N O3 119.119 y THREONINE L-peptide linking C11 H12 N2 O2 204.225 y TRYPTOPHAN L-peptide linking C9 H11 N O3 181.189 y TYROSINE L-peptide linking C9 H13 N2 O9 P 324.181 y URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE RNA linking C5 H11 N O2 117.146 y VALINE L-peptide linking UK EMBO J. EMJODG 0897 0261-4189 17 4535 4542 10.1093/emboj/17.15.4535 9687519 The structure of HIV-1 reverse transcriptase complexed with an RNA pseudoknot inhibitor. 1998 UK Structure STRUE6 2005 0969-2126 2 869 Comparison of Three Different Crystal Forms Shows HIV-1 Reverse Transcriptase Displays an Internal Swivel Motion 1994 10.2210/pdb1hvu/pdb pdb_00001hvu 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 0.00000 0.00000 100 1 MIRROR CCD 1995-03-15 CUSTOM-MADE SI(111) SINGLE WAVELENGTH M x-ray 1 0.9200 1.0 A1 CHESS 0.9200 SYNCHROTRON CHESS BEAMLINE A1 9638.777 RNA (33 NUCLEOTIDE RNA PSEUDOKNOT) 4 syn polymer THE HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IS A HETERODIMER CONSISTING OF TWO SUBUNITS: P66 (CHAIN A) AND P51 (DESIGNATED CHAIN B) IN THIS CRYSTAL FORM THERE ARE FOUR REVERSE TRANSCRIPTASE MOLECULES PLUS FOUR RNA MOLECULES PER ASYMMETRIC UNIT. THE COORDINATES FOR ONE COMPLEX ARE CONTAINED IN THIS ENTRY. THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS GIVEN BELOW ARE BASED ON THE BEST SUPERPOSITION OF THIS MOLECULE ON THE OTHER THREE HETERODIMER COMPLEXES. 63834.125 PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE) 2.7.7.49 4 man polymer THE HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IS A HETERODIMER CONSISTING OF TWO SUBUNITS: P66 (CHAIN A) AND P51 (DESIGNATED CHAIN B) IN THIS CRYSTAL FORM THERE ARE FOUR REVERSE TRANSCRIPTASE MOLECULES PLUS FOUR RNA MOLECULES PER ASYMMETRIC UNIT. THE COORDINATES FOR ONE COMPLEX ARE CONTAINED IN THIS ENTRY. THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS GIVEN BELOW ARE BASED ON THE BEST SUPERPOSITION OF THIS MOLECULE ON THE OTHER THREE HETERODIMER COMPLEXES. 49532.961 PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE) 2.7.7.49 4 man polymer no no AGAUUCCGUUUUCAGUCGGGAAAAACUGAA AGAUUCCGUUUUCAGUCGGGAAAAACUGAA C,F,I,L polyribonucleotide no no PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFREL NKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIF QSSMTKILEPFKKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWT VQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYD PSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWET WWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQ AIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSA PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFREL NKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIF QSSMTKILEPFKKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWT VQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYD PSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWET WWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQ AIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSA A,D,G,J polypeptide(L) no no IETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRT QDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSM TKILEPFKKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPI VLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKD LIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTE YWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWY IETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRT QDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSM TKILEPFKKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPI VLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKD LIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTE YWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWY B,E,H,K polypeptide(L) n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n Lentivirus Escherichia sample 11676 Human immunodeficiency virus 1 BH10 ISOLATE 562 Escherichia coli Lentivirus Escherichia sample 11676 Human immunodeficiency virus 1 BH10 ISOLATE 562 Escherichia coli 1 3.8 72 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 7.0 pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 277 BIS-TRIS-PROPANE 1 HEXA-B-D-GLYCOPYRANOSIDE 1 (NH4)2SO4 1 GLYCEROL 1 NAN3 1 DIOXANE 1 SODIUM CITRATE 2 MAGNESIUM ACETATE 2 IOXANE 2 2.494 1 20 C 7 C 24 -21.118 C_U7:A24_C 1 -58.685 -1.313 -0.441 0.144 -2.492 C 8 C 23 -16.133 C_U8:G23_C 2 -26.582 -0.208 1.300 -0.500 -12.874 1 19 C 9 C 22 -9.048 C_C9:G22_C 3 -18.942 -0.069 1.126 -0.183 1.765 1 19 C 10 C 21 -3.351 C_C10:G21_C 4 -12.666 0.011 0.767 -0.128 12.351 1 19 C 11 C 20 -3.523 C_G11:C20_C 5 -8.970 0.060 -0.075 -0.274 20.109 1 20 C 28 C 19 -20.666 C_A28:U19_C 6 -19.936 0.046 0.779 0.094 -0.819 1 19 C 29 C 18 -0.612 C_C29:G18_C 7 9.498 0.062 0.138 -0.027 15.046 1 20 C 30 C 17 -3.581 C_U30:A17_C 8 -10.757 -0.019 0.072 -0.056 0.786 1 19 C 31 C 16 -0.524 C_G31:C16_C 9 -15.462 -0.122 -0.135 -0.118 -12.707 1 20 C 32 C 15 -3.329 C_A32:U15_C 10 -17.850 0.023 0.228 -0.086 -2.206 1 20 C 33 C 14 3.937 C_A33:U14_C 11 -16.264 0.032 -0.459 -0.111 2.495 1 20 F 7 F 24 -21.103 F_U7:A24_F 12 -58.688 -1.312 -0.441 0.144 -2.492 F 8 F 23 -16.127 F_U8:G23_F 13 -26.594 -0.208 1.300 -0.500 -12.881 1 19 F 9 F 22 -9.046 F_C9:G22_F 14 -18.933 -0.069 1.127 -0.183 1.777 1 19 F 10 F 21 -3.347 F_C10:G21_F 15 -12.662 0.011 0.765 -0.128 12.353 1 19 F 11 F 20 -3.528 F_G11:C20_F 16 -8.962 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128.76 