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JMOBAK 0070 0022-2836 316 679 691 10.1006/jmbi.2001.5381 11866526 Crystal structure of activated ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from green alga Chlamydomonas reinhardtii complexed with 2-carboxyarabinitol-1,5-bisphosphate. 2002 10.2210/pdb1ir1/pdb pdb_00001ir1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 0.00000 0.00000 298 1 DIFFRACTOMETER WEISSENBERG Si 111 CHANNEL SINGLE WAVELENGTH M x-ray 1 1.0 BL-6A Photon Factory SYNCHROTRON PHOTON FACTORY BEAMLINE BL-6A 52849.742 Large subunit of Rubisco 4.1.1.39 4 nat polymer 14687.708 Small subunit of Rubisco 4.1.1.39 4 nat polymer 24.305 MAGNESIUM ION 4 syn non-polymer 356.115 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE 4 syn non-polymer 18.015 water 2272 nat water RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 2 no yes MSPQTETKASVEFKAGVKDYKLTYYTPEYETLDTDILAAFRVSPQPGVPPEEAGAAVAAESSTGTWTTVWTDGLTNLDRY 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n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n spinach Spinacia sample 3562 leaves Spinacia oleracea spinach Spinacia sample 3562 leaves Spinacia oleracea 2 2.31 46.84 VAPOR DIFFUSION 7.9 PEG4000, MgCl2, NaHCO3, DTT, 2-carboxyarabinitol-1,5-bisphosphate, Bicine, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K 293 chem_comp_atom chem_comp_bond database_2 pdbx_initial_refinement_model struct_conn struct_conn_type struct_ref_seq_dif struct_site chem_comp_atom chem_comp_bond repository Initial release Version format compliance Derived calculations Version format compliance Data collection Database references Derived calculations Refinement description Data 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1 T LEU 15 85.97 -8.98 1 T LYS 71 59.10 -122.84 1 T PRO 120 -67.44 -174.11 1 C SER 62 -139.83 -74.58 1 C HIS 153 -133.92 -56.39 1 C CYS 172 -171.50 130.06 1 C ASN 207 -120.70 -89.04 1 C MET 212 -166.82 110.18 1 C ARG 295 -93.16 31.70 1 C VAL 331 77.45 -53.28 1 C VAL 369 34.52 57.41 1 U GLU 13 66.14 -149.21 1 U LEU 15 87.33 -4.70 1 U LYS 71 57.18 -122.46 1 U SER 114 -169.34 112.89 1 D SER 62 -143.15 -74.19 1 D HIS 153 -132.13 -56.16 1 D CYS 172 -170.80 128.80 1 D ASN 207 -119.45 -88.16 1 D MET 212 -162.28 110.72 1 D ARG 295 -94.03 32.11 1 D VAL 331 80.59 -52.56 1 D ASP 357 -160.73 92.13 1 D VAL 369 35.50 56.67 1 V GLU 13 66.99 -145.76 1 V LEU 15 83.84 -7.83 1 V LYS 71 58.79 -126.85 1 V SER 114 -172.67 116.26 0.1790000 0.1550000 1.8 10 8801 175568 5 76.9 RANDOM 1 THROUGHOUT 0 RE-REFINEMENT of 1BUR PDB ID 1BUR Engh & Huber 0.203 0.176 5 0.278 0.244 1.8 10 2272 21056 88 0 18696 0.005 1.36 23.42 0.81 0.3040000 0.013 0.2820000 1.86 573 10760 47.5 1.8 10 1IR1 175568 1 76.9 1.8 1.86 10760 1 47.5 refinement CNS 1.0 Crystal Structure of Spinach Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase (Rubisco) Complexed with CO2, Mg2+ and 2-Carboxyarabinitol-1,5-Bisphosphate 1 N N 2 N N 1 N N 2 N N 1 N N 2 N N 1 N N 2 N N 3 N N 4 N N 3 N N 4 N N 3 N N 4 N N 3 N N 4 N N 5 N N 5 N N 5 N N 5 N N 5 N N 5 N N 5 N N 5 N N The biological assembly is a hexadecamer comprised of 8 large and 8 small subunits. A half of the hexadecamer (4 large and 4 small subunits) exists in the asymmetric unit. The rest part is generated by -x, y, -z+1/2. A TYR 20 A TYR 20 HELX_P A TYR 25 A TYR 25 1 1 6 A PRO 49 A PRO 49 HELX_P A GLU 60 A GLU 60 1 2 12 A VAL 69 A VAL 69 HELX_P A THR 75 A THR 75 5 3 7 A ASN 76 A ASN 76 HELX_P A LYS 81 A LYS 81 1 4 6 A PRO 104 A PRO 104 HELX_P A PHE 108 A PHE 108 5 5 5 A SER 112 A SER 112 HELX_P A VAL 121 A VAL 121 1 6 10 A ASN 123 A ASN 123 HELX_P A PHE 127 A PHE 127 5 7 5 A PRO 141 A PRO 141 HELX_P A LYS 146 A LYS 146 1 8 6 A GLY 154 A GLY 154 HELX_P A ASN 163 A ASN 163 1 9 10 A SER 181 A SER 181 HELX_P A GLY 195 A GLY 195 1 10 15 A ARG 213 A ARG 213 HELX_P A GLY 233 A GLY 233 1 11 21 A THR 246 A THR 246 HELX_P A GLY 261 A GLY 261 1 12 16 A TYR 269 A TYR 269 HELX_P A GLY 273 A GLY 273 1 13 5 A GLY 273 A GLY 273 HELX_P A GLY 288 A GLY 288 1 14 16 A MET 297 A MET 297 HELX_P A ARG 303 A ARG 303 1 15 7 A HIS 310 A HIS 310 HELX_P A GLY 322 A GLY 322 1 16 13 A GLU 338 A GLU 338 HELX_P A ASP 351 A ASP 351 1 17 14 A ASP 357 A ASP 357 HELX_P A GLY 361 A GLY 361 5 18 5 A HIS 383 A HIS 383 HELX_P A TRP 385 A TRP 385 5 19 3 A HIS 386 A HIS 386 HELX_P A GLY 395 A GLY 395 1 20 10 A GLY 403 A GLY 403 HELX_P A GLY 408 A GLY 408 1 21 6 A GLY 412 A GLY 412 HELX_P A GLU 433 A GLU 433 1 22 22 A ASP 436 A ASP 436 HELX_P A LYS 450 A LYS 450 1 23 15 A SER 452 A SER 452 HELX_P A LYS 463 A LYS 463 1 24 12 S THR 22 B THR 22 HELX_P S ASN 36 B ASN 36 1 25 15 S ASP 79 B ASP 79 HELX_P S TYR 94 B TYR 94 1 26 16 B TYR 20 C TYR 20 HELX_P B TYR 25 C TYR 25 1 27 6 B PRO 49 C PRO 49 HELX_P B SER 61 C SER 61 1 28 13 B VAL 69 C VAL 69 HELX_P B THR 75 C THR 75 5 29 7 B ASN 76 C ASN 76 HELX_P B LYS 81 C LYS 81 1 30 6 B PRO 104 C PRO 104 HELX_P B PHE 108 C PHE 108 5 31 5 B SER 112 C SER 112 HELX_P B VAL 121 C VAL 121 1 32 10 B ASN 123 C ASN 123 HELX_P B PHE 127 C PHE 127 5 33 5 B PRO 141 C PRO 141 HELX_P B LYS 146 C LYS 146 1 34 6 B GLY 154 C GLY 154 HELX_P B ASN 163 C ASN 163 1 35 10 B SER 181 C SER 181 HELX_P B GLY 195 C GLY 195 1 36 15 B ARG 213 C ARG 213 HELX_P B GLY 233 C GLY 233 1 37 21 B THR 246 C THR 246 HELX_P B GLY 261 C GLY 261 1 38 16 B TYR 269 C TYR 269 HELX_P B GLY 273 C GLY 273 1 39 5 B GLY 273 C GLY 273 HELX_P B GLY 288 C GLY 288 1 40 16 B MET 297 C MET 297 HELX_P B ARG 303 C ARG 303 1 41 7 B HIS 310 C HIS 310 HELX_P B GLY 322 C GLY 322 1 42 13 B GLU 338 C GLU 338 HELX_P B ASP 351 C ASP 351 1 43 14 B ASP 357 C ASP 357 HELX_P B GLY 361 C GLY 361 5 44 5 B HIS 383 C HIS 383 HELX_P B