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Gao, N. http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic C3 H7 N O2 89.093 y ALANINE L-peptide linking C6 H15 N4 O2 1 175.209 y ARGININE L-peptide linking C4 H8 N2 O3 132.118 y ASPARAGINE L-peptide linking C4 H7 N O4 133.103 y ASPARTIC ACID L-peptide linking C3 H7 N O2 S 121.158 y CYSTEINE L-peptide linking C5 H10 N2 O3 146.144 y GLUTAMINE L-peptide linking C5 H9 N O4 147.129 y GLUTAMIC ACID L-peptide linking C2 H5 N O2 75.067 y GLYCINE peptide linking C6 H13 N O2 131.173 y ISOLEUCINE L-peptide linking C6 H13 N O2 131.173 y LEUCINE L-peptide linking C6 H15 N2 O2 1 147.195 y LYSINE L-peptide linking C5 H11 N O2 S 149.211 y METHIONINE L-peptide linking C9 H11 N O2 165.189 y PHENYLALANINE L-peptide linking C5 H9 N O2 115.130 y PROLINE L-peptide linking C3 H7 N O3 105.093 y SERINE L-peptide linking C4 H9 N O3 119.119 y THREONINE L-peptide linking C11 H12 N2 O2 204.225 y TRYPTOPHAN L-peptide linking C9 H11 N O3 181.189 y TYROSINE L-peptide linking C5 H11 N O2 117.146 y VALINE L-peptide linking N 1 N N N 2 S C N 3 N C N 4 N O N 5 N C N 6 N O N 7 N H N 8 N H N 9 N H N 10 N H N 11 N H N 12 N H N 13 N H N 14 N N N 15 S C N 16 N C N 17 N O N 18 N C N 19 N C N 20 N C N 21 N N N 22 N C N 23 N N N 24 N N N 25 N O N 26 N H N 27 N H N 28 N H N 29 N H N 30 N H N 31 N H N 32 N H N 33 N H N 34 N H N 35 N H N 36 N H N 37 N H N 38 N H N 39 N H N 40 N H N 41 N N N 42 S C N 43 N C N 44 N O N 45 N C N 46 N C N 47 N O N 48 N N N 49 N O N 50 N H N 51 N H N 52 N H N 53 N H N 54 N H N 55 N H N 56 N H N 57 N H N 58 N N N 59 S C N 60 N C N 61 N O N 62 N C N 63 N C N 64 N O N 65 N O N 66 N O N 67 N H N 68 N H N 69 N H N 70 N H N 71 N H N 72 N H N 73 N H N 74 N N N 75 R C N 76 N C N 77 N O N 78 N C N 79 N S N 80 N O N 81 N H N 82 N H N 83 N H N 84 N H N 85 N H N 86 N H N 87 N H N 88 N N N 89 S C N 90 N C N 91 N O N 92 N C N 93 N C N 94 N C N 95 N O N 96 N N N 97 N O N 98 N H N 99 N H N 100 N H N 101 N H N 102 N H N 103 N H N 104 N H N 105 N H N 106 N H N 107 N H N 108 N N N 109 S C N 110 N C N 111 N O N 112 N C N 113 N C N 114 N C N 115 N O N 116 N O N 117 N O N 118 N H N 119 N H N 120 N H N 121 N H N 122 N H N 123 N H N 124 N H N 125 N H N 126 N H N 127 N N N 128 N C N 129 N C N 130 N O N 131 N O N 132 N H N 133 N H N 134 N H N 135 N H N 136 N H N 137 N N N 138 S C N 139 N C N 140 N O N 141 S C N 142 N C N 143 N C N 144 N C N 145 N O N 146 N H N 147 N H N 148 N H N 149 N H N 150 N H N 151 N H N 152 N H N 153 N H N 154 N H N 155 N H N 156 N H N 157 N H N 158 N H N 159 N N N 160 S C N 161 N C N 162 N O N 163 N C N 164 N C N 165 N C N 166 N C N 167 N O N 168 N H N 169 N H N 170 N H N 171 N H N 172 N H N 173 N H N 174 N H N 175 N H N 176 N H N 177 N H N 178 N H N 179 N H N 180 N H N 181 N N N 182 S C N 183 N C N 184 N O N 185 N C N 186 N C N 187 N C N 188 N C N 189 N N N 190 N O N 191 N H N 192 N H N 193 N H N 194 N H N 195 N H N 196 N H N 197 N H N 198 N H N 