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Li, X. http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic 1 90.0 90.0 90.0 1.0 1.0 1.0 C3 H7 N O2 89.093 y ALANINE L-peptide linking C6 H15 N4 O2 1 175.209 y ARGININE L-peptide linking C4 H8 N2 O3 132.118 y ASPARAGINE L-peptide linking C4 H7 N O4 133.103 y ASPARTIC ACID L-peptide linking C5 H10 N2 O3 146.144 y GLUTAMINE L-peptide linking C5 H9 N O4 147.129 y GLUTAMIC ACID L-peptide linking C2 H5 N O2 75.067 y GLYCINE peptide linking C6 H10 N3 O2 1 156.162 y HISTIDINE L-peptide linking C6 H13 N O2 131.173 y ISOLEUCINE L-peptide linking C6 H13 N O2 131.173 y LEUCINE L-peptide linking C6 H15 N2 O2 1 147.195 y LYSINE L-peptide linking C5 H11 N O2 S 149.211 y METHIONINE L-peptide linking C9 H11 N O2 165.189 y PHENYLALANINE L-peptide linking C5 H9 N O2 115.130 y PROLINE L-peptide linking C3 H7 N O3 105.093 y SERINE L-peptide linking C4 H9 N O3 119.119 y THREONINE L-peptide linking C11 H12 N2 O2 204.225 y TRYPTOPHAN L-peptide linking C9 H11 N O3 181.189 y TYROSINE L-peptide linking C5 H11 N O2 117.146 y VALINE L-peptide linking US Nat. Struct. Mol. Biol. 1545-9985 24 177 183 10.1038/nsmb.3350 28067918 Structural insights into the secretin translocation channel in the type II secretion system 2017 5WQ8 41579 3.26 FSC 0.143 CUT-OFF POINT 8.0 1 PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION 1 Full length T2SS secretin GspD in Vibrio cholerae 0 RECOMBINANT COMPLEX 1 Type II secretion system protein D 1 RECOMBINANT COMPLEX NO MEGADALTONS 1 127906 Vibrio cholerae O1 83333 Escherichia coli K-12 pASK-IBA3c PARTICLE 1 1 SINGLE PARTICLE 1.6 GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 300 FIELD EMISSION GUN OTHER FEI TITAN KRIOS BRIGHT FIELD 1 5WQ8 C15 PARTICLE SELECTION 1 IMAGE ACQUISITION 1 RELION MASKING CTF CORRECTION 1 LAYERLINE INDEXING DIFFRACTION INDEXING MODEL FITTING MODEL REFINEMENT OTHER INITIAL EULER ASSIGNMENT 1 FINAL EULER ASSIGNMENT 1 CLASSIFICATION 1 RECONSTRUCTION 1 RELION NO NO NO YES ETHANE 5WQ8 70863.078 Type II secretion system protein D 15 man polymer T2SS Secretin GspD no no NEFSASFKGTDIQEFINIVGRNLEKTIIVDPSVRGKVDVRSFDTLNEEQYYSFFLSVLEVYGFAVVEMDNGVLKVIKSKD AKTSAIPVLSGEERANGDEVITQVVAVKNVSVRELSPLLRQLIDNAGAGNVVHYDPANIILITGRAAVVNRLAEIIRRVD QAGDKEIEVVELNNASAAEMVRIVEALNKTTDAQNTPEFLKPKFVADERTNSILISGDPKVRERLKRLIKQLDVEMAAKG NNRVVYLKYAKAEDLVEVLKGVSENLQAEKGTGQPTTSKRNEVMIAAHADTNSLVLTAPQDIMNAMLEVIGQLDIRRAQV LIEALIVEMAEGDGINLGVQWGSLESGSVIQYGNTGASIGNVMIGLEEAKDTTQTKAVYDTNNNFLRNETTTTKGDYTKL ASALSSIQGAAVSIAMGDWTALINAVSNDSSSNILSSPSITVMDNGEASFIVGEEVPVITGSTAGSNNDNPFQTVDRKEV GIKLKVVPQINEGNSVQLNIEQEVSNVLGANGAVDVRFAKRQLNTSVMVQDGQMLVLGGLIDERALESESKVPLLGDIPL LGQLFRSTSSQVEKKNLMVFIKPTIIRDGVTADGITQRKYNYIRAEQLFRAEKGLRLLDDASVPVLPKFGDDRRHSPEIQ AFIEQMEAKQ NEFSASFKGTDIQEFINIVGRNLEKTIIVDPSVRGKVDVRSFDTLNEEQYYSFFLSVLEVYGFAVVEMDNGVLKVIKSKD