HEADER VIRUS/VIRAL PROTEIN, STRUCTURAL PROTEIN 26-JUL-04 1U4K TITLE S2 SUBUNIT MODEL OF SARS CORONAVIRUS S PROTEIN COMPND MOL_ID: 1; COMPND 2 MOLECULE: E2 GLYCOPROTEIN; COMPND 3 CHAIN: D; COMPND 4 SYNONYM: SPIKE GLYCOPROTEIN, PEPLOMER PROTEIN SOURCE MOL_ID: 1; SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: HUMAN CORONAVIRUS; SOURCE 3 ORGANISM_COMMON: VIRUS; SOURCE 4 STRAIN: SARS KEYWDS SARS, S PROTEIN, CORONAVIRS, SUBUNIT, GLYCOPROTEIN EXPDTA THEORETICAL MODEL AUTHOR O.SPIGA,A.BERNINI,A.CIUTTI,S.CHIELLINI,N.MENCIASSI, AUTHOR 2 F.FINETTI,V.CAUSARONO,F.ANSELMI,F.PRISCHI,N.NICCOLAI REVDAT 1 03-AUG-04 1U4K 0 SPRSDE 03-AUG-04 1U4K 1Q4Y JRNL AUTH O.SPIGA,A.BERNINI,A.CIUTTI,S.CHIELLINI,N.MENCIASSI, JRNL AUTH 2 F.FINETTI,V.CAUSARONO,F.ANSELMI,F.PRISCHI, JRNL AUTH 3 N.NICCOLAI JRNL TITL MOLECULAR MODELLING OF S1 AND S2 SUBUNITS OF SARS JRNL TITL 2 CORONAVIRUS SPIKE GLYCOPROTEIN JRNL REF BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMM. V. 310 78 2003 JRNL REFN ASTM BBRCA9 US ISSN 0006-291X REMARK 1 REMARK 2 REMARK 2 RESOLUTION. NOT APPLICABLE. REMARK 3 REMARK 3 REFINEMENT. REMARK 3 PROGRAM : GROMACS 3.0 REMARK 3 AUTHORS : BERENDSEN REMARK 3 REMARK 3 OTHER REFINEMENT REMARKS: THE COORDINATES IN THIS ENTRY REMARK 3 REPRESENT A MODEL STRUCTURE REMARK 4 REMARK 4 1U4K COMPLIES WITH FORMAT V. 2.3, 09-JULY-1998 REMARK 100 REMARK 100 THIS ENTRY HAS BEEN PROCESSED BY RCSB ON 27-JUL-2004. REMARK 100 THE RCSB ID CODE IS RCSB023236. REMARK 220 REMARK 220 EXPERIMENTAL DETAILS REMARK 220 EXPERIMENT TYPE : THEORETICAL MODELLING REMARK 220 REMARK 220 REMARK: NULL REMARK 225 REMARK 225 THEORETICAL MODEL REMARK 225 THE COORDINATES IN THIS ENTRY REPRESENT A MODEL STRUCTURE. REMARK 225 PROTEIN DATA BANK CONVENTIONS REQUIRE THAT CRYST1 AND REMARK 225 SCALE RECORDS BE INCLUDED, BUT THE VALUES ON THESE REMARK 225 RECORDS ARE MEANINGLESS. REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: COVALENT BOND ANGLES REMARK 500 REMARK 500 THE STEREOCHEMICAL PARAMETERS OF THE FOLLOWING RESIDUES REMARK 500 HAVE VALUES WHICH DEVIATE FROM EXPECTED VALUES BY MORE REMARK 500 THAN 6*RMSD (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN REMARK 500 IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE). REMARK 500 REMARK 500 STANDARD TABLE: REMARK 500 FORMAT: (10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,3(1X,A4,2X),12X,F5.1) REMARK 500 REMARK 500 EXPECTED VALUES: ENGH AND HUBER, 1991 REMARK 500 REMARK 500 M RES CSSEQI ATM1 ATM2 ATM3 REMARK 500 GLN D2106 N - CA - C ANGL. DEV. = 13.8 DEGREES REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: TORSION ANGLES REMARK 500 REMARK 500 