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610
M
C57
LI1
1
1
N
1
A
C58
LI1
610
M
C58
LI1
1
1
N
1
A
C59
LI1
610
M
C59
LI1
1
1
N
1
A
C60
LI1
610
M
C60
LI1
1
1
N
1
A
C11
LI1
610
M
C11
LI1
1
1
N
1
A
C12
LI1
610
M
C12
LI1
1
1
N
1
A
C13
LI1
610
M
C13
LI1
1
1
N
1
A
C14
LI1
610
M
C14
LI1
1
1
N
1
A
C15
LI1
610
M
C15
LI1
1
1
N
1
A
C16
LI1
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M
C16
LI1
1
1
N
1
A
C17
LI1
610
M
C17
LI1
1
1
N
1
A
C18
LI1
610
M
C18
LI1
1
1
N
1
A
C19
LI1
610
M
C19
LI1
1
1
N
1
A
C20
LI1
610
M
C20
LI1
1
1
N
1
A
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LI1
610
M
C21
LI1
1
1
N
1
A
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LI1
610
M
C22
LI1
1
1
N
1
A
C23
LI1
610
M
C23
LI1
1
1
N
1
A
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LI1
610
M
C24
LI1
1
1
N
1
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LI1
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M
C25
LI1
1
1
N
1
A
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LI1
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M
C26
LI1
1
1
N
1
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LI1
610
M
C27
LI1
1
1
N
1
A
C28
LI1
610
M
C28
LI1
1
1
N
1
A
C29
LI1
610
M
C29
LI1
1
1
N
1
A
C30
LI1
610
M
C30
LI1
1
1
N
1
A
GLN
1
A
GLN
1
1
Y
1
A
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2
A
ALA
2
1
Y
1
A
GLN
3
A
GLN
3
1
Y
1
A
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65
A
GLY
65
1
Y
1
A
LEU
66
A
LEU
66
1
Y
1
A
THR
67
A
THR
67
1
Y
1
A
MET
68
A
MET
68
1
Y
1
A
VAL
69
A
VAL
69
1
Y
1
A
PRO
70
A
PRO
70
1
Y
1
A
PHE
71
A
PHE
71
1
Y
1
A
GLY
72
A
GLY
72
1
Y
1
A
GLY
73
A
GLY
73
1
Y
1
A
GLU
74
A
GLU
74
1
Y
1
A
GLN
75
A
GLN
75
1
Y
1
A
ASN
76
A
ASN
76
1
Y
1
A
PRO
77
A
PRO
77
1
Y
1
A
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233
A
ALA
233
1
Y
1
A
GLU
234
A
GLU
234
1
Y
1
A
ALA
235
A
ALA
235
1
Y
1
A
PRO
236
A
PRO
236
1
Y
1
A
GLU
237
A
GLU
237
1
Y
1
A
PRO
238
A
PRO
238
1
Y
1
A
SER
239
A
SER
239
1
Y
1
A
ALA
240
A
ALA
240
1
Y
1
A
GLY
241
A
GLY
241
1
Y
1
A
ASP
242
A
ASP
242
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Y
1
A
GLY
243
A
GLY
243
1
Y
1
A
ALA
244
A
ALA
244
1
Y
1
A
ALA
245
A
ALA
245
1
Y
1
A
ALA
246
A
ALA
246
1
Y
1
A
THR
247
A
THR
247
1
Y
1
A
SER
248
A
SER
248
1
Y
1
A
ASP
249
A
ASP
249
1
Y
1
A
SER
132
73.84
-47.77
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ret.par
water.param
li1.par
ion.param
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0.000
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12.0
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15316
random
1
0
MOLECULAR REPLACEMENT
pdb entry 1KGB
0.25
0.23
5
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0.08
2.0
12.0
49
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81
0
1689
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1.5
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2.0
2.144
2.0
3.018
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2
60
1MGY
16336
16336
0
0
1
94.2
2
2.07
89.8
data reduction
MOSFLM
data scaling
SCALA
refinement
CNS
data scaling