199 N H N 200 N H N 201 N H N 202 N H N 203 N H N 204 N H N 205 N H N 206 N N N 207 S C N 208 N C N 209 N O N 210 N C N 211 N C N 212 N S N 213 N C N 214 N O N 215 N H N 216 N H N 217 N H N 218 N H N 219 N H N 220 N H N 221 N H N 222 N H N 223 N H N 224 N H N 225 N H N 226 N N N 227 S C N 228 N C N 229 N O N 230 N C Y 231 N C Y 232 N C Y 233 N C Y 234 N C Y 235 N C Y 236 N C N 237 N O N 238 N H N 239 N H N 240 N H N 241 N H N 242 N H N 243 N H N 244 N H N 245 N H N 246 N H N 247 N H N 248 N H N 249 N N N 250 S C N 251 N C N 252 N O N 253 N C N 254 N C N 255 N C N 256 N O N 257 N H N 258 N H N 259 N H N 260 N H N 261 N H N 262 N H N 263 N H N 264 N H N 265 N H N 266 N N N 267 S C N 268 N C N 269 N O N 270 N C N 271 N O N 272 N O N 273 N H N 274 N H N 275 N H N 276 N H N 277 N H N 278 N H N 279 N H N 280 N N N 281 S C N 282 N C N 283 N O N 284 R C N 285 N O N 286 N C N 287 N O N 288 N H N 289 N H N 290 N H N 291 N H N 292 N H N 293 N H N 294 N H N 295 N H N 296 N H N 297 N N N 298 S C N 299 N C N 300 N O N 301 N C Y 302 N C Y 303 N C Y 304 N C Y 305 N N Y 306 N C Y 307 N C Y 308 N C Y 309 N C 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sing N 38 N sing N 39 N sing N 40 N sing N 41 N sing N 42 N sing N 43 N sing N 44 N sing N 45 N doub N 46 N sing N 47 N sing N 48 N sing N 49 N sing N 50 N doub N 51 N sing N 52 N sing N 53 N sing N 54 N sing N 55 N sing N 56 N sing N 57 N sing N 58 N sing N 59 N sing N 60 N sing N 61 N doub N 62 N sing N 63 N sing N 64 N sing N 65 N sing N 66 N doub N 67 N sing N 68 N sing N 69 N sing N 70 N sing N 71 N sing N 72 N sing N 73 N sing N 74 N sing N 75 N sing N 76 N doub N 77 N sing N 78 N sing N 79 N sing N 80 N sing N 81 N sing N 82 N sing N 83 N sing N 84 N sing N 85 N sing N 86 N sing N 87 N sing N 88 N sing N 89 N doub N 90 N sing N 91 N sing N 92 N sing N 93 N sing N 94 N sing N 95 N sing N 96 N sing N 97 N doub N 98 N sing N 99 N sing N 100 N sing N 101 N sing N 102 N sing N 103 N sing N 104 N sing N 105 N sing N 106 N sing N 107 N sing N 108 N doub N 109 N sing N 110 N sing N 111 N sing N 112 N sing N 113 N sing N 114 N sing N 115 N sing N 116 N doub N 117 N sing N 118 N sing N 119 N sing N 120 N sing N 121 N sing N 122 N sing N 123 N sing N 124 N sing N 125 N sing N 126 N doub N 127 N sing N 128 N sing N 129 N sing N 130 N sing N 131 N sing N 132 N sing N 133 N sing N 134 N sing N 135 N doub N 136 N sing N 137 N sing N 138 N sing N 139 N sing N 140 N sing N 141 N sing N 142 N sing N 143 N sing N 144 N sing N 145 N sing N 146 N sing N 147 N sing N 148 N sing N 149 N sing N 150 N sing N 151 N sing N 152 N sing N 153 N sing N 154 N sing N 155 N sing N 156 N doub N 157 N sing N 158 N sing N 159 N sing N 160 N sing N 161 N sing N 162 N sing N 163 N sing N 164 N sing N 165 N sing N 166 N sing N 167 N sing N 168 N sing N 169 N sing N 170 N sing N 171 N sing N 172 N sing N 173 N sing N 174 N sing N 175 N sing N 176 N sing N 177 N doub N 178 N sing N 179 