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BIJOAK 0043 0264-6021 295 587 Purification and Characterization of the Dissimilatory Nitrite Reductase from Alcaligenes Xylosoxidans Subsp. Xylosoxidans (N.C.I.M.B. 11015): Evidence for the Presence of Both Type 1 and Type 2 Copper Centers 1993 10.2210/pdb1ndr/pdb pdb_00001ndr 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 0.00000 0.00000 286 1 BENT FUSED QUARTZ MIRROR IMAGE PLATE 1995-12-16 FUJI SI(111) M x-ray 1 0.92 1.0 BL-6A Photon Factory 0.92 SYNCHROTRON PHOTON FACTORY BEAMLINE BL-6A 34441.711 NITRITE REDUCTASE 1.7.99.3 3 nat polymer 63.546 COPPER (II) ION 6 syn non-polymer 18.015 water 3 nat water NIR no no GLPRVAVDLVAPPLVHPHSQVAAGAPKVVQFRMSIEEKKMVADDDGTTAQAMTFNGSVPGPTLVVHEGDYIELTLVNPAT NSMPHNVDFHAATGALGGAGLTQVVPGQEAVLRFKADRSGTFVYHCAPAGMVPWHVVSGMNGALMVLPRDGLRDAAGAAL AYDRVYTIGESDLYVPKAADGNYSDYPALASAYADTVAVMRTLTPSHAVFNGAVGALTGANALTAAVGESVLIIHSQANR DSRPHLIGGHGDWVWTTGKFANPPQLNMETWFIPGGSAAAALYTFKQPGTYAYLSHNLIEAMELGAAAQASVEGQWDDDL MTSVAAPGPA GLPRVAVDLVAPPLVHPHSQVAAGAPKVVQFRMSIEEKKMVADDDGTTAQAMTFNGSVPGPTLVVHEGDYIELTLVNPAT 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O THR 332 C O THR 322 1 Y 1 C CB THR 332 C CB THR 322 1 Y 1 C OG1 THR 332 C OG1 THR 322 1 Y 1 C CG2 THR 332 C CG2 THR 322 1 Y 1 C N SER 333 C N SER 323 1 Y 1 C C SER 333 C C SER 323 1 Y 1 C O SER 333 C O SER 323 1 Y 1 C CB SER 333 C CB SER 323 1 Y 1 C OG SER 333 C OG SER 323 1 Y 1 C N VAL 334 C N VAL 324 1 Y 1 C C VAL 334 C C VAL 324 1 Y 1 C O VAL 334 C O VAL 324 1 Y 1 C CB VAL 334 C CB VAL 324 1 Y 1 C CG1 VAL 334 C CG1 VAL 324 1 Y 1 C CG2 VAL 334 C CG2 VAL 324 1 Y 1 C N ALA 335 C N ALA 325 1 Y 1 C C ALA 335 C C ALA 325 1 Y 1 C O ALA 335 C O ALA 325 1 Y 1 C CB ALA 335 C CB ALA 325 1 Y 1 C N ALA 336 C N ALA 326 1 Y 1 C C ALA 336 C C ALA 326 1 Y 1 C O ALA 336 C O ALA 326 1 Y 1 C CB ALA 336 C CB ALA 326 1 Y 1 C N PRO 337 C N PRO 327 1 Y 1 C C PRO 337 C C PRO 327 1 Y 1 C O PRO 337 C O PRO 327 1 Y 1 C CB PRO 337 C CB PRO 327 1 Y 1 C CG PRO 337 C CG PRO 327 1 Y 1 C CD PRO 337 C CD PRO 327 1 Y 1 C N GLY 338 C N GLY 328 1 Y 1 C C GLY 338 C C GLY 328 1 Y 1 C O GLY 338 C O GLY 328 1 Y 1 C N PRO 339 C N PRO 329 1 Y 1 C C PRO 339 C C PRO 329 1 Y 1 C O PRO 339 C O PRO 329 1 Y 1 C CB PRO 339 C CB PRO 329 1 Y 1 C CG PRO 339 C CG PRO 329 1 Y 1 C CD PRO 339 C CD PRO 329 1 Y 1 C N ALA 340 C N ALA 330 1 Y 1 C C ALA 340 C C ALA 330 1 Y 1 C O ALA 340 C O ALA 330 1 Y 1 C CB ALA 340 C CB ALA 330 1 Y PARHCSDX.PRO TOPHCSDX.PRO 15.6 THIS IS AN ALPHA CARBON ENTRY. THE SIDE CHAINS FOR HIS 95 HIS 100, HIS 135, CYS 136, HIS 145, HIS 306 AND ONE SOLVENT MOLECULE, HOH 503 WHICH ARE INVOLVED IN COPPER COORDINATION ARE ALSO INCLUDED. SIDE CHAINS FOR MET 150 ARE ALSO INCLUDED. 