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Granzin, J. http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic 4 90.00 90.00 90.00 74.179 62.596 101.906 C3 H7 N O2 89.093 y ALANINE L-peptide linking C6 H15 N4 O2 1 175.209 y ARGININE L-peptide linking C4 H8 N2 O3 132.118 y ASPARAGINE L-peptide linking C4 H7 N O4 133.103 y ASPARTIC ACID L-peptide linking C3 H7 N O2 S 121.158 y CYSTEINE L-peptide linking C8 H18 N2 O4 S 238.305 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID HEPES non-polymer C5 H10 N2 O3 146.144 y GLUTAMINE L-peptide linking C5 H9 N O4 147.129 y GLUTAMIC ACID L-peptide linking C2 H5 N O2 75.067 y GLYCINE peptide linking C6 H10 N3 O2 1 156.162 y HISTIDINE L-peptide linking H2 O 18.015 WATER non-polymer C6 H13 N O2 131.173 y ISOLEUCINE L-peptide linking C6 H13 N O2 131.173 y LEUCINE L-peptide linking C6 H15 N2 O2 1 147.195 y LYSINE L-peptide linking C5 H11 N O2 S 149.211 y METHIONINE L-peptide linking C9 H11 N O2 165.189 y PHENYLALANINE L-peptide linking C5 H9 N O2 115.130 y PROLINE L-peptide linking C3 H7 N O3 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N H N 189 N H N 190 N H N 191 N O N 192 N H N 193 N H N 194 N N N 195 S C N 196 N C N 197 N O N 198 S C N 199 N C N 200 N C N 201 N C N 202 N O N 203 N H N 204 N H N 205 N H N 206 N H N 207 N H N 208 N H N 209 N H N 210 N H N 211 N H N 212 N H N 213 N H N 214 N H N 215 N H N 216 N N N 217 S C N 218 N C N 219 N O N 220 N C N 221 N C N 222 N C N 223 N C N 224 N O N 225 N H N 226 N H N 227 N H N 228 N H N 229 N H N 230 N H N 231 N H N 232 N H N 233 N H N 234 N H N 235 N H N 236 N H N 237 N H N 238 N N N 239 S C N 240 N C N 241 N O N 242 N C N 243 N C N 244 N C N 245 N C N 246 N N N 247 N O N 248 N H N 249 N H N 250 N H N 251 N H N 252 N H N 253 N H N 254 N H N 255 N H N 256 N H N 257 N H N 258 N H N 259 N H N 260 N H N 261 N H N 262 N H N 263 N N N 264 S C N 265 N C N 266 N O N 267 N C N 268 N C N 269 N S N 270 N C N 271 N O N 272 N H N 273 N H N 274 N H N 275 N H N 276 N H N 277 N H N 278 N H N 279 N H N 280 N H N 281 N H N 282 N H N 283 N N N 284 S C N 285 N C N 286 N O N 287 N C Y 288 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sing N 56 N sing N 57 N sing N 58 N sing N 59 N sing N 60 N sing N 61 N doub N 62 N sing N 63 N sing N 64 N sing N 65 N sing N 66 N doub N 67 N sing N 68 N sing N 69 N sing N 70 N sing N 71 N sing N 72 N sing N 73 N sing N 74 N sing N 75 N sing N 76 N doub N 77 N sing N 78 N sing N 79 N sing N 80 N sing N 81 N sing N 82 N sing N 83 N sing N 84 N sing N 85 N sing N 86 N sing N 87 N sing N 88 N sing N 89 N sing N 90 N sing N 91 N sing N 92 N sing N 93 N sing N 94 N sing N 95 N sing N 96 N sing N 97 N sing N 98 N sing N 99 N sing N 100 N sing N 101 N sing N 102 N sing N 103 N sing N 104 N sing N 105 N sing N 106 N sing N 107 N sing N 108 N sing N 109 N sing N 110 N sing N 111 N sing N 112 N doub N 113 N doub N 114 N sing