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Subramaniam, S. http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic 1 90.00 90.00 90.00 1.000 1.000 1.000 C10 H15 N5 O10 P2 427.201 n ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE non-polymer C3 H7 N O2 89.093 y ALANINE L-peptide linking C6 H15 N4 O2 1 175.209 y ARGININE L-peptide linking C4 H8 N2 O3 132.118 y ASPARAGINE L-peptide linking C4 H7 N O4 133.103 y ASPARTIC ACID L-peptide linking C3 H7 N O2 S 121.158 y CYSTEINE L-peptide linking C5 H10 N2 O3 146.144 y GLUTAMINE L-peptide linking C5 H9 N O4 147.129 y GLUTAMIC ACID L-peptide linking C2 H5 N O2 75.067 y GLYCINE peptide linking C6 H10 N3 O2 1 156.162 y HISTIDINE L-peptide linking H2 O 18.015 WATER non-polymer C6 H13 N O2 131.173 y ISOLEUCINE L-peptide linking C6 H13 N O2 131.173 y LEUCINE L-peptide linking C6 H15 N2 O2 1 147.195 y LYSINE L-peptide linking C5 H11 N O2 S 149.211 y METHIONINE L-peptide linking C28 H38 F N5 463.633 1-(3-(5-FLUORO-1H-INDOL-2-YL)PHENYL)PIPERIDIN-4-YL)(2-(4-ISOPROPYL-PIPERAZIN1-YL)ETHYL)-CARBAMATE non-polymer C9 H11 N O2 165.189 y PHENYLALANINE L-peptide linking C5 H9 N O2 115.130 y PROLINE L-peptide linking C3 H7 N O3 105.093 y SERINE L-peptide linking C4 H9 N O3 119.119 y THREONINE L-peptide linking C11 H12 N2 O2 204.225 y TRYPTOPHAN L-peptide linking C9 H11 N O3 181.189 y TYROSINE L-peptide linking C5 H11 N O2 117.146 y VALINE L-peptide linking US Science SCIEAS 0038 0036-8075 351 871 10.1126/SCIENCE.AAD7974 26822609 2.3 A Resolution Cryo-Em Structure of Human P97 and Mechanism of Allosteric Inhibition 2016 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 0.00000 0.00000 N-TERMINAL RESIDUES 21-200 DISORDERED. LINKER CONNECTING RESIDUES 707 TO 728 IS NOT IN THE MODEL. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3295. (DEPOSITION ID: 14163). 5FTJ SCORE MINIMIZATION 40913 2.3 POINT 25 MM TRIS, 150 MM NACL, 1 MM MGCL2, 1.0 MM TCEP 25 MM TRIS, 150 MM NACL, 1 MM MGCL2, 1.0 MM TCEP 8 EACH PARTICLE FULL-LENGTH HUMAN P97 BOUND TO UPCDC30245 INHIBITOR 0 COMPLEX PARTICLE 1 1 SINGLE PARTICLE 40 GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 300 78490 2015-02-16 PARALLEL BEAM ILLUMINATION FIELD EMISSION GUN FLOOD BEAM FEI TITAN KRIOS BRIGHT FIELD 2.7 2500 700 215000 1 79.7 HOLEY CARBON 5FTJ C6 RECONSTRUCTION 1 FREALIGN 0.9 NO NO NO YES ETHANE VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 90.15, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 2.5 SECONDS BEFORE PLUNGING. 5FTJ FEI VITROBOT MARK IV 89436.820 TRANSITIONAL ENDOPLASMIC RETICULUM ATPASE 3.6.4.6 6 man polymer 427.201 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 12 syn non-polymer 463.633 1-(3-(5-FLUORO-1H-INDOL-2-YL)PHENYL)PIPERIDIN-4-YL)(2-(4-ISOPROPYL-PIPERAZIN1-YL)ETHYL)-CARBAMATE 6 syn non-polymer 18.015 water 120 nat water TER ATPASE, 15S MG(2+)-ATPASE P97 SUBUNIT, VALOSIN-CONTAINING PROTEIN, VCP, P97 VCP TRANSITIONAL ENDOPLASMIC RETICULUM ATPASE no no