0.2700000 0.2030000 0.2030000 3.0 8.0 1066 16691 6.5 75.8 RANDOM 100000. 0.1 1 R-FREE 2. MOLECULAR REPLACEMENT NITRITE REDUCTASE PDB CODE 1AFN 3.0 8.0 3 7287 6 0 7278 0.019 2.9 27.2 1.7 0.3740000 0.2760000 3.13 1192 8 51.7 19.8 3.0 60.5 1NDR 16691 1. 0.0850000 1 8.1 3.2 79.3 0.1770000 3.00 3.08 4.1 2.2 57.4 model building X-PLOR 3.1 refinement X-PLOR 3.1 data reduction WEIS data scaling CCP4 phasing X-PLOR 3.1 CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A BLUE COPPER NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS 1 N N 1 N N 1 N N 2 N N 2 N N 2 N N 2 N N 2 N N 2 N N 3 N N 3 N N metalc 1.867 A HIS 95 A ND1 HIS 85 1_555 A CU 501 D CU CU 1_555 metalc 2.081 A HIS 100 A NE2 HIS 90 1_555 A CU 502 E CU CU 1_555 metalc 2.089 A HIS 135 A NE2 HIS 125 1_555 A CU 502 E CU CU 1_555 metalc 2.033 A CYS 136 A SG CYS 126 1_555 A CU 501 D CU CU 1_555 metalc 1.962 A HIS 145 A ND1 HIS 135 1_555 A CU 501 D CU CU 1_555 metalc 2.588 A MET 150 A SD MET 140 1_555 A CU 501 D CU CU 1_555 metalc 2.115 A HIS 306 A NE2 HIS 296 1_555 C CU 502 I CU CU 1_555 metalc 1.702 A CU 502 E CU CU 1_555 A HOH 503 J O HOH 1_555 metalc 1.964 A CU 502 E CU CU 1_555 B HIS 306 B NE2 HIS 296 1_555 metalc 1.680 A HOH 504 J O HOH 1_555 C CU 502 I CU CU 1_555 metalc 1.943 B HIS 95 B ND1 HIS 85 1_555 B CU 501 F CU CU 1_555 metalc 2.054 B HIS 100 B NE2 HIS 90 1_555 B CU 502 G CU CU 1_555 metalc 2.077 B HIS 135 B NE2 HIS 125 1_555 B CU 502 G CU CU 1_555 metalc 2.180 B CYS 136 B SG CYS 126 1_555 B CU 501 F CU CU 1_555 metalc 1.820 B HIS 145 B ND1 HIS 135 1_555 B CU 501 F CU CU 1_555 metalc 2.635 B MET 150 B SD MET 140 1_555 B CU 501 F CU CU 1_555 metalc 1.587 B CU 502 G CU CU 1_555 B HOH 503 K O HOH 1_555 metalc 2.052 B CU 502 G CU CU 1_555 C HIS 306 C NE2 HIS 296 1_555 metalc 1.982 C HIS 95 C ND1 HIS 85 1_555 C CU 501 H CU CU 1_555 metalc 2.028 C HIS 100 C NE2 HIS 90 1_555 C CU 502 I CU CU 1_555 metalc 1.997 C HIS 135 C NE2 HIS 125 1_555 C CU 502 I CU CU 1_555 metalc 2.058 C CYS 136 C SG CYS 126 1_555 C CU 501 H CU CU 1_555 metalc 1.970 C HIS 145 C ND1 HIS 135 1_555 C CU 501 H CU CU 1_555 metalc 2.418 C MET 150 C SD MET 140 1_555 C CU 501 H CU CU 1_555 REDUCTASE BLUE COPPER NITRITE REDUCTASE, COPPER PROTEIN, NITRITE REDUCTION, REDUCTASE given 0.851390 -0.322250 -0.413872 0.218338 -0.499700 0.838229 -0.476931 -0.804024 -0.355080 27.01013 36.20760 78.01798 given 0.855013 0.211982 -0.473304 -0.323229 -0.495876 -0.805997 -0.405557 0.842123 -0.355461 6.36777 89.45462 8.22149 NIR_ALCXX UNP 1 1 P81445 MSVFRSVLGACVLLGSCASSLALAGGAEGLQRVKVDLVAPPLVHPHEQVVSGPPKVVQFRMSIEEKKMVIDDQGTTLQAM