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60 N P N 61 N O N 62 N O N 63 N N N 64 N P N 65 N O N 66 N O N 67 N O N 68 N O N 69 N C N 70 R C N 71 N O N 72 S C N 73 N O N 74 R C N 75 N O N 76 R C Y 77 N N Y 78 N C Y 79 N N Y 80 N C Y 81 N C N 82 N N Y 83 N N Y 84 N C Y 85 N N Y 86 N C N 87 N H N 88 N H N 89 N H N 90 N H N 91 N H N 92 N H N 93 N H N 94 N H N 95 N H N 96 N H N 97 N H N 98 N H N 99 N H N 100 N H N 101 N H N 102 N H N 103 N H N 104 N N N 105 S C N 106 N C N 107 N O N 108 N C N 109 N C N 110 N C N 111 N N N 112 N C N 113 N N N 114 N N N 115 N O N 116 N H N 117 N H N 118 N H N 119 N H N 120 N H N 121 N H N 122 N H N 123 N H N 124 N H N 125 N H N 126 N H N 127 N H N 128 N H N 129 N H N 130 N H N 131 N N N 132 S C N 133 N C N 134 N O N 135 N C N 136 N C N 137 N O N 138 N N N 139 N O N 140 N H N 141 N H N 142 N H N 143 N H N 144 N H N 145 N H N 146 N H N 147 N H N 148 N N N 149 S C N 150 N C N 151 N O N 152 N C N 153 N C N 154 N O N 155 N O N 156 N O N 157 N H N 158 N H N 159 N H N 160 N H N 161 N H N 162 N H N 163 N H N 164 N N N 165 R C N 166 N C N 167 N O N 168 N C N 169 N S N 170 N O N 171 N H N 172 N H N 173 N H N 174 N H N 175 N H N 176 N H N 177 N H N 178 N N N 179 S C N 180 N C N 181 N O N 182 N C N 183 N C N 184 N C N 185 N O N 186 N N N 187 N O N 188 N H N 189 N H N 190 N H N 191 N H N 192 N H N 193 N H N 194 N H N 195 N H N 196 N H N 197 N H N 198 N N N 199 S C N 200 N C N 201 N O N 202 N C N 203 N C N 204 N C N 205 N O N 206 N O N 207 N O N 208 N H N 209 N H N 210 N H N 211 N H N 212 N H N 213 N H N 214 N H N 215 N H N 216 N H N 217 N N N 218 N C N 219 N C N 220 N O N 221 N O N 222 N H N 223 N H N 224 N H N 225 N H N 226 N H N 227 N N N 228 S C N 229 N C N 230 N O N 231 N C Y 232 N C Y 233 N N Y 234 N C Y 235 N C Y 236 N N N 237 N O N 238 N H N 239 N H N 240 N H N 241 N H N 242 N H N 243 N H N 244 N H N 245 N H N 246 N H N 247 N H N 248 N N N 249 S C N 250 N C N 251 N O N 252 S C N 253 N C N 254 N C N 255 N C N 256 N O N 257 N H N 258 N H N 259 N H N 260 N H N 261 N H N 262 N H N 263 N H N 264 N H N 265 N H N 266 N H N 267 N H N 268 N H N 269 N H N 270 N N N 271 S C N 272 N C N 273 N O N 274 N C N 275 N C N 276 N C N 277 N C N 278 N O N 279 N H N 280 N H N 281 N H N 282 N H N 283 N H N 284 N H N 285 N H N 286 N H N 287 N H N 288 N H N 289 N H N 290 N H N 291 N H N 292 N N N 293 S C N 294 N C N 295 N O N 296 N C N 297 N C N 298 N C N 299 N C N 300 N N N 301 N O N 302 N H N 303 N H N 304 N H N 305 N H N 306 N H N 307 N H N 308 N H N 309 N H N 310 N H N 311 N H N 312 N H N 313 N H N 314 N H N 315 N H N 316 N H N 317 N N N 318 S C N 319 N C N 320 N O N 321 N C N 322 N C N 323 N S N 324 N C N 325 N O N 326 N H N 327 N H N 328 N H N 329 N H N 330 N H N 331 N H N 332 N H N 333 N H N 334 N H N 335 N H N 336 N H N 337 N MG N 338 N N N 339 S C N 340 N C N 341 N O N 342 N C Y 343 N C Y 344 N C Y 345 N C Y 346 N C Y 347 N C Y 348 N C N 349 N O N 350 N H N 351 N H N 352 N H N 353 N H N 354 N H N 355 N H N 356 N H N 357 N H N 358 N H N 359 N H N 360 N H N 361 N N N 362 S C N 363 N C N 364 N O N 365 N C N 366 N C