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Briggs, J.A.G. http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic C3 H7 N O2 89.093 y ALANINE L-peptide linking C6 H15 N4 O2 1 175.209 y ARGININE L-peptide linking C4 H8 N2 O3 132.118 y ASPARAGINE L-peptide linking C4 H7 N O4 133.103 y ASPARTIC ACID L-peptide linking C3 H7 N O2 S 121.158 y CYSTEINE L-peptide linking C5 H10 N2 O3 146.144 y GLUTAMINE L-peptide linking C5 H9 N O4 147.129 y GLUTAMIC ACID L-peptide linking C2 H5 N O2 75.067 y GLYCINE peptide linking C6 H10 N3 O2 1 156.162 y HISTIDINE L-peptide linking C6 H13 N O2 131.173 y ISOLEUCINE L-peptide linking C6 H13 N O2 131.173 y LEUCINE L-peptide linking C6 H15 N2 O2 1 147.195 y LYSINE L-peptide linking C5 H11 N O2 S 149.211 y METHIONINE L-peptide linking C9 H11 N O2 165.189 y PHENYLALANINE L-peptide linking C5 H9 N O2 115.130 y PROLINE L-peptide linking C3 H7 N O3 105.093 y SERINE L-peptide linking C4 H9 N O3 119.119 y THREONINE L-peptide linking C11 H12 N2 O2 204.225 y TRYPTOPHAN L-peptide linking C9 H11 N O3 181.189 y TYROSINE L-peptide linking C5 H11 N O2 117.146 y VALINE L-peptide linking US Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. PNASA6 0040 1091-6490 115 E11751 E11760 10.1073/pnas.1811580115 30478053 Structure and architecture of immature and mature murine leukemia virus capsids. 2018 0000-0003-3990-6910 FLEXIBLE FIT REAL 6HWI 17109 7.2 FSC 0.143 CUT-OFF POINT 6.0 1 PHASE FLIPPING ONLY 1 Mason-Pfizer monkey virus 0 RECOMBINANT VIRUS 11855 Mason-Pfizer monkey virus HEK 293T 9606 Homo sapiens pSHRM15 D26N PARTICLE 1 1 SUBTOMOGRAM AVERAGING 0.6 2.0 Dose fluctuation was caused by the ring collapse of FEG during data collection. SUPER-RESOLUTION GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 1 3838 3710 6HWI 6 5.0 1-6 300 ZEMLIN TABLEAU 50 NITROGEN FIELD EMISSION GUN FLOOD BEAM FEI TITAN KRIOS BRIGHT FIELD 2.7 4500 2000 105000 FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 1 GIF Quantum LS 20 COPPER 300 C-flat-2/1 6HWI C6 VOLUME SELECTION Volume selection 1 AmiraFPM VOLUME SELECTION Volume extraction 1 MATLAB IMAGE ACQUISITION Dose-symmetric tilt-scheme 1 SerialEM MASKING CTF CORRECTION CTF determination 1 MATLAB CTF CORRECTION Phase flipping only 1 IMOD LAYERLINE INDEXING DIFFRACTION INDEXING MODEL FITTING 1 Coot MODEL FITTING 1 UCSF Chimera OTHER MODEL REFINEMENT 1 PHENIX INITIAL EULER ASSIGNMENT 1 FINAL EULER ASSIGNMENT 1 AV3 FINAL EULER ASSIGNMENT 1 TOM CLASSIFICATION 1 RECONSTRUCTION 1 AV3 RECONSTRUCTION 1 TOM Purified virus solution was inactivated and diluted 1:1 with PBS containing 10 nm colloidal gold. NO NO NO YES NO YES STRAIN VIRION 288 ETHANE 6HWI 95 FEI VITROBOT MARK II 34 17109 21817.359 Gag-Pro-Pol polyprotein 3 man polymer Pr180 no no GFDFAVIKELKTAASQYGATAPYTLAIVESVADNWLTPTDWNTLVRAVLSGGDHLLWKSEFFENCRDTAKRNQQAGNGWD FDMLTGSGNYSSTDAQMQYDPGLFAQIQAAATKAWRKLPVKGDPGASLTGVKQGPDEPFADFVHRLITTAGRIFGSAEAG VDYVKQLAYENANPACQAAIRPYRKKTDLTGYIRLCSDIG GFDFAVIKELKTAASQYGATAPYTLAIVESVADNWLTPTDWNTLVRAVLSGGDHLLWKSEFFENCRDTAKRNQQAGNGWD FDMLTGSGNYSSTDAQMQYDPGLFAQIQAAATKAWRKLPVKGDPGASLTGVKQGPDEPFADFVHRLITTAGRIFGSAEAG VDYVKQLAYENANPACQAAIRPYRKKTDLTGYIRLCSDIG A,B,C polypeptide(L) n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n MPMV sample 1 200 gag-pro-pol 11855 Mason-Pfizer monkey virus 9606 Homo sapiens Biological sequence citation repository Initial release Data collection Database references 1 0 2018-12-05 1 1 2018-12-19 _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last Germany German Research Foundation BR 3635/2-1 Germany German Research Foundation KR 906/7-1 Germany German Research Foundation KR 906/8-1 Germany European Research Council ERC-CoG-648432 United Kingdom Medical Research Council (United Kingdom) MC_UP_1201/16 Czech Republic Czech Science Foundation 17-25602S Czech Republic Ministry of Education (Czech Republic) LO1302 Czech Republic Ministry of Education (Czech Republic) LO1304 Czech Republic Ministry of Education (Czech Republic) LO1601 Immature M-PMV capsid hexamer structure in intact virus particles N PDBE Y PDBE 2018-10-12 REL GLY 19 n 1 GLY 19 A PHE 20 n 2 PHE 20 A ASP 21 n 3 ASP 21 A PHE 22 n 4 PHE 22 A ALA 23 n 5 ALA 23 A VAL 24 n 6 VAL 24 A ILE 25 n 7 ILE 25 A LYS 26 n 8 LYS 26 A GLU 27 n 9 GLU 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