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Shao, H.
He, X.
Achnine, L.
Blount, J.W.
Dixon, R.A.
Wang, X.
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4
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90
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L-peptide linking
C6 H15 N4 O2 1
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y
ARGININE
L-peptide linking
C4 H8 N2 O3
132.118
y
ASPARAGINE
L-peptide linking
C4 H7 N O4
133.103
y
ASPARTIC ACID
L-peptide linking
C3 H7 N O2 S
121.158
y
CYSTEINE
L-peptide linking
C5 H10 N2 O3
146.144
y
GLUTAMINE
L-peptide linking
C5 H9 N O4
147.129
y
GLUTAMIC ACID
L-peptide linking
C2 H5 N O2
75.067
y
GLYCINE
peptide linking
C6 H10 N3 O2 1
156.162
y
HISTIDINE
L-peptide linking
H2 O
18.015
WATER
non-polymer
C6 H13 N O2
131.173
y
ISOLEUCINE
L-peptide linking
C6 H13 N O2
131.173
y
LEUCINE
L-peptide linking
C6 H15 N2 O2 1
147.195
y
LYSINE
L-peptide linking
C5 H11 N O2 S
149.211
y
METHIONINE
L-peptide linking
C9 H11 N O2
165.189
y
PHENYLALANINE
L-peptide linking
C5 H9 N O2
115.130
y
PROLINE
L-peptide linking
C3 H7 N O3
105.093
y
SERINE
L-peptide linking
C4 H9 N O3
119.119
y
THREONINE
L-peptide linking
C11 H12 N2 O2
204.225
y
TRYPTOPHAN
L-peptide linking
C9 H11 N O3
181.189
y
TYROSINE
L-peptide linking
C9 H14 N2 O12 P2
404.161
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
RNA linking
C5 H11 N O2
117.146
y
VALINE
L-peptide linking
N
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C
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A
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HOH
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A
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HOH
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HOH
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A
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HOH
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3
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B
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B
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B
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B
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B
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B
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3
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B
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B
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3
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B
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B
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3
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B
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3
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B
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3
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B
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B
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3
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B
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B
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3
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B
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3
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B
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3
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B
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3
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B
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B
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3
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B
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3
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B
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B
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B
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B
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B
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B
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B
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B
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B
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B
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B
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B
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B
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B
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B
WAT
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HOH
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B
WAT
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B
WAT
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HOH
HOH
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B
WAT
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B
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HOH
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B
WAT
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3
HOH
HOH
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B
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HOH
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B
WAT
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3
HOH
HOH
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B
WAT
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3
HOH
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B
WAT
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B
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B
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B
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28
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n
87
SER
87
A
PRO
88
n
88
PRO
88
A
GLU
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n
89
GLU
89
A
PHE
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n
90
PHE
90
A
TYR
91
n
91
TYR
91
A
ILE
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n
92
ILE
92
A
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n
93
LEU
93
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94
n
94
THR
94
A
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n
95
PHE
95
A
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n
96
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n
97
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n
98
SER
98
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n
99
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99
A
ILE
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n
100
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100
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PRO
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n
101
PRO
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n
102
HIS
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A
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n
103
VAL
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n
104
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A
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n
105
ALA
105
A
THR
106
n
106
THR
106
A
ILE
107
n
107
ILE
107
A
LYS
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n
108
LYS
108
A
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n
109
THR
109
A
ILE
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n
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A
LEU
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n
111
LEU
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n
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SER
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n
113
ASN
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n
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n
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n
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n
121
ASP
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n
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n
123
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n
124
CYS
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n
125
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n
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n
127
MET
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n
128
ILE
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n
129
ASP
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n
130
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n
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n
132
ASN
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n
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n
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n
136
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n
137
PRO
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A
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n
138
SER
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A
TYR
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n
139
TYR
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A
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n
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PHE
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A
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n
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THR
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n
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SER
