1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 0.00000 0.00000 Gordon, N.C. Pan, B. Hymowitz, S.G. Yin, J.P. Kelley, R.F. Cochran, A.G. Yan, M. Dixit, V.M. Fairbrother, W.J. Starovasnik, M.A. http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic C3 H7 N O2 89.093 y ALANINE L-peptide linking C6 H15 N4 O2 1 175.209 y ARGININE L-peptide linking C4 H7 N O4 133.103 y ASPARTIC ACID L-peptide linking C3 H7 N O2 S 121.158 y CYSTEINE L-peptide linking C5 H10 N2 O3 146.144 y GLUTAMINE L-peptide linking C5 H9 N O4 147.129 y GLUTAMIC ACID L-peptide linking C2 H5 N O2 75.067 y GLYCINE peptide linking C6 H10 N3 O2 1 156.162 y HISTIDINE L-peptide linking C6 H13 N O2 131.173 y LEUCINE L-peptide linking C6 H15 N2 O2 1 147.195 y LYSINE L-peptide linking C5 H11 N O2 S 149.211 y METHIONINE L-peptide linking C9 H11 N O2 165.189 y PHENYLALANINE L-peptide linking C5 H9 N O2 115.130 y PROLINE L-peptide linking C3 H7 N O3 105.093 y SERINE L-peptide linking C4 H9 N O3 119.119 y THREONINE L-peptide linking C5 H11 N O2 117.146 y VALINE L-peptide linking US Biochemistry BICHAW 0033 0006-2960 42 5977 5983 10.1021/bi034017g 12755599 BAFF/BLyS receptor 3 comprises a minimal TNF receptor-like module that encodes a highly focused ligand-binding site 2003 10.2210/pdb1osx/pdb pdb_00001osx 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 0.00000 0.00000 1 SINGLE WAVELENGTH M 1 1.0 6541.661 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C extracellular domain 1 man polymer B cell- activating factor receptor, BAFF receptor, BAFF-R, BLyS receptor 3 no no MRRGPRSLRGRDAPAPTPCVPAECFDLLVRHCVACGLLRTPRPKPAGASSPAPRTALQPQE MRRGPRSLRGRDAPAPTPCVPAECFDLLVRHCVACGLLRTPRPKPAGASSPAPRTALQPQE A polypeptide(L) n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n human Homo Escherichia sample TNFRSF13C OR BAFFR OR BR3 9606 Homo sapiens 562 Escherichia coli database_2 pdbx_nmr_software pdbx_struct_assembly pdbx_struct_oper_list repository Initial release Version format compliance Version format compliance Data collection Database references Derived calculations 1 0 2003-05-27 1 1 2008-04-29 1 2 2011-07-13 1 3 2022-02-23 _database_2.pdbx_DOI _database_2.pdbx_database_accession _pdbx_nmr_software.name Solution structure of bhpBR3; BR3 residues 26-31 embedded in a beta-hairpin peptide Crystal structure of bhpBR3 in complex with BAFF RCSB Y RCSB 2003-03-20 REL The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. structures with the lowest restraint violation energy 128 20 3D_15N-separated_NOESY 3D_13C-separated_NOESY HNHA HNHB 3D HCCH-COSY 3D HCCH-TOCSY 3D HNCO 3D HNCA 3D CBCA(CO)NH 50 mM NaCl, 25 mM Na2PO4 5.0 ambient 293 K Only 19 residues, including Cys19 through Leu37 are ordered in solution, while the rest of the extracellular domain is highly flexible (based on 1H-15N heteronuclear NOE analysis). Furthermore, the BAFF-binding domain of BR3 was found to reside within a fragment consisting of Thr17-Arg42 denoted miniBR3. Thus, the structure of BR3 was calculated only for these 26 residues, based on a total of 315 distance and 46 dihedral angle restraints derived from analysis of NMR data colleected on the entire BR3 ECD. torsion angle dynamics simulated annealing 1 lowest restraint violation energy 1.5 mM BR3 U-15N,25 mM Na2PO4, 50 mM NaCl, 0.1 mM NaN3, 0.1 mM DSS-d10 92%H2O/8%D2O 1.5 mM BR3 U-15N,13C,25 mM Na2PO4, 50 mM NaCl, 0.1 mM NaN3, 0.1 mM DSS-d10 92%H2O/8%D2O 1.5 mM BR3 U-15N,13C,25 mM Na2PO4, 50 mM NaCl, 0.1 mM NaN3, 0.1 mM DSS-d10 100% D2O Bruker collection XwinNMR 3.6 Accelrys data analysis Felix 98 Accelrys structure solution X-PLOR 98 Brunger refinement X-PLOR 98 600 Bruker DRX 800 Bruker DRX n 1 1 A n 2 2 A n 3 3 A n 4 4 A n 5 5 A n 6 6 A n 7 7 A n 8 8 A n 9 9 A n 10 10 A n 11 11 A n 12 12 A n 13 13 A n 14 14 A n 15 15 A n 16 16 A THR 17 n 17 THR 17 A PRO 18 n 18 PRO 18 A CYS 19 n 19 CYS 19 A VAL 20 n 20 VAL 20 A PRO 21 n 21 PRO 21 A ALA 22 n 22 ALA 22 A GLU 23 n 23 GLU 23 A CYS 24 n 24 CYS 24 A PHE 25 n 25 PHE 25 A ASP 26 n 26 ASP 26 A LEU 27 n 27 LEU 27 A LEU 28 n 28 LEU 28 A VAL 29 n 29 VAL 29 A ARG 30 n 30 ARG 30 A HIS 31 n 31 HIS 31 A CYS 32 n 32 CYS 32 A VAL 33 n 33 VAL 33 A ALA 34 n 34 ALA 34 A CYS 35 n 35 CYS 35 A GLY 36 n 36 GLY 36 A LEU 37 n 37 LEU 37 A LEU 38 n 38 LEU 38 A ARG 39 n 39 ARG 39 A THR 40 n 40 THR 40 A PRO 41 n 41 PRO 41 A ARG 42 n 42 ARG 42 A n 43 43 A n 44 