1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 0.00000 0.00000 Liao, M. Cao, E. Julius, D. Cheng, Y. http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic 1 90.00 90.00 90.00 1.000 1.000 1.000 C3 H7 N O2 89.093 y ALANINE L-peptide linking C6 H15 N4 O2 1 175.209 y ARGININE L-peptide linking C4 H8 N2 O3 132.118 y ASPARAGINE L-peptide linking C4 H7 N O4 133.103 y ASPARTIC ACID L-peptide linking C3 H7 N O2 S 121.158 y CYSTEINE L-peptide linking C5 H10 N2 O3 146.144 y GLUTAMINE L-peptide linking C5 H9 N O4 147.129 y GLUTAMIC ACID L-peptide linking C2 H5 N O2 75.067 y GLYCINE peptide linking C6 H10 N3 O2 1 156.162 y HISTIDINE L-peptide linking C6 H13 N O2 131.173 y ISOLEUCINE L-peptide linking C6 H13 N O2 131.173 y LEUCINE L-peptide linking C6 H15 N2 O2 1 147.195 y LYSINE L-peptide linking C5 H11 N O2 S 149.211 y METHIONINE L-peptide linking C9 H11 N O2 165.189 y PHENYLALANINE L-peptide linking C5 H9 N O2 115.130 y PROLINE L-peptide linking C3 H7 N O3 105.093 y SERINE L-peptide linking C4 H9 N O3 119.119 y THREONINE L-peptide linking C11 H12 N2 O2 204.225 y TRYPTOPHAN L-peptide linking C9 H11 N O3 181.189 y TYROSINE L-peptide linking C4 H9 N O2 103.120 UNKNOWN L-peptide linking C5 H11 N O2 117.146 y VALINE L-peptide linking UK Nature NATUAS 0006 0028-0836 504 113 118 10.1038/nature12823 24305161 TRPV1 structures in distinct conformations reveal activation mechanisms. 2013 10.2210/pdb3j5q/pdb pdb_00003j5q 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 0.00000 0.00000 1 SINGLE WAVELENGTH M x-ray 1 1.0 REFINEMENT PROTOCOL--de novo model building DETAILS--The entire ankyrin structure was fitted as a single rigid body. As a result, the first two ankyrin repeats (UNP residues 111-199) are included but are not well defined by the experimental density. AB INITIO MODEL REAL 1.2156 The entire ankyrin structure was fitted as a single rigid body. As a result, the first two ankyrin repeats (UNP residues 111-199) are included but are not well defined by the experimental density. Interatomic clashes between the ankyrin repeats and the C-terminal beta sheet are the result of poor geometry due to relatively poor experimental density in these regions. Resolution and averaging of DkTx density was insufficient to provide side chain geometry. The DkTx model was generated as a poly-ALA model based on hanatoxin (PDB entry 1D1H) and docked into the DkTx density with slight modification. (Single particle details: 3D classification, refinement, and reconstruction were performed using RELION) (Single particle--Applied symmetry: C4) 3J5Q Maximum likelihood 1.2156 36158 HALF-MAPS REFINED INDEPENDENTLY 3.8 FSC 0.143 CUT-OFF POINT 150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP 150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP 7.4 Each particle Tetramer Rat TRPV1 in complex with DkTx and resiniferatoxin 0 COMPLEX NO MEGADALTONS 0.3 PARTICLE 1 1 SINGLE PARTICLE 21 Operated in super-resolution counting mode, dose fractionation GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 3J5Q 900 300 31000 2013-01-01 Gatan K2 Summit operated in super-resolution counting mode, image recorded with dose fractionation method. 