J J J C N CA VAL PRO PRO 536 537 537 Y 1 16.17 1.50 119.30 135.47 E E E C N CA ASN PRO PRO 54 55 55 Y 1 -12.24 1.90 111.40 99.16 E E E CB CA C VAL VAL VAL 60 60 60 N 1 -12.73 1.50 119.30 106.57 E E E C N CA ILE PRO PRO 94 95 95 Y 1 11.63 1.50 119.30 130.93 E E E C N CA GLU PRO PRO 312 313 313 Y 1 16.18 1.50 119.30 135.48 H H H C N CA ASN PRO PRO 54 55 55 Y 1 -12.28 1.90 111.40 99.12 H H H CB CA C VAL VAL VAL 60 60 60 N 1 -12.68 1.50 119.30 106.62 H H H C N CA ILE PRO PRO 94 95 95 Y 1 11.62 1.50 119.30 130.92 H H H C N CA GLU PRO PRO 312 313 313 Y 1 16.12 1.50 119.30 135.42 K K K C N CA ASN PRO PRO 54 55 55 Y 1 -12.23 1.90 111.40 99.17 K K K CB CA C VAL VAL VAL 60 60 60 N 1 -12.76 1.50 119.30 106.54 K K K C N CA ILE PRO PRO 94 95 95 Y 1 11.57 1.50 119.30 130.87 K K K C N CA GLU PRO PRO 312 313 313 Y 1 C C N1 C2 U U 7 7 0.075 0.009 1.381 1.456 N 1 C C C2 N3 U U 7 7 -0.065 0.007 1.373 1.308 N 1 C C N3 C4 U U 7 7 0.057 0.009 1.380 1.437 N 1 F F N1 C2 U U 7 7 0.074 0.009 1.381 1.455 N 1 F F C2 N3 U U 7 7 -0.065 0.007 1.373 1.308 N 1 F F N3 C4 U U 7 7 0.057 0.009 1.380 1.437 N 1 I I N1 C2 U U 7 7 0.075 0.009 1.381 1.456 N 1 I I C2 N3 U U 7 7 -0.065 0.007 1.373 1.308 N 1 I I N3 C4 U U 7 7 0.056 0.009 1.380 1.436 N 1 L L N1 C2 U U 7 7 0.075 0.009 1.381 1.456 N 1 L L C2 N3 U U 7 7 -0.065 0.007 1.373 1.308 N 1 L L N3 C4 U U 7 7 0.056 0.009 1.380 1.436 N 1 A A C N PHE ALA 61 62 0.185 0.023 1.336 1.521 Y 1 A A C N TYR ASP 319 320 0.250 0.023 1.336 1.586 Y 1 D D C N PHE ALA 61 62 0.184 0.023 1.336 1.520 Y 1 D D C N TYR ASP 319 320 0.251 0.023 1.336 1.587 Y 1 G G C N PHE ALA 61 62 0.185 0.023 1.336 1.521 Y 1 G G C N TYR ASP 319 320 0.250 0.023 1.336 1.586 Y 1 J J C N PHE ALA 61 62 0.185 0.023 1.336 1.521 Y 1 J J C N TYR ASP 319 320 0.250 0.023 1.336 1.586 Y 1 G G N N ARG LYS 463 465 0.58 1_555 2_656 1 G G C N ARG GLN 463 464 0.70 1_555 2_656 1 G G N N GLN GLN 464 464 0.73 1_555 2_656 1 G G N C ARG GLN 463 464 0.89 1_555 2_656 1 G G C CA ARG GLN 463 464 1.01 1_555 2_656 1 G G CA N ARG LYS 463 465 1.26 1_555 2_656 1 G G O CB LYS VAL 461 466 1.38 1_555 2_656 1 G G CA C ARG GLN 463 464 1.40 1_555 2_656 1 G G C C GLY GLN 462 464 1.43 1_555 2_656 1 G G O N ARG GLN 463 464 1.56 1_555 2_656 1 G G N CA ARG LYS 463 465 1.59 1_555 2_656 1 G G O CA ARG GLN 463 464 1.60 1_555 2_656 1 G J CB N PHE ASN 346 418 1.62 1_555 1_455 1 G G C C ARG GLN 463 464 1.70 1_555 2_656 1 G G N O ARG GLN 463 464 1.72 1_555 2_656 1 G G C N GLY LYS 462 465 1.73 1_555 2_656 1 G G N CA GLN GLN 464 464 1.73 1_555 2_656 1 G G CB O LYS VAL 461 466 1.77 1_555 2_656 1 G G CA CA ARG GLN 463 464 1.78 1_555 2_656 1 G J CB C PHE VAL 346 417 1.85 1_555 1_455 1 G G O CA GLY GLN 462 464 1.86 1_555 2_656 1 