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n
145
ASN
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n
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n
150
SER
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152
MET
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n
156
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n
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ASN
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n
158
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n
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n
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n
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n
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n
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n
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ASN
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n
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n
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n
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n
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TYR
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n
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A
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n
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n
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n
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n
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n
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n
208
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n
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n
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n
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THR
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n
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n
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n
220
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n
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n
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SER
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A
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n
228
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n
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ASP
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n
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ALA
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n
231
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n
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TYR
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n
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n
234
HIS
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ASP
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n
235
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A
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n
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GLU
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n
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A
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n
238
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n
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A
PRO
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n
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n
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TYR
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n
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n
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VAL
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n
245
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n
246
PRO
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A
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n
247
LEU
247
A
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n
248
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n
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ASP
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A
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n
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n
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n
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n
253
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n
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n
255
ASN
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A
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n
256
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n
257
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A
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n
258
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n
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ASP
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n
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n
261
ALA
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n
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n
263
HIS
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A
ASP
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n
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ASP
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A
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n
265
LEU
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A
ILE
266
n
266
ILE
266
A
LEU
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n
267
LEU
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A
LYS
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n
268
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A
TRP
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n
269
TRP
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A
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n
270
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A
ASP
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n
271
ASP
271
A
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n
272
GLU
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n
273
GLN
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n
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PRO
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A
ASP
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n
275
ASP
275
A
LYS
276
n
276
LYS
276
A
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n
277
SER
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A
VAL
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n
278
VAL
278
A
VAL
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n
279
VAL
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A
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n
280
PHE
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A
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n
281
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A
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n
282
CYS
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A
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n
283
PHE
283
A
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n
284
GLY
284
A
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n
285
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A
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n
286
MET
286
A
GLY
287
n
287
GLY
287
A
VAL
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n
288
VAL
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A
SER
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n
290
PHE
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n
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n
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n
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SER
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n
294
GLN
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n
295
ILE
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A
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n
296
ARG
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n
297
GLU
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A
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n
298
ILE
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A
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n
299
ALA
299
A
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n
300
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A
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n
301
GLY
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A
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n
302
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A
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n
303
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A
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n
304
HIS
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A
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n
305
SER
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A
GLY
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n
306
GLY
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A
VAL
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n
307
VAL
307
A
ARG
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n
308
ARG
308
A
PHE
309
n
309
PHE
309
A
LEU
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n
310
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A
TRP
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n