AKTSAIPVLSGEERANGDEVITQVVAVKNVSVRELSPLLRQLIDNAGAGNVVHYDPANIILITGRAAVVNRLAEIIRRVD QAGDKEIEVVELNNASAAEMVRIVEALNKTTDAQNTPEFLKPKFVADERTNSILISGDPKVRERLKRLIKQLDVEMAAKG NNRVVYLKYAKAEDLVEVLKGVSENLQAEKGTGQPTTSKRNEVMIAAHADTNSLVLTAPQDIMNAMLEVIGQLDIRRAQV LIEALIVEMAEGDGINLGVQWGSLESGSVIQYGNTGASIGNVMIGLEEAKDTTQTKAVYDTNNNFLRNETTTTKGDYTKL ASALSSIQGAAVSIAMGDWTALINAVSNDSSSNILSSPSITVMDNGEASFIVGEEVPVITGSTAGSNNDNPFQTVDRKEV GIKLKVVPQINEGNSVQLNIEQEVSNVLGANGAVDVRFAKRQLNTSVMVQDGQMLVLGGLIDERALESESKVPLLGDIPL LGQLFRSTSSQVEKKNLMVFIKPTIIRDGVTADGITQRKYNYIRAEQLFRAEKGLRLLDDASVPVLPKFGDDRRHSPEIQ AFIEQMEAKQ A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O polypeptide(L) n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n N16961 sample 1 650 epsD, VC_2733 243277 Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 83333 Escherichia coli K-12 Biological sequence atom_sites cell em_image_scans em_software repository Initial release Database references Database references Data collection Other 1 0 2016-12-28 1 1 2017-01-11 1 2 2017-02-22 1 3 2019-10-16 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] _cell.Z_PDB _cell.length_a _cell.length_b _cell.length_c _em_software.name CryoEM structure of type II secretion system secretin GspD in Vibrio cholerae N PDBJ Y PDBJ 2016-11-23 REL n 1 1 A n 2 2 A n 3 3 A n 4 4 A n 5 5 A n 6 6 A n 7 7 A n 8 8 A n 9 9 A n 10 10 A n 11 11 A n 12 12 A n 13 13 A n 14 14 A n 15 15 A n 16 16 A n 17 17 A n 18 18 A n 19 19 A n 20 20 A n 21 21 A n 22 22 A n 23 23 A n 24 24 A n 25 25 A n 26 26 A n 27 27 A n 28 28 A n 29 29 A n 30 30 A n 31 31 A n 32 32 A n 33 33 A n 34 34 A n 35 35 A n 36 36 A n 37 37 A n 38 38 A n 39 39 A n 40 40 A n 41 41 A n 42 42 A n 43 43 A n 44 44 A n 45 45 A n 46 46 A n 47 47 A n 48 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anti-parallel A VAL 100 A VAL 100 A VAL 104 A VAL 104 A ILE 139 A ILE 139 A ARG 145 A ARG 145 A VAL 131 A VAL 131 A ASP 135 A ASP 135 A GLU 166 A GLU 166 A GLU 171 A GLU 171 A SER 212 A SER 212 A GLY 217 A GLY 217 A PHE 204 A PHE 204 A ASP 207 A ASP 207 A ASN 242 A ASN 242 A TYR 246 A TYR 246 A SER 293 A SER 293 A THR 297 A THR 297 A MET 284 A MET 284 A HIS 288 A HIS 288 A ILE 585 A ILE 585 A ILE 586 A ILE 586 A GLN 319 A GLN 319 A SER 343 A SER 343 A SER 567 A SER 567 A LYS 582 A LYS 582 A LEU 535 A LEU 535 A LYS 551 A LYS 551 B TRP 419 B TRP 419 B MET 443 B MET 443 B GLN 319 B GLN 319 B SER 343 B SER 343 B SER 567 B SER 567 B LYS 582 B LYS 582 B LEU 535 B LEU 535 B LYS 551 B LYS 551 C TRP 419 C TRP 419 C MET 443 C MET 443 C GLN 319 C GLN 319 C SER 343 C SER 343 C SER 567 C SER 567 C LYS 582 C LYS 582 C LEU 535 C LEU 535 C LYS 551 C LYS 551 D TRP 419 D TRP 419 D MET 443 D MET 443 D GLN 319 D GLN 319 D SER 343 D SER 343 D SER 348 D SER 348 D GLN 351 D GLN 351 E GLY 409 E GLY 409 E MET 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