MASGADSKGDDLSTAILKQKNRPNRLIVDEAINEDNSVVSLSQPKMDELQLFRGDTVLLKGKKRREAVCIVLSDDTCSDE KIRMNRVVRNNLRVRLGDVISIQPCPDVKYGKRIHVLPIDDTVEGITGNLFEVYLKPYFLEAYRPIRKGDIFLVRGGMRA VEFKVVETDPSPYCIVAPDTVIHCEGEPIKREDEEESLNEVGYDDIGGCRKQLAQIKEMVELPLRHPALFKAIGVKPPRG ILLYGPPGTGKTLIARAVANETGAFFFLINGPEIMSKLAGESESNLRKAFEEAEKNAPAIIFIDELDAIAPKREKTHGEV ERRIVSQLLTLMDGLKQRAHVIVMAATNRPNSIDPALRRFGRFDREVDIGIPDATGRLEILQIHTKNMKLADDVDLEQVA NETHGHVGADLAALCSEAALQAIRKKMDLIDLEDETIDAEVMNSLAVTMDDFRWALSQSNPSALRETVVEVPQVTWEDIG GLEDVKRELQELVQYPVEHPDKFLKFGMTPSKGVLFYGPPGCGKTLLAKAIANECQANFISIKGPELLTMWFGESEANVR EIFDKARQAAPCVLFFDELDSIAKARGGNIGDGGGAADRVINQILTEMDGMSTKKNVFIIGATNRPDIIDPAILRPGRLD QLIYIPLPDEKSRVAILKANLRKSPVAKDVDLEFLAKMTNGFSGADLTEICQRACKLAIRESIESEIRRERERQTNPSAM EVEEDDPVPEIRRDHFEEAMRFARRSVSDNDIRKYEMFAQTLQQSRGFGSFRFPSGNQGGAGPSQGSGGGTGGSVYTEDN DDDLYG MASGADSKGDDLSTAILKQKNRPNRLIVDEAINEDNSVVSLSQPKMDELQLFRGDTVLLKGKKRREAVCIVLSDDTCSDE 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n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n HUMAN sample 9606 HOMO SAPIENS 469008 ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) ROSETTA2 em_image_scans em_software repository Initial release Database references Other Atomic model Derived calculations Database references Data collection Data collection 1 0 2016-01-27 1 1 2016-02-10 1 2 2016-02-17 1 3 2016-03-09 1 4 2017-08-30 1 5 2018-10-03 _em_software.image_processing_id _em_software.name CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN P97 BOUND TO ADP CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN P97 BOUND TO ATPGS ( CONFORMATION I) CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN P97 BOUND TO ATPGS ( CONFORMATION II) CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN P97 BOUND TO ATPGS ( CONFORMATION III) PDBE Y PDBE 2016-01-14 REL ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE OJA 1-(3-(5-FLUORO-1H-INDOL-2-YL)PHENYL)PIPERIDIN-4-YL)(2-(4-ISOPROPYL-PIPERAZIN1-YL)ETHYL)-CARBAMATE HOH water ADP 807 2 ADP ADP 807 A ADP 900 2 ADP ADP 900 A OJA 1001 3 OJA OJA 1001 A ADP 807 2 ADP ADP 807 B ADP 900 2 ADP ADP 900 B OJA 1001 3 OJA OJA 1001 B ADP 807 2 ADP ADP 807 C ADP 900 2 ADP ADP 900 C OJA 1001 3 OJA OJA 1001 C ADP 807 2 ADP ADP 807 D ADP 900 2 ADP ADP 900 D OJA 1001 3 OJA OJA 1001 D ADP 807 2 ADP ADP 807 E ADP 900 2 ADP ADP 900 E OJA 1001 3 OJA OJA 1001 E ADP 807 2 ADP ADP 807 F ADP 900 2 ADP ADP 900 F OJA 1001 3 OJA OJA 1001 F HOH 2001 4 HOH HOH 2001 A HOH 2002 4 HOH HOH 2002 A HOH 2003 4 HOH HOH 2003 A HOH 2004 4 HOH HOH 2004 A HOH 2005 4 HOH HOH 2005 A HOH 2006 4 HOH HOH 2006 A HOH 2007 4 HOH HOH 2007 A HOH 2008 4 HOH HOH 2008 A HOH 2009 4 HOH HOH 2009 A HOH 2010 4 HOH HOH 2010 A HOH 2011 4 HOH HOH 2011 A HOH 2012 4 HOH HOH 2012 A HOH 2013 4 HOH HOH 2013 A HOH 2014 4 HOH HOH 2014 A HOH 2015 4 HOH HOH 2015 A HOH 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N 3 N N 2 N N 2 N N 3 N N 2 N N 2 N N 3 N N 4 N N 4 N N 4 N N 4 N N 4 N N 4 N N A ASN 85 A ASN 85 HELX_P A ARG 93 A ARG 93 1 1 9 A TYR 134 A TYR 134 HELX_P A PHE 139 A PHE 