TRP 385 C TRP 385 5 45 3 B HIS 386 C HIS 386 HELX_P B GLY 395 C GLY 395 1 46 10 B GLY 403 C GLY 403 HELX_P B GLY 408 C GLY 408 1 47 6 B GLY 412 C GLY 412 HELX_P B GLU 433 C GLU 433 1 48 22 B ASP 436 C ASP 436 HELX_P B LYS 450 C LYS 450 1 49 15 B SER 452 C SER 452 HELX_P B LYS 463 C LYS 463 1 50 12 T THR 22 D THR 22 HELX_P T ASN 36 D ASN 36 1 51 15 T ASP 79 D ASP 79 HELX_P T TYR 94 D TYR 94 1 52 16 C TYR 20 E TYR 20 HELX_P C TYR 25 E TYR 25 1 53 6 C PRO 49 E PRO 49 HELX_P C GLU 60 E GLU 60 1 54 12 C VAL 69 E VAL 69 HELX_P C THR 75 E THR 75 5 55 7 C ASN 76 E ASN 76 HELX_P C LYS 81 E LYS 81 1 56 6 C PRO 104 E PRO 104 HELX_P C PHE 108 E PHE 108 5 57 5 C SER 112 E SER 112 HELX_P C VAL 121 E VAL 121 1 58 10 C ASN 123 E ASN 123 HELX_P C PHE 127 E PHE 127 5 59 5 C PRO 141 E PRO 141 HELX_P C LYS 146 E LYS 146 1 60 6 C GLY 154 E GLY 154 HELX_P C ASN 163 E ASN 163 1 61 10 C SER 181 E SER 181 HELX_P C GLY 195 E GLY 195 1 62 15 C ARG 213 E ARG 213 HELX_P C GLY 233 E GLY 233 1 63 21 C THR 246 E THR 246 HELX_P C GLY 261 E GLY 261 1 64 16 C TYR 269 E TYR 269 HELX_P C GLY 273 E GLY 273 1 65 5 C GLY 273 E GLY 273 HELX_P C GLY 288 E GLY 288 1 66 16 C MET 297 E MET 297 HELX_P C ARG 303 E ARG 303 1 67 7 C HIS 310 E HIS 310 HELX_P C GLY 322 E GLY 322 1 68 13 C GLU 338 E GLU 338 HELX_P C ASP 351 E ASP 351 1 69 14 C ASP 357 E ASP 357 HELX_P C GLY 361 E GLY 361 5 70 5 C HIS 383 E HIS 383 HELX_P C TRP 385 E TRP 385 5 71 3 C HIS 386 E HIS 386 HELX_P C GLY 395 E GLY 395 1 72 10 C GLY 403 E GLY 403 HELX_P C GLY 408 E GLY 408 1 73 6 C GLY 412 E GLY 412 HELX_P C GLU 433 E GLU 433 1 74 22 C ASP 436 E ASP 436 HELX_P C LYS 450 E LYS 450 1 75 15 C SER 452 E SER 452 HELX_P C LYS 463 E LYS 463 1 76 12 U THR 22 F THR 22 HELX_P U ASN 36 F ASN 36 1 77 15 U ASP 79 F ASP 79 HELX_P U TYR 94 F TYR 94 1 78 16 D TYR 20 G TYR 20 HELX_P D TYR 25 G TYR 25 1 79 6 D PRO 49 G PRO 49 HELX_P D GLU 60 G GLU 60 1 80 12 D VAL 69 G VAL 69 HELX_P D THR 75 G THR 75 5 81 7 D ASN 76 G ASN 76 HELX_P D LYS 81 G LYS 81 1 82 6 D PRO 104 G PRO 104 HELX_P D PHE 108 G PHE 108 5 83 5 D SER 112 G SER 112 HELX_P D VAL 121 G VAL 121 1 84 10 D ASN 123 G ASN 123 HELX_P D PHE 127 G PHE 127 5 85 5 D PRO 141 G PRO 141 HELX_P D LYS 146 G LYS 146 1 86 6 D GLY 154 G GLY 154 HELX_P D ASN 163 G ASN 163 1 87 10 D SER 181 G SER 181 HELX_P D ARG 194 G ARG 194 1 88 14 D ARG 213 G ARG 213 HELX_P D GLY 233 G GLY 233 1 89 21 D THR 246 G THR 246 HELX_P D GLY 261 G GLY 261 1 90 16 D TYR 269 G TYR 269 HELX_P D GLY 273 G GLY 273 1 91 5 D GLY 273 G GLY 273 HELX_P D GLY 288 G GLY 288 1 92 16 D MET 297 G MET 297 HELX_P D ARG 303 G ARG 303 1 93 7 D HIS 310 G HIS 310 HELX_P D GLY 322 G GLY 322 1 94 13 D GLU 338 G GLU 338 HELX_P D ASP 351 G ASP 351 1 95 14 D ASP 357 G ASP 357 HELX_P D GLY 361 G GLY 361 5 96 5 D HIS 383 G HIS 383 HELX_P D TRP 385 G TRP 385 5 97 3 D HIS 386 G HIS 386 