44 A n 45 45 A n 46 46 A n 47 47 A n 48 48 A n 49 49 A n 50 50 A n 51 51 A n 52 52 A n 53 53 A n 54 54 A n 55 55 A n 56 56 A n 57 57 A n 58 58 A n 59 59 A n 60 60 A n 61 61 A author_defined_assembly 1 monomeric 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 1_555 x,y,z identity operation 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 A N ASP 26 A N ASP 26 A O HIS 31 A O HIS 31 1 A MET 1 A MET 1 1 Y 1 A ARG 2 A ARG 2 1 Y 1 A ARG 3 A ARG 3 1 Y 1 A GLY 4 A GLY 4 1 Y 1 A PRO 5 A PRO 5 1 Y 1 A ARG 6 A ARG 6 1 Y 1 A SER 7 A SER 7 1 Y 1 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15 1 Y 2 A PRO 16 A PRO 16 1 Y 2 A PRO 43 A PRO 43 1 Y 2 A LYS 44 A LYS 44 1 Y 2 A PRO 45 A PRO 45 1 Y 2 A ALA 46 A ALA 46 1 Y 2 A GLY 47 A GLY 47 1 Y 2 A ALA 48 A ALA 48 1 Y 2 A SER 49 A SER 49 1 Y 2 A SER 50 A SER 50 1 Y 2 A PRO 51 A PRO 51 1 Y 2 A ALA 52 A ALA 52 1 Y 2 A PRO 53 A PRO 53 1 Y 2 A ARG 54 A ARG 54 1 Y 2 A THR 55 A THR 55 1 Y 2 A ALA 56 A ALA 56 1 Y 2 A LEU 57 A LEU 57 1 Y 2 A GLN 58 A GLN 58 1 Y 2 A PRO 59 A PRO 59 1 Y 2 A GLN 60 A GLN 60 1 Y 2 A GLU 61 A GLU 61 1 Y 3 A MET 1 A MET 1 1 Y 3 A ARG 2 A ARG 2 1 Y 3 A ARG 3 A ARG 3 1 Y 3 A GLY 4 A GLY 4 1 Y 3 A PRO 5 A PRO 5 1 Y 3 A ARG 6 A ARG 6 1 Y 3 A SER 7 A SER 7 1 Y 3 A LEU 8 A LEU 8 1 Y 3 A ARG 9 A ARG 9 1 Y 3 A GLY 10 A GLY 10 1 Y 3 A ARG 11 A ARG 11 1 Y 3 A ASP 12 A ASP 12 1 Y 3 A ALA 13 A ALA 13 1 Y 3 A PRO 14 A PRO 14 1 Y 3 A ALA 15 A ALA 15 1 Y 3 A PRO 16 A PRO 16 1 Y 3 A PRO 43 A PRO 43 1 Y 3 A LYS 44 A LYS 44 1 Y 3 A PRO 45 A PRO 45 1 Y 3 A ALA 46 A ALA 46 1 Y 3 A GLY 47 A GLY 47 1 Y 3 A ALA 48 A ALA 48 1 Y 3 A SER 49 A SER 49 1 Y 3 A SER 50 A SER 50 1 Y 3 A PRO 51 A PRO 51 1 Y 3 A ALA 52 A ALA 52 1 Y 3 A PRO 53 A PRO 53 1 Y 3 A ARG 54 A ARG 54 1 Y 3 A THR 55 A THR 55 1 Y 3 A ALA 56 A ALA 56 1 Y 3 A LEU 57 A LEU 57 1 Y 3 A GLN 58 A GLN 58 1 Y 3 A PRO 59 A PRO 59 1 Y 3 A GLN 60 A GLN 60 1 Y 3 A GLU 61 A GLU 61 1 Y 4 A MET 1 A MET 1 1 Y 4 A ARG 2 A ARG 2 1 Y 4 A ARG 3 A ARG 3 1 Y 4 A GLY 4 A GLY 4 1 Y 4 A PRO 5 A PRO 5 1 Y 4 A ARG 6 A ARG 6 1 Y 4 A SER 7 A SER 7 1 Y 4 A LEU 8 A LEU 8 1 Y 4 A ARG 9 A ARG 9 1 Y 4 A GLY 10 A GLY 10 1 Y 4 A ARG 11 A ARG 11 1 Y 4 A ASP 12 A ASP 