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0.000000
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Zhu, X.
Wilson, I.A.
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90.00
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64.072
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89.093
y
ALANINE
L-peptide linking
C6 H15 N4 O2 1
175.209
y
ARGININE
L-peptide linking
C4 H8 N2 O3
132.118
y
ASPARAGINE
L-peptide linking
C4 H7 N O4
133.103
y
ASPARTIC ACID
L-peptide linking
C7 H6 O2
122.121
BENZOIC ACID
non-polymer
C3 H7 N O2 S
121.158
y
CYSTEINE
L-peptide linking
C5 H10 N2 O3
146.144
y
GLUTAMINE
L-peptide linking
C5 H9 N O4
147.129
y
GLUTAMIC ACID
L-peptide linking
C2 H5 N O2
75.067
y
GLYCINE
peptide linking
C3 H8 O3
92.094
GLYCEROL
GLYCERIN; PROPANE-1,2,3-TRIOL
non-polymer
C6 H10 N3 O2 1
156.162
y
HISTIDINE
L-peptide linking
H2 O
18.015
WATER
non-polymer
C6 H13 N O2
131.173
y
ISOLEUCINE
L-peptide linking
C6 H13 N O2
131.173
y
LEUCINE
L-peptide linking
C6 H15 N2 O2 1
147.195
y
LYSINE
L-peptide linking
C5 H11 N O2 S
149.211
y
METHIONINE
L-peptide linking
C9 H11 N O2
165.189
y
PHENYLALANINE
L-peptide linking
C5 H9 N O2
115.130
y
PROLINE
L-peptide linking
C3 H7 N O3
105.093
y
SERINE
L-peptide linking
C4 H9 N O3
119.119
y
THREONINE
L-peptide linking
C11 H12 N2 O2
204.225
y
TRYPTOPHAN
L-peptide linking
C9 H11 N O3
181.189
y
TYROSINE
L-peptide linking
C5 H11 N O2
117.146
y
VALINE
L-peptide linking
N
1
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N
N
2
S
C
N
3
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C
N
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O
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S
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Y
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C
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N
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S
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569
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HOH
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L
WAT
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5
HOH
HOH
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L
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5
HOH
HOH
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L
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5
HOH
HOH
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WAT
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HOH
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L
WAT
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HOH
HOH
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L
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H
WAT
524
5
HOH
HOH
896
H
WAT
529
5
HOH
HOH
897
H
WAT
531
5
HOH
HOH
898
H
WAT
532
5
HOH
HOH
899
H
WAT
534
5
HOH
HOH
900
H
WAT
541
5
HOH
HOH
901
H
WAT
542
5
HOH
HOH
902
H
WAT
543
5
HOH
HOH
903
H
WAT
544
5
HOH
HOH
904
H
WAT
545
5
HOH
HOH
905
H
WAT
546
5
HOH
HOH
906
H
WAT
548
5
HOH
HOH
907
H
WAT
555
5
HOH
HOH
908
H
WAT
558
5
HOH
HOH
909
H
WAT
559
5
HOH
HOH
910
H
WAT
561
5
HOH
HOH
911
H
WAT
567
5
HOH
HOH
912
H
WAT
571
5
HOH
HOH
913
H
WAT
572
5
HOH
HOH
914
H
WAT
573
5
HOH
HOH
915
H
ASP
1
n
1
ASP
1
L
VAL
2
n
2
VAL
2
L
VAL
3
n
3
VAL
3
L
MET
4
n
4
MET
4
L
THR
5
n
5
THR
5
L
GLN
6
n
6
GLN
6
L
SER
7
n
7
SER
7
L
PRO
8
n
8
PRO
8
L
LYS
9
n
9
LYS
9
L
THR
10
n
10
THR
10
L
ILE
11
n
11
ILE
11
L
SER
12
n
12
SER
12
L
VAL
13
n
13
VAL
13
L
THR
14
n
14
THR
14
L
ILE
15
n
15
ILE
15
L
GLY
16
n
16
GLY
16
L
GLN
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n
17
GLN
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L
PRO
18
n
18
PRO
18
L
ALA
19
n
19
ALA
19
L
SER
20
n
20
SER
20
L
ILE
21
n
21
ILE
21
L
SER
22
n
22
SER
22
L
CYS
23
n
23
CYS
23
L
LYS
24
n
24
LYS
24
L
SER
25
n
25
SER
25
L
SER
26
n
26
SER
26
L
GLN
27
n
27
GLN
27
L
ARG
27
n
28
A
ARG
27
L
LEU
27
n
29
B
LEU
27
L
LEU
27
n
30
C
LEU
27
L
ASN
27
n
31
D
ASN
27
L
SER
27
n
32
E
SER
27
L
ASN
28
n
33
ASN
28
L
GLY
29
n
34
GLY
29
L
LYS
30
n
35
LYS
30
L
THR
31
n
36
THR
31
L
PHE
32
n
37
PHE
32
L
LEU
33
n
38
LEU
33
L
ASN
34
n
39
ASN
34
L
TRP
35
n
40
TRP
35
L
LEU
36
n
41
LEU
36
L
LEU
37
n
42
LEU
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L
GLN
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n
43
GLN
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L
ARG