311
TRP
311
A
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n
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SER
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A
ASN
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n
313
ASN
313
A
SER
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n
314
SER
314
A
ALA
315
n
315
ALA
315
A
GLU
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n
316
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n
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n
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n
319
VAL
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n
320
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n
321
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n
322
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n
323
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A
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n
324
PHE
324
A
LEU
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n
325
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325
A
GLU
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n
326
GLU
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A
TRP
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n
327
TRP
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A
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n
328
MET
328
A
GLU
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n
329
GLU
329
A
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n
330
LEU
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A
GLU
331
n
331
GLU
331
A
GLY
332
n
332
GLY
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A
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n
333
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A
GLY
334
n
334
GLY
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A
MET
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n
335
MET
335
A
ILE
336
n
336
ILE
336
A
CYS
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n
337
CYS
337
A
GLY
338
n
338
GLY
338
A
TRP
339
n
339
TRP
339
A
ALA
340
n
340
ALA
340
A
PRO
341
n
341
PRO
341
A
GLN
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n
342
GLN
342
A
VAL
343
n
343
VAL
343
A
GLU
344
n
344
GLU
344
A
VAL
345
n
345
VAL
345
A
LEU
346
n
346
LEU
346
A
ALA
347
n
347
ALA
347
A
HIS
348
n
348
HIS
348
A
LYS
349
n
349
LYS
349
A
ALA
350
n
350
ALA
350
A
ILE
351
n
351
ILE
351
A
GLY
352
n
352
GLY
352
A
GLY
353
n
353
GLY
353
A
PHE
354
n
354
PHE
354
A
VAL
355
n
355
VAL
355
A
SER
356
n
356
SER
356
A
HIS
357
n
357
HIS
357
A
CYS
358
n
358
CYS
358
A
GLY
359
n
359
GLY
359
A
TRP
360
n
360
TRP
360
A
ASN
361
n
361
ASN
361
A
SER
362
n
362
SER
362
A
ILE
363
n
363
ILE
363
A
LEU
364
n
364
LEU
364
A
GLU
365
n
365
GLU
365
A
SER
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n
366
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366
A
MET
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n
367
MET
367
A
TRP
368
n
368
TRP
368
A
PHE
369
n
369
PHE
369
A
GLY
370
n
370
GLY
370
A
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371
n
371
VAL
371
A
PRO
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n
372
PRO
372
A
ILE
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n
373
ILE
373
A
LEU
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n
374
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374
A
THR
375
n
375
THR
375
A
TRP
376
n
376
TRP
376
A
PRO
377
n
377
PRO
377
A
ILE
378
n
378
ILE
378
A
TYR
379
n
379
TYR
379
A
ALA
380
n
380
ALA
380
A
GLU
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n
381
GLU
381
A
GLN
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n
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GLN
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A
GLN
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n
383
GLN
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A
LEU
384
n
384
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384
A
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n
385
ASN
385
A
ALA
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n
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386
A
PHE
387
n
387
PHE
387
A
ARG
388
n
388
ARG
388
A
LEU
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n
389
LEU
389
A
VAL
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n
390
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A
LYS
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n
391
LYS
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A
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n
392
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A
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n
393
TRP
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A
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n
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GLY
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A
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n
395
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A
GLY
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n
396
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396
A
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n
397
LEU
397
A
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n
398
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398
A
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n
399
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399
A
ARG
400
n
400
ARG
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A
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401
n
401
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A
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n
402
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A
TYR
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n
403
TYR
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A
ARG
404
n
404
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404
A
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n
405
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A
GLY
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n
406
GLY
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A
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n
407
SER
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A
ASP
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n
408
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n
409
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n
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n
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n
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n
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n
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n
415
ILE
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GLU
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n
416
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n
417
LYS
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A
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n
418
GLY
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A
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n
419
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419
A
LYS
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n
420
LYS
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A
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n
421
ASP
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n
422
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n
423
MET
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n
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n
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n
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n
428
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n
429
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A
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n
430
HIS
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A
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n
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GLN
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n
435
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n
436
MET
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437
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A
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n
438
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439
MET
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A
SER
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n
440
SER
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A
ARG
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n
441
ARG
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A
ASN
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n
442
ASN
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A
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n
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n
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n
445
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n
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448
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n
449
SER
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A
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n
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n
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n
452
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n
453
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n
