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THE SEQUENCE OF THE PEPTIDE IS NATURALLY FOUND IN THE VENOM DUCT OF CONUS VENTRICOSUS (MARINE CONE SNAIL). ; # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name PDB _struct_ref.db_code 1NXN _struct_ref.pdbx_db_accession 1NXN _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ? _struct_ref.pdbx_align_begin 1 # _struct_ref_seq.align_id 1 _struct_ref_seq.ref_id 1 _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code 1NXN _struct_ref_seq.pdbx_strand_id A _struct_ref_seq.seq_align_beg 1 _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code ? _struct_ref_seq.seq_align_end 10 _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code ? _struct_ref_seq.pdbx_db_accession 1NXN _struct_ref_seq.db_align_beg 1 _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code ? _struct_ref_seq.db_align_end 10 _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code ? _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg 1 _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 10 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DTR 'D-peptide linking' . D-TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 NH2 non-polymer . 'AMINO GROUP' ? 'H2 N' 16.023 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 # loop_ _pdbx_nmr_exptl.experiment_id _pdbx_nmr_exptl.conditions_id _pdbx_nmr_exptl.type _pdbx_nmr_exptl.solution_id 1 1 '2D TOCSY' 1 2 1 '2D ROESY' 1 3 1 COSY 1 4 1 '1H- 15N HSQC' 1 5 1 '1H-13C HMQC' 1 6 1 '1H-13C HSQC-TOCSY' 1 # _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.conditions_id 1 _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature 298 _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure AMBIENT _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pH 3.5 _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.ionic_strength ? _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units ? _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature_units K # _pdbx_nmr_sample_details.solution_id 1 _pdbx_nmr_sample_details.contents '5 MM PROTEIN' _pdbx_nmr_sample_details.solvent_system 'H2O+D2O, D2O' # _pdbx_nmr_spectrometer.spectrometer_id 1 _pdbx_nmr_spectrometer.model AVANCE _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer Bruker _pdbx_nmr_spectrometer.field_strength 400 _pdbx_nmr_spectrometer.type ? # _pdbx_nmr_refine.entry_id 1NXN _pdbx_nmr_refine.method 'simulated annealing' _pdbx_nmr_refine.details ? _pdbx_nmr_refine.software_ordinal 1 # _pdbx_nmr_details.entry_id 1NXN _pdbx_nmr_details.text 'HETERONUCLEAR EXPERIMENTS WERE PERFORMED AT NATURAL ABUNDANCE' # _pdbx_nmr_ensemble.entry_id 1NXN _pdbx_nmr_ensemble.conformers_calculated_total_number 200 _pdbx_nmr_ensemble.conformers_submitted_total_number 20 _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria 'FEWEST RESTRAINTS VIOLATIONS, LOWEST ENERGY' _pdbx_nmr_ensemble.average_constraints_per_residue ? _pdbx_nmr_ensemble.average_constraint_violations_per_residue ? _pdbx_nmr_ensemble.maximum_distance_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.average_distance_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.maximum_upper_distance_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.maximum_lower_distance_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.distance_constraint_violation_method ? _pdbx_nmr_ensemble.maximum_torsion_angle_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.average_torsion_angle_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.torsion_angle_constraint_violation_method ? # _pdbx_nmr_representative.entry_id 1NXN _pdbx_nmr_representative.conformer_id 1 _pdbx_nmr_representative.selection_criteria 'closest to the average' # loop_ _pdbx_nmr_software.classification _pdbx_nmr_software.name _pdbx_nmr_software.version _pdbx_nmr_software.authors _pdbx_nmr_software.ordinal 'structure solution' XwinNMR ? ? 1 'structure solution' NMRPipe ? ? 2 'structure solution' NMRView ? ? 3 'structure solution' XPLOR 1.5 ? 4 refinement XPLOR 1.5 ? 5 # _exptl.entry_id 1NXN _exptl.method 'SOLUTION NMR' _exptl.crystals_number ? # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_percent_sol ? _exptl_crystal.density_Matthews ? _exptl_crystal.description ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp ? _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type ? # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength . _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _struct.entry_id 1NXN _struct.title 'SOLUTION STRUCTURE OF CONTRYPHAN-VN' _struct.pdbx_descriptor CONTRYPHAN-VN _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1NXN _struct_keywords.pdbx_keywords TOXIN _struct_keywords.text 'D-TRYPTOPHAN, CYCLIC PEPTIDE, DISULFIDE BRIDGE, CIS-TRANS ISOMERISM, TOXIN' # _struct_asym.id A _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.entity_id 1 _struct_asym.details ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf1 disulf ? ? A CYS 3 SG ? ? ? 