39
n
44
ARG
39
L
PRO
40
n
45
PRO
40
L
GLY
41
n
46
GLY
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L
GLN
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n
47
GLN
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L
SER
43
n
48
SER
43
L
PRO
44
n
49
PRO
44
L
LYS
45
n
50
LYS
45
L
ARG
46
n
51
ARG
46
L
LEU
47
n
52
LEU
47
L
ILE
48
n
53
ILE
48
L
TYR
49
n
54
TYR
49
L
LEU
50
n
55
LEU
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L
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51
n
56
GLY
51
L
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52
n
57
THR
52
L
LYS
53
n
58
LYS
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L
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n
59
LEU
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L
ASP
55
n
60
ASP
55
L
SER
56
n
61
SER
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L
GLY
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n
62
GLY
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L
VAL
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n
63
VAL
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L
PRO
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n
64
PRO
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L
ASP
60
n
65
ASP
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L
ARG
61
n
66
ARG
61
L
PHE
62
n
67
PHE
62
L
THR
63
n
68
THR
63
L
GLY
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n
69
GLY
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L
SER
65
n
70
SER
65
L
GLY
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n
71
GLY
66
L
SER
67
n
72
SER
67
L
GLY
68
n
73
GLY
68
L
THR
69
n
74
THR
69
L
ASP
70
n
75
ASP
70
L
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71
n
76
PHE
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L
THR
72
n
77
THR
72
L
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n
78
LEU
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L
LYS
74
n
79
LYS
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L
ILE
75
n
80
ILE
75
L
SER
76
n
81
SER
76
L
ARG
77
n
82
ARG
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L
VAL
78
n
83
VAL
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L
GLU
79
n
84
GLU
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L
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80
n
85
ALA
80
L
GLU
81
n
86
GLU
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ASP
82
n
87
ASP
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L
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83
n
88
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L
GLY
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n
89
GLY
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L
VAL
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n
90
VAL
85
L
TYR
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n
91
TYR
86
L
TYR
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n
92
TYR
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L
CYS
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n
93
CYS
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L
TRP
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n
94
TRP
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GLN
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n
95
GLN
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L
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n
96
GLY
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L
THR
92
n
97
THR
92
L
HIS
93
n
98
HIS
93
L
PHE
94
n
99
PHE
94
L
PRO
95
n
100
PRO
95
L
TYR
96
n
101
TYR
96
L
THR
97
n
102
THR
97
L
PHE
98
n
103
PHE
98
L
GLY
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n
104
GLY
99
L
GLY
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n
105
GLY
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L
GLY
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n
106
GLY
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L
THR
102
n
107
THR
102
L
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n
108
LYS
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L
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n
109
LEU
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L
GLU
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n
110
GLU
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L
ILE
106
n
111
ILE
106
L
LYS
107
n
112
LYS
107
L