N 115 N sing N 116 N sing N 117 N sing N 118 N sing N 119 N sing N 120 N sing N 121 N sing N 122 N doub N 123 N sing N 124 N sing N 125 N sing N 126 N sing N 127 N sing N 128 N sing N 129 N sing N 130 N doub N 131 N sing N 132 N sing N 133 N sing N 134 N sing N 135 N sing N 136 N sing N 137 N sing N 138 N sing N 139 N sing N 140 N sing N 141 N doub N 142 N sing N 143 N sing N 144 N sing N 145 N sing N 146 N sing N 147 N sing N 148 N sing N 149 N doub N 150 N sing N 151 N sing N 152 N sing N 153 N sing N 154 N sing N 155 N sing N 156 N sing N 157 N sing N 158 N sing N 159 N doub N 160 N sing N 161 N sing N 162 N sing N 163 N sing N 164 N sing N 165 N sing N 166 N sing N 167 N sing N 168 N doub N 169 N sing N 170 N sing N 171 N sing N 172 N sing Y 173 N sing Y 174 N doub Y 175 N doub N 176 N sing Y 177 N sing N 178 N sing Y 179 N sing N 180 N sing N 181 N sing N 182 N sing N 183 N sing N 184 N sing N 185 N sing N 186 N sing N 187 N sing N 188 N sing N 189 N sing N 190 N sing N 191 N doub N 192 N sing N 193 N sing N 194 N sing N 195 N sing N 196 N sing N 197 N sing N 198 N sing N 199 N sing N 200 N sing N 201 N sing N 202 N sing N 203 N sing N 204 N sing N 205 N sing N 206 N sing N 207 N sing N 208 N sing N 209 N sing N 210 N sing N 211 N sing N 212 N doub N 213 N sing N 214 N sing N 215 N sing N 216 N sing N 217 N sing N 218 N sing N 219 N sing N 220 N sing N 221 N sing N 222 N sing N 223 N sing N 224 N sing N 225 N sing N 226 N sing N 227 N sing N 228 N sing N 229 N sing N 230 N sing N 231 N sing N 232 N sing N 233 N doub N 234 N sing N 235 N sing N 236 N sing N 237 N sing N 238 N sing N 239 N sing N 240 N sing N 241 N sing N 242 N sing N 243 N sing N 244 N sing N 245 N sing N 246 N sing N 247 N sing N 248 N sing N 249 N sing N 250 N sing N 251 N sing N 252 N sing N 253 N sing N 254 N sing N 255 N sing N 256 N sing N 257 N doub N 258 N sing N 259 N sing N 260 N sing N 261 N sing N 262 N sing N 263 N sing N 264 N sing N 265 N sing N 266 N sing N 267 N sing N 268 N sing N 269 N sing N 270 N sing N 271 N sing N 272 N sing N 273 N sing N 274 N sing N 275 N sing N 276 N doub N 277 N sing N 278 N sing N 279 N sing N 280 N sing Y 281 N doub Y 282 N sing Y 283 N sing N 284 N sing Y 285 N doub N 286 N sing Y 287 N doub N 288 N sing Y 289 N sing 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JMOBAK 0070 0022-2836 322 1053 1064 10.1016/S0022-2836(02)00886-0 12367528 An alternative mechanism for amidase signature enzymes 2002 DK Acta Crystallogr.,Sect.D ABCRE6 0766 0907-4449 58 333 335 10.1107/S0907444901020248 Crystallization and preliminary X-ray data of the recombinant peptide amidase from Stenotrophomonas maltophilia 2002 GW Appl.Microbiol.Biotechnol. AMBIDG 0786 0175-7598 44 393 398 10.1007/s002530050572 Purification and characterisation of a newly screened microbial peptide amidase 1995 10.2210/pdb1m22/pdb pdb_00001m22 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 0.00000 0.00000 100 1 CCD 2001-07-12 MARRESEARCH diamond(111), Ge(220) SINGLE WAVELENGTH M x-ray 1 0.934 1.0 ID14-1 ESRF 0.934 SYNCHROTRON ESRF BEAMLINE ID14-1 53545.301 peptide amidase 3.5.1.