TORSION ANGLES OUTSIDE THE EXPECTED RAMACHANDRAN REGIONS: REMARK 500 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; REMARK 500 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE). REMARK 500 REMARK 500 STANDARD TABLE: REMARK 500 FORMAT:(10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,4X,F7.2,3X,F7.2) REMARK 500 REMARK 500 M RES CSSEQI PSI PHI REMARK 500 CYS D2062 -31.92 67.77 REMARK 500 THR D2077 -111.85 47.17 REMARK 500 ALA D2083 -76.06 83.25 REMARK 500 LEU D2105 159.71 87.36 REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: NON-CIS, NON-TRANS REMARK 500 REMARK 500 THE FOLLOWING PEPTIDE BONDS DEVIATE SIGNIFICANTLY FROM BOTH REMARK 500 CIS AND TRANS CONFORMATION. CIS BONDS, IF ANY, ARE LISTED REMARK 500 ON CISPEP RECORDS. TRANS IS DEFINED AS 180 +/- 30 AND REMARK 500 CIS IS DEFINED AS 0 +/- 30 DEGREES. REMARK 500 MODEL OMEGA REMARK 500 ALA D 2093 THR D 2094 148.46 REMARK 500 PRO D 2264 GLN D 2265 147.39 REMARK 900 REMARK 900 RELATED ENTRIES REMARK 900 RELATED ID: 1Q4Z RELATED DB: PDB REMARK 900 S1 SUBUNIT MODEL OF SARS CORONAVIRUS S PROTEIN REMARK 900 RELATED ID: 1T7G RELATED DB: PDB REMARK 900 PEPLOMER MODEL OF SARS CORONAVIRUS S PROTEIN DBREF 1U4K D 1993 2318 UNP P59594 VGL2_CVHSA 764 1089 SEQRES 1 D 326 PHE ALA GLN VAL LYS GLN MET TYR LYS THR PRO THR LEU SEQRES 2 D 326 LYS TYR PHE GLY GLY PHE ASN PHE SER GLN ILE LEU PRO SEQRES 3 D 326 ASP PRO LEU LYS PRO THR LYS ARG SER PHE ILE GLU ASP SEQRES 4 D 326 LEU LEU PHE ASN LYS VAL THR LEU ALA ASP ALA GLY PHE SEQRES 5 D 326 MET LYS GLN TYR GLY GLU CYS LEU GLY ASP ILE ASN ALA SEQRES 6 D 326 ARG ASP LEU ILE CYS ALA GLN LYS PHE ASN GLY LEU THR SEQRES 7 D 326 VAL LEU PRO PRO LEU LEU THR ASP ASP MET ILE ALA ALA SEQRES 8 D 326 TYR THR ALA ALA LEU VAL SER GLY THR ALA THR ALA GLY SEQRES 9 D 326 TRP THR PHE GLY ALA GLY ALA ALA LEU GLN ILE PRO PHE SEQRES 10 D 326 ALA MET GLN MET ALA TYR ARG PHE ASN GLY ILE GLY VAL SEQRES 11 D 326 THR GLN ASN VAL LEU TYR GLU ASN GLN LYS GLN ILE ALA SEQRES 12 D 326 ASN GLN PHE ASN LYS ALA ILE SER GLN ILE GLN GLU SER SEQRES 13 D 326 LEU THR THR THR SER THR ALA LEU GLY LYS LEU GLN ASP SEQRES 14 D 326 VAL VAL ASN GLN ASN ALA GLN ALA LEU ASN THR LEU VAL SEQRES 15 D 326 LYS GLN LEU SER SER ASN PHE GLY ALA ILE SER SER VAL SEQRES 16 D 326 LEU ASN ASP ILE LEU SER ARG LEU ASP LYS VAL GLU ALA SEQRES 17 D 326 GLU VAL GLN ILE ASP ARG LEU ILE THR GLY ARG LEU GLN SEQRES 18 D 326 SER LEU GLN THR TYR VAL THR GLN GLN LEU ILE ARG ALA SEQRES 19 D 326 ALA GLU ILE ARG ALA SER ALA ASN LEU ALA ALA THR LYS SEQRES 20 D 326 MET SER GLU CYS VAL LEU GLY GLN SER LYS ARG VAL ASP SEQRES 21 D 326 PHE CYS GLY LYS GLY