HELX_P D GLY 395 G GLY 395 1 98 10 D GLY 403 G GLY 403 HELX_P D GLY 408 G GLY 408 1 99 6 D GLY 412 G GLY 412 HELX_P D GLU 433 G GLU 433 1 100 22 D ASP 436 G ASP 436 HELX_P D LYS 450 G LYS 450 1 101 15 D SER 452 G SER 452 HELX_P D LYS 463 G LYS 463 1 102 12 V THR 22 H THR 22 HELX_P V ASN 36 H ASN 36 1 103 15 V ASP 79 H ASP 79 HELX_P V TYR 94 H TYR 94 1 104 16 disulf 2.547 A CYS 247 A SG CYS 247 1_555 C CYS 247 E SG CYS 247 3_555 disulf 2.060 B CYS 247 C SG CYS 247 1_555 B CYS 247 C SG CYS 247 3_555 disulf 2.094 D CYS 247 G SG CYS 247 1_555 D CYS 247 G SG CYS 247 3_555 covale 1.329 both A THR 200 A C THR 200 1_555 A KCX 201 A N KCX 201 1_555 covale 1.333 both A KCX 201 A C KCX 201 1_555 A ASP 202 A N ASP 202 1_555 covale 1.328 both S MME 1 B C MME 1 1_555 S LYS 2 B N LYS 2 1_555 covale 1.327 both B THR 200 C C THR 200 1_555 B KCX 201 C N KCX 201 1_555 covale 1.330 both B KCX 201 C C KCX 201 1_555 B ASP 202 C N ASP 202 1_555 covale 1.331 both T MME 1 D C MME 1 1_555 T LYS 2 D N LYS 2 1_555 covale 1.328 both C THR 200 E C THR 200 1_555 C KCX 201 E N KCX 201 1_555 covale 1.333 both C KCX 201 E C KCX 201 1_555 C ASP 202 E N ASP 202 1_555 covale 1.329 both U MME 1 F C MME 1 1_555 U LYS 2 F N LYS 2 1_555 covale 1.327 both D THR 200 G C THR 200 1_555 D KCX 201 G N KCX 201 1_555 covale 1.331 both D KCX 201 G C KCX 201 1_555 D ASP 202 G N ASP 202 1_555 covale 1.327 both V MME 1 H C MME 1 1_555 V LYS 2 H N LYS 2 1_555 metalc 2.082 A KCX 201 A OQ2 KCX 201 1_555 A MG 476 I MG MG 1_555 metalc 2.050 A ASP 203 A OD1 ASP 203 1_555 A MG 476 I MG MG 1_555 metalc 2.029 A GLU 204 A OE1 GLU 204 1_555 A MG 476 I MG MG 1_555 metalc 2.251 A MG 476 I MG MG 1_555 A CAP 501 J O6 CAP 1_555 metalc 2.216 A MG 476 I MG MG 1_555 A CAP 501 J O3 CAP 1_555 metalc 2.341 A MG 476 I MG MG 1_555 A CAP 501 J O2 CAP 1_555 metalc 2.189 B KCX 201 C OQ2 KCX 201 1_555 B MG 476 K MG MG 1_555 metalc 2.043 B ASP 203 C OD1 ASP 203 1_555 B MG 476 K MG MG 1_555 metalc 2.029 B GLU 204 C OE1 GLU 204 1_555 B MG 476 K MG MG 1_555 metalc 2.146 B MG 476 K MG MG 1_555 B CAP 501 L O6 CAP 1_555 metalc 2.256 B MG 476 K MG MG 1_555 B CAP 501 L O3 CAP 1_555 metalc 2.368 B MG 476 K MG MG 1_555 B CAP 501 L O2 CAP 1_555 metalc 2.099 C KCX 201 E OQ2 KCX 201 1_555 C MG 476 M MG MG 1_555 metalc 2.014 C ASP 203 E OD1 ASP 203 1_555 C MG 476 M MG MG 1_555 metalc 2.052 C GLU 204 E OE1 GLU 204 1_555 C MG 476 M MG MG 1_555 metalc 2.328 C MG 476 M MG MG 1_555 C CAP 501 N O2 CAP 1_555 metalc 2.248 C MG 476 M MG MG 1_555 C CAP 501 N O6 CAP 1_555 metalc 2.240 C MG 476 M MG MG 1_555 C CAP 501 N O3 CAP 1_555 metalc 2.108 D KCX 201 G OQ2 KCX 201 1_555 D MG 476 O MG MG 1_555 metalc 2.061 D ASP 203 G OD1 ASP 203 1_555 D MG 476 O MG MG 1_555 metalc 2.095 D GLU 204 G OE1 GLU 204 1_555 D MG 476 O MG MG 1_555 metalc 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