- 2 man polymer 238.305 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID 2 syn non-polymer 18.015 water 1149 nat water PAM no no SRNVPFPYAETDVADLQARMTAGELDSTTLTQAYLQRIAALDRTGPRLRAVIELNPDALKEAAERDRERRDGRLRGPLHG IPLLLKDNINAAPMATSAGSLALQGFRPDDAYLVRRLRDAGAVVLGKTNLSEWANFRGNDSISGWSARGGQTRNPYRISH SPCGSSSGSAVAVAANLASVAIGTETDGSIVCPAAINGVVGLKPTVGLVSRDGIIPISFSQDTAGPMARSVADAAAVLTA IAGRDDADPATATMPGRAVYDYTARLDPQGLRGKRIGLLQTPLLKYRGMPPLIEQAATELRRAGAVVVPVELPNQGAWAE AERTLLLYEFKAGLERYFNTHRAPLRSLADLIAFNQAHSKQELGLFGQELLVEADATAGLADPAYIRARSDARRLAGPEG IDAALAAHQLDALVAPTTGVAWPIRSEGDDFPGESYSAAAVAGYPSLTVPMGQIDGLPVGLLFMGTAWSEPKLIEMAYAY EQRTRARRPPHFDTDALIDAGEP SRNVPFPYAETDVADLQARMTAGELDSTTLTQAYLQRIAALDRTGPRLRAVIELNPDALKEAAERDRERRDGRLRGPLHG IPLLLKDNINAAPMATSAGSLALQGFRPDDAYLVRRLRDAGAVVLGKTNLSEWANFRGNDSISGWSARGGQTRNPYRISH SPCGSSSGSAVAVAANLASVAIGTETDGSIVCPAAINGVVGLKPTVGLVSRDGIIPISFSQDTAGPMARSVADAAAVLTA IAGRDDADPATATMPGRAVYDYTARLDPQGLRGKRIGLLQTPLLKYRGMPPLIEQAATELRRAGAVVVPVELPNQGAWAE AERTLLLYEFKAGLERYFNTHRAPLRSLADLIAFNQAHSKQELGLFGQELLVEADATAGLADPAYIRARSDARRLAGPEG IDAALAAHQLDALVAPTTGVAWPIRSEGDDFPGESYSAAAVAGYPSLTVPMGQIDGLPVGLLFMGTAWSEPKLIEMAYAY EQRTRARRPPHFDTDALIDAGEP A,B polypeptide(L) n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n Stenotrophomonas Escherichia sample 40324 Stenotrophomonas maltophilia 562 Escherichia coli plasmid pEK06 1 2.21 44.29 vapour diffusion, sitting drop 7.5 PEG6000, Hepes Glycerine Sodium Azide, pH 7.5, vapour diffusion, sitting drop, temperature 289K 289 pdbx_distant_solvent_atoms pdbx_struct_assembly pdbx_struct_assembly_gen pdbx_unobs_or_zero_occ_residues 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B B NE CZ NH1 ARG ARG ARG 102 102 102 N 1 7.65 0.50 120.30 127.95 B B B NE CZ NH2 ARG ARG ARG 102 102 102 N 1 10.85 1.40 123.60 134.45 B B B CD NE CZ ARG ARG ARG 194 194 194 N 1 -7.06 0.50 120.30 113.24 B B B NE CZ NH1 ARG ARG ARG 194 194 194 N 1 6.96 0.50 120.30 127.26 B B B NE CZ NH2 ARG ARG ARG 194 194 194 N 1 A GLU 47 59.25 19.62 1 A THR 81 -127.83 -167.13 1 A ARG 110 -119.60 67.82 1 A ASP 124 -72.46 24.25 1 A ALA 128 -160.86 107.08 1 A ARG 194 -167.65 99.18 1 A CYS 200 65.18 -160.96 1 A SER 203 -93.42 51.97 1 A ASP 224 -158.89 88.94 1 A ILE 254 -134.32 -64.75 1 A THR 455 -166.85 -168.82 1 A ARG 462 -74.62 26.14 1 B GLU 47 59.09 19.69 1 B THR 81 -127.70 -167.14 1 B ARG 110 -119.58 67.87 1 B ASP 124 -72.32 24.18 1 B ALA 128 -160.96 106.98 1 B ARG 194 -166.30 99.33 1 B CYS 200 65.36 -161.37 1 B SER 203 -66.38 45.85 1 B ASP 224 -158.67 88.75 1 B ILE 254 -134.03 -64.98 1 B THR 455 -166.78 -168.80 1 B ARG 462 -74.59 26.13 PROTEIN_REP.PARAM PROTEIN.TOP EPE_XPLOR_PARAM EPE_XPLOR_TOP WATER_REP.PARAM WATER.TOP 15.1 