G J CB CA PHE VAL 346 417 1.89 1_555 1_455 1 G G C C ARG ARG 463 463 1.98 1_555 2_656 1 G G CA O GLY LYS 462 465 1.99 1_555 2_656 1 G G C O GLY GLN 462 464 1.99 1_555 2_656 1 G G O CB GLY GLN 462 464 2.02 1_555 2_656 1 G G N C GLY LYS 462 465 2.04 1_555 2_656 1 G G O C GLY GLN 462 464 2.04 1_555 2_656 1 G G C CB LYS VAL 461 466 2.09 1_555 2_656 1 G G O O TYR GLY 457 462 2.16 1_555 2_656 1 A SER 48 -174.74 144.45 1 A PRO 52 -66.14 13.89 1 A ASN 54 -34.12 100.83 1 A ALA 62 136.60 124.06 1 A LYS 66 73.32 54.30 1 A ASP 67 174.97 91.40 1 A SER 68 66.43 -150.52 1 A THR 69 -88.42 41.78 1 A GLN 85 -46.17 95.72 1 A VAL 90 -93.74 58.65 1 A ALA 114 -32.59 -37.71 1 A PHE 116 -47.38 -14.06 1 A ASP 123 -61.89 11.08 1 A SER 134 35.24 -31.48 1 A ILE 135 -57.02 69.90 1 A ASN 136 31.64 -75.23 1 A ASN 137 -147.05 -42.83 1 A GLU 138 -79.14 29.72 1 A PRO 140 -113.99 -75.06 1 A SER 156 -14.91 -69.74 1 A TYR 183 -162.61 94.16 1 A MET 184 70.50 -147.55 1 A SER 191 -171.85 136.58 1 A ILE 195 -38.62 -26.28 1 A PRO 217 -48.31 155.20 1 A LYS 219 -68.94 71.19 1 A LYS 220 -109.22 -107.93 1 A GLN 222 -7.97 -28.09 1 A LYS 223 -133.38 -72.75 1 A GLU 224 -33.93 120.10 1 A LEU 228 -102.89 78.49 1 A GLU 248 -154.74 83.90 1 A ILE 270 -136.85 -56.96 1 A ILE 274 -158.49 -14.90 1 A LYS 275 -34.36 103.47 1 A VAL 276 -78.48 47.03 1 A THR 296 -64.82 -165.49 1 A HIS 315 178.23 166.42 1 A PRO 321 -76.19 28.48 1 A SER 322 -142.51 -7.19 1 A GLN 332 -72.26 35.04 1 A PRO 345 -0.19 -71.32 1 A LYS 347 -111.81 77.92 1 A LEU 349 -90.32 -64.32 1 A MET 357 -173.18 82.19 1 A THR 362 -118.66 -168.59 1 A GLU 399 -38.66 -39.97 1 A TRP 410 -174.87 139.21 1 A PRO 412 -79.69 -97.48 1 A ASN 418 -68.12 91.87 1 A PRO 420 -59.22 -75.20 1 A ASP 443 176.77 148.92 1 A GLN 464 -161.50 92.04 1 A ASN 471 46.72 74.38 1 A HIS 539 66.24 -7.35 1 B LYS 20 -143.42 55.41 1 B GLU 28 -44.46 -14.05 1 B ILE 47 -122.75 -167.13 1 B SER 48 -175.44 138.45 1 B PRO 55 -47.19 -8.86 1 B ASN 57 -173.91 137.30 1 B LYS 66 45.98 -112.61 1 B SER 68 61.18 81.39 1 B THR 69 -95.73 -64.34 1 B PHE 77 -55.91 -1.41 1 B TRP 88 -163.11 -33.26 1 B GLN 91 -49.16 109.17 1 B ILE 94 -30.38 -136.66 1 B ALA 98 77.87 -17.60 1 B PHE 116 -67.38 13.26 1 B ASP 123 -66.76 30.95 1 B PHE 124 -142.33 -18.86 1 B ASN 136 61.11 -2.45 1 B SER 156 -38.30 -72.08 1 B GLU 169 -25.43 -51.35 1 B PRO 176 -43.66 -5.20 1 B MET 184 54.40 -110.79 1 B ASP 237 -54.04 -8.91 1 B ASP 250 -153.92 -37.31 1 B SER 251 -80.01 44.10 1 B TRP 252 -67.34 98.12 1 B LYS 259 -51.81 -71.78 1 B ARG 277 -167.10 -56.91 1 B THR 286 -170.19 38.64 1 B PRO 313 -36.79 129.12 1 B HIS 315 -64.87 90.71 1 B PRO 321 -47.75 -18.05 1 B GLN 334 -84.16 34.17 1 B PHE 346 83.13 2.77 1 B LYS 347 -115.39 67.84 1 B MET 357 -64.77 