0.0 FIELD EMISSION GUN FLOOD BEAM FEI POLARA 300 BRIGHT FIELD 2.0 3000 1500 31000 OTHER FEI Polara cartridge 1 400 mesh Quantifoil grid 3J5Q C4 RECONSTRUCTION 1 RELION 0.3 NO NO NO YES ETHANE Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III) 3J5Q 90 FEI VITROBOT MARK III Blot for 6 sec 120 70795.211 Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1 SEE REMARK 999 4 man polymer 3433.014 Kappa-theraphotoxin-Cg1a 1 UNP residues 51-81 4 nat polymer TrpV1,Capsaicin receptor,Osm-9-like TRP channel 1,OTRPC1,Vanilloid receptor 1,Vanilloid receptor type 1-like double-knot toxin no no LYDRRSIFDAVAQSNCQELESLLPFLQRSKKRLTDSEFKDPETGKTCLLKAMLNLHNGQNDTIALLLDVARKTDSLKQFV NASYTDSYYKGQTALHIAIERRNMTLVTLLVENGADVQAAANGDFFKKTKGRPGFYFGELPLSLAACTNQLAIVKFLLQN SWQPADISARDSVGNTVLHALVEVADNTVDNTKFVTSMYNEILILGAKLHPTLKLEEITNRKGLTPLALAASSGKIGVLA YILQREIHEPECRHLSRKFTEWAYGPVHSSLYDLSCIDTCEKNSVLEVIAYSSSETPNRHDMLLVEPLNRLLQDKWDRFV KRIFYFNFFVYCLYMIIFTAAAYYRPVEGLPPYKLKNTVGDYFRVTGEILSVSGGVYFFFRGIQYFLQRRPSLKSLFVDS YSEILFFVQSLFMLVSVVLYFSQRKEYVASMVFSLAMGWTNMLYYTRGFQQMGIYAVMIEKMILRDLCRFMFVYLVFLFG FSTAVVTLIEDGKYNSLYSTCLELFKFTIGMGDLEFTENYDFKAVFIILLLAYVILTYILLLNMLIALMGETVNKIAQES KNIWKLQRAITILDTEKSFLKCMRKA(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) LYDRRSIFDAVAQSNCQELESLLPFLQRSKKRLTDSEFKDPETGKTCLLKAMLNLHNGQNDTIALLLDVARKTDSLKQFV NASYTDSYYKGQTALHIAIERRNMTLVTLLVENGADVQAAANGDFFKKTKGRPGFYFGELPLSLAACTNQLAIVKFLLQN SWQPADISARDSVGNTVLHALVEVADNTVDNTKFVTSMYNEILILGAKLHPTLKLEEITNRKGLTPLALAASSGKIGVLA YILQREIHEPECRHLSRKFTEWAYGPVHSSLYDLSCIDTCEKNSVLEVIAYSSSETPNRHDMLLVEPLNRLLQDKWDRFV KRIFYFNFFVYCLYMIIFTAAAYYRPVEGLPPYKLKNTVGDYFRVTGEILSVSGGVYFFFRGIQYFLQRRPSLKSLFVDS YSEILFFVQSLFMLVSVVLYFSQRKEYVASMVFSLAMGWTNMLYYTRGFQQMGIYAVMIEKMILRDLCRFMFVYLVFLFG FSTAVVTLIEDGKYNSLYSTCLELFKFTIGMGDLEFTENYDFKAVFIILLLAYVILTYILLLNMLIALMGETVNKIAQES KNIWKLQRAITILDTEKSFLKCMRKAXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX D,B,E,G polypeptide(L) no no ECRKMFGGCSVDSDCCAHLGCKPTLKYCAWD ECRKMFGGCSVDSDCCAHLGCKPTLKYCAWD A,C,F,H polypeptide(L) n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n Norway rat human sample 1 586 Trpv1, Vr1, Vr1l 10116 Rattus norvegicus HEK293S GnTI 9606 Homo sapiens plasmid Biological sequence pFastBac1 Norway rat human sample 587 628 10116 Rattus norvegicus HEK293S GnTI 9606 Homo sapiens plasmid Biological sequence pFastBac1 sample 1 31 278060 Chilobrachys guangxiensis em_software atom_site database_2 entity entity_name_com entity_poly entity_poly_seq entity_src_gen entity_src_nat pdbx_entry_details pdbx_poly_seq_scheme pdbx_struct_sheet_hbond pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms pdbx_unobs_or_zero_occ_residues pdbx_validate_close_contact pdbx_validate_torsion struct_mon_prot_cis struct_ref struct_ref_seq struct_ref_seq_dif struct_sheet struct_sheet_order struct_sheet_range repository Initial release Database references Database references Data collection Advisory Atomic model Data collection Database references