0.08 0.00 0.00 -0.35 0.00 0.27 0.1990000 0.002 0.1880000 0.1880000 1.40 79 8947 182206 182174 4.9 99.0 RANDOM 1 RESTRAINED THROUGHOUT 0.0 MIRAS Engh & Huber FLAT MODEL 44.5075 0.380289 0.16 0.15 5.00 0.07 0.07 1.40 79 1149 8477 30 0 7298 0.006 1.4 22.7 0.92 1.19 1.50 1.78 2.00 2.21 2.00 3.20 2.50 1 CONSTR 1 X-RAY DIFFRACTION 0.2600000 0.007 0.2500000 1.49 1481 28014 6 5.0 96.9 11.9 1.4 79 1M22 182206 182206 0 0 0.1030000 1 7.8 3.9 99.3 0.1690000 1.4 1.49 5.1 95.0 data reduction MOSFLM data scaling SCALA phasing MLPHARE refinement CNS 1.0 data scaling CCP4 (SCALA) X-ray structure of native peptide amidase from Stenotrophomonas maltophilia at 1.4 A 1 N N 1 N N 2 N N 2 N N 3 N N 3 N N the biological unit is the monomer A ASP 49 A ASP 12 HELX_P A ALA 59 A ALA 22 1 1 11 A ASP 63 A ASP 26 HELX_P A ASP 79 A ASP 42 1 2 17 A ASP 94 A ASP 57 HELX_P A ASP 108 A ASP 71 1 3 15 A SER 137 A SER 100 HELX_P A GLN 141 A GLN 104 5 4 5 A ALA 148 A ALA 111 HELX_P A ALA 157 A ALA 120 1 5 10 A SER 168 A SER 131 HELX_P A PHE 173 A PHE 136 1 6 6 A SER 203 A SER 166 HELX_P A ALA 212 A ALA 175 1 7 10 A ILE 227 A ILE 190 HELX_P A ASN 234 A ASN 197 1 8 8 A SER 267 A SER 230 HELX_P A ALA 279 A ALA 242 1 9 13 A ASP 285 A ASP 248 HELX_P A MET 291 A MET 254 5 10 7 A ASP 298 A ASP 261 HELX_P A LEU 303 A LEU 266 5 11 6 A THR 318 A THR 281 HELX_P A TYR 323 A TYR 286 5 12 6 A GLY 325 A GLY 288 HELX_P A ALA 340 A ALA 303 1 13 16 A TRP 355 A TRP 318 HELX_P A HIS 378 A HIS 341 1 14 24 A SER 384 A SER 347 HELX_P A HIS 395 A HIS 358 1 15 12 A HIS 395 A HIS 358 HELX_P A LEU 400 A LEU 363 1 16 6 A GLN 405 A GLN 368 HELX_P A ALA 413 A ALA 376 1 17 9 A ASP 419 A ASP 382 HELX_P A GLY 434 A GLY 397 1 18 16 A GLY 437 A GLY 400 HELX_P A HIS 445 A HIS 408 1 19 9 A SER 472 A SER 435 HELX_P A GLY 480 A GLY 443 1 20 9 A SER 506 A SER 469 HELX_P A ARG 522 A ARG 485 1 21 17 B ASP 49 B ASP 12 HELX_P B ALA 59 B ALA 22 1 22 11 B ASP 63 B ASP 26 HELX_P B ASP 79 B ASP 42 1 23 17 B ASP 94 B ASP 57 HELX_P B ASP 108 B ASP 71 1 24 15 B SER 137 B SER 100 HELX_P B GLN 141 B GLN 104 5 25 5 B ALA 148 B ALA 111 HELX_P B ALA 157 B ALA 120 1 26 10 B SER 168 B SER 131 HELX_P B PHE 173 B PHE 136 1 27 6 B SER 203 B SER 166 HELX_P B ALA 212 B ALA 175 1 28 10 B ILE 227 B ILE 190 HELX_P B ASN 234 B ASN 197 1 29 8 B SER 267 B SER 230 HELX_P B ALA 279 B ALA 242 1 30 13 B ASP 285 B ASP 248 HELX_P B MET 291 B MET 254 5 31 7 B ASP 298 B ASP 261 HELX_P B LEU 303 B LEU 266 5 32 6 B THR 318 B THR 281 HELX_P B TYR 323 B TYR 286 5 33 6 B GLY 325 B GLY 288 HELX_P B ALA 340 B ALA 303 1 34 16 B TRP 355 B TRP 318 HELX_P B HIS 378 B HIS 341 1 35 24 B SER 384 B SER 347 HELX_P B HIS 395 B HIS 358 1 36 12 B HIS 395 B HIS 358 HELX_P B LEU 400 B LEU 363 1 37 6 B GLN 405 B GLN 368 HELX_P B ALA 413 B ALA 376 1 38 9 B ASP 419 B ASP 382 HELX_P B GLY 434 B GLY 397 1 39 16 B GLY 437 B GLY 400 HELX_P B HIS 445 B HIS 408 1 40 9 B SER 472 B SER 435 