CCP4
(SCALA)
phasing
CNS
Structure of the D85S mutant of bacteriorhodopsin with bromide bound
1
N
N
2
N
N
2
N
N
3
N
N
4
N
N
5
N
N
5
N
N
5
N
N
5
N
N
5
N
N
5
N
N
5
N
N
5
N
N
6
N
N
A
ARG
7
A
ARG
7
HELX_P
A
MET
32
A
MET
32
1
1
26
A
ASP
36
A
ASP
36
HELX_P
A
TYR
64
A
TYR
64
1
2
29
A
TYR
79
A
TYR
79
HELX_P
A
ASP
102
A
ASP
102
1
3
24
A
ASP
104
A
ASP
104
HELX_P
A
THR
128
A
THR
128
1
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25
A
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132
A
SER
132
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A
PHE
154
A
PHE
154
1
5
23
A
PHE
154
A
PHE
154
HELX_P
A
SER
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A
SER
162
1
6
9
A
ARG
164
A
ARG
164
HELX_P
A
GLY
192
A
GLY
192
1
7
29
A
PRO
200
A
PRO
200
HELX_P
A
ARG
225
A
ARG
225
1
8
26
A
SER
226
A
SER
226
HELX_P
A
PHE
230
A
PHE
230
5
9
5
covale
1.282
one
A
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216
A
NZ
LYS
216
1_555
A
RET
301
E
C15
RET
1_555
PROTON TRANSPORT
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BACR_HALN1
UNP
1
14
P02945
QAQITGRPEWIWLALGTALMGLGTLYFLVKGMGVSDPDAKKFYAITTLVPAIAFTMYLSMLLGYGLTMVPFGGEQNPIYW
ARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADQGTILALVGADGIMIGTGLVGALTKVYSYRFVWWAISTAAMLYILYVLFFGFTSKA
ESMRPEVASTFKVLRNVTVVLWSAYPVVWLIGSEGAGIVPLNIETLLFMVLDVSAKVGFGLILLRSRAIFGEAEAPEPSA
GDGAAATSD
14
262
1MGY
1
249
P02945
A
1
1
249
1
ASP
engineered mutation
SER
85
1MGY
A
P02945
UNP
98
85
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A
BR
901
Software
3
BINDING SITE FOR RESIDUE BR A 902
A
BR
902
Software
4
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A
K
802
Software
2
BINDING SITE FOR RESIDUE RET A 301
A
RET
301
Software
11
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A
LI1
601
Software
3
BINDING SITE FOR RESIDUE LI1 A 602
A
LI1
602
Software
1
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A
LI1
603
Software
2
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A
LI1
605
Software
1
BINDING SITE FOR RESIDUE LI1 A 608
A
LI1
608
Software
6
A
SER
85
A
SER
85
3
1_555
A
ASP
212
A
ASP
212
3
1_555
A
LYS
216
A
LYS
216
3
1_555
A
ASP
104
A
ASP
104
4
1_555
A
THR
107
A
THR
107
4
1_555
A
LYS
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A
LYS
159
4
1_555
A
HOH
540
N
HOH
4
1_555
A
SER
35
A
SER
35
2
1_555
A
PHE
230
A
PHE
230
2
1_555
A
TRP
86
A
TRP
86
11
1_555
A
THR
89
A
THR
89
11
1_555
A
THR
90
A
THR
90
11
1_555
A
MET
118
A
MET
118
11
1_555
A
TRP
138
A
TRP
138
11
1_555
A
SER
141
A
SER
141
11
1_555
A
TRP
182
A
TRP
182
11
1_555
A
TYR
185
A
TYR
185
11
1_555
A
TRP
189
A
TRP
189
11
1_555
A
ASP
212
A
ASP
212
11
1_555
A
LYS
216
A
LYS
216
11
1_555
A
GLN
105
A
GLN
105
3
1_555
A
ILE
108
A
ILE
108
3
1_555
A
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199
A
VAL
199
3
8_556
A
MET
56
A
MET
56
1
1_555
A
SER
132
A
SER
132
2
8_556
A
TYR
133
A
TYR
133
2
6_555
A
LYS
40
A
LYS
40
1
8_456
A
THR
5
A
THR
5
6
1_555
A
TRP
10
A
TRP
10
6
1_555
A
ALA
18
A
ALA
18
6
1_555
A
LEU
109
A
LEU
109
6
6_555
A
ASN
202
A
ASN
202
6
3_556
A
ILE
203
A
ILE
203
6
3_556
20
C 2 2 21