TFNGSMPGPTLVVHEGDYIELTLVNPATNSMPHNVDFHAATGALGGAGLTQVVPGQEVVLRFKADRSGTFVYHCAPQGMV PWHVVSGMNGALMVLPRDGLRDPQGKLLHYDRVYTIGESDLYIPKDKDGHYKDYPDLASSYQDTRAVMRTLTPSHVVFNG RVGALTGANALTSKVGESVLFIHSQANRDSRPHLIGGHGDWVWTTGKFANPPQRNMETWFIPGGSAVAALYTFKQPGTYV YLSHNLIEAMELGALAQIKVEGQWDDDLMTQVKAPGPIVEPKQ 29 357 1NDR 11 339 P81445 A 1 1 329 29 357 1NDR 11 339 P81445 B 1 1 329 29 357 1NDR 11 339 P81445 C 1 1 329 1 GLN conflict PRO 13 1NDR A P81445 UNP 31 3 1 LYS conflict ALA 16 1NDR A P81445 UNP 34 6 1 GLU conflict SER 29 1NDR A P81445 UNP 47 19 1 VAL conflict ALA 32 1NDR A P81445 UNP 50 22 1 SER conflict ALA 33 1NDR A P81445 UNP 51 23 1 PRO conflict ALA 35 1NDR A P81445 UNP 53 25 1 ILE conflict ALA 52 1NDR A P81445 UNP 70 42 1 GLN conflict ASP 55 1NDR A P81445 UNP 73 45 1 LEU conflict ALA 59 1NDR A P81445 UNP 77 49 1 MET conflict VAL 68 1NDR A P81445 UNP 86 58 1 VAL conflict ALA 120 1NDR A P81445 UNP 138 110 1 GLN conflict ALA 139 1NDR A P81445 UNP 157 129 1 PRO conflict ALA 165 1NDR A P81445 UNP 183 155 1 GLN conflict ALA 166 1NDR A P81445 UNP 184 156 1 LYS conflict ALA 168 1NDR A P81445 UNP 186 158 1 LEU conflict ALA 169 1NDR A P81445 UNP 187 159 1 HIS conflict ALA 171 1NDR A P81445 UNP 189 161 1 ILE conflict VAL 185 1NDR A P81445 UNP 203 175 1 ASP conflict ALA 188 1NDR A P81445 UNP 206 178 1 LYS conflict ALA 189 1NDR A P81445 UNP 207 179 1 HIS conflict ASN 192 1NDR A P81445 UNP 210 182 1 LYS conflict SER 194 1NDR A P81445 UNP 212 184 1 ASP conflict ALA 198 1NDR A P81445 UNP 216 188 1 SER conflict ALA 202 1NDR A P81445 UNP 220 192 1 GLN conflict ALA 204 1NDR A P81445 UNP 222 194 1 ARG conflict VAL 207 1NDR A P81445 UNP 225 197 1 VAL conflict ALA 218 1NDR A P81445 UNP 236 208 1 ARG conflict ALA 223 1NDR A P81445 UNP 241 213 1 SER conflict ALA 235 1NDR A P81445 UNP 253 225 1 LYS conflict ALA 236 1NDR A P81445 UNP 254 226 1 PHE conflict ILE 243 1NDR A P81445 UNP 261 233 1 ARG conflict LEU 276 1NDR A P81445 UNP 294 266 1 VAL conflict ALA 289 1NDR A P81445 UNP 307 279 1 VAL conflict ALA 302 1NDR A P81445 UNP 320 292 1 LEU conflict ALA 317 1NDR A P81445 UNP 335 307 1 ILE conflict ALA 320 1NDR A P81445 UNP 338 310 1 LYS conflict SER 321 1NDR A P81445 UNP 339 311 1 GLN conflict SER 333 1NDR A P81445 UNP 351 323 1 LYS conflict ALA 335 1NDR A P81445 UNP 353 325 2 GLN conflict PRO 13 1NDR B P81445 UNP 31 3 2 LYS conflict ALA 16 1NDR B P81445 UNP 34 6 2 GLU conflict SER 29 1NDR B P81445 UNP 47 19 2 VAL conflict ALA 32 1NDR B P81445 UNP 50 22 2 SER conflict ALA 33 1NDR B P81445 UNP 51 23 2 PRO conflict ALA 35 1NDR B P81445 UNP 53 25 2 ILE conflict ALA 52 1NDR B P81445 UNP 70 42 2 GLN conflict ASP 55 1NDR B P81445 UNP 73 45 2 LEU conflict ALA 59 1NDR B P81445 UNP 77 49 2 MET conflict