Derived calculations Polymer sequence Source and taxonomy Structure summary 1 0 2013-12-04 1 1 2013-12-11 1 2 2013-12-18 1 3 2018-07-18 2 0 2022-11-02 _em_software.image_processing_id _em_software.name _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.type_symbol _database_2.pdbx_DOI _database_2.pdbx_database_accession _entity.formula_weight _entity.pdbx_description _entity.pdbx_fragment _entity_name_com.name _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_src_nat.common_name _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific _pdbx_entry_details.sequence_details _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 Single particle cryo-EM density map at 3.8 A resolution RCSB Y RCSB 2013-10-28 REL THE TRPV1 CONSTRUCT COMPRISES RESIDUES 110-603 AND 627-764, WITH RESIDUES 604-626 DELETED. RESIDUES 719-764 ARE NOT MODELED, WITH THE EXCEPTION OF 11 RESIDUES (NUMBERED 752-762 IN THE COORDINATES) WHOSE IDENTITIES ARE NOT KNOWN. LEU 111 n 1 LEU 111 D TYR 112 n 2 TYR 112 D ASP 113 n 3 ASP 113 D ARG 114 n 4 ARG 114 D ARG 115 n 5 ARG 115 D SER 116 n 6 SER 116 D ILE 117 n 7 ILE 117 D PHE 118 n 8 PHE 118 D ASP 119 n 9 ASP 119 D ALA 120 n 10 ALA 120 D VAL 121 n 11 VAL 121 D ALA 122 n 12 ALA 122 D GLN 123 n 13 GLN 123 D SER 124 n 14 SER 124 D ASN 125 n 15 ASN 125 D CYS 126 n 16 CYS 126 D GLN 127 n 17 GLN 127 D GLU 128 n 18 GLU 128 D LEU 129 n 19 LEU 129 D GLU 130 n 20 GLU 130 D SER 131 n 21 SER 131 D LEU 132 n 22 LEU 132 D LEU 133 n 23 LEU 133 D PRO 134 n 24 PRO 134 D PHE 135 n 25 PHE 135 D LEU 136 n 26 LEU 136 D GLN 137 n 27 GLN 137 D ARG 138 n 28 ARG 138 D SER 139 n 29 SER 139 D LYS 140 n 30 LYS 140 D LYS 141 n 31 LYS 141 D ARG 142 n 32 ARG 142 D LEU 143 n 33 LEU 143 D THR 144 n 34 THR 144 D ASP 145 n 35 ASP 145 D SER 146 n 36 SER 146 D GLU 147 n 37 GLU 147 D PHE 148 n 38 PHE 148 D LYS 149 n 39 LYS 149 D ASP 150 n 40 ASP 150 D PRO 151 n 41 PRO 151 D GLU 152 n 42 GLU 152 D THR 153 n 43 THR 153 D GLY 154 n 44 GLY 154 D LYS 155 n 45 LYS 155 D THR 156 n 46 THR 156 D CYS 157 n 47 CYS 157 D LEU 158 n 48 LEU 158 D LEU 159 n 49 LEU 159 D LYS 160 n 50 LYS 160 D ALA 161 n 51 ALA 161 D MET 162 n 52 MET 162 D LEU 163 n 53 LEU 163 D ASN 164 n 54 ASN 164 D LEU 165 n 55 LEU 165 D HIS 166 n 56 HIS 166 D ASN 167 n 57 ASN 167 D GLY 168 n 58 GLY 168 D GLN 169 n 59 GLN 169 D ASN 170 n 60 ASN 170 D ASP 171 n 61 ASP 171 D THR 172 n 62 THR 172 D ILE 173 n 63 ILE 173 D ALA 174 n 64 ALA 174 D LEU 175 n 65 LEU 175 D LEU 176 n 66 LEU 176 D LEU 177 n 67 LEU 177 D ASP 178 n 68 ASP 178 D VAL 179 n 69 VAL 179 D ALA 180 n 70 ALA 180 D ARG 181 n 71 ARG 181 D LYS 182 n 72 LYS 182 D THR 183 n 73 THR 183 D ASP 184 n 74 ASP 184 D SER 185 n 75 SER 185 D LEU 186 n 76 LEU 186 D LYS 187 n 77 LYS 187 D GLN 188 n 78 GLN 188 D PHE 189 n 79 PHE 189 D VAL 190 n 80 VAL 190 D ASN 191 n 81 ASN 191 D ALA 192 n 82 ALA 192 D SER 193 n 83 SER 193 D TYR 194 n 84 TYR 194 D THR 195 n 85 THR 195 D ASP 196 n 86 ASP 196 D SER 197 n 87 SER 197 D TYR 198 n 88 TYR 198 D TYR 199 n 89 TYR 199 D LYS 200 n 90 LYS 200 D GLY 201 n 91 GLY 201 D GLN 202 n 92 GLN 