N 367 N C N 368 N O N 369 N H N 370 N H N 371 N H N 372 N H N 373 N H N 374 N H N 375 N H N 376 N H N 377 N H N 378 N N N 379 S C N 380 N C N 381 N O N 382 N C N 383 N O N 384 N O N 385 N H N 386 N H N 387 N H N 388 N H N 389 N H N 390 N H N 391 N H N 392 N N N 393 S C N 394 N C N 395 N O N 396 R C N 397 N O N 398 N C N 399 N O N 400 N H N 401 N H N 402 N H N 403 N H N 404 N H N 405 N H N 406 N H N 407 N H N 408 N H N 409 N N N 410 S C N 411 N C N 412 N O N 413 N C Y 414 N C Y 415 N C Y 416 N C Y 417 N N Y 418 N C Y 419 N C Y 420 N C Y 421 N C Y 422 N C N 423 N O N 424 N H N 425 N H N 426 N H N 427 N H N 428 N H N 429 N H N 430 N H N 431 N H N 432 N H N 433 N H N 434 N H N 435 N H N 436 N N N 437 S C N 438 N C N 439 N O N 440 N C Y 441 N C Y 442 N C Y 443 N C Y 444 N C Y 445 N C Y 446 N C N 447 N O N 448 N O N 449 N H N 450 N H N 451 N H N 452 N H N 453 N H N 454 N H N 455 N H N 456 N H N 457 N H N 458 N H N 459 N H N 460 N N N 461 S C N 462 N C N 463 N O N 464 N C N 465 N C N 466 N C N 467 N O N 468 N H N 469 N H N 470 N H N 471 N H N 472 N H N 473 N H N 474 N H N 475 N H N 476 N H N 477 N H N 478 N H N 479 N ZN N 1 N doub N 2 N sing N 3 N sing N 4 N sing N 5 N sing N 6 N sing N 7 N doub N 8 N sing N 9 N sing N 10 N sing N 11 N sing N 12 N sing N 13 N sing N 14 N sing N 15 N sing N 16 N sing N 17 N sing N 18 N sing N 19 N sing N 20 N sing N 21 N sing N 22 N sing N 23 N sing N 24 N sing N 25 N sing N 26 N sing N 27 N sing N 28 N sing N 29 N sing Y 30 N sing Y 31 N sing Y 32 N doub N 33 N sing Y 34 N sing Y 35 N sing Y 36 N doub N 37 N sing Y 38 N doub N 39 N sing N 40 N sing Y 41 N sing Y 42 N doub N 43 N sing Y 44 N sing N 45 N sing N 46 N sing N 47 N sing N 48 N sing N 49 N sing N 50 N sing N 51 N doub N 52 N sing N 53 N sing N 54 N sing N 55 N sing N 56 N sing N 57 N doub N 58 N sing N 59 N sing N 60 N sing N 61 N sing N 62 N sing N 63 N doub N 64 N sing N 65 N sing N 66 N sing N 67 N sing N 68 N sing N 69 N doub N 70 N sing N 71 N sing N 72 N sing N 73 N sing N 74 N sing N 75 N sing N 76 N sing N 77 N sing N 78 N sing N 79 N sing N 80 N sing N 81 N sing N 82 N sing N 83 N sing N 84 N sing N 85 N sing N 86 N sing N 87 N sing N 88 N sing N 89 N sing N 90 N sing N 91 N sing Y 92 N sing Y 93 N sing Y 94 N doub N 95 N sing Y 96 N sing Y 97 N sing Y 98 N doub N 99 N sing Y 100 N doub N 101 N sing N 102 N sing Y 103 N sing Y 104 N doub N 105 N sing Y 106 N sing N 107 N sing N 108 N sing N 109 N sing N 110 N sing N 111 N sing N 112 N sing N 113 N doub N 114 N sing N 115 N sing N 116 N sing N 117 N sing N 118 N sing N 119 N sing N 120 N sing N 121 N sing N 122 N sing N 123 N sing N 124 N sing N 125 N sing N 126 N sing N 127 N doub N 128 N sing N 129 N sing N 130 N sing N 131 N sing N 132 N sing N 133 N sing N 134 N sing N 135 N sing N 136 N sing N 137 N sing N 138 N sing N 139 N doub N 140 N sing N 141 N sing N 142 N sing N 143 N sing N 144 N doub N 145 N sing N 146 N sing N 147 N sing N 148 N sing N 149 N sing N 150 N sing N 151 N sing N 152 N sing N 153 N sing N 154 N sing N 155 N doub N 156 N sing N 157 N sing N 158 N sing N 159 