VAL 68 1NDR B P81445 UNP 86 58 2 VAL conflict ALA 120 1NDR B P81445 UNP 138 110 2 GLN conflict ALA 139 1NDR B P81445 UNP 157 129 2 PRO conflict ALA 165 1NDR B P81445 UNP 183 155 2 GLN conflict ALA 166 1NDR B P81445 UNP 184 156 2 LYS conflict ALA 168 1NDR B P81445 UNP 186 158 2 LEU conflict ALA 169 1NDR B P81445 UNP 187 159 2 HIS conflict ALA 171 1NDR B P81445 UNP 189 161 2 ILE conflict VAL 185 1NDR B P81445 UNP 203 175 2 ASP conflict ALA 188 1NDR B P81445 UNP 206 178 2 LYS conflict ALA 189 1NDR B P81445 UNP 207 179 2 HIS conflict ASN 192 1NDR B P81445 UNP 210 182 2 LYS conflict SER 194 1NDR B P81445 UNP 212 184 2 ASP conflict ALA 198 1NDR B P81445 UNP 216 188 2 SER conflict ALA 202 1NDR B P81445 UNP 220 192 2 GLN conflict ALA 204 1NDR B P81445 UNP 222 194 2 ARG conflict VAL 207 1NDR B P81445 UNP 225 197 2 VAL conflict ALA 218 1NDR B P81445 UNP 236 208 2 ARG conflict ALA 223 1NDR B P81445 UNP 241 213 2 SER conflict ALA 235 1NDR B P81445 UNP 253 225 2 LYS conflict ALA 236 1NDR B P81445 UNP 254 226 2 PHE conflict ILE 243 1NDR B P81445 UNP 261 233 2 ARG conflict LEU 276 1NDR B P81445 UNP 294 266 2 VAL conflict ALA 289 1NDR B P81445 UNP 307 279 2 VAL conflict ALA 302 1NDR B P81445 UNP 320 292 2 LEU conflict ALA 317 1NDR B P81445 UNP 335 307 2 ILE conflict ALA 320 1NDR B P81445 UNP 338 310 2 LYS conflict SER 321 1NDR B P81445 UNP 339 311 2 GLN conflict SER 333 1NDR B P81445 UNP 351 323 2 LYS conflict ALA 335 1NDR B P81445 UNP 353 325 3 GLN conflict PRO 13 1NDR C P81445 UNP 31 3 3 LYS conflict ALA 16 1NDR C P81445 UNP 34 6 3 GLU conflict SER 29 1NDR C P81445 UNP 47 19 3 VAL conflict ALA 32 1NDR C P81445 UNP 50 22 3 SER conflict ALA 33 1NDR C P81445 UNP 51 23 3 PRO conflict ALA 35 1NDR C P81445 UNP 53 25 3 ILE conflict ALA 52 1NDR C P81445 UNP 70 42 3 GLN conflict ASP 55 1NDR C P81445 UNP 73 45 3 LEU 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P81445 UNP 253 225 3 LYS conflict ALA 236 1NDR C P81445 UNP 254 226 3 PHE conflict ILE 243 1NDR C P81445 UNP 261 233 3 ARG conflict LEU 276 1NDR C P81445 UNP 294 266 3 VAL conflict ALA 289 1NDR C P81445 UNP 307 279 3 VAL conflict ALA 302 1NDR C P81445 UNP 320 292 3 LEU conflict ALA 317 1NDR C P81445 UNP 335 307 3 ILE conflict ALA 320 1NDR C P81445 UNP 338 310 3 LYS conflict SER 321 1NDR C P81445 UNP 339 311 3 GLN conflict SER 333 1NDR C P81445 UNP 351 323 3 LYS conflict ALA 335 1NDR C P81445 UNP 353 325 MONOMER A TYPE 1 COPPER SITE. Unknown 4 MONOMER A TYPE 2 COPPER SITE. Unknown 4 MONOMER B TYPE 1 COPPER SITE. Unknown 4 MONOMER B TYPE 2 COPPER SITE. Unknown 4 MONOMER C TYPE 1 COPPER SITE. Unknown 4 MONOMER C TYPE 2 COPPER SITE. 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