454
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n
455
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n
456
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457
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n
458
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ASP
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ASP
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n
461
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n
462
THR
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463
n
463
GLY
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A
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1
1
B
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2
B
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3
3
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4
B
n
5
5
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n
6
6
B
n
7
7
B
LYS
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n
8
LYS
8
B
ASN
9
n
9
ASN
9
B
SER
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n
10
SER
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B
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n
11
GLU
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B
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n
12
LEU
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B
ILE
13
n
13
ILE
13
B
PHE
14
n
14
PHE
14
B
ILE
15
n
15
ILE
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B
PRO
16
n
16
PRO
16
B
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n
17
ALA
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B
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n
18
PRO
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B
GLY
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n
19
GLY
19
B
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n
20
ILE
20
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n
21
GLY
21
B
HIS
22
n
22
HIS
22
B
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23
n
23
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23
B
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n
24
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25
n
25
SER
25
B
ALA
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n
26
ALA
26
B
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n
27
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27
B
GLU
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n
28
GLU
28
B
PHE
29
n
29
PHE
29
B
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30
n
30
ALA
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B
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n
31
LYS
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n
32
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n
33
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THR
34
n
34
THR
34
B
ASN
35
n
35
ASN
35
B
HIS
36
n
36
HIS
36
B
ASP
37
n
37
ASP
37
B
LYS
38
n
38
LYS
38
B
ASN
39
n
39
ASN
39
B
LEU
40
n
40
LEU
40
B
TYR
41
n
41
TYR
41
B
ILE
42
n
42
ILE
42
B
THR
43
n
43
THR
43
B
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44
n
44
VAL
44
B
PHE
45
n
45
PHE
45
B
CYS
46
n
46
CYS
46
B
ILE
47
n
47
ILE
47
B
LYS
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n
48
LYS
48
B
PHE
49
n
49
PHE
49
B
PRO
50
n
50
PRO
50
B
GLY
51
n
51
GLY
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B
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52
n
52
MET
52
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PRO
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n
53
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B
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54
n
54
PHE
54
B
ALA
55
n
55
ALA
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B
ASP
56
n
56
ASP
56
B
SER
57
n
57
SER
57
B
TYR
58
n
58
TYR
58
B
ILE
59
n
59
ILE
59
B
LYS
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n
60
LYS
60
B
SER
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n
61
SER
61
B
VAL
62
n
62
VAL
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B
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n
63
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ALA
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n
64
ALA
64
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n
65
SER
65
B
GLN
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n
66
GLN
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PRO
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n
67
PRO
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B
GLN
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n
68
GLN
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B
ILE
69
n
69
ILE
69
B
GLN
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n
70
GLN
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B
LEU
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n
71
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71
B
ILE
72
n
72
ILE
72
B
ASP
73
n
73
ASP
73
B
LEU
74
n
74
LEU
74
B
PRO
75
n
75
PRO
75
B
GLU
76
n
76
GLU
76
B
VAL
77
n
77
VAL
77
B
GLU
78
n
78
GLU
78
B
PRO
79
n
79
PRO
79
B
PRO
80
n
80
PRO
80
B
PRO
81
n
81
PRO
81
B
GLN
82
n
82
GLN
82
B
GLU
83
n
83
GLU
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B
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n
84
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B
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n
85
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B
LYS
86
n
86
LYS
86
B
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n
87
SER
87
B
PRO
88
n
88
PRO
88
B
GLU
89
n
89
GLU
89
B
PHE
90
n
90
PHE
90
B
TYR
91
n
91
TYR
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B
ILE
92
n
92
ILE
92
B
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n
93
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B
THR
94
n
94
THR
94
B
PHE
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n
95
PHE
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B
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n
96
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n
97
GLU
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SER
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n
98
SER
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B
LEU
99
n
99
LEU
99
B
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100
n
100
ILE
100
B
PRO
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n
101
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B
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n
102
HIS
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B
VAL
103
n
103
VAL
103
B
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104
n
104
LYS
104
B
ALA
105
n
105
ALA
105
B
THR
106
n
106
THR
106
B
ILE
107
n
107
ILE
107
B
LYS
108
n
108
LYS
108
B
THR
109
n
109
THR
109
B
ILE
110
n
110
ILE
110
B
LEU
111
n
111
LEU
111
B
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n
112
SER
112
B
ASN
113
n
113
ASN
113
B
LYS
114
n
114
LYS
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B
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115
n
115
VAL
115
B
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n
116
VAL
116
B
GLY
117
n
117
GLY
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B
LEU
118
n
118
LEU
118
B
VAL
119
n
119
VAL
119
B
LEU
120
n
120
LEU
120
B
ASP
121
n
121
ASP
121
B
PHE
122
n
122
PHE
122
B
PHE
123
n
123
PHE
123
B
CYS
124
n
124
CYS
124
B
VAL
125
n
125
VAL
125
B
SER
126
n
126
SER
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B
MET
127
n
127
MET
127
B
ILE
128
n
128
ILE
128
B
ASP
129
n
129
ASP
129
B
VAL
130
n
130
VAL
130
B
GLY
131
n
131
GLY
131
B
ASN
132
n
132
ASN
132
B
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133
n
133
GLU
133
B
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134
n
134
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134
B
GLY
135
n
135
GLY
135
B
ILE
136
n
136
ILE
136
B
PRO
137
n
137
PRO
137
B
SER
138
n
138
SER
138
B
TYR
139
n
139
TYR
139
B
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140
n
140
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140
B
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141
n
141
PHE
141
B
LEU
142
n
142
LEU
142
B
THR
143
n
143
THR
143
B
SER
144
n
144
SER
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B
ASN
145
n
145
ASN
145
B
VAL
146
n
146
VAL
146
B
GLY
147
n
147
GLY
147
B
PHE
148
n
148
PHE
148
B
LEU
149
n
149
LEU
149
B
SER
150
n
150
SER
150
B
LEU
151
n
151
LEU
151
B
MET
152
n
152
MET
152
B
LEU
153
n
153
LEU
153
B
SER
154
n
154
SER
154
B
LEU
155
n
155
LEU
155
B
LYS
156
n
156
LYS
156
B
ASN
157
n
157
ASN
157
B
ARG
158
n
158
ARG
158
B
GLN
159
n
159
GLN
159
B
ILE
160
n
160
ILE
160
B
GLU
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n
161
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B
GLU
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n
162
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163
n
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n
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B
ASP
165
n
165
ASP
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B
ASP
166
n
166
ASP
166
B
SER
167
n
167
SER
167
B
ASP
168
n
168
ASP
168
B
ARG
169
n
169
ARG
169
B
ASP
170
n
170
ASP
170
B
HIS
171
n
171
HIS
171
B
GLN
172
n
172
GLN
172
B
LEU
173
n
173
LEU
173
B
LEU
174
n
174
LEU
174
B
ASN
175
n
175
ASN
175
B
ILE
176
n
176
ILE
176
B
PRO
177
n
177
PRO
177
B
GLY
178
n
178
GLY
178
B
ILE
179
n
179
ILE
179
B
SER
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n
180
SER
180
B
ASN
181
n
181
ASN
181
B
GLN
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n
182
GLN
182
B
VAL
183