N sing N 180 N sing N 181 N sing N 182 N sing N 183 N sing N 184 N sing N 185 N sing N 186 N sing N 187 N sing N 188 N sing N 189 N sing N 190 N sing N 191 N sing N 192 N sing N 193 N sing N 194 N sing N 195 N sing N 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350 N sing N 351 N sing N 352 N sing Cell 1097-4172 177 370 383.e15 10.1016/j.cell.2019.02.020 30905475 Cryo-EM Structure and Assembly of an Extracellular Contractile Injection System. 2019 10.2210/pdb6j0b/pdb pdb_00006j0b 6J0B 551000 2.9 FSC 0.143 CUT-OFF HELICAL 7.4 1 PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION 1, 2 sheath and tube in extended state 0 RECOMBINANT COMPLEX 291112 Photorhabdus asymbiotica 562 Escherichia coli HELICAL ARRAY 1 1 HELICAL 19.9 39.3 C6 46.4 INTEGRATING FEI FALCON II (4k x 4k) 300 COMA FREE NITROGEN FIELD EMISSION GUN FLOOD BEAM FEI TITAN KRIOS BRIGHT FIELD FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 1 COPPER Quantifoil R2/2 PARTICLE SELECTION 1 IMAGE ACQUISITION 1 MASKING CTF CORRECTION 1 LAYERLINE INDEXING DIFFRACTION INDEXING MODEL FITTING MODEL REFINEMENT OTHER INITIAL EULER ASSIGNMENT 1 FINAL EULER ASSIGNMENT 1 CLASSIFICATION 1 RECONSTRUCTION 1 NO NO NO YES ETHANE 6J0B 100 FEI VITROBOT MARK IV 39374.281 Pvc2 12 man polymer 16532.557 Pvc1 12 man polymer no no MTTVTSYPGVYIEELNSLALSVSNSATAVPVFAVDEQNQYISEDNAIRINSWMDYLNLIGNFNNEDKLDVSVRAYFANGG GYCYLVKTTSLEKIIPTLDDVTLLVAAGEDIKTTVDVLCQPGKGLFAVFDGPETELTINGAEEAKQAYTATPFAAVYYPW LKADWANIDIPPSAVMAGVYASVDLSRGVWKAPANVALKGGLEPKFLVTDELQGEYNTGRAINMIRNFSNTGTTVWGART LEDKDNWRYVPVRRLFNSVERDIKRAMSFAMFEPNNQPTWERVRAAISNYLYSLWQQGGLAGSKEEDAYFVQIGKGITMT QEQIDAGQMIVKVGLAAVRPAEFIILQFTQDVEQR MTTVTSYPGVYIEELNSLALSVSNSATAVPVFAVDEQNQYISEDNAIRINSWMDYLNLIGNFNNEDKLDVSVRAYFANGG GYCYLVKTTSLEKIIPTLDDVTLLVAAGEDIKTTVDVLCQPGKGLFAVFDGPETELTINGAEEAKQAYTATPFAAVYYPW LKADWANIDIPPSAVMAGVYASVDLSRGVWKAPANVALKGGLEPKFLVTDELQGEYNTGRAINMIRNFSNTGTTVWGART LEDKDNWRYVPVRRLFNSVERDIKRAMSFAMFEPNNQPTWERVRAAISNYLYSLWQQGGLAGSKEEDAYFVQIGKGITMT QEQIDAGQMIVKVGLAAVRPAEFIILQFTQDVEQR A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L polypeptide(L) no no MSTSTSQIAVEYPIPVYRFIVSVGDEKIPFNSVSGLDISYDTIEYRDGVGNWFKMPGQSQSTNITLRKGVFPGKTELFDW INSIQLNQVEKKDITISLTNDAGTELLMTWNVSNAFPTSLTSPSFDATSNDIAVQEITLMADRVIMQAV MSTSTSQIAVEYPIPVYRFIVSVGDEKIPFNSVSGLDISYDTIEYRDGVGNWFKMPGQSQSTNITLRKGVFPGKTELFDW INSIQLNQVEKKDITISLTNDAGTELLMTWNVSNAFPTSLTSPSFDATSNDIAVQEITLMADRVIMQAV a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l polypeptide(L) n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n Xenorhabdus luminescens (strain 2) ATCC 43949 / 3105-77 sample 1 355 PAU_03352, PA-RVA20-21-0170 553480 Photorhabdus asymbiotica subsp. asymbiotica (strain ATCC 43949 / 3105-77) 562 Escherichia coli Biological sequence Xenorhabdus luminescens (strain 2) ATCC 43949 / 3105-77 sample 1 149 PAU_03353, PA-RVA20-21-0171 553480 Photorhabdus asymbiotica subsp. asymbiotica (strain ATCC 43949 / 3105-77) 562 Escherichia