139 1 2 6 A GLY 202 A GLY 202 HELX_P A ILE 206 A ILE 206 5 3 5 A GLN 212 A GLN 212 HELX_P A HIS 226 A HIS 226 1 4 15 A ALA 228 A ALA 228 HELX_P A ILE 233 A ILE 233 1 5 6 A GLY 250 A GLY 250 HELX_P A GLY 263 A GLY 263 1 6 14 A PRO 272 A PRO 272 HELX_P A LYS 277 A LYS 277 1 7 6 A GLY 280 A GLY 280 HELX_P A ASN 296 A ASN 296 1 8 17 A GLU 305 A GLU 305 HELX_P A ALA 310 A ALA 310 1 9 6 A GLU 319 A GLU 319 HELX_P A GLY 334 A GLY 334 1 10 16 A ASP 354 A ASP 354 HELX_P A ARG 359 A ARG 359 5 11 6 A ASP 373 A ASP 373 HELX_P A THR 385 A THR 385 1 12 13 A LEU 396 A LEU 396 HELX_P A THR 403 A THR 403 1 13 8 A VAL 407 A VAL 407 HELX_P A LYS 426 A LYS 426 1 14 20 A THR 448 A THR 448 HELX_P A GLN 458 A GLN 458 1 15 11 A LEU 482 A LEU 482 HELX_P A PHE 506 A PHE 506 1 16 25 A GLY 523 A GLY 523 HELX_P A CYS 535 A CYS 535 1 17 13 A LYS 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ALA 310 B ALA 310 1 36 6 B GLU 319 B GLU 319 HELX_P B GLY 334 B GLY 334 1 37 16 B ASP 354 B ASP 354 HELX_P B ARG 359 B ARG 359 5 38 6 B ASP 373 B ASP 373 HELX_P B THR 385 B THR 385 1 39 13 B LEU 396 B LEU 396 HELX_P B THR 403 B THR 403 1 40 8 B VAL 407 B VAL 407 HELX_P B LYS 426 B LYS 426 1 41 20 B THR 448 B THR 448 HELX_P B GLN 458 B GLN 458 1 42 11 B LEU 482 B LEU 482 HELX_P B PHE 506 B PHE 506 1 43 25 B GLY 523 B GLY 523 HELX_P B CYS 535 B CYS 535 1 44 13 B LYS 543 B LYS 543 HELX_P B GLY 553 B GLY 553 1 45 11 B ASN 558 B ASN 558 HELX_P B ALA 569 B ALA 569 1 46 12 B ASP 580 B ASP 580 HELX_P B GLY 587 B GLY 587 1 47 8 B ASP 598 B ASP 598 HELX_P B GLY 610 B GLY 610 1 48 13 B ASP 630 B ASP 630 HELX_P B ARG 635 B ARG 635 5 49 6 B ASP 649 B ASP 649 HELX_P B ARG 662 B ARG 662 1 50 14 B ASP 671 B ASP 671 HELX_P B THR 679 B THR 679 1 51 9 B SER 683 B SER 683 HELX_P B ILE 707 B ILE 707 1 52 25 B ASP 734 B ASP 734 HELX_P B PHE 742 B PHE 742 1 53 9 B SER 748 B SER 748 HELX_P B GLN 763 B GLN 763 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ASN 558 HELX_P C ALA 569 C ALA 569 1 73 12 C ASP 580 C ASP 580 HELX_P C GLY 587 C GLY 587 1 74 8 C ASP 598 C ASP 598 HELX_P C GLY 610 C GLY 610 1 75 13 C ASP 630 C ASP 630 HELX_P C ARG 635 C ARG 635 5 76 6 C ASP 649 C ASP 649 HELX_P C ARG 662 C ARG 662 1 77 14 C ASP 671 C ASP 671 HELX_P C THR 679 C THR 679 1 78 9 C SER 683 C SER 683 HELX_P C ILE 707 C ILE 707 1 79 25 C ASP 734 C ASP 734 HELX_P C PHE 742 C PHE 742 1 80 9 C SER 748 C SER 748 HELX_P C GLN 763 C GLN 763 1 81 16 D ASN 85 D ASN 85 HELX_P D ARG 93 D ARG 93 1 82 9 D TYR 134 D TYR 134 HELX_P D PHE 139 D PHE 139 1 83 6 D GLY 202 D GLY 202 HELX_P D ILE 206 D ILE 206 5 84 5 D GLN 212 D GLN 212 HELX_P D HIS 226 D HIS 226 1 85 15 D ALA 228 D ALA 228 HELX_P D ILE 233 D ILE 233 1 86 6 D GLY 250 D GLY 250 HELX_P D GLY 263 D GLY 263 1 87 14 D PRO 272 D PRO 272 HELX_P D LYS 277 D LYS 277 1 88 6 D GLY 280 D GLY 280 HELX_P D ASN 296 D ASN 296 1 89 17 D GLU 305 D GLU 305 HELX_P D ALA 310 D ALA 310 1 90 6 D GLU 319 D GLU 319 HELX_P D GLY 334 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