ARG
108
n
113
ARG
108
L
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109
n
114
ALA
109
L
ASP
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n
115
ASP
110
L
ALA
111
n
116
ALA
111
L
ALA
112
n
117
ALA
112
L
PRO
113
n
118
PRO
113
L
THR
114
n
119
THR
114
L
VAL
115
n
120
VAL
115
L
SER
116
n
121
SER
116
L
ILE
117
n
122
ILE
117
L
PHE
118
n
123
PHE
118
L
PRO
119
n
124
PRO
119
L
PRO
120
n
125
PRO
120
L
SER
121
n
126
SER
121
L
SER
122
n
127
SER
122
L
GLU
123
n
128
GLU
123
L
GLN
124
n
129
GLN
124
L
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125
n
130
LEU
125
L
THR
126
n
131
THR
126
L
SER
127
n
132
SER
127
L
GLY
128
n
133
GLY
128
L
GLY
129
n
134
GLY
129
L
ALA
130
n
135
ALA
130
L
SER
131
n
136
SER
131
L
VAL
132
n
137
VAL
132
L
VAL
133
n
138
VAL
133
L
CYS
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n
139
CYS
134
L
PHE
135
n
140
PHE
135
L
LEU
136
n
141
LEU
136
L
ASN
137
n
142
ASN
137
L
ASN
138
n
143
ASN
138
L
PHE
139
n
144
PHE
139
L
TYR
140
n
145
TYR
140
L
PRO
141
n
146
PRO
141
L
LYS
142
n
147
LYS
142
L
ASP
143
n
148
ASP
143
L
ILE
144
n
149
ILE
144
L
ASN
145
n
150
ASN
145
L
VAL
146
n
151
VAL
146
L
LYS
147
n
152
LYS
147
L
TRP
148
n
153
TRP
148
L
LYS
149
n
154
LYS
149
L
ILE
150
n
155
ILE
150
L
ASP
151
n
156
ASP
151
L
GLY
152
n
157
GLY
152
L
SER
153
n
158
SER
153
L
GLU
154
n
159
GLU
154
L
ARG
155
n
160
ARG
155
L
GLN
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n
161
GLN
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L
ASN
157
n
162
ASN
157
L
GLY
158
n
163
GLY
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L
VAL
159
n
164
VAL
159
L
LEU
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n
165
LEU
160
L
ASN
161
n
166
ASN
161
L
SER
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n
167
SER
162
L
TRP
163
n
168
TRP
163
L
THR
164
n
169
THR
164
L
ASP
165
n
170
ASP
165
L
GLN
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n
171
GLN
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L
ASP
167
n
172
ASP
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L
SER
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n
173
SER
168
L
LYS
169
n
174
LYS
169
L
ASP
170
n
175
ASP
170
L
SER
171
n
176
SER
171
L
THR
172
n
177
THR
172
L
TYR
173
n
178
TYR
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L
SER
174
n
179
SER
174
L
MET
175
n
180
MET
175
L
SER
176
n
181
SER
176
L
SER
177
n
182
SER
177
L
THR
178
n
183
THR
178
L
LEU
179
n
184
LEU
179
L
THR
180
n
185
THR
180
L
LEU
181
n
186
LEU
181
L
THR
182
n
187
THR
182
L
LYS
183
n
188
LYS
183
L
ASP
184
n
189
ASP
184
L
GLU
185
n
190
GLU
185
L
TYR
186
n
191
TYR
186
L
GLU
187
n
192
GLU
187
L
ARG
188
n
193
ARG
188
L
HIS
189
n
194
HIS
189
L
ASN
190
n
195
ASN
190
L
SER
191
n
196
SER
191
L
TYR
192
n
197
TYR
192
L
THR
193
n
198
THR
193
L
CYS
194
n
199
CYS
194
L
GLU
195
n
200
GLU
195
L
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196
n
201
ALA
196
L
THR
197
n
202
THR
197
L
HIS
198
n
203
HIS
198
L
LYS
199
n
204
LYS
199
L
THR
200
n
205
THR
200
L
SER
201
n
206
SER
201
L
THR
202
n
207
THR
202
L
SER
203
n
208
SER
203
L
PRO
204
n
209
PRO
204
L
ILE
205
n
210
ILE
205
L
VAL
206
n
211
VAL
206
L
LYS
207
n
212
LYS
207
L
SER
208
n
213
SER
208
L
PHE
209
n
214
PHE
209
L
ASN
210
n
215
ASN
210
L
ARG
211
n
216
ARG
211
L
ASN
212
n
217
ASN
212
L
GLU
213
n
218
GLU
213
L
CYS
214
n
219
CYS
214
L
ARG
1
n
1
ARG
1
H
VAL
2
n
2
VAL
2
H
GLN
3
n
3
GLN
3
H
LEU
4
n
4
LEU
4
H
GLN
5
n
5
GLN
5
H
GLN
6
n
6
GLN
6
H
SER
7
n
7
SER
7
H
GLY
8
n
8
GLY
8
H
PRO
9
n
9
PRO
9
H
GLY
10
n
10
GLY
10
H
LEU
11
n
11
LEU
11
H
VAL
12
n
12
VAL
12
H
LYS
13
n
13
LYS
13
H
PRO
14
n
14
PRO
14
H
SER
15
n
15
SER
15
H
GLN
16
n
16
GLN
16
H
SER
17
n
17
SER
17
H
LEU
18
n
18
LEU
18
H
SER
19
n
19
SER
19
H
LEU
20
n
20
LEU
20
H
THR
21
n
21
THR
21
H
CYS
22
n
22
CYS
22
H
THR
23
n
23
THR
23
H
VAL
24
n
24
VAL
24
H
THR
25
n
25
THR
25
H
GLY
26
n
26
GLY
26
H
TYR
27
n
27
TYR
27
H
SER
28
n
28
SER
28
H
ILE
29
n
29
ILE
29
H
THR
30
n
30
THR
30
H
SER
31
n
31
SER
31
H
ASP
32
n
32
ASP
32
H
PHE
33
n
33
PHE
33
H
ALA
34
n
34
ALA
34
H
TRP
35
n
35
TRP
35
H
ASN
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n
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A
ASN
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H
TRP
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n
37
TRP
36
H
ILE
37
n
38
ILE
37
H
ARG
38
n
39
ARG
38
H
GLN
39
n
40
GLN
39
H
PHE
40
n
41
PHE