202 D THR 203 n 93 THR 203 D ALA 204 n 94 ALA 204 D LEU 205 n 95 LEU 205 D HIS 206 n 96 HIS 206 D ILE 207 n 97 ILE 207 D ALA 208 n 98 ALA 208 D ILE 209 n 99 ILE 209 D GLU 210 n 100 GLU 210 D ARG 211 n 101 ARG 211 D ARG 212 n 102 ARG 212 D ASN 213 n 103 ASN 213 D MET 214 n 104 MET 214 D THR 215 n 105 THR 215 D LEU 216 n 106 LEU 216 D VAL 217 n 107 VAL 217 D THR 218 n 108 THR 218 D LEU 219 n 109 LEU 219 D LEU 220 n 110 LEU 220 D VAL 221 n 111 VAL 221 D GLU 222 n 112 GLU 222 D ASN 223 n 113 ASN 223 D GLY 224 n 114 GLY 224 D ALA 225 n 115 ALA 225 D ASP 226 n 116 ASP 226 D VAL 227 n 117 VAL 227 D GLN 228 n 118 GLN 228 D ALA 229 n 119 ALA 229 D ALA 230 n 120 ALA 230 D ALA 231 n 121 ALA 231 D ASN 232 n 122 ASN 232 D GLY 233 n 123 GLY 233 D ASP 234 n 124 ASP 234 D PHE 235 n 125 PHE 235 D PHE 236 n 126 PHE 236 D LYS 237 n 127 LYS 237 D LYS 238 n 128 LYS 238 D THR 239 n 129 THR 239 D LYS 240 n 130 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THR LEU 550 553 1.92 1 E E N OG ILE SER 357 366 1.92 1 G G N OG ILE SER 357 366 1.92 1 B B N OG ILE SER 357 366 1.92 1 D D N OG ILE SER 357 366 1.92 1 E G CE3 CZ TRP TYR 372 199 1.93 1 D G CE2 CG PHE PRO 245 376 1.93 1 E G CH2 CE2 TRP TYR 372 199 1.94 1 B E CZ3 CE2 TRP TYR 372 198 1.94 1 E G CG CE2 PRO PHE 376 245 1.94 1 E G CH2 CG TRP TYR 372 199 1.94 1 E G CE3 CE1 TRP TYR 372 199 1.95 1 D B CZ3 CE2 TRP TYR 372 198 1.95 1 D G CE2 CZ3 TYR TRP 198 372 1.96 1 B B O CE2 LYS PHE 425 429 1.96 1 D D O CE2 LYS PHE 425 429 1.96 1 G G O CE2 LYS PHE 425 429 1.96 1 E E O CE2 LYS PHE 425 429 1.96 1 G G O CB PHE LEU 369 381 1.97 1 B B O CB PHE LEU 369 381 1.97 1 E E O CB PHE LEU 369 381 1.97 1 D D O CB PHE LEU 369 381 1.97 1 B E CG CE2 PRO PHE 376 245 1.97 1 E E CD1 CB TRP VAL 426 430 1.98 1 G G CD1 CB TRP VAL 426 430 1.98 1 D D CD1 CB TRP VAL 426 430 1.98 1 B B CD1 CB TRP VAL 426 430 1.98 1 D B CG CE2 PRO PHE 376 245 1.98 1 D G CE1 CZ3 TYR TRP 199 372 1.99 1 D D CZ CA TYR GLY 444 484 1.99 1 G G CZ 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LYS VAL 425 430 2.18 1 D D O CG2 LYS VAL 425 430 2.18 1 G G O CG2 LYS VAL 425 430 2.18 1 G G OE1 CB GLU ILE 648 660 2.18 1 B B OE1 CB GLU ILE 648 660 2.18 1 D D OE1 CB GLU ILE 648 660 2.18 1 D B N O UNK ARG 756 242 2.18 1 B E N O UNK ARG 756 242 2.18 1 E G CD2 CE1 TRP TYR 372 199 2.19 1 B E CB CG UNK PRO 756 243 2.19 1 D D CD2 CD1 PHE TYR 591 666 2.19 1 B B CD2 CD1 PHE TYR 591 666 2.19 1 E E CD2 CD1 PHE TYR 591 666 2.19 1 G G CD2 CD1 PHE TYR 591 666 2.19 1 D G CG N GLU GLY 210 375 2.19 1 E G CB CG UNK PRO 756 243 2.19 1 D SER 693 -10.05 1 B SER 693 -10.04 1 E SER 693 -10.08 1 G SER 693 -10.06 1 D D PRO GLY 243 244 73.44 1 D D GLY PHE 244 245 55.61 1 D D PHE GLY 247 248 -100.15 1 D D GLY GLU 248 249 130.51 1 D D PRO VAL 376 377 -115.47 1 D D THR GLU 650 651 -147.94 1 B B PRO GLY 243 244 73.43 1 B B GLY PHE 244 245 55.52 1 B B PHE GLY 247 248 -100.20 1 B B GLY GLU 248 249 130.52 1 B B PRO VAL 376 377 -115.44 1 B B THR GLU 650 651 -147.94 1 E E PRO GLY 243 244 73.38 1 E E GLY PHE 244 245 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