12 1 Y 4 A ALA 13 A ALA 13 1 Y 4 A PRO 14 A PRO 14 1 Y 4 A ALA 15 A ALA 15 1 Y 4 A PRO 16 A PRO 16 1 Y 4 A PRO 43 A PRO 43 1 Y 4 A LYS 44 A LYS 44 1 Y 4 A PRO 45 A PRO 45 1 Y 4 A ALA 46 A ALA 46 1 Y 4 A GLY 47 A GLY 47 1 Y 4 A ALA 48 A ALA 48 1 Y 4 A SER 49 A SER 49 1 Y 4 A SER 50 A SER 50 1 Y 4 A PRO 51 A PRO 51 1 Y 4 A ALA 52 A ALA 52 1 Y 4 A PRO 53 A PRO 53 1 Y 4 A ARG 54 A ARG 54 1 Y 4 A THR 55 A THR 55 1 Y 4 A ALA 56 A ALA 56 1 Y 4 A LEU 57 A LEU 57 1 Y 4 A GLN 58 A GLN 58 1 Y 4 A PRO 59 A PRO 59 1 Y 4 A GLN 60 A GLN 60 1 Y 4 A GLU 61 A GLU 61 1 Y 5 A MET 1 A MET 1 1 Y 5 A ARG 2 A ARG 2 1 Y 5 A ARG 3 A ARG 3 1 Y 5 A GLY 4 A GLY 4 1 Y 5 A PRO 5 A PRO 5 1 Y 5 A ARG 6 A ARG 6 1 Y 5 A SER 7 A SER 7 1 Y 5 A LEU 8 A LEU 8 1 Y 5 A ARG 9 A ARG 9 1 Y 5 A GLY 10 A GLY 10 1 Y 5 A ARG 11 A ARG 11 1 Y 5 A ASP 12 A ASP 12 1 Y 5 A ALA 13 A ALA 13 1 Y 5 A PRO 14 A PRO 14 1 Y 5 A ALA 15 A ALA 15 1 Y 5 A PRO 16 A PRO 16 1 Y 5 A PRO 43 A PRO 43 1 Y 5 A LYS 44 A LYS 44 1 Y 5 A PRO 45 A PRO 45 1 Y 5 A ALA 46 A ALA 46 1 Y 5 A GLY 47 A GLY 47 1 Y 5 A ALA 48 A ALA 48 1 Y 5 A SER 49 A SER 49 1 Y 5 A SER 50 A SER 50 1 Y 5 A PRO 51 A PRO 51 1 Y 5 A ALA 52 A ALA 52 1 Y 5 A PRO 53 A PRO 53 1 Y 5 A ARG 54 A ARG 54 1 Y 5 A THR 55 A THR 55 1 Y 5 A ALA 56 A ALA 56 1 Y 5 A LEU 57 A LEU 57 1 Y 5 A GLN 58 A GLN 58 1 Y 5 A PRO 59 A PRO 59 1 Y 5 A GLN 60 A GLN 60 1 Y 5 A GLU 61 A GLU 61 1 Y 6 A MET 1 A MET 1 1 Y 6 A ARG 2 A ARG 2 1 Y 6 A ARG 3 A ARG 3 1 Y 6 A GLY 4 A GLY 4 1 Y 6 A PRO 5 A PRO 5 1 Y 6 A ARG 6 A ARG 6 1 Y 6 A SER 7 A SER 7 1 Y 6 A LEU 8 A LEU 8 1 Y 6 A ARG 9 A ARG 9 1 Y 6 A GLY 10 A GLY 10 1 Y 6 A ARG 11 A ARG 11 1 Y 6 A ASP 12 A ASP 12 1 Y 6 A ALA 13 A ALA 13 1 Y 6 A PRO 14 A PRO 14 1 Y 6 A ALA 15 A ALA 15 1 Y 6 A PRO 16 A PRO 16 1 Y 6 A PRO 43 A PRO 43 1 Y 6 A LYS 44 A LYS 44 1 Y 6 A PRO 45 A PRO 45 1 Y 6 A ALA 46 A ALA 46 1 Y 6 A GLY 47 A GLY 47 1 Y 6 A ALA 48 A ALA 48 1 Y 6 A SER 49 A SER 49 1 Y 6 A SER 50 A SER 50 1 Y 6 A PRO 51 A PRO 51 1 Y 6 A ALA 52 A ALA 52 1 Y 6 A PRO 53 A PRO 53 1 Y 6 A ARG 54 A ARG 54 1 Y 6 A THR 55 A THR 55 1 Y 6 A ALA 56 A ALA 56 1 Y 6 A LEU 57 A LEU 57 1 Y 6 A GLN 58 A GLN 58 1 Y 6 A PRO 59 A PRO 59 1 Y 6 A GLN 60 A GLN 60 