40
H
PRO
41
n
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PRO
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ASN
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n
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n
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n
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GLU
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TRP
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48
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MET
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49
n
50
GLY
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n
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TYR
50
H
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n
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ILE
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H
ASN
52
n
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ASN
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H
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SER
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n
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PHE
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n
73
ASP
72
H
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ASN
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PHE
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n
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H
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GLU
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VAL
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N
1
-3.26
0.50
120.30
117.04
L
L
L
NE
CZ
NH2
ARG
ARG
ARG
108
108
108
N
1
-12.99
2.10
122.30
109.31
L
L
L
C
N
CA
SER
GLY
GLY
127
128
128
Y
1
-9.06
1.40
112.40
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L
L
L
CA
CB
CG2
THR
THR
THR
200
200
200
N
1
3.72
0.50
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124.02
L
L
L
NE
CZ
NH1
ARG
ARG
ARG
211
211
211
N
1
20.97
2.30
115.30
136.27
H
H
H
CA
CB
CG
LEU
LEU
LEU
18
18
18
N
1
-4.71
0.70
120.80
116.09
H
H
H
CB
CG
CD1
PHE
PHE
PHE
40
40
40
N
1
6.99
0.60
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127.99
H
H
H
CB
CG
CD1
TYR
TYR
TYR
50
50
50
N
1
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H
H
H
CG
CD1
CE1
TYR
TYR
TYR
50
50
50
N
1
3.22
0.50
120.30
123.52
H
H
H
NE
CZ
NH1
ARG
ARG
ARG
66
66
66
N
1
7.06
1.10
114.20
121.26
H
H
H
CA
CB
SG
CYS
CYS
CYS
208
208
208
A
A
N
1
4.13
0.50
120.30
124.43
H
H
H
NE
CZ
NH2
ARG
ARG
ARG
228
228
228
N
1
L
LEU
47
-138.78
-63.01
1
H
SER
15
81.00
-5.46
1
H
GLN
16
-92.43
-159.82
1
H
ASP
32
65.66
-33.31
1
H
PRO
41
-38.64
108.33
1
H
SER
65
68.16
-11.12
Initial refinement begun with CNS
0.208
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1.30
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117843
86.0
RANDOM
1
FREE R-VALUE
0.0
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Engh & Huber
MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
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1.32
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69.6
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HKL-2000
data reduction
HKL-2000
phasing
AMoRE
refinement
SHELXL-97
data scaling
HKL-2000
Cationic Cyclization Antibody 4C6 in Complex with Benzoic Acid
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N
N
2
N
N
3
N
N
4
N
N
4
N
N
4
N
N
4
N
N
5
N
N
5
N
N
L
GLU
79
A
GLU
84
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L
LEU
83
A
LEU
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1
5
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A
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HELX_P
L
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126
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L
LYS
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A
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L
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A
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B
PRO
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LYS
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B
LYS
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5
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4
H
THR
83
B
THR
87
HELX_P
H
THR
87
B
THR
91
5
5
5
H
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127