92.21 1 B HIS 361 -76.56 43.61 1 B THR 362 -83.12 33.64 1 B ILE 382 -100.05 -80.65 1 B PRO 420 -81.59 -158.05 1 B PRO 421 -69.04 22.86 1 B TRP 426 -175.53 97.65 1 D SER 48 -174.79 144.44 1 D PRO 52 -66.12 13.86 1 D ASN 54 -34.05 100.80 1 D ALA 62 136.60 124.07 1 D LYS 66 73.29 54.29 1 D ASP 67 174.94 91.46 1 D SER 68 66.34 -150.45 1 D THR 69 -88.45 41.78 1 D GLN 85 -46.10 95.70 1 D VAL 90 -93.77 58.63 1 D ALA 114 -32.52 -37.79 1 D PHE 116 -47.38 -14.02 1 D ASP 123 -61.91 11.11 1 D SER 134 35.26 -31.54 1 D ILE 135 -56.98 69.90 1 D ASN 136 31.67 -75.24 1 D ASN 137 -147.03 -42.83 1 D GLU 138 -79.18 29.77 1 D PRO 140 -114.00 -75.00 1 D SER 156 -14.97 -69.70 1 D TYR 183 -162.61 94.21 1 D MET 184 70.49 -147.57 1 D SER 191 -171.88 136.55 1 D ILE 195 -38.64 -26.28 1 D PRO 217 -48.31 155.18 1 D LYS 219 -68.92 71.19 1 D LYS 220 -109.18 -107.92 1 D GLN 222 -7.90 -28.14 1 D LYS 223 -133.37 -72.79 1 D GLU 224 -33.86 120.03 1 D LEU 228 -102.90 78.46 1 D GLU 248 -154.75 83.95 1 D ILE 270 -136.89 -56.94 1 D ILE 274 -158.51 -14.89 1 D LYS 275 -34.32 103.46 1 D VAL 276 -78.54 47.08 1 D THR 296 -64.79 -165.47 1 D HIS 315 178.19 166.43 1 D PRO 321 -76.13 28.44 1 D SER 322 -142.47 -7.16 1 D GLN 332 -72.22 35.00 1 D PRO 345 -0.25 -71.31 1 D LYS 347 -111.76 77.90 1 D LEU 349 -90.30 -64.25 1 D MET 357 -173.16 82.16 1 D THR 362 -118.64 -168.59 1 D GLU 399 -38.73 -39.93 1 D TRP 410 -174.86 139.29 1 D PRO 412 -79.75 -97.42 1 D ASN 418 -68.15 91.92 1 D PRO 420 -59.26 -75.16 1 D ASP 443 176.73 148.91 1 D GLN 464 -161.49 92.04 1 D ASN 471 46.76 74.41 1 D HIS 539 66.28 -7.39 1 G SER 48 -174.70 144.43 1 G PRO 52 -66.13 13.83 1 G ASN 54 -34.16 100.81 1 G ALA 62 136.62 124.04 1 G LYS 66 73.28 54.29 1 G ASP 67 174.97 91.34 1 G SER 68 66.40 -150.49 1 G THR 69 -88.44 41.79 1 G GLN 85 -46.14 95.71 1 G VAL 90 -93.73 58.62 1 G ALA 114 -32.51 -37.75 1 G PHE 116 -47.39 -14.02 1 G ASP 123 -61.95 11.15 1 G SER 134 35.24 -31.46 1 G ILE 135 -57.04 69.89 1 G ASN 136 31.64 -75.22 1 G ASN 137 -147.05 -42.82 1 G GLU 138 -79.09 29.72 1 G PRO 140 -114.01 -75.01 1 G SER 156 -14.87 -69.74 1 G TYR 183 -162.65 94.14 1 G MET 184 70.52 -147.56 1 G SER 191 -171.83 136.57 1 G ILE 195 -38.54 -26.37 1 G PRO 217 -48.38 155.24 1 G LYS 219 -68.96 71.21 1 G LYS 220 -109.25 -107.90 1 G GLN 222 -7.91 -28.09 1 G LYS 223 -133.39 -72.79 1 G GLU 224 -33.84 120.07 1 G LEU 228 -102.94 78.54 1 G GLU 248 -154.75 83.89 1 G ILE 270 -136.85 -56.97 1 G ILE 274 -158.48 -14.92 1 G LYS 275 -34.34 103.48 1 G VAL 276 -78.57 47.09 1 G THR 296 -64.82 -165.47 1 G HIS 315 178.25 166.46 1 G PRO 321 -76.17 28.45 1 G SER 322 -142.50 -7.18 1 G GLN 332 -72.26 35.06 1 G PRO 345 -0.24 -71.33 1 G LYS 347 -111.81 77.91 1 G LEU 349 -90.28 -64.33 1 G MET 357 -173.16 82.23 1 G THR 362 -118.67 -168.60 1 G TRP 410 -174.88 139.21 1 G PRO 412 -79.73 -97.46 1 G ASN 418 -68.15 91.89 1 G PRO 420 -59.21 -75.24 1 G ASP 443 176.76 148.89 1 G GLN 464 -161.50 92.12 1 G ASN 471 46.81 74.36 1 G HIS 539 66.34 -7.43 1 J SER 48 -174.67 144.47 1 J PRO 52 -66.17 13.92 1 J ASN 54 -34.14 100.85 1 J ALA 62 136.60 124.03 1 J LYS 66 73.32 54.29 1 J ASP 67 174.98 91.41 1 J SER 68 66.40 -150.49 1 J THR 69 -88.43 41.75 1 J GLN 85 -46.09 95.74 1 J VAL 90 -93.80 58.72 1 J ALA 114 -32.51 -37.77 1 J PHE 116 -47.37 -14.06 1 J ASP 123 -61.93 11.14 1 J SER 134 35.20 -31.48 1 J ILE 135 -57.01 69.90 1 J ASN 136 31.68 -75.25 1 J ASN 137 -147.06 -42.82 1 J GLU 138 -79.14 29.70 1 J PRO 140 -113.99 -75.04 1 J SER 156 -14.89 -69.80 1 J TYR 183 -162.61 94.11 1 J MET 184 70.58 -147.57 1 J SER 191 -171.81 136.53 1 J ILE 195 -38.61 -26.31 1 J PRO 217 -48.33 155.18 1 J LYS 219 -69.00 71.24 1 J LYS 220 -109.27 -107.92 1 J GLN 222 -7.97 -28.05 1 J LYS 223 -133.39 -72.74 1 J GLU 224 -33.96 120.12 1 J LEU 228 -102.90 78.52 1 J GLU 248 -154.73 83.92 1 J ILE 270 -136.80 -57.00 1 J ILE 274 -158.49 -14.82 1 J LYS 275 -34.38 103.50 1 J VAL 276 -78.51 47.00 1 J THR 296 -64.76 -165.44 1 J HIS 315 178.25 166.44 1 J PRO 321 -76.23 28.45 1 J SER 322 -142.47 -7.16 1 J GLN 332 -72.29 35.03 1 J PRO 345 -0.18 -71.37 1 J LYS 347 -111.87 77.88 1 J LEU 349 -90.30 -64.29 1 J MET 357 -173.22 82.16 1 J THR 362 -118.67 -168.59 1 J TRP 410 -174.89 139.18 1 J PRO 412 -79.64 -97.49 1 J ASN 418 -68.14 91.91 1 J PRO 420 -59.21 -75.23 1 J ASP 443 176.77 148.95 1 J GLN 464 -161.46 92.03 1 J ASN 471 46.69 74.36 1 J HIS 539 66.25 -7.38 1 E LYS 20 -143.42 55.40 1 E GLU 28 -44.50 -14.05 1 E ILE 47 -122.74 -167.17 1 E SER 48 -175.44 138.45 1 E PRO 55 -47.27 -8.79 1 E ASN 57 -173.92 137.32 1 E LYS 66 45.98 -112.67 1 E SER 68 61.13 81.37 1 E THR 69 -95.71 -64.36 1 E PHE 77 -55.96 -1.34 1 E TRP 88 -163.14 -33.23 1 E GLN 91 -49.20 109.16 1 E ILE 94 -30.40 -136.68 1 E ALA 98 77.86 -17.63 1 E PHE 116 -67.34 13.25 1 E ASP 123 -66.73 30.94 1 E PHE 124 -142.32 -18.90 1 E ASN 136 61.09 -2.43 1 E SER 156 -38.27 -72.06 1 E GLU 169 -25.44 -51.30 1 E PRO 176 -43.67 -5.18 1 E MET 184 54.38 -110.78 1 E ASP 237 -54.03 -8.93 1 E ASP 250 -153.93 -37.25 1 E SER 251 -80.07 44.11 1 E TRP 252 -67.28 98.09 1 E LYS 259 -51.82 -71.77 1 E ARG 277 -167.12 -56.87 1 E THR 286 -170.20 38.66 1 E PRO 313 -36.74 129.13 1 E HIS 315 -64.87 90.72 1 E PRO 321 -47.68 -18.09 1 E GLN 334 -84.15 34.12 1 E PHE 346 83.19 2.75 1 E LYS 347 -115.41 67.83 1 E MET 357 -64.78 92.16 1 E HIS 361 -76.58 43.62 1 E THR 362 -83.08 33.56 1 E ILE 382 -100.05 -80.65 1 E PRO 420 -81.64 -158.05 1 E PRO 421 -69.05 22.91 1 E TRP 426 -175.47 97.61 1 H LYS 20 -143.43 55.45 1 H GLU 28 -44.34 -14.15 1 H ILE 47 -122.76 -167.16 1 H SER 48 -175.43 138.45 1 H PRO 55 -47.16 -8.87 1 H ASN 57 -173.92 137.31 1 H LYS 66 45.97 -112.61 1 H SER 68 61.23 81.39 1 H THR 69 -95.70 -64.36 1 H PHE 77 -55.87 -1.44 1 H TRP 88 -163.07 -33.25 1 H GLN 91 -49.17 109.16 1 H ILE 94 -30.32 -136.66 1 H ALA 98 77.94 -17.67 1 H PHE 116 -67.35 13.22 1 H ASP 123 -66.77 30.96 1 H PHE 124 -142.34 -18.87 1 H ASN 136 61.12 -2.54 1 H SER 156 -38.29 -72.05 1 H GLU 169 -25.44 -51.30 1 H PRO 176 -43.67 -5.17 1 H MET 184 54.41 -110.81 1 H ASP 237 -53.99 -8.96 1 H ASP 250 -153.89 -37.38 1 H SER 251 -79.94 44.06 1 H TRP 252 -67.35 98.10 1 H LYS 259 -51.80 -71.76 1 H ARG 277 -167.07 -56.91 1 H THR 286 -170.15 38.67 1 H PRO 313 -36.74 129.09 1 H HIS 315 -64.85 90.67 1 H PRO 321 -47.69 -18.09 1 H GLN 334 -84.19 34.20 1 H PHE 346 83.07 2.79 1 H LYS 347 -115.39 67.81 1 H MET 357 -64.80 92.25 1 H HIS 361 -76.63 43.66 1 H THR 362 -83.14 33.59 1 H ILE 382 -99.98 -80.66 1 H PRO 420 -81.58 -158.04 1 H PRO 421 -69.06 22.88 1 H TRP 426 -175.58 97.62 1 K LYS 20 -143.47 55.36 1 K GLU 28 -44.48 -13.98 1 K ILE 47 -122.73 -167.13 1 K SER 48 -175.42 138.50 1 K PRO 55 -47.21 -8.86 1 K ASN 57 -173.92 137.28 1 K LYS 66 45.97 -112.66 1 K SER 68 61.21 81.39 1 K THR 69 -95.73 -64.31 1 K PHE 77 -55.93 -1.40 1 K TRP 88 -163.10 -33.28 1 K GLN 91 -49.17 109.22 1 K ILE 94 -30.29 -136.68 1 K ALA 98 77.84 -17.59 1 K PHE 116 -67.37 13.22 1 K ASP 123 -66.77 30.97 1 K PHE 124 -142.29 -18.90 1 K ASN 136 61.14 -2.48 1 K SER 156 -38.33 -72.10 1 K GLU 169 -25.43 -51.31 1 K PRO 176 -43.66 -5.23 1 K MET 184 54.37 -110.78 1 K ASP 237 -54.05 -8.84 1 K ASP 250 -153.88 -37.33 1 K SER 251 -79.98 44.12 1 K TRP 252 -67.35 98.06 1 K LYS 259 -51.80 -71.76 1 K ARG 277 -167.08 -56.89 1 K THR 286 -170.18 38.62 1 K PRO 313 -36.79 129.13 1 K HIS 315 -64.87 90.71 1 K PRO 321 -47.73 -18.01 1 K GLN 334 -84.19 34.18 1 K PHE 346 83.17 2.75 1 K LYS 347 -115.41 67.82 1 K MET 357 -64.78 92.25 1 K HIS 361 -76.60 43.63 1 K THR 362 -83.10 33.60 1 K ILE 382 -100.09 -80.71 1 K PRO 420 -81.59 -158.03 1 K PRO 421 -69.04 22.85 1 K TRP 426 -175.55 97.61 55.0 RIGID BODY REFINEMENT ONLY DUE TO LIMITED RESOLUTION. THE FOLLOWING RESIDUES ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAPS, THEREFORE THEY ARE NOT INCLUDED IN THE COORDINATE LIST. CHAIN B: 212 - 234, 428 - 440. 0.4130000 0.3400000 0.3400000 4.75 30.0 32343 5.5 RANDOM 1 FREE R 1.1 MOLECULAR REPLACEMENT 3HVT AND 1HMV 4.75 30.0 0 21416 0 2552 18864 0.011 1.8 4.75 30.0 1HVU 32343 1.1 0.0640000 1 1.9 81 model building CCP4/O refinement X-PLOR 3.853 data reduction DENZO data scaling SCALEPACK phasing CCP4 model building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