N sing N 160 N doub N 161 N sing N 162 N sing N 163 N sing N 164 N sing N 165 N sing N 166 N sing N 167 N sing N 168 N sing N 169 N sing N 170 N doub N 171 N sing N 172 N sing N 173 N sing N 174 N sing N 175 N sing N 176 N sing N 177 N sing N 178 N sing N 179 N sing N 180 N sing N 181 N sing N 182 N sing N 183 N doub N 184 N sing N 185 N sing N 186 N sing N 187 N sing N 188 N sing N 189 N sing N 190 N sing N 191 N doub N 192 N sing N 193 N sing N 194 N sing N 195 N sing N 196 N sing N 197 N sing N 198 N sing N 199 N sing N 200 N sing N 201 N sing N 202 N doub N 203 N sing N 204 N sing N 205 N sing N 206 N sing N 207 N sing N 208 N sing N 209 N sing N 210 N doub N 211 N sing N 212 N sing N 213 N sing N 214 N sing N 215 N sing N 216 N sing N 217 N sing N 218 N sing N 219 N sing N 220 N doub N 221 N sing N 222 N sing N 223 N sing N 224 N sing N 225 N sing N 226 N sing N 227 N sing N 228 N sing N 229 N doub N 230 N sing N 231 N sing N 232 N sing N 233 N sing Y 234 N sing Y 235 N doub Y 236 N doub N 237 N sing Y 238 N sing N 239 N sing Y 240 N sing N 241 N sing N 242 N sing N 243 N sing N 244 N sing N 245 N sing N 246 N sing N 247 N sing N 248 N sing N 249 N sing N 250 N doub N 251 N sing N 252 N sing N 253 N sing N 254 N sing N 255 N sing N 256 N sing N 257 N sing N 258 N sing N 259 N sing N 260 N sing N 261 N sing N 262 N sing N 263 N sing N 264 N sing N 265 N sing N 266 N sing N 267 N sing N 268 N sing N 269 N sing N 270 N sing N 271 N doub N 272 N sing N 273 N sing N 274 N sing N 275 N sing N 276 N sing N 277 N sing N 278 N sing N 279 N sing N 280 N sing N 281 N sing N 282 N sing N 283 N sing N 284 N sing N 285 N sing N 286 N sing N 287 N sing N 288 N sing N 289 N sing N 290 N sing N 291 N sing N 292 N doub N 293 N sing N 294 N sing N 295 N sing N 296 N sing N 297 N sing N 298 N sing N 299 N sing N 300 N sing N 301 N sing N 302 N sing N 303 N sing N 304 N sing N 305 N sing N 306 N sing N 307 N sing N 308 N sing N 309 N sing N 310 N sing N 311 N sing N 312 N sing N 313 N sing N 314 N sing N 315 N sing N 316 N doub N 317 N sing N 318 N sing N 319 N sing N 320 N sing N 321 N sing N 322 N sing N 323 N sing N 324 N sing N 325 N sing N 326 N sing N 327 N sing N 328 N sing N 329 N sing N 330 N sing N 331 N sing N 332 N sing N 333 N sing N 334 N sing N 335 N doub N 336 N sing N 337 N sing N 338 N sing N 339 N sing Y 340 N doub Y 341 N sing Y 342 N sing N 343 N sing Y 344 N doub N 345 N sing Y 346 N doub N 347 N sing Y 348 N sing N 349 N sing N 350 N sing N 351 N sing N 352 N sing N 353 N sing N 354 N sing N 355 N sing N 356 N sing N 357 N sing N 358 N doub N 359 N sing N 360 N sing N 361 N sing N 362 N sing N 363 N sing N 364 N sing N 365 N sing N 366 N sing N 367 N sing N 368 N sing N 369 N sing N 370 N sing N 371 N sing N 372 N sing N 373 N sing N 374 N sing N 375 N doub N 376 N sing N 377 N sing N 378 N sing N 379 N sing N 380 N sing N 381 N sing N 382 N sing N 383 N sing N 384 N sing N 385 N sing N 386 N sing N 387 N sing N 388 N doub N 389 N sing N 390 N sing N 391 N sing N 392 N sing N 393 N sing N 394 N sing N 395 N sing N 396 N