B
VAL
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H
THR
133
B
THR
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H
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B
SER
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H
SER
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B
SER
164
5
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H
SER
196
B
SER
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H
TRP
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B
TRP
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H
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B
PRO
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H
SER
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B
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5
9
4
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23
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L
CYS
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A
SG
CYS
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disulf
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L
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L
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CYS
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H
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CYS
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disulf
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A
A
H
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CYS
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B
SG
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2.020
B
B
H
CYS
142
B
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CYS
146
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H
CYS
208
B
SG
CYS
201
1_555
IMMUNE SYSTEM
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L
SER
7
A
SER
7
1
L
PRO
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A
PRO
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-5.18
L
PHE
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A
PHE
99
1
L
PRO
95
A
PRO
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-9.99
L
TYR
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A
TYR
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1
L
PRO
141
A
PRO
146
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H
PHE
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B
PHE
152
1
H
PRO
149
B
PRO
153
-8.68
H
GLU
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B
GLU
154
1
H
PRO
151
B
PRO
155
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H
TRP
199
B
TRP
194
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H
PRO
200
B
PRO
195
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PDB
1
1NCW
1NCW
PDB
2
1NCW
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1NCW
1
214
1NCW
L
1
1
219
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231
1NCW
1
231
1NCW
H
2
1
222
4
6
4
4
4
4
5
6
4
4
3
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
anti-parallel
L
MET
4
A
MET
4
L
SER
7
A
SER
7
L
ALA
19
A
ALA
19
L
SER
25
A
SER
25
L
ASP
70
A
ASP
75
L
ILE
75
A
ILE
80
L
PHE
62
A
PHE
67
L
SER
67
A
SER
72
L
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10
A
THR
10
L
THR
14
A
THR
14
L
THR
102
A
THR
107
L
LYS
107
A
LYS
112
L
GLY
84
A
GLY
89
L
GLN
90
A
GLN
95
L
LEU
33
A
LEU
38
L
GLN
38
A
GLN
43
L
PRO
44
A
PRO
49
L
TYR
49
A
TYR
54
L
LYS
53
A
LYS
58
L
LEU
54
A
LEU
59
L
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10
A
THR
10
L
THR
14
A
THR
14
L
THR
102
A
THR
107
L
LYS
107
A
LYS
112
L
GLY
84
A
GLY
89
L
GLN
90
A
GLN
95
L
THR
97
A
THR
102
L
PHE
98
A
PHE
103
L
THR
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A
THR
119
L
PHE
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A
PHE
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L
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A
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L
PHE
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A
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L
TYR
173
A
TYR
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L
THR
182
A
THR
187
L
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159
A
VAL
164
L
TRP
163
A
TRP
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L
SER
153
A
SER
158
L
ARG
155
A
ARG
160
L
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145
A
ASN