1 Y 6 A GLU 61 A GLU 61 1 Y 7 A MET 1 A MET 1 1 Y 7 A ARG 2 A ARG 2 1 Y 7 A ARG 3 A ARG 3 1 Y 7 A GLY 4 A GLY 4 1 Y 7 A PRO 5 A PRO 5 1 Y 7 A ARG 6 A ARG 6 1 Y 7 A SER 7 A SER 7 1 Y 7 A LEU 8 A LEU 8 1 Y 7 A ARG 9 A ARG 9 1 Y 7 A GLY 10 A GLY 10 1 Y 7 A ARG 11 A ARG 11 1 Y 7 A ASP 12 A ASP 12 1 Y 7 A ALA 13 A ALA 13 1 Y 7 A PRO 14 A PRO 14 1 Y 7 A ALA 15 A ALA 15 1 Y 7 A PRO 16 A PRO 16 1 Y 7 A PRO 43 A PRO 43 1 Y 7 A LYS 44 A LYS 44 1 Y 7 A PRO 45 A PRO 45 1 Y 7 A ALA 46 A ALA 46 1 Y 7 A GLY 47 A GLY 47 1 Y 7 A ALA 48 A ALA 48 1 Y 7 A SER 49 A SER 49 1 Y 7 A SER 50 A SER 50 1 Y 7 A PRO 51 A PRO 51 1 Y 7 A ALA 52 A ALA 52 1 Y 7 A PRO 53 A PRO 53 1 Y 7 A ARG 54 A ARG 54 1 Y 7 A THR 55 A THR 55 1 Y 7 A ALA 56 A ALA 56 1 Y 7 A LEU 57 A LEU 57 1 Y 7 A GLN 58 A GLN 58 1 Y 7 A PRO 59 A PRO 59 1 Y 7 A GLN 60 A GLN 60 1 Y 7 A GLU 61 A GLU 61 1 Y 8 A MET 1 A MET 1 1 Y 8 A ARG 2 A ARG 2 1 Y 8 A ARG 3 A ARG 3 1 Y 8 A GLY 4 A GLY 4 1 Y 8 A PRO 5 A PRO 5 1 Y 8 A ARG 6 A ARG 6 1 Y 8 A SER 7 A SER 7 1 Y 8 A LEU 8 A LEU 8 1 Y 8 A ARG 9 A ARG 9 1 Y 8 A GLY 10 A GLY 10 1 Y 8 A ARG 11 A ARG 11 1 Y 8 A ASP 12 A ASP 12 1 Y 8 A ALA 13 A ALA 13 1 Y 8 A PRO 14 A PRO 14 1 Y 8 A ALA 15 A ALA 15 1 Y 8 A PRO 16 A PRO 16 1 Y 8 A PRO 43 A PRO 43 1 Y 8 A LYS 44 A 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PRO 18 -50.77 -6.65 8 A CYS 19 -70.60 -155.53 8 A PRO 21 -37.16 -24.51 8 A ARG 30 80.02 53.72 8 A ALA 34 -55.40 102.45 8 A CYS 35 -39.98 99.89 8 A LEU 37 53.32 10.20 8 A ARG 39 -78.29 41.48 9 A PRO 18 -39.81 98.68 9 A CYS 19 -65.76 -145.43 9 A PRO 21 -37.82 -23.08 9 A HIS 31 -168.09 -142.41 9 A ARG 39 -39.53 134.55 10 A PRO 18 -70.74 -91.16 10 A CYS 19 -78.11 -143.74 10 A PRO 21 -38.89 -25.71 10 A LEU 28 -49.47 -10.30 10 A ALA 34 -46.27 108.44 10 A LEU 38 -99.95 -67.25 10 A PRO 41 -70.42 -90.24 11 A CYS 19 -77.79 -157.57 11 A PRO 21 -37.96 -21.86 11 A ARG 30 80.25 37.53 11 A HIS 31 -174.63 -173.43 11 A ALA 34 -54.42 106.01 11 A LEU 38 -140.06 49.96 11 A PRO 41 -37.25 124.52 12 A CYS 19 -139.98 -152.24 12 A PRO 21 -37.59 -23.58 12 A ARG 30 80.05 49.88 12 A HIS 31 -173.39 -178.23 12 A ALA 34 -53.42 100.51 12 A CYS 35 -39.77 99.95 12 A LEU 38 -140.07 40.47 12 