1_555 A CYS 9 SG ? ? A CYS 3 A CYS 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.248 ? covale1 covale both ? A PRO 4 C ? ? ? 1_555 A DTR 5 N ? ? A PRO 4 A DTR 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.292 ? covale2 covale both ? A DTR 5 C ? ? ? 1_555 A LYS 6 N ? ? A DTR 5 A LYS 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.059 ? covale3 covale one ? A DTR 5 O ? ? ? 1_555 A LYS 6 N ? ? A DTR 5 A LYS 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.523 ? covale4 covale both ? A CYS 9 C ? ? ? 1_555 A NH2 10 N ? ? A CYS 9 A NH2 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.479 ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 CYS 3 A . ? CYS 3 A PRO 4 A ? PRO 4 A 1 -0.43 2 CYS 3 A . ? CYS 3 A PRO 4 A ? PRO 4 A 2 -0.39 3 CYS 3 A . ? CYS 3 A PRO 4 A ? PRO 4 A 3 -0.34 4 CYS 3 A . ? CYS 3 A PRO 4 A ? PRO 4 A 4 -0.22 5 CYS 3 A . ? CYS 3 A PRO 4 A ? PRO 4 A 5 -0.59 6 CYS 3 A . ? CYS 3 A PRO 4 A ? PRO 4 A 6 -0.08 7 CYS 3 A . ? CYS 3 A PRO 4 A ? PRO 4 A 7 -0.26 8 CYS 3 A . ? CYS 3 A PRO 4 A ? PRO 4 A 8 -0.13 9 CYS 3 A . ? CYS 3 A PRO 4 A ? PRO 4 A 9 -0.25 10 CYS 3 A . ? CYS 3 A PRO 4 A ? PRO 4 A 10 0.01 11 CYS 3 A . ? CYS 3 A PRO 4 A ? PRO 4 A 11 -0.76 12 CYS 3 A . ? CYS 3 A PRO 4 A ? PRO 4 A 12 -1.12 13 CYS 3 A . ? CYS 3 A PRO 4 A ? PRO 4 A 13 -0.09 14 CYS 3 A . ? CYS 3 A PRO 4 A ? PRO 4 A 14 0.06 15 CYS 3 A . ? CYS 3 A PRO 4 A ? PRO 4 A 15 -0.31 16 CYS 3 A . ? CYS 3 A PRO 4 A ? PRO 4 A 16 -0.10 17 CYS 3 A . ? CYS 3 A PRO 4 A ? PRO 4 A 17 0.08 18 CYS 3 A . ? CYS 3 A PRO 4 A ? PRO 4 A 18 -0.17 19 CYS 3 A . ? CYS 3 A PRO 4 A ? PRO 4 A 19 -0.32 20 CYS 3 A . ? CYS 3 A PRO 4 A ? 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CYS A 9 . ? 1_555 ? # _database_PDB_matrix.entry_id 1NXN _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _atom_sites.entry_id 1NXN _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 # loop_ _atom_type.symbol C H N O S # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_atom_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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DTR A 1 5 ? 0.396 -8.705 1.625 1.00 0.00 ? 5 DTR A HE1 9 HETATM 1202 H HZ2 . DTR A 1 5 ? 1.873 -9.616 -0.650 1.00 0.00 ? 5 DTR A HZ2 9 HETATM 1203 H HH2 . DTR A 1 5 ? 3.570 -8.813 -2.274 1.00 0.00 ? 5 DTR A HH2 9 HETATM 1204 H HZ3 . DTR A 1 5 ? 4.446 -6.499 -2.105 1.00 0.00 ? 5 DTR A HZ3 9 HETATM 1205 H HE3 . DTR A 1 5 ? 3.640 -4.982 -0.322 1.00 0.00 ? 5 DTR A HE3 9 ATOM 1206 N N . LYS A 1 6 ? 1.615 -1.520 2.687 1.00 0.00 ? 6 LYS A N 9 ATOM 1207 C CA . LYS A 1 6 ? 2.118 -0.112 2.710 1.00 0.00 ? 6 LYS A CA 9 ATOM 1208 C C . LYS A 1 6 ? 3.272 0.013 3.721 1.00 0.00 ? 6 LYS A C 9 ATOM 1209 O O . LYS A 1 6 ? 3.541 -0.918 4.454 1.00 0.00 ? 6 LYS A O 9 ATOM 1210 C CB . LYS A 1 6 ? 0.917 0.733 3.137 1.00 0.00 ? 6 LYS A CB 9 ATOM 1211 C CG . LYS A 1 6 ? 0.200 1.260 1.891 1.00 0.00 ? 6 LYS A CG 9 ATOM 1212 C CD . LYS A 1 6 ? 0.974 2.445 1.314 1.00 0.00 ? 6 LYS A CD 9 ATOM 1213 C CE . LYS A 1 6 ? 0.239 2.989 0.087 1.00 0.00 ? 6 LYS A CE 9 ATOM 1214 N NZ . 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PRO A 1 7 ? 2.708 2.741 3.069 1.00 0.00 ? 7 PRO A HD2 9 ATOM 1241 H HD3 . PRO A 1 7 ? 3.826 2.093 1.850 1.00 0.00 ? 7 PRO A HD3 9 ATOM 1242 N N . TRP A 1 8 ? 3.505 2.367 6.231 1.00 0.00 ? 8 TRP A N 9 ATOM 1243 C CA . TRP A 1 8 ? 2.979 2.671 7.601 1.00 0.00 ? 8 TRP A CA 9 ATOM 1244 C C . TRP A 1 8 ? 1.993 1.590 8.064 1.00 0.00 ? 8 TRP A C 9 ATOM 1245 O O . TRP A 1 8 ? 1.769 1.417 9.247 1.00 0.00 ? 8 TRP A O 9 ATOM 1246 C CB . TRP A 1 8 ? 2.286 4.036 7.485 1.00 0.00 ? 8 TRP A CB 9 ATOM 1247 C CG . TRP A 1 8 ? 1.179 3.981 6.477 1.00 0.00 ? 8 TRP A CG 9 ATOM 1248 C CD1 . TRP A 1 8 ? 0.015 3.309 6.631 1.00 0.00 ? 8 TRP A CD1 9 ATOM 1249 C CD2 . TRP A 1 8 ? 1.112 4.617 5.167 1.00 0.00 ? 8 TRP A CD2 9 ATOM 1250 N NE1 . TRP A 1 8 ? -0.761 3.490 5.500 1.00 0.00 ? 8 TRP A NE1 9 ATOM 1251 C CE2 . TRP A 1 8 ? -0.127 4.291 4.569 1.00 0.00 ? 8 TRP A CE2 9 ATOM 1252 C CE3 . TRP A 1 8 ? 1.999 5.439 4.448 1.00 0.00 ? 8 TRP A CE3 9 ATOM 1253 C CZ2 . 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