HELX_P B GLY 480 B GLY 443 1 41 9 B SER 506 B SER 469 HELX_P B ARG 522 B ARG 485 1 42 17 HYDROLASE eleven-stranded beta sheet, covered double layers of alpha helices on top and bottom, HYDROLASE A ALA 129 A ALA 92 1 A PRO 130 A PRO 93 0.13 A GLY 201 A GLY 164 1 A SER 202 A SER 165 6.40 B ALA 129 B ALA 92 1 B PRO 130 B PRO 93 -0.06 B GLY 201 B GLY 164 1 B SER 202 B SER 165 8.54 Q8RJN5_XANMA UNP 1 38 Q8RJN5 SRNVPFPYAETDVADLQARMTAGELDSTTLTQAYLQRIAALDRTGPRLRAVIELNPDALKEAAERDRERRDGRLRGPLHG IPLLLKDNINAAPMATSAGSLALQGFRPDDAYLVRRLRDAGAVVLGKTNLSEWANFRGNDSISGWSARGGQTRNPYRISH SPCGSSSGSAVAVAANLASVAIGTETDGSIVCPAAINGVVGLKPTVGLVSRDGIIPISFSQDTAGPMARSVADAAAVLTA IAGRDDADPATATMPGRAVYDYTARLDPQGLRGKRIGLLQTPLLKYRGMPPLIEQAATELRRAGAVVVPVELPNQGAWAE AERTLLLYEFKAGLERYFNTHRAPLRSLADLIAFNQAHSKQELGLFGQELLVEADATAGLADPAYIRARSDARRLAGPEG IDAALAAHQLDALVAPTTGVAWPIRSEGDDFPGESYSAAAVAGYPSLTVPMGQIDGLPVGLLFMGTAWSEPKLIEMAYAY EQRTRARRPPHFDTDALIDAGEP 38 540 1M22 38 540 Q8RJN5 A 1 1 503 38 540 1M22 38 540 Q8RJN5 B 1 1 503 11 2 11 2 anti-parallel parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel parallel anti-parallel anti-parallel parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel parallel anti-parallel A VAL 88 A VAL 51 A LEU 91 A LEU 54 A VAL 160 A VAL 123 A THR 165 A THR 128 A PRO 119 A PRO 82 A LYS 123 A LYS 86 A VAL 217 A VAL 180 A GLU 222 A GLU 185 A THR 260 A THR 223 A ALA 265 A ALA 228 A VAL 237 A VAL 200 A LYS 240 A LYS 203 A SER 483 A SER 446 A ILE 491 A ILE 454 A LEU 494 A LEU 457 A MET 501 A MET 464 A ALA 449 A ALA 412 A PRO 453 A PRO 416 A ARG 312 A ARG 275 A LEU 316 A LEU 279 A VAL 343 A VAL 306 A VAL 347 A VAL 310 A TRP 182 A TRP 145 A SER 183 A SER 146 A GLY 187 A GLY 150 A GLN 188 A GLN 151 B VAL 88 B VAL 51 B LEU 91 B LEU 54 B VAL 160 B VAL 123 B THR 165 B THR 128 B PRO 119 B PRO 82 B LYS 123 B LYS 86 B VAL 217 B VAL 180 B GLU 222 B GLU 185 B THR 260 B THR 223 B ALA 265 B ALA 228 B VAL 237 B VAL 200 B LYS 240 B LYS 203 B SER 483 B SER 446 B ILE 491 B ILE 454 B LEU 494 B LEU 457 B MET 501 B MET 464 B ALA 449 B ALA 412 B PRO 453 B PRO 416 B ARG 312 B ARG 275 B LEU 316 B LEU 279 B VAL 343 B VAL 306 B VAL 347 B VAL 310 B TRP 182 B TRP 145 B SER 183 B SER 146 B GLY 187 B GLY 150 B GLN 188 B GLN 151 BINDING SITE FOR RESIDUE EPE A 2001 A EPE 2001 Software 11 BINDING SITE FOR RESIDUE EPE B 3001 B EPE 3001 Software 9 A ARG 248 A ARG 211 11 1_555 A PHE 256 A PHE 219 11 1_555 A ASP 285 A ASP 248 11 1_555 A PRO 286 A PRO 249 11 1_555 A ALA 287 A ALA 250 11 1_555 A LEU 417 A LEU 380 11 1_555 A HOH 2192 E HOH 11 1_555 A HOH 2199 E HOH 11 1_555 A HOH 2335 E HOH 11 1_555 A HOH 2432 E HOH 11 1_555 A HOH 2601 E HOH 11 1_555 B ARG 248 B ARG 211 9 1_555 B PHE 256 B PHE 219 9 1_555 B ASP 285 B ASP 248 9 1_555 B PRO 286 B PRO 249 9 1_555 B ALA 287 B ALA 250 9 1_555 B HOH 3204 F HOH 9 1_555 B HOH 3211 F HOH 9 1_555 B HOH 3243 F HOH 9 1_555 B HOH 3441 F HOH 9 1_555 4 P 1 21 1