sing N 397 N sing N 398 N sing N 399 N sing N 400 N sing N 401 N sing N 402 N sing N 403 N sing N 404 N doub N 405 N sing N 406 N sing N 407 N sing N 408 N sing Y 409 N doub Y 410 N sing Y 411 N sing N 412 N sing Y 413 N doub Y 414 N sing Y 415 N sing N 416 N sing Y 417 N sing Y 418 N doub N 419 N sing Y 420 N doub N 421 N sing Y 422 N sing N 423 N sing N 424 N sing N 425 N sing N 426 N sing N 427 N sing N 428 N sing N 429 N sing N 430 N sing N 431 N sing N 432 N doub N 433 N sing N 434 N sing N 435 N sing N 436 N sing Y 437 N doub Y 438 N sing Y 439 N sing N 440 N sing Y 441 N doub N 442 N sing Y 443 N doub N 444 N sing Y 445 N sing N 446 N sing N 447 N sing N 448 N sing N 449 N sing N 450 N sing N 451 N sing N 452 N sing N 453 N sing N 454 N sing N 455 N sing N 456 N doub N 457 N sing N 458 N sing N 459 N sing N 460 N sing N 461 N sing N 462 N sing N 463 N sing N 464 N sing N 465 N sing N 466 N sing N 467 N sing US Mol.Cell MOCEFL 2168 1097-2765 75 1073 10.1016/j.molcel.2019.06.016 31327635 Unique Structural Features of the Mitochondrial AAA+ Protease AFG3L2 Reveal the Molecular Basis for Activity in Health and Disease. 2019 10.2210/pdb6nyy/pdb pdb_00006nyy The sequence was threaded onto the PDB ID 6AZ0 and built into the EM density with Coot. 85 RIGID BODY FIT REAL 6AZ0 1 6AZ0 PDB experimental model BACK PROJECTION Multi-body refinement was used to generate 3 different reconstructions that were stitched together 6NYY 1129437 3.0 FSC 0.143 CUT-OFF POINT DTT and ATP were added fresh before sample preparation 8 25 mM HEPES 100 mM KCl Potassium Chloride 5 mM MgCl Magnesium Chloride 1 mM ATP Adenosine TriPhosphate 1 mM DTT Dithiothreitol CTF estimated with CTFFIND 4, local CTF estimated with 1 PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION Soluble domains of the AFG3L2, comprising the AAA+ ATPase and protease domains. 1,2 AFG3L2 0 RECOMBINANT ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT NO MEGADALTONS .360 9606 Homo sapiens 562 Escherichia coli PARTICLE 1 1 SINGLE PARTICLE 7 40 Data collected with Leginon COUNTING GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 5 5707 3838 3710 6NYY 30 5.0 1-30 200 COMA FREE 70 43478 NITROGEN FIELD EMISSION GUN FLOOD BEAM FEI TECNAI ARCTICA BRIGHT FIELD 2.7 18000 8000 36000 100 100 0.07 FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 1 Picked with FindEM 4541491 Grids were plasma cleaned using a Solarus plasma cleaner (Gatan, Inc.). GOLD 300 Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 6NYY C1 PARTICLE SELECTION 1 FindEM IMAGE ACQUISITION 1 Leginon 3.2 MASKING CTF CORRECTION 1 CTFFIND 4 CTF CORRECTION local CTF estimation and CTF correction of particles 1 RELION 3.0 LAYERLINE INDEXING DIFFRACTION INDEXING MODEL FITTING 1 UCSF Chimera 1.11.2 OTHER INITIAL EULER ASSIGNMENT 1 RELION 3.0 FINAL EULER ASSIGNMENT 1 RELION 3.0 CLASSIFICATION 1 RECONSTRUCTION 1 RELION 3.0 MODEL REFINEMENT 1 PHENIX 1.11.1_2580 2 NO NO NO YES 278 ETHANE Sample was blotted for 3 seconds using Whatman No. 1 filter paper immediately prio to plunge-freezing. 