n
183
VAL
183
B
PRO
184
n
184
PRO
184
B
SER
185
n
185
SER
185
B
ASN
186
n
186
ASN
186
B
VAL
187
n
187
VAL
187
B
LEU
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n
188
LEU
188
B
PRO
189
n
189
PRO
189
B
ASP
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n
190
ASP
190
B
ALA
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n
191
ALA
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B
CYS
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n
192
CYS
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B
PHE
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n
193
PHE
193
B
ASN
194
n
194
ASN
194
B
LYS
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n
195
LYS
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B
ASP
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n
196
ASP
196
B
GLY
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n
197
GLY
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B
GLY
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n
198
GLY
198
B
TYR
199
n
199
TYR
199
B
ILE
200
n
200
ILE
200
B
ALA
201
n
201
ALA
201
B
TYR
202
n
202
TYR
202
B
TYR
203
n
203
TYR
203
B
LYS
204
n
204
LYS
204
B
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n
205
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B
ALA
206
n
206
ALA
206
B
GLU
207
n
207
GLU
207
B
ARG
208
n
208
ARG
208
B
PHE
209
n
209
PHE
209
B
ARG
210
n
210
ARG
210
B
ASP
211
n
211
ASP
211
B
THR
212
n
212
THR
212
B
LYS
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n
213
LYS
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B
GLY
214
n
214
GLY
214
B
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n
215
ILE
215
B
ILE
216
n
216
ILE
216
B
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217
n
217
VAL
217
B
ASN
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n
218
ASN
218
B
THR
219
n
219
THR
219
B
PHE
220
n
220
PHE
220
B
SER
221
n
221
SER
221
B
ASP
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n
222
ASP
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B
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n
223
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B
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n
224
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B
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n
225
GLN
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B
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n
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n
227
SER
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B
ILE
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n
228
ILE
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B
ASP
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n
229
ASP
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B
ALA
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n
230
ALA
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B
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n
231
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n
232
TYR
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ASP
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n
233
ASP
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B
HIS
234
n
234
HIS
234
B
ASP
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n
235
ASP
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B
GLU
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n
236
GLU
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n
237
LYS
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B
ILE
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n
238
ILE
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B
PRO
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n
239
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239
B
PRO
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n
240
PRO
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ILE
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n
241
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B
TYR
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n
242
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n
243
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n
244
VAL
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n
245
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n
246
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n
247
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B
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n
248
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ASP
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n
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ASP
249
B
LEU
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n
250
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B
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n
251
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n
252
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253
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n
254
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ASN
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n
255
ASN
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n
256
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n
257
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258
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n
259
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B
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n
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n
263
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B
ASP
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n
264
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B
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n
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266
n
266
ILE
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n
267
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B
LYS
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n
268
LYS
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B
TRP
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n
269
TRP
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B
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270
n
270
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B
ASP
271
n
271
ASP
271
B
GLU
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n
272
GLU
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B
GLN
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n
273
GLN
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B
PRO
274
n
274
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B
ASP
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n
275
ASP
275
B
LYS
276
n
276
LYS
276
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SER
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n
277
SER
277
B
VAL
278
n
278
VAL
278
B
VAL
279
n
279
VAL
279
B
PHE
280
n
280
PHE
280
B
LEU
281
n
281
LEU
281
B
CYS
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n
282
CYS
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B
PHE
283
n
283
PHE
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B
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284
n
284
GLY
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B
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n
285
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285
B
MET
286
n
286
MET
286
B
GLY
287
n
287
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287
B
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n
288
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B
SER
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n
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B
PHE
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n
290
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B
GLY
291
n
291
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B
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n
292
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n
293
SER
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n
294
GLN
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B
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n
295
ILE
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B
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n
296
ARG
296
B
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n
297
GLU
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B
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n
298
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B
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299
n
299
ALA
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B
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300
n
300
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B
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301
n
301
GLY
301
B
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n
302
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n
303
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B
HIS
304
n
304
HIS
304
B
SER
305
n
305
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305
B
GLY
306
n
306
GLY
306
B
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307
n
307
VAL
307
B
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308
n
308
ARG
308
B
PHE
309
n
309
PHE
309
B
LEU
310
n
310
LEU
310
B
TRP
311
n
311
TRP
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B
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n
312
SER
312
B
ASN
313
n
313
ASN
313
B
SER