TYR HIS LEU MET SER PHE PRO GLN SEQRES 22 D 326 ALA ALA PRO HIS GLY VAL VAL PHE LEU HIS VAL THR TYR SEQRES 23 D 326 VAL PRO SER GLN GLU ARG ASN PHE THR THR ALA PRO ALA SEQRES 24 D 326 ILE CYS HIS GLU GLY LYS ALA TYR PHE PRO ARG GLU GLY SEQRES 25 D 326 VAL PHE VAL PHE ASN GLY THR SER TRP PHE ILE THR GLN SEQRES 26 D 326 ARG HELIX 1 1 ALA D 1994 THR D 2002 1 9 HELIX 2 2 ASN D 2035 LEU D 2052 1 18 HELIX 3 3 GLY D 2053 ILE D 2055 5 3 HELIX 4 4 ASP D 2059 CYS D 2062 5 4 HELIX 5 5 TYR D 2084 SER D 2090 1 7 HELIX 6 6 GLY D 2091 GLY D 2096 1 6 HELIX 7 7 GLN D 2106 ALA D 2110 5 5 HELIX 8 8 LYS D 2132 ASN D 2166 1 35 HELIX 9 9 ASN D 2166 VAL D 2198 1 33 HELIX 10 10 ALA D 2200 ASP D 2205 1 6 HELIX 11 11 GLY D 2210 VAL D 2244 1 35 HELIX 12 12 VAL D 2244 VAL D 2276 1 33 HELIX 13 13 TYR D 2278 ILE D 2292 1 15 HELIX 14 14 GLY D 2304 GLN D 2317 1 14 SHEET 1 A 2 ASN D2056 ARG D2058 0 SHEET 2 A 2 ALA D2063 PHE D2066 -1 O ALA D2063 N ARG D2058 CRYST1 136.680 174.710 143.130 90.00 90.00 90.00 P 1 1 ORIGX1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 ORIGX3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SCALE1 0.007316 0.000000 0.000000 0.00000 SCALE2 0.000000 0.005724 0.000000 0.00000 SCALE3 0.000000 0.000000 0.006987 0.00000 ATOM 1 N PHE D1993 49.200 60.360 49.520 1.00 0.00 N ATOM 2 CA PHE D1993 49.860 61.440 50.280 1.00 0.00 C ATOM 3 C PHE D1993 50.350 60.880 51.620 1.00 0.00 C ATOM 4 O PHE D1993 49.560 60.300 52.350 1.00 0.00 O ATOM 5 CB PHE D1993 48.840 62.580 50.440 1.00 0.00 C ATOM 6 CG PHE D1993 49.290 63.730 51.340 1.00 0.00 C ATOM 7 CD1 PHE D1993 50.390 64.550 50.990 1.00 0.00 C ATOM 8 CD2 PHE D1993 48.580 63.950 52.540 1.00 0.00 C ATOM 9 CE1 PHE D1993 50.810 65.570 51.870 1.00 0.00 C ATOM 10 CE2 PHE D1993 48.990 64.970 53.420 1.00 0.00 C ATOM 11 CZ PHE D1993 50.110 65.760 53.080 1.00 0.00 C ATOM 12 1H PHE D1993 48.820 60.720 48.670 1.00 99.99 H ATOM 13 2H PHE D1993 49.860 59.640 49.290 1.00 99.99 H ATOM 14 3H PHE D1993 48.460 59.950 50.070 1.00 99.99 H ATOM 15 HD1 PHE D1993 50.890 64.430 50.040 1.00 99.99 H ATOM 16 HD2 PHE D1993 47.720 63.340 52.790 1.00 99.99 H ATOM 17 HE1 PHE D1993 51.680 66.160 51.650 1.00 99.99 H ATOM 18 HE2 PHE D1993 48.470 65.130 54.360 1.00 99.99 H ATOM 19 HZ PHE D1993 50.490 66.460 53.800 1.00 99.99 H ATOM 20 N ALA D1994 51.670 60.940 51.830 1.00 0.00 N ATOM 21 CA ALA D1994 52.350 60.170 52.910 1.00 0.00 C ATOM 22 C ALA D1994 53.700 60.740 53.400 1.00 0.00 C ATOM 23 O ALA D1994 54.240 61.690 52.830 1.00 0.00 O ATOM 24 CB ALA D1994 52.530 58.720 52.440 1.00 0.00 C ATOM 25 H ALA D1994 52.260 61.580 51.350 1.00 99.99 H ATOM 26 N GLN D1995 54.150 60.160 