A ARG 39 -135.12 -81.26 12 A THR 40 -158.84 55.31 12 A PRO 41 -69.66 -88.48 13 A CYS 19 -67.21 -144.65 13 A PRO 21 -37.43 -36.59 13 A CYS 35 -54.52 99.76 13 A LEU 38 -140.05 -91.97 13 A THR 40 28.90 70.28 13 A PRO 41 -60.00 95.70 14 A PRO 18 -72.62 -94.84 14 A CYS 19 -158.44 -143.63 14 A PRO 21 -37.83 -39.45 14 A ALA 34 -48.58 102.97 14 A CYS 35 -40.11 99.81 14 A LEU 37 44.19 17.16 14 A ARG 39 -73.71 37.17 15 A CYS 19 -59.60 -145.91 15 A PRO 21 -37.52 -24.72 15 A HIS 31 -173.50 -150.99 15 A CYS 35 -53.05 99.92 15 A LEU 38 -100.57 50.22 15 A ARG 39 -146.02 -134.55 16 A PRO 18 -70.40 26.41 16 A CYS 19 -69.30 -145.98 16 A PRO 21 -37.91 -23.11 16 A VAL 29 -136.91 -30.34 16 A ARG 30 80.41 46.61 16 A HIS 31 -172.84 -156.95 16 A ALA 34 -48.63 104.12 16 A CYS 35 -43.73 99.78 16 A LEU 37 58.40 -0.08 16 A ARG 39 -65.41 5.67 16 A THR 40 -160.89 77.39 16 A PRO 41 -46.85 82.95 17 A CYS 19 -98.04 -147.09 17 A PRO 21 -36.93 -26.94 17 A ARG 30 71.03 60.04 17 A HIS 31 -172.33 -161.03 17 A ALA 34 -51.99 99.26 17 A CYS 35 -39.98 99.88 17 A LEU 38 -99.64 -135.27 17 A ARG 39 -40.68 -70.52 17 A THR 40 -170.48 76.02 18 A CYS 19 -75.95 -144.01 18 A PRO 21 -48.33 -8.96 18 A ALA 34 -56.64 107.53 18 A CYS 35 -48.99 99.85 18 A LEU 37 51.08 9.56 18 A THR 40 178.47 -49.42 19 A PRO 18 -48.75 -8.95 19 A CYS 19 -136.36 -153.52 19 A PRO 21 -38.07 -21.92 19 A ARG 30 74.17 30.79 19 A HIS 31 -177.52 -172.63 19 A CYS 35 -52.01 99.89 19 A LEU 38 -99.67 -102.48 20 A CYS 19 -71.42 -150.36 20 A PRO 21 -37.94 -22.74 20 A HIS 31 -176.23 -153.16 20 A ALA 34 -58.33 107.31 20 A CYS 35 -43.63 99.93 20 A LEU 37 56.90 1.77 20 A LEU 38 -101.19 -72.85 20 A THR 40 34.77 64.90 Solution Structure of the Extracellular Domain of BLyS Receptor 3 (BR3) 1 N N disulf 2.030 A CYS 19 A SG CYS 19 1_555 A CYS 32 A SG CYS 32 1_555 disulf 2.030 A CYS 24 A SG CYS 24 1_555 A CYS 35 A SG CYS 35 1_555 IMMUNE SYSTEM cysteine-rich domain, extracellular domain, tumor necrosis factor receptor, IMMUNE SYSTEM TR13C_HUMAN UNP 1 1 Q96RJ3 MRRGPRSLRGRDAPAPTPCVPAECFDLLVRHCVACGLLRTPRPKPAGASSPAPRTALQPQE 1 61 1OSX 1 61 Q96RJ3 A 1 1 61 2 anti-parallel A GLU 23 A GLU 23 A ASP 26 A ASP 26 A HIS 31 A HIS 31 A ALA 34 A ALA 34