150
L
ILE
150
A
ILE
155
L
SER
191
A
SER
196
L
THR
197
A
THR
202
L
ILE
205
A
ILE
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L
ASN
210
A
ASN
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H
GLN
3
B
GLN
3
H
SER
7
B
SER
7
H
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B
LEU
18
H
THR
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B
THR
25
H
GLN
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B
GLN
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H
LEU
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B
LEU
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H
ILE
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B
ILE
68
H
ASP
72
B
ASP
73
H
THR
57
B
THR
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H
HIS
59
B
HIS
60
H
LYS
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B
LYS
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H
ASN
52
B
ASN
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H
PHE
33
B
PHE
33
H
PHE
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B
PHE
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H
ALA
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B
ALA
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H
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96
B
LEU
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H
SER
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B
SER
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H
TRP
103
B
TRP
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H
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57
B
THR
58
H
HIS
59
B
HIS
60
H
LYS
44
B
LYS
45
H
ASN
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B
ASN
53
H
PHE
33
B
PHE
33
H
PHE
40
B
PHE
41
H
ALA
88
B
ALA
92
H
LEU
96
B
LEU
100
H
THR
107
B
THR
113
H
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111
B
VAL
117
H
LEU
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B
LEU
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B
VAL
12
H
SER
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B
SER
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H
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124
B
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H
SER
137
B
SER
141
H
TYR
147
B
TYR
151
H
LEU
184
B
LEU
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H
THR
194
B
THR
190
H
VAL
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B
VAL
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H
THR
173
B
THR
171
H
SER
120
B
SER
126
H
LEU
124
B
LEU
130
H
SER
137
B
SER
141
H
TYR
147
B
TYR
151
H
LEU
184
B
LEU
180
H
THR
194
B
THR
190
H
VAL
177
B
VAL
175
H
GLN
179
B
GLN
177
H
THR
153
B
THR
157
H
TRP
157
B
TRP
160
H
THR
206
B
THR
200
H
HIS
212
B
HIS
205
H
THR
217
B
THR
210
H
LYS
222
B
LYS
215
BINDING SITE FOR RESIDUE BEZ H 601
H
BEZ
601
Software
6
BINDING SITE FOR RESIDUE GOL H 611
H
GOL
611
Software
10
BINDING SITE FOR RESIDUE GOL H 612
H
GOL
612
Software
9
BINDING SITE FOR RESIDUE GOL H 613
H
GOL
613
Software
8
BINDING SITE FOR RESIDUE GOL H 614
H
GOL
614
Software
6
H
ALA
34
B
ALA
34
6
1_555
H
ASN
35
B
ASN
36
A
6
1_555
H
LEU
95
B
LEU
99
6
1_555
H
PRO
230
B
PRO
221
6
3_645
L
TRP
89
A
TRP
94
6
1_555
L
GLY
91
A
GLY
96
6
1_555
H
PHE
174
B
PHE
172
10
1_555
H
PRO
175
B
PRO
173
10
1_555
H
THR
186
B
THR
182
10
1_555
H
LEU
187
B
LEU
183
10
1_555
H
SER
188
B
SER
184
10
1_555
H
HOH
685
I
HOH
10
1_555
H
HOH
733
I
HOH
10
1_555
L
SER
162
A
SER
167
10
1_555
L
SER
176
A
SER
181
10
1_555
L
THR
178
A
THR
183
10
1_555
H
VAL
12
B
VAL
12
9
5_645
H
GLN
16
B
GLN
16
9
5_645
H
SER
17
B
SER
17
9
5_645
H
ASP
32
B
ASP
32
9
1_555
H
TYR
53
B
TYR
54
9
1_555
H
HOH
621
I
HOH
9
1_555
H
HOH
653
I
HOH
9
5_645
H
HOH
686
I
HOH
9
5_645
H
HOH
806
I
HOH
9
1_555
H
SER
120
B
SER
126
8
1_555
H
VAL
121
B
VAL
127
8
1_555
H
SER
215
B
SER
208
8
7_555
H
VAL
219
B
VAL
212
8
1_555
H
LYS
221
B
LYS
214
8
1_555
H
HOH
668
I
HOH
8
7_555
H
HOH
709
I
HOH
8
7_555
L
GLU
123
A
GLU
128
8
1_555
H
ARG
71
B
ARG
72
6
1_555
H
ASP
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B
ASP
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1_555
H
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THR
74
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1_555
L
LYS
53
A
LYS
58
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5_655
L
LEU
54
A
LEU
59
6
5_655
L
HOH
236
H
HOH
6
5_655
92
P 41 21 2