54.520 1.00 0.00 N ATOM 27 CA GLN D1995 55.440 60.390 55.230 1.00 0.00 C ATOM 28 C GLN D1995 56.270 61.640 54.850 1.00 0.00 C ATOM 29 O GLN D1995 56.060 62.710 55.420 1.00 0.00 O ATOM 30 CB GLN D1995 56.230 59.070 55.210 1.00 0.00 C ATOM 31 CG GLN D1995 57.510 59.050 56.060 1.00 0.00 C ATOM 32 CD GLN D1995 57.260 59.300 57.550 1.00 0.00 C ATOM 33 OE1 GLN D1995 57.300 60.410 58.050 1.00 0.00 O ATOM 34 NE2 GLN D1995 57.130 58.240 58.320 1.00 0.00 N ATOM 35 H GLN D1995 53.520 59.570 55.030 1.00 99.99 H ATOM 36 N VAL D1996 57.110 61.520 53.810 1.00 0.00 N ATOM 37 CA VAL D1996 58.050 62.570 53.350 1.00 0.00 C ATOM 38 C VAL D1996 57.370 63.930 53.070 1.00 0.00 C ATOM 39 O VAL D1996 57.860 64.980 53.490 1.00 0.00 O ATOM 40 CB VAL D1996 58.860 62.070 52.120 1.00 0.00 C ATOM 41 CG1 VAL D1996 59.890 63.090 51.630 1.00 0.00 C ATOM 42 CG2 VAL D1996 59.600 60.760 52.420 1.00 0.00 C ATOM 43 H VAL D1996 57.170 60.650 53.310 1.00 99.99 H ATOM 44 N LYS D1997 56.190 63.870 52.450 1.00 0.00 N ATOM 45 CA LYS D1997 55.380 65.060 52.110 1.00 0.00 C ATOM 46 C LYS D1997 54.810 65.810 53.330 1.00 0.00 C ATOM 47 O LYS D1997 54.910 67.040 53.400 1.00 0.00 O ATOM 48 CB LYS D1997 54.280 64.670 51.120 1.00 0.00 C ATOM 49 CG LYS D1997 54.880 64.270 49.770 1.00 0.00 C ATOM 50 CD LYS D1997 53.810 63.880 48.740 1.00 0.00 C ATOM 51 CE LYS D1997 54.470 63.550 47.400 1.00 0.00 C ATOM 52 NZ LYS D1997 53.450 63.210 46.400 1.00 0.00 N ATOM 53 H LYS D1997 55.760 62.990 52.250 1.00 99.99 H ATOM 54 1HZ LYS D1997 53.900 63.030 45.530 1.00 99.99 H ATOM 55 2HZ LYS D1997 52.950 62.400 46.690 1.00 99.99 H ATOM 56 3HZ LYS D1997 52.830 63.990 46.290 1.00 99.99 H ATOM 57 N GLN D1998 54.310 65.060 54.310 1.00 0.00 N ATOM 58 CA GLN D1998 53.930 65.610 55.640 1.00 0.00 C ATOM 59 C GLN D1998 55.110 66.140 56.460 1.00 0.00 C ATOM 60 O GLN D1998 55.020 67.210 57.070 1.00 0.00 O ATOM 61 CB GLN D1998 53.160 64.580 56.460 1.00 0.00 C ATOM 62 CG GLN D1998 51.670 64.520 56.120 1.00 0.00 C ATOM 63 CD GLN D1998 50.890 65.740 56.640 1.00 0.00 C ATOM 64 OE1 GLN D1998 50.870 66.820 56.060 1.00 0.00 O ATOM 65 NE2 GLN D1998 50.200 65.590 57.740 1.00 0.00 N ATOM 66 H GLN D1998 54.160 64.080 54.190 1.00 99.99 H ATOM 67 N MET D1999 56.230 65.410 56.440 1.00 0.00 N ATOM 68 CA MET D1999 57.530 65.870 56.990 1.00 0.00 C ATOM 69 C MET D1999 57.920 67.260 56.440 1.00 0.00 C ATOM 70 O MET D1999 58.100 68.210 57.200 1.00 0.00 O ATOM 71 CB MET D1999 58.660 64.890 56.650 1.00 0.00 C ATOM 72 CG MET D1999 58.540 63.500 57.280 1.00 0.00 C ATOM 73 SD MET D1999 58.770 63.430 59.090 1.00 0.00 S ATOM 74 CE MET 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