6NYY 100 FEI VITROBOT MARK III 58331.629 AFG3-like protein 2 3.4.24.- 6 man polymer 799.871 Substrate 4 man polymer 65.409 ZINC ION 6 syn non-polymer 506.196 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER 3 syn non-polymer 24.305 MAGNESIUM ION 3 syn non-polymer 427.201 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 1 syn non-polymer Paraplegin-like protein no no SNARRGPAGIGRTGRGMGGLFSVGETTAKVLKDEIDVKFKDVAGCEEAKLEIMEFVNFLKNPKQYQDLGAKIPKGAILTG PPGTGKTLLAKATAGEANVPFITVSGSEFLEMFVGVGPARVRDLFALARKNAPCILFIDQIDAVGRKRGRGNFGGQSEQE NTLNQLLVEMDGFNTTTNVVILAGTNRPDILDPALLRPGRFDRQIFIGPPDIKGRASIFKVHLRPLKLDSTLEKDKLARK LASLTPGFSGADVANVCNEAALIAARHLSDSINQKHFEQAIERVIGGLEKKTQVLQPEEKKTVAYHQAGHAVAGWYLEHA DPLLKVSIIPRGKGLGYAQYLPKEQYLYTKEQLLDRMCMTLGGRVSEEIFFGRITTGAQDDLRKVTQSAYAQIVQFGMNE KVGQISFDLPRQGDMVLEKPYSEATARLIDDEVRILINDAYKRTVALLTEKKADVEKVALLLLEKEVLDKNDMVELLGPR PFAEKSTYEEFVEGTGSLDEDTSLPEGLKDWNKEREKEKEEPPGEKVAN SNARRGPAGIGRTGRGMGGLFSVGETTAKVLKDEIDVKFKDVAGCEEAKLEIMEFVNFLKNPKQYQDLGAKIPKGAILTG PPGTGKTLLAKATAGEANVPFITVSGSEFLEMFVGVGPARVRDLFALARKNAPCILFIDQIDAVGRKRGRGNFGGQSEQE NTLNQLLVEMDGFNTTTNVVILAGTNRPDILDPALLRPGRFDRQIFIGPPDIKGRASIFKVHLRPLKLDSTLEKDKLARK LASLTPGFSGADVANVCNEAALIAARHLSDSINQKHFEQAIERVIGGLEKKTQVLQPEEKKTVAYHQAGHAVAGWYLEHA DPLLKVSIIPRGKGLGYAQYLPKEQYLYTKEQLLDRMCMTLGGRVSEEIFFGRITTGAQDDLRKVTQSAYAQIVQFGMNE 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n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n Human sample 1 529 AFG3L2 9606 Homo sapiens 562 Escherichia coli Biological sequence Human sample 1 11 9606 Homo sapiens 562 Escherichia coli Biological sequence citation citation_author citation pdbx_audit_support atom_sites chem_comp_atom chem_comp_bond database_2 em_3d_fitting_list pdbx_initial_refinement_model repository Initial release Data collection Database references Data collection Database references Author supporting evidence Other Data collection Database references Refinement description 1 0 2019-05-22 1 1 2019-08-07 1 2 2019-09-18 1 3 2019-12-04 1 4 2019-12-18 1 5 2024-03-20 _citation.country _citation.journal_abbrev _citation.journal_id_ASTM _citation.journal_id_CSD _citation.journal_id_ISSN _citation.pdbx_database_id_DOI _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.title _citation.year _citation.journal_volume _citation.page_first _pdbx_audit_support.funding_organization _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] _database_2.pdbx_DOI _database_2.pdbx_database_accession _em_3d_fitting_list.accession_code _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type United States National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) R21 AG061697 01 human m-AAA protease AFG3L2, substrate-bound N RCSB Y RCSB 2019-02-12 REL ZN ZINC ION ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER MG MAGNESIUM ION ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 6AZ0 PDB experimental model ZN 1 3 ZN ZN 801 A ANP 1 4 ANP ANP 801 B MG 3 5 MG MG 802 B ZN 2 3 ZN ZN 803 B MG 1 5 MG MG 801 C ZN 3 3 ZN ZN 802 C ANP 2 4 ANP ANP 803 C ANP 3 4 ANP ANP 801 D MG 2 5 MG MG 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