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n
314
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314
B
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315
n
315
ALA
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B
GLU
316
n
316
GLU
316
B
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n
317
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B
LYS
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n
318
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n
319
VAL
319
B
PHE
320
n
320
PHE
320
B
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321
n
321
PRO
321
B
GLU
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n
322
GLU
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B
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n
323
GLY
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B
PHE
324
n
324
PHE
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B
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325
n
325
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325
B
GLU
326
n
326
GLU
326
B
TRP
327
n
327
TRP
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B
MET
328
n
328
MET
328
B
GLU
329
n
329
GLU
329
B
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330
n
330
LEU
330
B
GLU
331
n
331
GLU
331
B
GLY
332
n
332
GLY
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B
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n
333
LYS
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B
GLY
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n
334
GLY
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B
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n
335
MET
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B
ILE
336
n
336
ILE
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B
CYS
337
n
337
CYS
337
B
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338
n
338
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338
B
TRP
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n
339
TRP
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B
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n
340
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n
341
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n
342
GLN
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n
343
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B
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n
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n
345
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B
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346
n
346
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346
B
ALA
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n
347
ALA
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B
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348
n
348
HIS
348
B
LYS
349
n
349
LYS
349
B
ALA
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n
350
ALA
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B
ILE
351
n
351
ILE
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B
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n
352
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PHE
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n
354
PHE
354
B
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355
n
355
VAL
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B
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356
n
356
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357
n
357
HIS
357
B
CYS
358
n
358
CYS
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B
GLY
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n
359
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359
B
TRP
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n
360
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ASN
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n
361
ASN
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B
SER
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n
362
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ILE
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n
363
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B
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364
n
364
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367
n
367
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TRP
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n
368
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PHE
369
n
369
PHE
369
B
GLY
370
n
370
GLY
370
B
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371
n
371
VAL
371
B
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n
372
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n
373
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B
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374
n
374
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374
B
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375
n
375
THR
375
B
TRP
376
n
376
TRP
376
B
PRO
377
n
377
PRO
377
B
ILE
378
n
378
ILE
378
B
TYR
379
n
379
TYR
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B
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n
380
ALA
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B
GLU
381
n
381
GLU
381
B
GLN
382
n
382
GLN
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B
GLN
383
n
383
GLN
383
B
LEU
384
n
384
LEU
384
B
ASN
385
n
385
ASN
385
B
ALA
386
n
386
ALA
386
B
PHE
387
n
387
PHE
387
B
ARG
388
n
388
ARG
388
B
LEU
389
n
389
LEU
389
B
VAL
390
n
390
VAL
390
B
LYS
391
n
391
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391
B
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392
n
392
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392
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n
393
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n
394
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B
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n
395
VAL
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396
n
396
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396
B
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n
397
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B
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398
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B
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399
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399
B
ARG
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n
400
ARG
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B
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n
401
VAL
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n
402
ASP
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B
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n
403
TYR
403
B
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n
404
ARG
404
B
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n
405
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B
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n
406
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B
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n
407
SER
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B
ASP
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n
408
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n
409
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n
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n
411
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n
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n
414
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B
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n
415
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B
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n
416
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n
417
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n
418
GLY
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B
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n
419
LEU
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B
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n
420
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B
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n
421
ASP
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B
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n
422
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n
423
MET
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n
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n
425
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n
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n
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B
ILE
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n
428
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B
VAL
429
n
429
VAL
429
B
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430
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ASP
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ASP
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VAL
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B
GLY
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PRO
256
-0.02
Q5IFH7_MEDTR
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Q5IFH7
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B
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parallel
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parallel
anti-parallel
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4
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