coli Biological sequence citation chem_comp_atom chem_comp_bond database_2 repository Initial release Data collection Database references Data collection Database references 1 0 2019-04-10 1 1 2019-04-17 1 2 2024-03-27 _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _database_2.pdbx_DOI _database_2.pdbx_database_accession Cryo-EM Structure of an Extracellular Contractile Injection System, sheath and tube in extended state N PDBJ Y PDBJ 2018-12-23 REL n 1 1 A THR 2 n 2 THR 2 A THR 3 n 3 THR 3 A VAL 4 n 4 VAL 4 A THR 5 n 5 THR 5 A SER 6 n 6 SER 6 A TYR 7 n 7 TYR 7 A PRO 8 n 8 PRO 8 A GLY 9 n 9 GLY 9 A VAL 10 n 10 VAL 10 A TYR 11 n 11 TYR 11 A ILE 12 n 12 ILE 12 A GLU 13 n 13 GLU 13 A GLU 14 n 14 GLU 14 A LEU 15 n 15 LEU 15 A ASN 16 n 16 ASN 16 A SER 17 n 17 SER 17 A LEU 18 n 18 LEU 18 A ALA 19 n 19 ALA 19 A LEU 20 n 20 LEU 20 A SER 21 n 21 SER 21 A VAL 22 n 22 VAL 22 A SER 23 n 23 SER 23 A ASN 24 n 24 ASN 24 A SER 25 n 25 SER 25 A ALA 26 n 26 ALA 26 A THR 27 n 27 THR 27 A ALA 28 n 28 ALA 28 A VAL 29 n 29 VAL 29 A PRO 30 n 30 PRO 30 A VAL 31 n 31 VAL 31 A PHE 32 n 32 PHE 32 A ALA 33 n 33 ALA 33 A VAL 34 n 34 VAL 34 A ASP 35 n 35 ASP 35 A GLU 36 n 36 GLU 36 A GLN 37 n 37 GLN 37 A ASN 38 n 38 ASN 38 A GLN 39 n 39 GLN 39 A TYR 40 n 40 TYR 40 A ILE 41 n 41 ILE 41 A SER 42 n 42 SER 42 A GLU 43 n 43 GLU 43 A ASP 44 n 44 ASP 44 A ASN 45 n 45 ASN 45 A ALA 46 n 46 ALA 46 A ILE 47 n 47 ILE 47 A ARG 48 n 48 ARG 48 A ILE 49 n 49 ILE 49 A ASN 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QEQIDAGQMIVKVGLAAVRPAEFIILQFTQDVEQR B6VNP4_PHOAA UNP 2 1 B6VNP4 MSTSTSQIAVEYPIPVYRFIVSVGDEKIPFNSVSGLDISYDTIEYRDGVGNWFKMPGQSQSTNITLRKGVFPGKTELFDW INSIQLNQVEKKDITISLTNDAGTELLMTWNVSNAFPTSLTSPSFDATSNDIAVQEITLMADRVIMQAV 1 355 6J0B 1 355 B6VNP3 A 1 1 355 1 355 6J0B 1 355 B6VNP3 B 1 1 355 1 355 6J0B 1 355 B6VNP3 C 1 1 355 1 355 6J0B 1 355 B6VNP3 D 1 1 355 1 355 6J0B 1 355 B6VNP3 E 1 1 355 1 355 6J0B 1 355 B6VNP3 F 1 1 355 1 355 6J0B 1 355 B6VNP3 G 1 1 355 1 355 6J0B 1 355 B6VNP3 H 1 1 355 1 355 6J0B 1 355 B6VNP3 I 1 1 355 1 355 6J0B 1 355 B6VNP3 J 1 1 355 1 355 6J0B 1 355 B6VNP3 K 1 1 355 1 355 6J0B 1 355 B6VNP3 L 1 1 355 1 149 6J0B 1 149 B6VNP4 a 2 1 149 1 149 6J0B 1 149 B6VNP4 b 2 1 149 1 149 6J0B 1 149 B6VNP4 c 2 1 149 1 149 6J0B 1 149 B6VNP4 d 2 1 149 1 149 6J0B 1 149 B6VNP4 e 2 1 149 1 149 6J0B 1 149 B6VNP4 f 2 1 149 1 149 6J0B 1 149 B6VNP4 g 2 1 149 1 149 6J0B 1 149 B6VNP4 h 2 1 149 1 149 6J0B 1 149 B6VNP4 i 2 1 149 1 149 6J0B 1 149 B6VNP4 j 2 1 149 1 149 6J0B 1 149 B6VNP4 k 2 1 149 1 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anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel A VAL 10 A VAL 10 A TYR 11 A TYR 11 F PHE 343 F PHE 343 F THR 349 F THR 349 L GLN 328 L GLN 328 L LEU 335 L LEU 335 L TYR 309 L TYR 309 L GLN 312 L GLN 312 A ILE 47 A ILE 47 A ILE 49 A ILE 49 A CYS 83 A CYS 83 A LYS 87 A LYS 87 A VAL 31 A VAL 31 A VAL 34 A VAL 34 A LEU 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